于是，“匹夫无罪，怀璧其罪”，池步洲及他的助手贾、吴、朱、张等人反而因功遭忌，受到了温毓庆的排挤，反正他们是些没有后台的孤儿，不会有人来替他们撑腰说话，就都被分配到第一组当科员，只任命池步洲为“荐任技正”，地位还在科长以下，只不过薪金从三百八十元加到四百元而已。
国民党的军统局，本来就是一个权力很大的独立王国，成立一个下属机构，根本不必列入军委会的编制，也用不着军委会的委任状和铨叙手续。
从迹象看，温毓庆是个识人才也会用人才的头头儿。一个政坛领袖，一个军事统帅，甚至一个帮会的领袖，不管后人吹嘘得怎么英明，怎么伟大，说穿了，不过是懂得识人才、善于用人才而已。一旦把他们的手下全数拿掉，或者换上一批庸才禄蠹，英明领袖、伟大统帅就会变成没脚的螃蟹、光杆儿的司令，连瘪三都不如。池步洲如果继续与温毓庆共事，温毓庆也许会把池步洲拉到他一边，为他创造出更多的资本，那么，间接地也就是为国家、为民族、为全世界立下更多更大的功劳了。可惜国民党内部的争权夺利、互相倾轧，埋没了一代天才，扼杀了一代英才，没有让池步洲在更加适当的岗位上发挥更大的作用。
这六个组的分工：第一、二、三组负责破译日文密电码，第四组负责收报，人数最多；第五组负责总务，第六组负责破译中文密电码。
不料温毓庆却避开这个问题不作答复，微笑着“顾左右而言他”。池步洲见他不肯明说，知道他对自己还有保留，也就不便多问。再随便交谈了几句，就告辞了。
合并以后的军技室，总人数将近五百，是军政部研译室的整整十倍。地址选在重庆南岸黄桷垭的刘家花园内。第四组的任务是收报，需要架设天线，地势越高越好，所以选在刘家花园对面的一个山头上，每天把收到的密电送下山来，供一二三组研译。
池步洲见温毓庆文质彬彬，礼貌周全，颇有学者风度，对他印象不错，听他说到这里，忍不住反问：“听说密电检译所的同仁也破译了日本外务省的外交密电，不知道是在什么时间？破译的是哪一类密电？”
一九三九年底，魏大铭从军委会蒋介石侍从室得到消息：密电研究部门大合并以后的机构，定名为“军委会技术研究室”，而大合并的所有事宜，蒋介石已经授权他的内弟毛庆祥负责。为此，魏大铭立刻把他的密电研究组改组为“特种技术研究室”，依然是一个架空的机构，自任主任，陈祖舜兼任副主任，准备以此与毛庆祥一争权力和地位。
不知道温毓庆是作贼心虚呢，还是明知道自己斗不过军统局，也许正因为合并以前他从来没把日本外务省的外交密电码拿出来给人看过，形迹上确实有点儿像是出卖给了外国人，也怕蒋介石追问起来说不清楚，于是来一个“惹不起，躲得起”，借口到香港治病，转道去了美国，从此就如泥牛入海，再也不回来了。
前面讲过，军委会“日帝陆军密电研究组”，是由军委会机要室密电股、交通部电政司密电检译所、中统局国际密电室和军统局四方面的人员组成的。这四个单位中，只有军统局原来没有研究破译密电的组织，因此军统局派来的魏大铭在新组成的军委会密电研究组中，只能挂一个顾问的名义，手底下也没有他自己的人。魏大铭出身报务员，发报技术高超，是当年上海国际无线电台三个半发报高手中的一个。他很早就追随戴笠，负责秘密电讯联络，从最早的五六个人发展到当时的五六千人，对军统局来说，确实立下过汗马功劳，是个大大的有功之臣。他的失误之处，是一直没有注意要研究并掌握密电的破译。但他是个“有心人”，通过这件事情，认识到军统早先没有插手这一领域，是一大失着。于是来一个“亡羊补牢”，从军统局内部派一些人到密电检译所等单位去学习破译密电的技术，作为自己他日扩张势力的资本。
温毓庆是在香港中国银行总经理贝祖贻家里与戴笠相识的。他到重庆以后，仍与戴笠过从甚密。重庆大轰炸期间，干脆就住在曾家岩戴公馆。
