从犹太人那里，基督教接受了《圣经》和一种视其他宗教为虚妄和邪恶的教义。从波斯人那里，基督教接受了二元论，但与波斯人相比，基督徒不仅更加坚信善原则的最终全能，也更加确信异教徒都是撒旦的门徒。基督徒起初的缺陷是，在哲学和宗教仪式上没法与任何对手较量，但这个现象很快就被改变了。同样，起初，与正统教派相比，哲学在半基督教的聂斯脱里教派发展得更快。后来，借着修改新柏拉图主义的机会，基督教发展了一种实用的哲学，但这是俄利根以后的事了。
克拉·底·李恩济领导罗马人民寻求脱离长期住在外地的教皇统治的事件发生在教皇克雷芒六世（1342—1352年）统治时期。虽然克雷芒六世最终战胜了李恩济，但由这件事情，教皇们发现，只有重新返回罗马，教廷才能有效地保住在天主教会的首要地位。因此，乌尔班五世于1367年回到罗马。但在临死之前，他还是被意大利复杂的政治局面逼回了阿维尼翁。后来，果断的格里高利十一世再次重返罗马，并控制了罗马的局势。格里高利十一世死后，在罗马派的支持下，意大利人普里亚诺继任为教皇，称乌尔班六世。但乌尔班六世并没有得到一些红衣主教的承认，为此，他们又在阿维尼翁选立了一位教皇，他是亲法兰西的日内瓦人克雷芒七世。长达40年之久的教会大分裂就此出现了。
像古罗马一样，虽然西方教会发展得很缓慢，却由共和制发展成了君主制。与此同时，由于和君士坦丁堡及伊斯兰教徒的接触增多，基督教哲学也增加了新的元素。但在此之前，基督教的因素一向主要是柏拉图主义的。在十三世纪时，西方人不仅已经全都知道了亚里士多德，而且受大阿尔伯特和托马斯·阿奎那的影响，西方学者都以为他也是很高的权威，仅次于《圣经》和教会。亚里士多德的这个地位在天主教哲学家中眼里保持至今。
1378年至1379年，威克里夫又发表了一些学术性著作。他认为，上帝的代理人是世俗国家的统治者，主教要服从于他们。教会大分裂后，他把教皇定义为敌基督者和叛教者。因为有牛津大学和英国众议院的保护与支持，威克里夫并没有因为他的见解和民主活动遭到更多的迫害，至少到死去为止，他都没有被正式判罪。在英格兰追随他的罗拉德派因为遭到迫害而完全覆灭了，但波希米亚的情况却非常好，他的学说一直流传到了宗教改革时期。
教皇克雷芒六世侧身象牙雕像。克雷芒六世是一位法国籍教皇，1342年至1252年在位，其都城为法国的阿维尼翁。在1348年至1350年欧洲黑死病大流行期间，当时人们都认为此病是犹太人带来的，酝酿着强烈的反犹情绪，但克雷芒六世却欢迎犹太人来到阿维尼翁，并给予他们庇护
在威克里夫五十多岁的时候，他还信奉正统教义，由此可见这位哲学家的思想发展有多么落后和缓慢。也正因为如此，他信奉正统教义却成了异端——他同情穷人，憎恨富有的世俗僧侣，因此成为了异端。他最初抨击教廷的理由，无非是一些政治和道德方面的理由，与教义无关，后来在被迫之下，他才有了更加广泛的反抗。
为了结束大分裂，1409年，在比萨召开了一次以荒唐、可笑的结局结束的全教会议。在会上，乌尔班六世和克雷芒七世这两位教皇同时被废黜了，罪名是异端和分裂。之后，红衣主教们又选立了教皇约翰二十三世。这个约翰二十三世是个臭名远扬的地痞恶棍，因此，情况看上去比以前更让人绝望。总有人受不了令人绝望的结局。因此，在1414年时，新的全教会议在康斯坦茨拉开了帷幕。这次会议是富有成效的，因为它结束了分裂的局面。全教会议于1417年选出的教皇马丁五世没有遭到任何一派的反对。
如果不花大力气进行一番改造，那么无论这些人的思想带有多么浓厚的宗教色彩，也不可能能重建一种能被大众接受的宗教，一般人无法了解他们的哲学的原因无非是它们太难了。他们倾向于维护希腊的传统宗教，这主要是由他们保守的思想驱使的。不过，他们也对传统宗教作了一些富有寓意的解释，因为他们不仅希望减弱传统宗教中不道德的成分，还希望传统宗教能与他们主张的一神主义和谐相处。但是，令他们遗憾的是，希腊宗教最终还是日渐衰落了，原因是它无法抵御东方教义和神学的挑战。
十四世纪初，在兀纳姆·伞克塔姆教令中，教皇波尼法爵八世提出的要求是前任所有教皇都未曾提过的。他创立的大赦年制度规定，天主教徒只要在罗马举行一种仪式，就可以获得大赦。随着这项制度而来的是巨额的财富，当然，这些财富中的绝大部分都进了教廷的腰包。在巨大的利润的推动下，原先100年才举行一次的大赦年仪式，先后缩短到每50年和25年就举行一次。一般而言，人们把第一次举行大赦年仪式的1300年视为教廷开始衰落的时间。
