霍普金斯大学是严厉的，它的严苛程度在美国任何一个学校前所未闻。
1628年，哈维（Harvey）描绘了血液的循环途径，这也许是一项最重大的医学成就——当然也是至19世纪末医学史上最重大的成就。欧洲进入了智慧激荡的时期。半个世纪后，牛顿（Newton）革新了物理学和数学。而与牛顿同时代的一位医生——洛克（John Locke），则强调要从实践中获得知识。1753年，林德（James Lind）在英国船员身上进行了历史上第一次对照实验，结果证明吃酸橙（lime）可以预防败血症。自此以后，英国佬就被称为“limey”。在这次实验后，休谟（David Hume）遵循洛克的路线，发起了一场“经验论”运动。与其同时代的亨特（John Hunter）在外科学上开展了杰出的研究，将其从如理发般的低级手艺中提升上来。亨特还进行了一些模式科学实验，其中一些是在他自己身上进行的，他曾经用一例淋病病人的脓液侵染自己以验证假说。
在法国，巴斯德写道：“我就站在谜底的旁边，神秘面纱即将揭开。”
就在这次宣言发表后不久，一个从哈佛新毕业的医生因为不知道吗啡的致死剂量而接连导致三个病人丧命。即使出了这样的特大丑闻，艾略特还必须强行压制抵制的教员才达成了适度的改革。外科学教授亨利·比奇洛（Henry Bigelow）是强硬派教员之一，他向哈佛董事会抗议：“（艾略特）居然打算对获取医学博士学位的学生设立笔试。我不得不告诉他，他对哈佛医学院学生的情况毫不了解。他们中有一半以上几乎不会写字。毫无疑问，他们没有通过笔试的可能……没有一个医学院愿意将大量现有课程和巨额收入作赌注，以引入更多的严苛标准。”
希波克拉底还奚落，外科手术是对自然进程的打扰和干涉；而且，他将其视为纯粹的机械技巧。对医生这个更需要智力的行业来说，外科的地位是低下的。这种在智力上自视甚高的态度在西方医生中至少存在了2000年。
要在生物学中使用逻辑，就必须从一个给定的起点出发来加以运用，并要遵循这个游戏中现存的规则。这就是齐拉不得不爬出浴缸去找寻事实的原因所在。
这个回答不单单涉及学术探讨，它还影响了一个社会对自身的管理手段，影响了社会的结构及其公民的生活方式。如果一个社会将歌德所说的“言”看得至高无上，如果一个社会相信自己掌握真理并且无须怀疑自己的信仰，那么这个社会更容易固守刻板的法令，而不太会发生变革。但如果它为质疑真理留有空间，那么它就更有可能变得自由开放。
第一次世界大战前，那些受过霍普金斯大学直接或间接培养的人已在肺炎（一种称作“死神之首”的疾病）研究领域中一马当先，他们已能在某些病例中预防或者治疗肺炎了。
盖仑的著作被翻译成阿拉伯文，支撑起西方医学和伊斯兰医学将近1500年，没有遇到任何重大的挑战。像希波克拉底文集的撰写者一样，盖仑认为疾病实质上就是身体失衡的结果。他也认为通过调整可以恢复平衡，医生因此就可以成功地治疗疾病。如果身体里有一种毒素，那么这种毒素可以通过排泄而去除。流汗、排尿、排便和呕吐都是恢复平衡的办法。这种信念导致医生向病人推荐强效的泻药和其他一些泻剂，以及芥末膏药和其他对身体有害的处方（它们可以令皮肤起水疱，所以在理论上可以帮助恢复平衡）。几个世纪以来的医学实践中最为持久的一个就是给病人放血——尽管这是现代的我们所最不能理解的——它符合希波克拉底和盖仑思想完美的逻辑外延，并为两人所推崇。放血是常用来治疗各种失调的方法之一。
通常他的演讲都与进化有关，但今天这个更是意义非凡。他讲述的是知识探求的过程。霍普金斯大学有别于其他任何一所美国大学。因为它的目标几乎只瞄准研究生教育和先进科学，所以董事会为其设定的竞争对手不是哈佛或耶鲁（它们被认为不值得效仿），而是欧洲（尤其是德国）最好的学院。也许只有在美利坚这样一个甚至还在建国的国家，才能建立起这样一个仅有概念就已声名远播——甚至比它第一栋建筑的奠基都早——的学校。