池步洲单枪匹马取得破译日本外务省密电码成功，在当时的“破译密电界”名声雀起，算是成绩佼佼者；大合并以后，以成就而论，应该更倚重他才是。给他一个组长当当，也不为过。但是一者军政部没有“一统天下”的野心，也派不出职位较高的人到军技室来争权夺利；二者正因为池步洲的成就太大，相比之下，显得其他破译密电码的人庸庸无能，特别是挫伤了温毓庆“密码权威”的赫赫名声，在蒋介石面前说不了响话，放不成响屁，心里窝火；三者这次大合并的根本原因，就是因为池步洲等人的成绩太大，别的机构成绩太小，蒋介石一看“龙多不治水”，才决心把所有的摊子都收归军委会交毛庆祥掌管也就是他自己掌握；四者温毓庆总不相信池步洲这个大外行居然能够单枪匹马地在半个多月中破译成功日本外务省的密电码，因为在此之前，霍实子早就宣称已经破译成功了的，只是始终没有拿出东西来对外公布，因此他总怀疑池步洲所破译的，就是霍实子所破译的，换句话说，就是霍实子把破译的方法暗地里告诉池步洲了；而最主要的原因，还在于大合并以后温毓庆失去了他的独立小王国：他的密电检译所，名义上是属于交通部电政司，实际上直接听命于蒋介石。当时蒋介石每月有“特别经费”两千万元，温毓庆每月到财政部长孔祥熙处在这两千万元项下支取四万元，不用办理报销手续。温毓庆领来这四万元，除去一百多名员工的薪金和设备、办公费用之外，每月都能结余一万多元，当然统统塞进了他的私囊。这次大合并，他不能继续“独坐山岗，自立为王”，四万元的“特别经费”也没有了，工薪加上特别办公费，也不过千把块钱，不及原先的十分之一。溯本穷源，等于是池步洲割了他的腰包一般，怎能不对池步洲怀恨在心？
李直峰吃一堑长一智，从此小心翼翼，多干活儿少说话，不揽不相干的买卖。饶是这样，也还是为军统局所忌，魏大铭上台以后，头一个就拿他开刀。后来还是毛庆祥信任他，把他调回来，升任第六组副组长。
魏大铭身在军统，自然比别人早知道这一消息。如果蒋介石果真有意合并所有研译密电机构，军统局没有类似的组织，当然也就无所谓合并；他手下无人，自然也就抓不到实权。为此，他很快地就在军统局内部秘密成立起一个密电研究组，自己兼任组长，陈祖舜兼任第一科科长，邱沈钧任第二科科长，王震寰任第三科科长，以此与另外几个密电研究机构相抗衡。这是一个架空的机构，看起来科室众多，其实没有几个人，能做事情的人更少。
但是除了杨肆之外，谁都不知道王维钧一方面是温毓庆的亲信，一方面又与共产党有秘密联系。
这期间，八路军驻重庆办事处处长周怡还曾经由杨德基陪同到王维钧家中去过。为躲避空袭，王维钧把家安置在重庆市郊三圣宫赖家桥一个农民的家里，地点偏僻而隐蔽。周、杨二人在王家住了一夜，第二天才离去。从此以后，王维钧每月都要与周怡见一次面，由于伪装得好，居然没被特务注意，从来没出过问题。
其实，蒋介石每天上午九点下山过江到市内，晚上又过江回黄山官邸，几乎天天如此，三四辆车中，警卫人员也不过五六人而已。抗战期间，蒋介石经常到上清寺中央广播电台演讲，那时候还没有录音设备，就是蒋介石演说，也要现场直播。有时侯，他只带一两名随员坐着敞蓬汽车招摇过市，马路两边人人都能看见。那年月，蒋介石在人民的心目中是抗日的领袖，威望很高，并不怕人行刺。正因为他并不深居简出，也没有把他神化，依旧是一个“人”，所以也没人围观，谁也不把“看见蒋介石”当作是一回事儿。
