1894年，他们发明了一种新方法，使毒素的毒性增强到欧洲人所用方法的500倍。这极大地强化了抗毒素的功效，成本也缩减到了原先的一成。这样帕克就把制作抗毒素的工作转变成普通工人就能执行的任务，无须科学家插手；而实验室的一部分就变成了实际的工厂。很快，世界上最便宜、最有效且安全可靠的抗毒素诞生了。今天的白喉抗毒素仍然是基于这种方法生产的产品。
在研究所发挥其巨大影响力之前，美国医学科学就已达到世界水平了。1908年国际肺结核大会在华盛顿举行。伟大而傲慢的科赫从德国赶来，等待着大家通过决议然后公布。
一个代表如是说：“科赫分离了结核菌；而今天，科学孤立了科赫。”
但大部分医学院变化不大，即使在哈佛、宾夕法尼亚大学或其他地方也是如此。改变通常只出现在激烈的内讧之后，其间还有顽固派教员发起无休止的后台斗争。小威廉·佩珀使宾夕法尼亚大学获得良好的发展，甚至连霍普金斯也来挖它的教员，但在经过16年的奋斗之后，他提及的不是成就而是“长期而痛苦的论战”。
并不是所有人都认同弗莱克斯纳的能力。后来，在一本细菌学的教科书中，帕克认为弗莱克斯纳对免疫血清的贡献微乎其微。作为回应，弗莱克斯纳愤怒地闯进帕克的实验室，一场对吼的比拼在所难免。两人之间发生了更多的争执，矛盾公开化，以至于报纸都有所报道。
弗莱克斯纳及洛克菲勒研究所因此受到了广泛关注，他喜欢这样而且期待更多的关注，洛克菲勒本人和盖茨同样希望如此。特别是在研究所成立的最初10年里，任何时候只要有人有出成果的苗头，弗莱克斯纳就会特别加以留心。他经久不变的注意力似乎只关注结果，因此他总是急切地催促研究者发表文章，例如他曾这样写道：“考虑到比利时和法国的文献发表速度之快，我建议你们发表手头的工作成果。请速来见我。”
盖茨一度是洛克菲勒的慈善顾问，没有什么能阻止他对慈善事业的关注。他组织过几次洛克菲勒的商业风险投资并获得成功，如投资位于明尼苏达的米沙比矿场，收益达5000万美元。洛克菲勒本人请了一个顺势疗法的医生，而盖茨当时也已读过《顺势疗法的新证》（The New Testament of Homeopathic Medicine），该书作者哈内曼是该疗法的开山鼻祖。盖茨认为哈内曼本人“必是个跟疯子差不多的人——这还是说得好听的”。
奥斯勒的书表述的观点似是而非，所以它以极为特别的方式给盖茨留下了深刻印象。首先，该书表明医学具有广阔的前景，但离实现还相距甚远。盖茨后来解释说：“我清楚地意识到医学几乎不可能成为科学……直到……有才干的人能不断进行学习与研究，而这必须基于充足的经费，完全独立的实践……对于我来说，这是一个最难得的机会，医学界可以因此得到资金而洛克菲勒先生将成为开拓者。”
抗毒素突然在世界各地唾手可得。白喉死亡率也迅速降至原先的1/3左右，医生们开始创造奇迹。而这只是众多可能实现的奇迹中的第一个。
即使一些地方有所改变，霍普金斯和其他各处的鸿沟仍然存在。在哈佛接受过训练的库辛来到巴尔的摩做霍尔斯特德的助手。波士顿都没能为他适应两者差异提供任何准备，他发现霍普金斯是“陌生的……有关病理学和细菌学的话题我知之甚少，这使得我在最初几个月里花了大量时间，晚上独自待在房间，一面拿着德文课本，一面对着标本，专心研究外科病理学”。
波士顿、旧金山以及纳什维尔的医生都验证了这个方法，有人声称：“乡村医生使用这种免疫血清时也获得了显著效果。”
