弗莱克斯纳宣称刘易斯是“全国最出色的人之一……一个天才的研究员”。这样的说法都还略嫌轻描淡写。肖普（Richard Shope）是美国科学院院士，同许多世界上最杰出的科学家（包括弗莱克斯纳、韦尔奇、帕克、威廉斯和诸多诺贝尔奖获得者）相识，他在20世纪20年代曾与刘易斯共事，他称刘易斯是他所认识的人中最聪明的。宾夕法尼亚大学的获奖科学家约瑟夫·阿龙松（Joseph Aronson）也曾在巴斯德研究所工作过，他给自己的儿子取了刘易斯的名字，他也和肖普一样，说刘易斯是他所遇见过的最机灵的人。
血清只能针对一个特异靶标，如果它能生效，它也只针对一种微生物。为使一种血清有效，刘易斯必定要选择一个靶标。如果他不得不瞄准一个靶标，那么他只能选择菲佛发现的杆菌——流感杆菌，当时它仍是这种疾病最可能的病因。
这看上去大有希望，但没有证据。许多因素都能解释结果，包括随机概率，但他不能坐等解释了。
刘易斯将他所有的注意力都转向了清洗玻璃器皿，转向了最为寻常的工作，他要确保工作本身没有错误，同时运用任何从弗莱克斯纳的失败中学来的关于菲佛氏杆菌的知识。
刘易斯琢磨会不会是一种滤过性微生物引发了流感。可是要寻找一种病毒，刘易斯就不得不在黑暗中摸索。这是科学，是最好的科学——至少在微光中探寻时，但他现在进行的不只是科学工作，他要立刻尽力去拯救生命。
就在帕克在纽约想方设法要生产出一种对抗疾病的抗血清或者疫苗的时候，费城已濒于崩溃了。它的遭遇也即将在全国许多城市中重演。
大部分感染了这种疾病的人劫后余生，甚至大部分感染了肺炎的人也可以逃过一劫。他们的血液和血清中极有可能含有抗体，这些抗体可以治疗或预防其他人身上的疾病。刘易斯和弗莱克斯纳于1910年用这种方法对抗脊髓灰质炎时取得过一点成功。波士顿海军医院的瑞登（W. R. Redden）医生记述道：“脊髓灰质炎康复期血清的实验证据由弗莱克斯纳和刘易斯提供。”当时，瑞登和一个同事抽取了流感康复者的血液，析取血清，并从10月1日开始，轮流给36名流感病人注射。这并不是一个具备对照的科学实验，而且从科学意义上看这些结果也不能证明任何问题。但是，截至他们10月19日在《美国医学会杂志》报道结果为止，已有30名病人康复，5名仍在治疗，只有1人死亡。
刘易斯已准备就绪。他接受了海军的委任，并告诉弗莱克斯纳自己“并无繁重的日常事务”。他的实验室能力更为重要。他还在与科尔和埃弗里合作进行肺炎血清的研发工作，如同他告诉弗莱克斯纳的一样，他也对染料进行实验，“因为考虑到它们有能力抑制”引发肺结核的细菌的生长。染料可以杀死细菌的想法并不是刘易斯最先提出的，但他在这个领域进行着世界级的工作，而且他对此予以重视的直觉是正确的。20年后，多马克（Gerhard Domagk）获得了诺贝尔奖，他将一种染料变成了最早的抗菌药——最早的磺胺类药物。
刘易斯并没有这种终极真理，他也不认为自己掌握了这种真理。客观地说，他是分离出了流感杆菌，但他也分离得到了一种肺炎球菌和一种溶血性链球菌。直觉将他引向了另一个方向，他沿着第三和第四条线索开始了调查。第三条线索引导他的染料实验由杀灭肺结核细菌转向试图杀灭肺炎球菌。
可是眼前，这个城市并不需要深入阐明科学的实验室突破，需要的是直接可见的成功。刘易斯作出关于脊髓灰质炎结论的速度极快——大概一年，那是可靠的、开创性的结论，但他目前只有几周，甚至只有几天时间。他眼看着尸体堆积在海军码头医院的停尸房中、平民医院的停尸房中、殡仪馆中，或者就在家中。