1376年，威克里夫在牛津大学作“论公民统治权”的讲义，就此脱离正统教义。当时，他提出，享有统治权与财产权的只有正义，俗界政权有权决定教士是否可以保留财产。之后，他进一步提出，财产是罪的结果，因此僧侣必须放弃财产。除了托钵僧，其他的所有教士都因此愤怒了。因此，威克里夫受到了格里高利十一世的谴责，还被押往主教们组成的法庭接受审判。然而，支持他的英国人勇敢地保护了他，他所在的牛津大学也反对教皇对威克里夫的谴责。
1204年，信奉天主教的拉丁人征服了拜占庭帝国，并统治到了1261年。之后，教皇失去了君士坦丁堡，从此再也没能收复过。法兰西、英格兰等国崛起后，教皇虽然多次击败了神圣罗马帝国，但这并没有给教会带来好处。在十四世纪的大部分时期，教皇在政治上被法兰西国王玩弄于指掌之中。但与富商阶级崛起和俗众知识增多相比，前述情况都太微不足道了，因为有学问的俗众使意大利北部那些富有的城市具有了独立自主的精神，他们很容易就起来造教皇的反。而此时的教廷变得更世俗化了，教皇也逐渐丧失了原本是给予他的权力和威望。
当时，与新柏拉图主义中的希腊因素结合在一起的新事物是刚刚传过来的蛮族的观念与实践。结合新的情况，希腊人也发展了一些能够与东方观点结合的新观点，这些观点主要体现在俄耳甫斯教、毕达哥拉斯主义和柏拉图的一些著作里。
哲学、神学、政治和社会的大结合完成于十三世纪。这一结合涉及到了许多因素，首要的因素就是以毕达哥拉斯、亚里士多德、柏拉图和巴门尼德等人的哲学为主的希腊的纯哲学。第二个因素是伴随着亚历山大征服战争大量流入的东方信仰。通过对俄耳甫斯教神秘信仰的利用，这些因素不仅改变了希腊语世界，甚至改变了拉丁语世界的世界观。一种至少在理论上而言的禁欲主义的解脱肉体束缚的伦理结合在了这些因素之上。俗众分开的祭司制度是从叙利亚、埃及、巴比伦和波斯传来的，最后还在政治上形成了相应的影响。从波斯传来的还有二元论思想，它视世界为阿胡拉·马兹达所统率的善和阿利曼所统率的恶这两大阵营的修罗场，而后来的妖术和撒旦都是由阿利曼阵营发展而来的。
1305年，红衣主教选立戛斯坎尼人克雷芒五世做了教皇。克雷芒五世是在里昂接受的加冕礼，之后他并没有去意大利（而且在整个教皇任期里都没有去过意大利），而是于1309年定居在阿维尼翁，在此后大约70年时间里，教皇们都住在阿维尼翁。
在这段漫长和混乱的时期，有人以生平事迹和学说证明了这是教廷权威的衰落期，这个人就是威克里夫（1330—1384年）。威克里夫是一个在牛津享有盛名的俗世的祭司，在52岁时获得了牛津大学的神学博士学位。尽管他不是一位思想进步的哲学家，但一般认为，他是牛津大学最后一位重要的经院哲学家。在哲学上，他主张实在论，与亚里士多德主义者相比，他更像是一个柏拉图主义者。他认为上帝从不恣意发布命令；由于上帝有选择最善的义务，因此现实世界是唯一可能的世界。
大阿尔伯特（约1200—1280年）。德国人，欧洲中世纪重要的哲学家和神学家，多明我会的神父。他第一个将亚里士多德的学说与基督教哲学综合起来，他还主张神学与科学和平并存
十五世纪时，不仅教廷衰落了，政治文化也发生在本质上是异教性质的变化。总而言之，由于这些变化，人类世界不再是一个“泪之谷”，在艺术、诗歌和快乐的喧嚣声中，人们逐渐地遗忘了历经数世纪之久的禁欲主义。大体来说，人们已经不会再对旧的恐怖产生惊慌和恐惧的感觉了，因为新的精神自由已经发展起来了。尽管这种发展没能持续很久，但至少在当下，消除恐惧的却是它。近代世界便诞生在这个快乐而自由的时刻。
意大利人波尼法爵八世生于阿纳格尼，他曾被囚禁在伦敦塔里，起因是替教皇援助亨利三世讨伐叛乱诸侯。当时，法兰西派已经在教会取得了较强的优势，法兰西籍的红衣主教甚至敢反对他继任教皇。种种因素使他和法兰西国王的关系很差，两人甚至有很深的积怨。后来，法兰西国王不仅打算让全教会议废黜他，甚至还派军队在阿纳格尼抓住了他。后来，波尼法爵八世逃往罗马，最终死在了罗马。这以后的很长一段时间里，教皇再也不敢得罪法兰西国王了。
威克里夫向英格兰国王爱德华三世的儿子冈特的约翰宣读自己翻译的《圣经》。约翰·威克里夫（1330—1384年），英国约克郡人，欧洲中世纪末期宗教改革的先驱。然而，作为一个宗教异端，他身前并没有受到什么迫害，只是在死后被教皇下令挖出他的骸骨，烧成灰，抛入溪水中
即使站在基督教观点的立场上，我也必须承认，柏拉图和奥古斯丁被亚里士多德所取代是基督教的一个错误。首先，从气质上看，与亚里士多德相比，柏拉图更富于宗教性。其次，从历史上看，一开始基督教神学就适应了柏拉图主义。尽管这不是托马斯的本意，但他毕竟铺平了从柏拉图主义迷梦转进科学观察的道路，而亚里士多德最多就是个经验主义者。