这些压力并不全部来自弗莱克斯纳，只是通过他而传达了。在1914年的一个晚宴上，盖茨就提到：“谁没有感受到跳动的希望将造福于全世界？我们研究所的发现已经随着医疗服务深入到非洲了……你在这里宣布一项发明，午夜前就会传遍全世界，30天后就会出现在地球上的每个医学院里。”
尽管不是同一类人，韦尔奇还是接受了他。弗莱克斯纳个子瘦小，甚至有点消瘦，不是讨人喜欢、富有魅力的那种人。他敏感而缺乏安全感，曾经说过：“我从未接受过任何学科的教育，因此我的知识体系中有许多缺口。”为了弥补这些缺口，他沉醉书本，无书不读。“他读起书来，”他弟弟形容道，“如饥似渴。”从英文文献到赫胥黎，再到达尔文，他都广泛涉猎。他觉得自己必须学习，那种不安全感从未完全离开过他，就如他谈到的，“无眠的夜晚和极度恐惧的白天……发狂般的神经过敏让我片刻不得安宁”。
同年年底，洛克菲勒医学研究所宣布成立，它将改变一切。
科学不是民主。投票并不重要，但这次投票标志着美国医学时代的到来。它的到来决不仅是因为霍普金斯，帕克和史密斯都不是霍普金斯出来的。但在帮助美国医学引领世界这一点上，霍普金斯和洛克菲勒研究所都作出了不可磨灭的贡献。
他试图令洛克菲勒研究所引起报社的注意和科学团体的肯定。他自己的工作备受争议。在洛克菲勒研究所成立后不久，脑膜炎袭击了美国东部。当时为了抗击这场流行病，各种方法都用尽了。白喉抗毒素也试过了，一些医生甚至动用了给病人放血的古老方法。在霍普金斯，库辛尝试了从脊椎腔排脓的方法来治疗脑膜炎。
其二是启动和引导上千万美元的资金用于实验室研究。
对西蒙·弗莱克斯纳的粗浅了解，有些来自街头巷尾的传闻，说他是从肯塔基州路易斯维尔的一个犹太移民家庭的不肖子而逐渐成长起来的。他的兄弟都是学校里的优等生，他却在六年级时就辍了学。在照相馆当学徒时，他由于脾气不好而又吊儿郎当，被自己的叔叔解雇了。然后他为一个干货经销商工作，谁知老板又因诈骗而潜逃了。接下来他为一个药剂师工作，又被开除了。他父亲特地带他去监狱看了一回，希望他会因害怕而规矩些。随后，他被安排去跟一个水管工做学徒，但这个水管工有些犹豫，因为弗莱克斯纳的前雇主警告他“千万不要跟弗莱克斯纳共事”。
这场无声音乐会的幕后人，就是韦尔奇这位“乐团指挥”。到20世纪的第一个10年时，韦尔奇已经成为整个美国医疗机构的黏合剂。他自己也成为医学科学的情报交流中心，他确实已成为美国医学泰斗。《实验医学杂志》（Journal of Experimental Medicine）是第一本也是最重要的美国医学研究期刊，作为其创刊编辑，韦尔奇阅读了大量的来稿，这使他对全国每一个有望发展的新点子和青年研究者都了然于胸。
弗莱克斯纳接受了韦尔奇提供的职位，还有提高了的薪水。但研究所仍然在韦尔奇的牢牢掌控之中。关于这一点，弗莱克斯纳说，韦尔奇“不要助手，甚至不要秘书。每件事他都要亲力亲为，包括每封信都要亲自手写”。
他被人赏识的各方面都极具潜能。韦尔奇为他申请到一份奖学金去德国进修，四年后他成了霍普金斯的病理学教授。他经常深入实地：去采矿小镇研究脑膜炎，去菲律宾研究痢疾，去香港研究瘟疫。诺贝尔奖获得者劳斯（Peyton Rous）后来把弗莱克斯纳的科学论文称作“纸上博物馆，只有它们随生命而动，因为他既做实验又注重描述”。
科学家发现的不单单是一种预防疾病的方法，他们发现的是一种能治愈疾病的方法。这是第一次治愈患者。