董事会聘用吉尔曼担任校长，吉尔曼在同州立法机关成员发生争执后，从新组建的加州大学的校长位置上离任了。早先他曾帮助创建并领导了耶鲁的谢菲尔德科学学院，该学院和耶鲁截然不同。确实，学院创立的部分原因是耶鲁不愿意将科学纳入其课程之中。
19世纪已过大半，希波克拉底和他的大部分信徒仍然相信自然的过程不能受到干扰。各种形式的净化就是扩大和加速自然过程，而不是抵制它。因为各种伤口都会化脓，化脓就被视为治疗的一个必要过程。直到19世纪后期，医生们仍不采取任何避免化脓的措施，也不愿进行哪怕只是放脓之类的处理。相反，他们称其为“健康的脓”。
维萨里（Vesalius）解剖人的尸体并得出结论：盖仑的发现来自动物，与人体的出入很大。他的作品《人体的构造》（De humani corporis fabrica）——很可能由提香（Titian）的一个学生绘图——成为文艺复兴的一块基石。
1798年，亨特的学生琴纳（Edward Jenner）——亨特曾经告诉他“不要想，去试”——公开了他的工作。当琴纳还是一名年轻的医科生时，曾听挤奶工说过：“因为我有牛痘，所以不会得天花。”牛痘与天花极其相似，所以感染牛痘病毒就对天花产生了免疫力。但牛痘本身极少会发展成严重的疾病。（引发牛痘的病毒被称为“痘病毒”，其名字来自“种痘”。）
他们的故事是从一个人开始的。
在距希波克拉底时代2200年、距盖仑时代1600年后的费城，精神疾病方面的先驱、《独立宣言》（The Declaration of Independence）的签署人之一、美国最著名的医生——拉什（Benjamin Rush），仍然在应用推理和观察构建“一个比以前更为简单而且持久的医学系统”。
今天提醒人们医学体系接受放血观点的是一本英国期刊的名称——《柳叶刀》（The Lancet，一份世界顶尖的医学期刊）。柳叶刀就是医生用来切开病人血管的器械。
然而，这场运动仍然受到同时代人的抨击。某个具有代表性的批评家控诉道：“从此观点出发的医学实践是彻头彻尾的经验主义，是缺乏理性引导的行为，是最为低级的实验观察和零碎事实。”
最后，伴随血液的流失会产生一种欣快的感觉。这更有力地支持了放血理论。所以放血不仅使希波克拉底和盖仑系统在逻辑上具有意义，而且有些时候还在医生和病人的心理上起到积极强化作用。
我们不能因为缺乏进展而责备宗教或迷信。至少在公元前500年，西方医学在很大程度上就已经不再受宗教约束了。当希波克拉底医派——希波克拉底文集由各种不同的人写就——管理神殿并接受疾病的多元化解释之后，他们就向着实质性解释努力前进着。
当科学不仅仅致力于回答“我能知道什么”，更重要的是改变其研究方法并改变“我如何得知”的答案时，现代科学尤其是现代医学的革命开始了。
1918年以前，美国战火连连，不仅国家依赖那些大部分（尽管必然但非全然）由霍普金斯大学相关人士实施的变革；军方也将这些人组成了一支特殊力量，他们专注而训练有素，准备痛击敌人。
医生和病人希望医疗方法可以加大加快疾病的自然发展和自然康复的过程，而不是阻碍这种过程。一些含有有毒物质（如汞、砷、锑和碘）的处方会使身体状态发生改变。设计用来使身体起水疱的疗法，以及设计用来发汗和呕吐的疗法都是为了这个目的。一个医生在碰到一例胸膜炎病例时，他给病人樟脑，并且在记录这个病例时称“充分的排汗使病情骤然减轻”。他相信，他的方法治愈了病人。
而“为什么”这个问题对于科学来说却过分深奥。科学认为自己只能研究事物是“怎样”发生的。