大合并之前，温毓庆虽然早就知道池步洲的名字，也知道他所取得的成就，但是从来没有见过。大合并之后，温毓庆特地安排了一次约见。池步洲走进他的办公室，只见他高高的个子，瘦长型的脸，大概是留美多年养成的习惯，西服笔挺，风度翩翩。一见池步洲进来，立刻起立，握手，请坐，递烟，寒暄，操一口带广东乡音的“国语”，潇洒而有绅士的矜持，客气而有教授的风度，尊敬而不失首长的尊严。他首先称赞大合并中池步洲上交的关于日本外务省外交密电密码本的编排方法：“你们有科学头脑，编排得简单合理，检索、翻译都很方便，比我们的强多了。”接着又问关于破译日本外交密电的经过，池步洲作了详细的解答。他连连点头赞叹：“你们破译的密电码，层次高，速度快，真是难得，真是难得！”
后来，刘百闵干脆在黄角垭宝塔山背面下坡处另祖了一栋房子居住。每逢星期日，就把厨子带上山来，专门设宴招待军技室的留日同学。池步洲和霍实子都是他座上的常客。从军技室到他的住处，去的时候是下坡路，回来的时候就是上坡，走起来很吃力，但是大家还是每周必去。一者他热情好客而又健谈，除了家事，国事、天下事无所不谈；二者当时物价飞涨，公务员些许工薪，往往买不起荤菜，刘先生备办丰盛宴席招待，让大家在酒足饭饱之余畅谈竟日，总是从上午十点一聊聊到黄昏，还意有未尽，确实是一个星期假日的好去处。因为他从来不谈家事，所以谁也不知道他的婚姻情况。更奇怪的是：尽管他的情妇离离他的家很近，却从来没在这里露过面。
军委会“日帝陆军密电研究组”成立将近一年来，由于温毓庆的“拿一手”，他派来的人员“吃粮不当差”，没有发挥主力军的作用，迟迟出不来成果，连日军的密电也没侦收到一份。而池步洲的军政部研译室尽管人手不多，却破译了日本外务省的大批密电，效果显著。此外，温毓庆的密电检译所仍然存在，他们从武汉辗转迁到桂林、衡阳、昆明，一九三九年下半年，又迁到重庆。这期间，他们侦收到日本海军联合舰队在太平洋上各舰只间的无线电通讯联络，初步破解了密码结构，从中获悉舰艇的位置及调动情况。不久，又掌握了日本空军的密码。特别是一九三八年汪精卫叛国前后，温毓庆从日本密电中得到了他与日本秘密往来及派陈公博、曾仲鸣、周佛海、褚民谊与日方接触的情况，上报蒋介石。为此，国民党中央军委会下不来台，这才决心把几个密电研译机构来一个彻底大合并，组成一个直属于军委会的新机构，取代“日帝陆军密电研究组”，也为研究组的劳而无功遮一遮羞。
刘百闵当时年纪已经不小，但身边没有妻儿老小。不知是缺如抑不在重庆。池步洲搬到重庆南岸黄角垭住以后，发现刘百闵也经常到黄角垭来。时间长了，才知道他有个情妇，是个产科医生，本在市内开业，为躲避日机轰炸，把诊所搬到黄角垭来，而且离池步洲住的地方不过几百步。每逢星期日或躲警报，刘百闵就到黄角垭来，住到情妇的诊所里。西洋景拆穿以后，他也就不保密，还在诊所里与留日同学相会聊天。一来二去的，大家跟他的情妇也混熟了。一九四零年，池步洲的次子出生，就是刘百闵的情妇接生的。这个女人相貌一般，但热情诚实，有时候当着朋友的面跟刘百闵吵嘴，但每每又都是她退让一步才算罢休。
前面说过，军技室成立之后，蒋介石任命毛庆祥兼任主任秘书，温毓庆不满，魏大铭也不服气。温毓庆招回太太来进行夫人外交，刚刚从毛庆祥手中取得了权力，没有想到螳螂捕蝉，黄雀在后，魏大铭使出军统特务最拿手的一招：四处放出谣言，罗织罪名，说温毓庆将密电检译所破译的日本外务省外交密电以高价卖给了英国的特务，军统局正报请蒋介石批准，要将温毓庆逮捕法办。——幸亏军统局特务还不知道王维钧“通共”的事情，不然，揞到了温毓庆的头上，他可就吃不了的兜着走了。