霍普金斯已在医学界打下了深深的烙印。韦尔奇在1900年的记录表明，由哈佛管理的波士顿市立医院项目“除了霍普金斯的人，不希望其他人参与”。到1913年，欧洲一位著名人士公开承认，在他所从事的研究领域里，美国的研究可与任何一个欧洲国家相媲美，荣誉应“给一个人——霍普金斯大学的马尔”。美国最先获得诺贝尔生理学医学奖的四人中，霍普金斯培养了三位，第四位则在欧洲取得他的最高学位。
这篇文章震惊了科学界。当时，白喉的研究还仅仅停留在实验室水平。直到1891年圣诞节后，德国科学家才在柏林第一次尝试治疗白喉患者，并获得了成功。
在场听众中很多是世界一流的科学家。当鲁报告完毕后，这些在各自领域颇有名望的专家忍不住起身喝彩。他们站在椅子上，经久不息的掌声与各种语言夹杂的欢呼声响彻了整个会场，上空则飞舞着被抛起的帽子。接下来，韦尔奇汇报了美国在这方面开展的实验，这些实验验证了法国人和德国人的工作。每个与会代表都带了一瓶这种神奇的药水回去。
巴斯德开始把这些技术应用到其他传染病上。对炭疽病而言，他并非第一个使用减毒细菌培养物的人，但他的工作是最权威的，而且人尽皆知。在一次有新闻记者和政府官员观摩的展会上，巴斯德给牛接种，然后让它们接触炭疽细菌。接种的牛存活了，而作为对照的未接种的牛死了。三年后，法国的3300万只羊和438 000头牛接种了炭疽疫苗。他以逐渐加量的方式给一个被疯狗咬伤的小男孩注射带有病原微生物的注射液，挽救了他的生命。翌年（1886年），在一项国际基金的资助下，巴斯德研究所正式成立。几乎同时，德国政府也资助科赫和其他一些杰出的研究者建立了研究所，其后俄国、日本和英国也相继建立了研究所。
1901年1月2日，洛克菲勒的外孙洛克菲勒·麦考密克（John Rockefeller McCormick）［他也是赛勒斯·麦考密克（Cyrus McCormick）的孙子］不幸在芝加哥死于猩红热。
甚至在一次科学首脑会议的正式报告中，可能是想起劳斯或是保罗·刘易斯（一个直接跟弗莱克斯纳工作的很有前途的青年科学家）的事，弗莱克斯纳提到：“最有才能的人经常会缺乏自信或自相矛盾，他们很多时候都需要安慰，树立对自己的信心。”当弗莱克斯纳看好的另一个科学家想转换研究方向时，弗莱克斯纳鼓励他说：“你可能需要两年的时间来寻找方向，在此之前我不会要求你出任何成果。”
但学生们还是来了，而且成群结队。通过激励与自我选择，学生们聚集到这个学校。在这里，学生们不是简单地听课和记笔记。他们巡视病房，检查患者，作出诊断，听病肺扩张时发出的捻发音，共同感受肿瘤的异源性及其坚如磐石般的异常质感。他们进行尸体解剖，做实验；他们也进行探索，用解剖刀探察器官，用电流研究神经和肌肉，用显微镜观察肉眼观测不到的世界等。
1884年，德国科学家勒夫勒（Friedrich Loeffler）从病人咽喉分离出白喉杆菌，把它放到特殊培养基上进行培养（今天的实验室仍然使用“勒夫勒血清培养基”来培养疑似患者携带的细菌），并连续几年在动物样本上进行细致的实验。他的工作表明，细菌本身并不致死，致死的危险来自细菌分泌的一种有毒物质——毒素。
然而，弗莱克斯纳的直觉告诉他这一定暗含着什么。他重复了德国人的实验，死亡率是75%。尽管如此，他并没有抛弃这种方法，而是坚持不懈地开展一系列的实验，不仅在实验室里努力提高免疫血清的效力，而且在生理学上寻求将之应用于猴子身上的最佳方法。三年后，他建立了这样一套方法：首先，直接在脊髓鞘膜层插入针头，抽取50毫升的脊椎液，然后注入30毫升的免疫血清（如果不先抽取脊椎液，注入液会使脊柱内压力增大而导致瘫痪）。这个方法成功了，在712个测试病人中，死亡率下降到31.4%。