同时，刘易斯开始了第五项工作，研制一种可以治愈这种疾病的血清。这个工作更加棘手。他们可以用“鸟枪法”制造疫苗，混合几种微生物一并预防它们。今天的白喉、百日咳——突发性的咳嗽——和破伤风几种疫苗已合并在一针之中，打一针就可以预防麻疹、腮腺炎和风疹也已是儿童的常规预防；今天的流感针剂包括了针对几种流感病毒亚型的疫苗，而抗肺炎疫苗正是从洛克菲勒研究所1917年完成的工作直接发展而来。
因此，刘易斯希望是一些技术错误——也许是培养基的制备，也许是杀灭细菌的方法太过粗糙，也许是其他什么地方——能够说明弗莱克斯纳的问题。也许如此。举个例子，多年后一名年轻的研究生走进一间实验室，他发现一位有声望的哈佛教授正在水槽边清洗玻璃器皿，而他的技术员在工作台边进行复杂的工作。这名学生问教授为什么不是技术员来洗玻璃器皿，教授回答道：“因为我总是做实验中最重要的部分，而这个实验最重要的就是器皿的清洁。”
他的实验室没有能力生产所需的大量疫苗，那要靠工业化操作。他们需要大桶来培养这些东西，不是培养皿也不是实验室烧瓶。他们需要的是类似于酿酒厂用的大桶。
同时采用肺炎康复者全血和血清的实验在费城开始了。这些同样不是科学实验，只是为拯救生命而采取的孤注一掷的尝试。如果有任何迹象表明这种方法有效，那么科学研究就会随后跟上。
随后，刘易斯像帕克和威廉斯一样调整了工艺，真正开始了有规律的杆菌发现之路。他将信息传达给了卫生官员克鲁森。《费城问询报》和其他报纸——他们都急切想报道一些积极的内容——宣称他找到了流感的起因并且“以终极真理武装了医学界，这为他们战胜疾病奠定了基础”。
首先，他试图用对付脊髓灰质炎的方法来研制一种流感疫苗，这比注入流感康复者血液或者血清的钝力性方法更为复杂，至少他怀疑是一种病毒引发了流感。
因此，他将自己和别人发现的细菌列为靶标。从他见到那些垂死水手的一瞬间起，他就知道自己要立刻开始为之工作。因为即使他猜对了，即使他正在做的可以成功，那也需要一定时间。所以，在他的实验室和全城所有其他的实验室中，研究者们不再研究了。他们只是尽力去大量生产。没有什么可以肯定他们生产的东西会有效，只剩下希望。
但是，死亡环绕着他，笼罩着他。他将注意力重新投向了生产那唯一一种立刻就能见效的东西上。危机突发之后，一旦有什么方法见效，他就能够回到实验室，通过细致缜密的实验来了解并证明它的效力。
他将这个任务分配给城里的其他人，包括市立实验室的负责人，而生产足够几万人使用的量则需要时间。
第二，他在实验室中追随着一道微光。帕克已经推论过，所以刘易斯也进行推论。研究可以找到细菌，菲佛已经指出某种杆菌就是肇因所在。刘易斯和他实验室的每个人毫不懈怠地工作了几天，只睡几小时，一道工序接着一道工序——凝集、过滤、转移培养物、注射实验动物。他的团队也在寻找细菌，他们对第一个患者取了更多的喉咙和鼻部擦拭物，将其置于培养基上，然后等待；他们高强度地工作着，24小时一班；他们等待着，然而细菌在培养基上生长所需的时间、受污染培养基的数目、干扰他们进程的每件事，都令他们灰心丧气。
即便在高速运转的状态下，整个过程至少也要耗时三周。每隔几天加大剂量的系列注射实施到成千上万人身上又要耗费时间。所有这些时间投入之后，疾病将被铲灭。
战争开始时，国家研究理事会的官员皮尔斯告诉刘易斯，他们打算让他“参与同流行病有关的特别工作”。这话皮尔斯只向国内四五位科学家说过。
就在他工作的时候，社会正徘徊在崩溃的边缘。
刘易斯从用蛋白胨牛肉汤添加血液配制培养基开始，培养他们从病例中分离出的病原体——流感杆菌、Ⅰ型和Ⅱ型肺炎球菌以及溶血性链球菌。他亲自制备了一小批针对这些微生物的疫苗，并给60个人注射。这60人中只有3人感染了肺炎，无人死亡。对照组则有10例肺炎，3人死亡。