李直峰去了一趟延安，面见了周恩来，拿回日本陆军密电码，立了一功，得到了霍实子的表彰，但却弄巧成拙，受到了特务机关的怀疑与注意：你们俩人同时出发，你为什么要把李裕扔在西安，自己一个人到延安去呢？难道有什么活动怕被李裕知道不成？再联系他一九三六年西安事变期间曾经给杨虎城将军当过机要秘书，更其怀疑他暗下早就与共产党有勾结，即便不是共党分子，也是个亲共分子。因此，这次合并没有得到重用，只让他在第六组当第一科科长，专门从事中文密电的破译。
一九四零年四月，蒋介石正式下令：军委会密电研究组、军委会机要室密电股、交通部电政司密电检译所、军统局特种技术研究室、军政部研译室五个机构，合并组成“军委会技术研究室”，简称“军技室”，温毓庆任中将主任，毛庆祥任少将副主任兼主任秘书，魏大铭任少将副主任。
戴笠当然不肯放松，他先后退一步，要求温毓庆派出两名对破译密电有研究的人到军统局进行技术指导。温毓庆一推二拖，到了实在无法再推的情况下，只得派杨肆和另一个人去虚应故事，并未传授“真经”。魏大铭见杨肆等人并不卖力，又要求派人到密电检译所研究组“见习”，温毓庆表面上虽然同意了，但密嘱研究组“注意保密”，因此来见习的人只学到了一般的破译技术，而一直无法掌握千变万化的破译技巧。
负责与王维钧联系的是一个青年，以老同学的身份每隔一两天与王维钧见面一次。见面的地点一般在王维钧家中、上清寺祥德村交通部宿舍、上清寺交通部电政司办公室等地方。这几个地方都是公开的，没有“秘密联络”的迹象，因此情报的交换十分顺利，一直没有被特务所发现。
军技室下设六个组，温毓庆既然掌握了实权，就任命他的亲信担任各组的正副组长：霍实子是他的老部下，被任命为第一组少将组长；杨贻清原是密电检译所的整理部主任，被任命为第二组少将组长；杨肆原是密电检译所的研究部主任，被任命为第三组少将组长；施家干原是密电检译所的总务部主任，而且是温的内弟，被任命为第五组少将组长；黄季弼是温的妹夫，被任命为第六组的少将组长；丁于正是温的同学，被安插为第六组上校副组长。——只有第四组，因为一百多个收报人员中，有三分之二是魏大铭从军统局带来的，组长的人选，只能由魏大铭安排，这才安插了一个魏的亲信、军统局的方砚农。
大合并之后，虽然宣布温毓庆为中将主任，但是开头一些日子，他为权力之争，迟迟不来上任。后来各组人事按他的意见安排之后，他也只来办公室坐了几天，就再也不来了。真是来也匆匆，去也匆匆。其中到底有什么“内情”，连温派的人也只说“主任因患绦虫病去港医治”，池步洲是受温派排挤压制的，当然不可能知道真正的原因。
戴笠早就想把研究破译日本密电码的工作抓在自己的手里。有了这个特殊的工具，他就可以为所欲为，就可以伪造敌方密电，任意伤害他所要除掉的人。因此处心积虑，必欲得之而后快。授意魏大铭成立密电研究组是其行动计划的第一步，拉拢利用温毓庆，则是第二步。
这就给戴笠拉拢温毓庆造成了一个极好的机会。他借闲谈的机会，向温毓庆提出建议，以抗战形势发展需要为由，主张集中力量研究日本密电，将各个研究密电单位包括中统、军统的密电研究机构在内合并组织一个新机构，名义上统一交温毓庆领导，其实是由军统局控制。
军技室在重庆南岸黄角垭成立以后，池步洲为图上班方便，就在黄角垭租了一大一小两间房间，从观音岩下的蔼庐搬到黄角垭来住。大门外面，是一条通往黄山的公路。黄山，原来是重庆白礼洋行买办黄云阶的私产，所以名为黄山，现在是国民政府迁都以后蒋介石官邸的所在地。公路对面，是军技室黄卓流的住家，家门口有一棵大树，枝繁叶茂，覆盖面很宽，每逢夏天，经常有行人在树下歇凉。
戴笠见温毓庆只是虚与委蛇，不肯上自己的圈套，于是把一场暗斗，发展为白热化的明争。
这样安排，表面上既尊重温毓庆，也不排斥军统，但是一切人事、经济实权，都落在副主任兼主任秘书毛庆祥的手里，温毓庆徒有中将主任的虚名，却无真正权力，而原有的密电检译所却让人家“吃”掉了。对于这样的安排，温毓庆心中自然不满；而魏大铭空挂一个副主任的虚衔，没有任何权力，也很不甘心。