并非只有霍普金斯一家在寻求变革，因为变革的需求已经被宣传了数十年。不少其他医学院的领导者——特别是密歇根的沃恩，宾夕法尼亚大学的小威廉·佩珀（William Pepper Jr.），哈佛大学的库恩斯曼（1892年前任韦尔奇的助手），以及其他如西北大学、纽约内外科医学院以及杜兰大学的管理者，也都如韦尔奇和霍普金斯医学院一样，因同等迫切的需求而对这场变革予以同样的重视。美国医学会从一开始就不遗余力地推动着这场医学革命，而医生们也在寻求更好的培训机会，这由数千名医生赴欧洲学习可见一斑。
爱默生（Emerson）说过，一个研究所其实是一个人放大的影子。洛克菲勒研究所反映出的就是弗莱克斯纳的影子。洛克菲勒基金会后来的主席雷蒙德·福斯迪克（Raymond Fosdick）说，弗莱克斯纳“判断准确，头脑如探照灯般，能随意扫到面临的任何问题”。洛克菲勒研究所的一名研究员说，弗莱克斯纳具有“远超出常人的逻辑推理能力，如刀一般锐利”。
与其同时，亨利·詹姆斯（Henry James）也把霍普金斯描述成这样一个地方：尽管“充满了痛苦”，仔细想想，却又“富有诗意……与应用科学的无比美妙……细细回想一下，一长串陈列着的阴森森的人体标本也奏出了精巧的白色交响乐……而对于我来说，医生们优雅地主持着这整场无声的音乐会”。
在欧洲，政府、大学和富有的捐赠者资助医学研究。而在美国，政府、机构、慈善家甚至尚未开始类似的扶持。霍普金斯医学院成立时，美国的神学院已经享用1800万美元的捐款了，而医学院总共只筹集到50万的资助。这种财政资助及教育系统上的差异，很好地解释了欧洲独占医学发展鳌头的原因。
洛克菲勒研究所起先授予其他地方的科学家适度的权利，但在1903年它有了自己的实验室，到1910年又有了自己的医院。弗莱克斯纳开始逐渐找到自己的位置。
与此同时，洛克菲勒正在与两位杰出的内科医生霍尔特（L. Emmett Holt）和赫脱（Christian Herter）商量设立一个医学研究基金，这两位都是韦尔奇以前的学生，他们热心地支持这个想法。
10年前，帕克（曾经改良了白喉抗毒素）研制出了脑膜炎免疫血清，每一个实验室测试都证明其有效，但对人就是不起作用。现在两个德国人发展了一种类似的免疫血清，但要直接注射到脊柱里，而不是到血管或肌肉内。脑膜炎一般的死亡率是80%，在102个测试病人中，这种方法把死亡率降到了67%，说明其有一定的效果，但效果并不显著。
每个周五尤其重要。研究者们非正式地介绍各自最近的工作，大家给出一些评述，建议后续实验，增加不同的内容。这已形成惯例。这是令人激动、近乎神圣的地方，即使有些人——比如另一个诺贝尔奖获得者兰德施泰纳——几乎从不发表意见。弗莱克斯纳积极地到处搜罗别处不适合的科学家，不管他们是孤僻成性还是妄自尊大。这种混合就是重要之所在。劳斯说，弗莱克斯纳让研究所成为了“一个有机体，而不只是一个机构”。
在由韦尔奇主持的以病理学与细菌学为主题的分会上，帕克宣读了一篇论文，开头是这样的：“显而易见，现在有相当多的孩子因为牛奶中的杆菌而感染了致命的结核。”科赫坚持认为帕克是错的，因为没有证据证明牛把结核传给了人。西奥博尔德·史密斯则站出来支持帕克，争执声响遍了整个会场。尽管如此，这次大会总的来说是令人信服的。几天后，它通过了一项决议，号召采取预防措施以阻止结核从牛到人的传播。科赫厉声说：“先生们，你们可以通过你们的决议，但后人自会判断！”