刘易斯只能希望弗莱克斯纳的失败是出于技术上的纰漏，那很有可能。弗莱克斯纳在实验室里有时候是有些草率。他有一次甚至承认：“在技术方面，从重视细节和完全精准的意义上来说我没有受过很好的训练。”
刘易斯清楚地知道，他所做的事中只有很少一部分是真正的科学，它全部或近乎全部都要以有事实根据的猜测为基础，他只得更加努力地工作。
研制一种针对这种微生物的血清相当困难。当刘易斯还在洛克菲勒研究所时，弗莱克斯纳曾试图与玛莎·沃尔斯坦合作研制这种血清。尽管弗莱克斯纳没有像对其他人那样敬重她，但沃尔斯坦仍不失为一位优秀的科学家，她从1906年开始几乎不间断地进行流感杆菌实验。然而，弗莱克斯纳和她没有取得丝毫进展，他们不仅没能研制出用于人的血清，甚至没能研制出治愈实验动物的血清。
刘易斯让其他人来做这项钝力性工作，它不需要任何真正的特殊技术，其他人也能干得与他一样好。他的时间要花在四件事情上，他没有按顺序去做这些事情，而是同时进行，同时推进几种不同的思路——设计实验来验证每个假说。
在费城，刘易斯同样在寻求答案。没什么人——包括帕克在内——比他更有可能找到答案。刘易斯是一名医生的儿子，在密尔沃基长大，曾就读于威斯康星大学，并于1904年在宾大完成其医学训练。甚至在离开医学院之前，他就知道实验室是自己最想度过一生的地方，出身很快就给了他一个好名声，而他也确实实至名归。他最初是在韦尔奇、奥斯勒、比格斯和其他一些洛克菲勒研究所科学顾问团成员的手下做初级研究员，从事肺炎研究。刘易斯给所有人留下了深刻印象，其中西奥博尔德·史密斯对他印象最深。史密斯是世界一流的细菌学家，当时刘易斯正在波士顿为他工作。其后，史密斯将刘易斯推荐给弗莱克斯纳，他说哈佛资源不足，无法让刘易斯发挥才能，还说“他一心扑在研究上”。
刘易斯未曾搞清楚弗莱克斯纳的尝试错在哪里，尽管这肯定是那个著名餐厅（在里面提出过诸多科学问题的解决方案）里曾经多次谈及的主题，但当时他没有时机去深思这个问题，没有时机全面思考解决的办法，也没有时机提出一个具说服力的假说并验证它。
他必须去寻找光明之所在。
在最初的15个病例中，刘易斯没有找到流感杆菌。具有讽刺意味的是，疾病却迅速扩张，蔓延到医护人员中，于是除了唾液样本外，刘易斯手上没什么东西了：“医院的［工作人员］损耗严重……我已没有解剖材料了”——除了四具“严重腐烂”的尸体，它们都因为死后过久而没法再用了。
刘易斯还记得弗莱克斯纳在一次脑膜炎大流行期间所做的工作。弗莱克斯纳解决了问题并藉此为洛克菲勒研究所赢得了声誉。其后，弗莱克斯纳又成功地解决过类似问题。也许刘易斯也能像弗莱克斯纳一样吧。
史密斯给了他至高的赞誉，而这样的评价对刘易斯而言毫不为过。他似乎是为实验室而生，至少那是唯一一个使他快乐的地方。他不仅热爱工作本身，还爱实验室这个环境，爱将自己藏身于实验室并沉浸在思考之中。用“爱”这个词都还不够，他将所有的情感都投入了实验室。在洛克菲勒研究所，刘易斯正着手实现自己的想法，但一场流行性脊髓灰质炎爆发了，弗莱克斯纳请刘易斯与自己一起研究那场疾病，刘易斯同意了。这是一次完美无缺的合作，他们有关脊髓灰质炎的工作堪称高效高质的典范。他们不仅证明了脊髓灰质炎是一种病毒性疾病——迄今仍被认为是病毒学上的里程碑，而且还研制出一种疫苗，当时就能令猴子对脊髓灰质炎100%免疫。之后，研制用于人的脊髓灰质炎疫苗耗时近半个世纪。这一研究使刘易斯成为世界领先的病毒专家之一。
首先，他们在对免疫系统的钝力性利用上发现了一线光明。即使他们找不到病原体，即使他们不能遵循常规程序用病原体感染马匹并从马匹身上提取血液，还是有一种动物正在遭受这种疾病的肆虐——这种动物就是人类。