温毓庆是个学者，长期受西方文化教育，不是个傻子，对于特务系统在全力上的明争暗斗，一向深痛恶绝，更明白自己只要一点头，就等于主动申请接受特务系统控制，失去了密电检译所的独立自主权，何况他有宋子文、宋美龄这两个“坚强后盾”，也不怕戴笠，所以当即很明确地表示不赞同这个意见。
池步洲和温毓庆的见面，这是第一次，也是最后一次。没过几天，听说他到香港去治病，不久又转赴美国。从此就杳如黄鹤，一去不返。
这些内情，当时池步洲等人并不知道。好在他们回国，只为抗日，并不想步步高升，更不想发国难财，只要能够继续发挥自己所长，为抗日出力，只要生活还过得下去，这些区区小事，谁也不会计较。——他当然没有想到：重用不重用他，是不是最大限度地发挥其所长，不仅仅是他个人的得失，而是整个国家民族的得失，甚至是第二次世界大战的得失。
温毓庆经过慎重考虑，决定通过夫人外交走上层路线。他把老婆施惠珍从香港调回重庆来，利用她和宋家的特殊关系，天天到宋美龄、宋子文、孔祥熙那里去活动，终于迫使蒋介石收回了任命毛庆祥兼任主任秘书的成命，改任温的亲信王维钧为主任秘书。这样一来，温毓庆就掌握了军技室的实权了。
王维钧担任军技室主任秘书以后，他的表弟杨德基约他到上清寺一个茶馆中会面。杨德基要求把破译出来的日本密电送给地下党一份，王维钧原则上表示同意，但要求做好秘密传递工作。杨德基认为最保险的办法是由王维钧亲手抄录一份亲自送出；但是这在实际上是无法做到的，因为每天破译的密电多达上百份，王维钧身为主任秘书，同时还兼着交通部电政司的一份儿工作，事情很多，根本没有时间抄写。好在当时所破译的密电，由缮写员复写三份，一份加火漆封固后每日由专人送到军委会机要室毛庆祥处转蒋介石；一份研译组存档；一份用火漆封固后交王维钧转交温毓庆，温看后退还王维钧归档。这归档的一份，如果没有特殊情况，就永远留在王维钧处不动了。于是，王维钧就把从温毓庆处退回来的这份“归档文件”交专人送到八路军重庆办事处，由办事处的人连夜抄录，第二天再拿回来交换新的情报。
黄卓流的夫人也是日本人，因此和池步洲一家的关系特别亲密。一天，池步洲两口子都在黄卓流家里聊天，突然日本飞机来轰炸。日机轰炸重庆，本是家常便饭，见得多了，见怪不怪，也不怎么惊慌。不久机声隆隆，敌机已经到了头上。根据空袭经验，敌机轰炸，躲在家里最危险，一旦挨炸，被弹片击中的机会和很少的，但是房倒屋塌，被压在瓦砾堆里的可能却很大。所以大家就从屋子里出来，到树下躲避。这时候，有三四辆小车从黄山开来，司机看见敌机就在头上，就把车子开到树下来暂避。只见从车上走出来的，竟是蒋介石和五六个随从。黄卓流忙端把椅子请他坐。他微笑一下，点点头，就坐下了。紧接着市内传来了轰炸的声音。大约二十分钟之后，敌机返航，蒋介石一行才又点点头上车开走，却始终没有说一句话。池步洲这一次与蒋介石不期而遇，是在蒋介石接见之后，实际上是第二次见面了。不过蒋介石见过的人太多，上次又是集体接见的，记忆中根本就没有池步洲这个人。
原来在南京开中国文化服务社的刘百闵，把服务社搬到重庆来以后，也曾经要池步洲到他的服务社去工作，答应薪金可以比在军技室高一些。这话如果在池步洲进中央广播电台之前提出来，他很可能会考虑的，后来他在破译密电码方面干出了成绩，不但从外行变成了内行，而且产生了兴趣，尽管工薪不高，要他离开另行他就，是不可能的了。后来刘百闵要编一部字典，池步洲帮他撰写一些条文，算是业余劳动，在他那儿领取一些稿酬，以补家用。