这些发展真是意义非凡！对医学而言，19世纪末20世纪初可以说是其发展的黄金时期——包括自此之后的分分秒秒。病菌学说已然为这次进步开启了大门，研究者最后也开始利用这道门。
凯利是一个向街头妓女布道的正统派基督徒，他的一个学生如是说：“他对我们表现出的唯一兴趣是他们的灵魂是否已得到拯救。”但就是这个怪人，变革了妇科学并开创了放射疗法。就个人而言，霍尔斯特德在病人关怀方面的影响无人可比，是他将橡胶手套引入了手术室，也是他坚持在每一步手术前就做好各种准备工作。他是如此小心翼翼，以至于威廉·梅约（William Mayo）曾打趣说，霍尔斯特德的病人在他结束手术前就痊愈了。梅约兄弟俩还说，他们在霍尔斯特德那里获益匪浅。其实整个美国的外科学也从他那儿受惠良多：有72个外科医生曾在霍尔斯特德手下担任过住院医生或助理住院医生，其中53人成了教授。
帕克他们在纽约市内免费传授这种方法，并在其他地方出售这种方法。然后用所得款项资助基础研究，使得他们的市立实验室一度成为当时全国最好的医学研究所。据一个医学史家称，该研究所年刊曾自称其为“世界上任何一个研究所都以此为荣的研究单位”。
随着抗毒素的广泛使用，不少医学外行人士也开始关注医学。其中约翰·D·洛克菲勒的助手盖茨（Frederick Gates）——一位好奇心强且富于钻研精神的浸礼教牧师，接触了奥斯勒撰写的医学教科书《医学原理与实践》（Principles and Practice of Medicine）。该书有很多版本，面向的读者群包括医生及受过教育的非专业人士。在该书中，奥斯勒追溯了医学思想的演化，探究了其间的争论以及公认的最值得注意的不确定和未知的事物。
巴斯德说过：“机遇总是偏爱有准备的头脑。”1880年，他试着证明已分离出了导致鸡霍乱的病菌。他把这种病菌接种到健康的鸡身上，发现那些鸡死了。然后，机会来了。他把一种致死的细菌培养物搁置了几天，然后再接种到更多的鸡身上，发现鸡仍然存活。更值得注意的是，上述的鸡再接触另一些致死细菌培养物时仍能存活。为了令琴纳信服，巴斯德尽力去减弱，或者用他的话说，去“削弱”这些培养物的毒性，然后利用它们使禽类产生免疫性，从而抵抗致命的细菌。他成功了。
因此，韦尔奇聘任了西蒙·弗莱克斯纳担任该所所长，后者离开霍普金斯后接受了宾夕法尼亚大学医学院的一个极具声望的教授职位（为了宾夕法尼亚这个5000美金薪水的职位，他拒绝了康奈尔大学8000美金薪水的职位）。但他的任职一度遭到质疑，在评议他是否可以担任所长的会议上，就有一位教员发话说，接受一个犹太人担任教授并不表示承认他具有人权。每天，弗莱克斯纳与其他教员不仅要就实际工作、还要就私人问题进行对抗。
他成为了一个国家的象征，这在专业领域中是史无前例的，在科学界乃至更大的领域中这也是第一例。他兼任19个不同的主流科学组织的会长或主席，包括美国医学会、美国科学促进会和美国科学院等。斯坦福大学校长威尔伯（Ray Wilbur）在1911年写信给韦尔奇时，既不谄媚也不过分夸大地说：“如果不求助于您就能找到填补我校医学院空缺职位最佳人选的信息，那么将开美国医学教育的先河。”一个同事说，韦尔奇具有“差不多一挥手就改变他人命运的能力”。
弗莱克斯纳的影响如同韦尔奇一样，超越了他个人在实验室所做的一切，就此而言，甚至超越了洛克菲勒研究所本身。
19岁那年，弗莱克斯纳终于又有了一份工作——给一个药剂师洗瓶子。在工作间有一个显微镜，药剂师禁止他去碰，但弗莱克斯纳不予理会。他讨厌一切单调乏味和循规蹈矩的事情，而显微镜展现给他的东西则不然。
在这两个方面中，其一涉及整个医学教育改革的完成。霍普金斯的例子已经促使不少一流的医学院加快改革的步伐，但仍有很多医学院不为所动，它们不久后得到了惨痛的教训。
但他真的拿到了医学学位。在弟弟亚伯拉罕（Abraham）从霍普金斯毕业后，西蒙把自己的一些显微镜观察报告送给韦尔奇，紧接着也进入了霍普金斯。
白喉是最致命的儿童疾病之一，通常令患者窒息而死——长出膜而封闭了呼吸道。在西班牙，这种病被称为el garrotillo——“扼杀者”。
1889年，巴斯德的弟子鲁（Emile Roux）和耶尔森（Alexandre Yersin）在肉汤中培养出大量的白喉杆菌，然后利用压缩空气让肉汤通过一个素瓷（无釉瓷器）过滤器［过滤器由钱伯兰（Charles Chamberland）设计，他是一名与巴斯德一起工作的物理学家。过滤器虽然只是一个工具，但被证明是极其重要的］。细菌和固体均不能通过这个瓷过滤器，只有液体可以。消毒后的滤出液体仍能致病，这就证明罪魁祸首是一种可溶性的毒素。
与此同时，美国密歇根大学的生理学家休厄尔（Henry Sewall）则在研究蛇毒，其化学性质与很多细菌毒素类似。1887年他接种了一些鸽子，使其免遭响尾蛇毒素的侵害。
然而，弗莱克斯纳具有更大的野心。他自己的工作中有韦尔奇所不具备的东西：提出一个大问题并架构其解决方法的能力。当他认为某个研究者的工作具有原创性，会成为研究所的资产时，他就给予全力支持。他就是这样资助了两位诺贝尔奖获得者［卡雷尔（Alexis Carrel）和兰德施泰纳（Karl Landsteiner）］的工作，而且都是在前期稍有苗头的时候就开始了。当然，他也给予一些年轻的科学家探索的自由，也提供支持，尽管他们还没有取得成绩。例如劳斯，他在霍普金斯读完本科并取得医学学位，在致癌病毒方面的发现能够冲刺诺贝尔奖，只是这项1911年的发现直到1966年才获此殊荣。劳斯一开始总被人嘲笑，而最初的验证工作也花了很长时间，但最终得到了肯定。弗莱克斯纳在整个过程中一直支持他。里弗斯（Thomas Rivers）是洛克菲勒研究所里另一个由霍普金斯训练出来的科学家，他定义了病毒和细菌之间的差异，后来他回忆说：“我不是说弗莱克斯纳不强硬或不冷酷——相信我，他是这样的——但他也与人为善。”
但是，与韦尔奇先前在霍普金斯营造的令人舒适的、修道院式的气氛相比，弗莱克斯纳则把洛克菲勒研究所变成了一个尖锐、急躁、冷酷的地方。人们给那些具有疾病免疫力的马放血以收集血清，最后要对这些马进行处理时，弗莱克斯纳考虑的不是将它们放归自然。他只想着要么把它们“卖给屠宰场去宰杀，要么产生更多的抗血清血样，反正就是要牺牲掉它们”——为了得到最后一滴血清，可以不惜令它们流血至死。他轻易开除任何人，只要他认为某人“没有创造力”，就会马上免除其职务。研究所最恐怖的房间就是弗莱克斯纳的办公室。他非常不近人情，以至于几个著名的科学家都害怕他。甚至在弗莱克斯纳的纪念会上，一位诺贝尔奖获得者还说道：“较之研究所的利益，个人在弗莱克斯纳博士眼里是一文不值的。”
较之另两个方面，韦尔奇知人善任的能力——或者将之用于解决一些麻烦事，如废除了反对活体解剖的法律（该立法禁止将动物作为实验样本从而削弱了医学研究）——则显得微不足道。
如果鸽子可以接种免疫，人类似乎也应该可以。和研究霍乱时的情景一样，法国和德国的科学家开始相互竞争，在休厄尔和法、德两国科学家科研进展的基础上，他们对白喉和破伤风进行研究。1890年12月，科赫的学生贝林（Emil Behring，此人后来获得了诺贝尔奖）和北里柴三郎（Shibasaburo Kitasato）报道，将对破伤风免疫的动物血清（把血液中所有固体成分去除后留下的液体）注射给不同的动物，它们同样对破伤风产生免疫力。
美国医学教育亟待一场革命。当霍普金斯医学院于1893年成立时，大部分美国医学院依然没有与教学医院或大学建立任何联系，大部分教授的工资依然来源于学生的学费，而学生们依然是直至毕业都没接触过任何病人。因此，韦尔奇毫不夸张地说，除了霍普金斯医学院外，没有一个美国的“医学院将是否具备进入名校前所必备的知识和方法作为录取准则。……有些医学院则根本不要求提供接受过预备教育的证明”。
弗莱克斯纳从未丧失过韧性，但棱角却被磨平了。他娶了一个足够优秀的太太，伯特兰·罗素（Bertrand Russell，他曾给她寄了60封信）都曾为之倾倒，其姐姐是玛尔学院的创始人。弗莱克斯纳还与著名法学家汉德（Learned Hand）成了好朋友。他在洛克菲勒研究所站稳了脚跟。
最后，弗莱克斯纳相信开放思路是有益的。他欢迎学术争执，期待科学家们互相切磋并相互影响，希望研究所富有生命力。对于弗莱克斯纳来说，午餐间跟实验室同样重要，不同科学领域的同事可以在此交流思想，各抒己见。“劳斯是一个出色的演说家，还有洛布（Jacques Loeb）和卡雷尔。”当时还是初级研究员的海德尔伯格（Michael Heidelberger）回忆说。虽然劳斯和卡雷尔获得了诺贝尔奖，但可能洛布才是最具煽动性的。“这些会议有时真是非比寻常，大量的灵感由此产生。”
他的这番评论不是开战宣言，而是胜利之歌。医学科学已经发展到不仅能预防，而且能治愈原先非常恐怖并导致病人大量死亡的疾病了。
相反，霍普金斯医学院是通过自身而不是学生的学费来支付教员薪水的，它不仅要求学生有大学学位，还要求他们会流利的法文和德文，并且具有文理科知识背景。的确，这些要求如此严格，以至于韦尔奇和奥斯勒担心，霍普金斯会令学生们望而却步。
如果说法国和德国科学家发现了抗毒素，那么，美国纽约市卫生局实验部主任帕克（William Park）及副主任安娜·威廉斯（Anna Williams，可能是全美国甚至全世界最杰出的女细菌学家）则改造了它，使发达国家的每一个医生都很容易地得到它。这是一对古怪的组合：帕克想法独到，富于创造性思维但又沉静得近乎冷漠，思维极其清晰而有条理；威廉斯则热情奔放，敢于冒险，极富好奇心，是那种想急切拆开新发明看看其如何工作的人。但他们配合得天衣无缝。
霍普金斯对医学界影响巨大。它成立半个世纪后，在1926年版《美国科学家》（American Men of Science）列出的1000位科学明星中，有243位拥有霍普金斯的学位，位列其次的哈佛是190位。甚至哈佛校长查尔斯·艾略特也承认，哈佛的研究生院“一开始发展不力”，“霍普金斯树立榜样后才开始发展壮大……事实上全国其他大学的真实情况也都和哈佛差不多”。
所有的这些进展都是传染病预防，还没有医生能够治愈因患传染病而生命垂危的病人。这一状况亟待改变。
当时，公共卫生检测包括霍乱和伤寒。在德国，菲佛（Richard Pfeiffer）——科赫的得意门生——和科勒（Wilhelm Kolle）给两个志愿者免疫接种加热灭活的伤寒杆菌。英国的阿姆洛斯·赖特爵士（Sir Almroth Wright）则推进了这项工作并研制出一种伤寒疫苗。
在病人护理方面，霍普金斯的影响力也不相上下。就像所有的医学院一样，霍普金斯的大部分毕业生都当上了执业医生。在霍普金斯成立后的35年间，其毕业生中10%以上成了正教授，还有很多年轻的毕业生也正朝此方向努力。他们中的许多人将其他大学的医学院进行了整体转型——如哈佛的库恩斯曼和库辛、哥伦比亚大学的麦克卡伦（William MacCallum）、华盛顿大学的奥佩（Eugene Opie）、耶鲁大学的温特尼茨（Milton Winternitz），以及罗切斯特大学的诺贝尔奖获得者惠普尔（George Whipple）等。
后来在一次美国医生协会（这是为鼓励医学科学而创建的一个协会）的会议上，韦尔奇在主题发言中提到：“治疗血清的发现完全是实验工作的结果，而不是意外所得。发现的每个步骤都有迹可循，每一步都有一个明确的目标，解决一个明确的问题。这些研究及所导致的发现开创了医学史上的新纪元。”
接下去的几年间，人们一直在继续这种尝试。1894年，巴斯德研究所的鲁在布达佩斯举行的国际卫生大会上，宣读了他关于白喉抗毒素血清的实验总结论文。
韦尔奇谢绝了担任新研究所负责人的邀请，但他承担了其创办的所有工作，同时担任研究所董事会和学术委员会的主席。学术委员会包括韦尔奇的老朋友普鲁登，韦尔奇从前的学生、现为杰出科学家的霍尔特和赫脱，还有哈佛的西奥博尔德·史密斯（Theobald Smith）。史密斯是当时世界上细菌学的领头人之一，韦尔奇曾考虑其为研究所所长的第一人选，但由于他的大量研究侧重于动物疾病（如研究猪瘟疫苗），研究所则希望找一个对人类疾病感兴趣的科学主管而未果。
当时欧洲的研究所要么致力于传染病研究，要么就是让巴斯德、科赫和埃尔利希这样的人自由探索。洛克菲勒研究所则把医学本身看作一个领域，从它建立的第一天起，科学家们在研究传染病的同时，也开展关于器官移植等外科方面的基础研究，建立病毒与癌症间的联系，以及发展血液贮存的方法等。
最终，弗莱克斯纳把脑膜炎（最常见的是细菌性脑膜炎）感染病人的死亡率下降到18%。而根据最近的《新英格兰医学杂志》的一项研究，目前在麻省总医院（世界上最好的医院之一）接受抗生素治疗的病人，患脑膜炎而死亡的仍然有25%。
他突然开窍了，开始着了魔似地发愤图强。他仅用一年时间就修完了路易斯维尔药学院两年的学业，并赢得了颁给最优生的金质勋章。他开始为兄长雅各布（Jacob）工作，雅各布也是一位拥有显微镜的药剂师。现在，西蒙再也不用偷偷摸摸地使用显微镜了。他同时还在一个医学院上夜校。他后来回忆道：“我从未给人做过体检，也没听到过心肺的声音。”
对洛克菲勒研究所而言，脑膜炎似乎是一场特殊的挑战。洛克菲勒本人和盖茨要的是结果，而弗莱克斯纳要的是如何得到这个结果。
结果就是一台宣传机器。一些备受尊敬的研究者挖苦研究所的所为，如同一位本所的研究者所说，“频繁地将不重要的事物大肆宣传成天才般的工作”，只因为“宣传研究所的欲望在推动着管理者和领导们”。