如果医学的第一谬误是不通过实验而探索自然现象，单靠观察以及对观察结果进行推理而得出结论（事实上，这个谬误持续了2000年没有遇到挑战，但在接下来的区区300年间就被逐渐瓦解），那么，这个谬误将——最终——被修正。
外行人对医学也失去了信心，不愿再接受“英勇医疗”的折腾。由于在传统医学上发展起来的新知识尚未带来新疗法，一些号称能与疾病对抗的方法和治疗方式开始冒出来。这些理论中有些是伪科学，有些对科学的贡献就和宗教派别所给予的一样少。
即使医生们看到病人因放血而变得虚弱，他们也仍然认为这种虚弱是有利的。一个病人因发热而面色通红，那么按照逻辑来说，如果放血可以减轻症状——令病人变得苍白，那么放血就是好的治疗方法。使病人苍白下来就说明这种方法生效了。
当时国家正处于战火之中，一如既往；事实上它同时陷入了几场战争，而且每场都有好几条战线，战火随着近代美国的错误路线不断蔓延。
认为路易斯以及后来成为“数值系统”的事物产生了巨大影响并非谬赞。因为诸如听诊器、喉镜、检眼镜、体温和血压的测量方法以及人体器官研究等方面的进展，都令病人和医生间产生了距离，同时也使病人远离了疾病——它们令人性客观化了。即便有比福柯（Michel Foucault）更有地位的人出面，谴责这场巴黎运动为把人体贬为物体的始作俑者，推动医学前行的步伐依然未曾停歇。
人们开始认识到，疾病是侵入身体实质部分的事物，是一个独立的实体，而不是血液中的扰乱物。这为革命的到来迈出了坚实的第一步。
塞缪尔·汤姆森（Samuel Thomson）是美国一项运动的发起人，该运动以他的名字命名并在内战前传播甚广。他认为医学很简单，人人都能理解，所以任何人都可以成为医生。他的运动团体出版物提出：“希望那样的时代快点到来——男人和女人可以当他们自己的牧师、医生和律师。而自治政府、平等人权和道德哲学将取代各类同业公会。”他的系统采用“植物”疗法，他还斥责道：“医疗技术几乎全部由错误的理论和假说构成。”
他们的计划在许多方面看来都具有彻头彻尾的美国式野心：在白手起家的基础上还要变革。让人难以理解的是，他们将新学校定址在巴尔的摩这个脏乱的工业港口城市。与费城、波士顿或纽约不同，巴尔的摩没有因袭的慈善事业，没有能起领导作用的社会精英，当然，也没有任何口耳相传的思想。即使是巴尔的摩的建筑，看上去也很压抑，成排的房子连成长线，每幢仅三步之遥，拥堵着街道，或者说，近乎没有街道——巴尔的摩的人就像是生活在屋内、后院和天井中。
然而，真正使现代医学从经典医学中分离出来的，是路易斯等人对病理解剖学的研究。路易斯不仅将治疗方式同结果相联系，以期得到一个关于疗效的结论（他认为给病人放血并不是有效的治疗方法）；他还和其他人一起进行尸体解剖，以寻找器官状况与症状的联系；比较患病器官与健康器官的差异，并对其功能进行细致研究。
其他疗法在某种意义上也达到了它们的原始意图。直到19世纪中叶——美国的南北战争彻底结束之后，大部分医生和病人仍然将身体视为一个相互依存的整体，仍然将一种明确的症状视为整个身体失衡、失调的结果，仍然主要将疾病看作存在于身体内部并且是其自己产生的某种东西。正如历史学家查尔斯·罗森堡（Charles Rosenberg）指出的，尽管人们已经知道了天花的临床病程，并且清楚牛痘可以预防它，但天花依旧被当做身体系统疾病的表现。从脊椎指压疗法的“半脱位”到中医的“阴阳”，这些希波克拉底—盖仑模型之外的医学传统也将疾病视为全身失衡的结果。
1876年9月12日，巴尔的摩音乐学院的礼堂中座无虚席，人们满怀希望、心潮澎湃，却又谨慎持重。尽管与会者中不寻常地出现一些女士，她们大多来自当地上流社会，但还是有记者描述道：“这里却不见衣香鬓影。”这次集会的目的非常严肃，那就是庆祝霍普金斯大学的创立。这所大学的领导者不仅想创办一所新的大学，而且想改变整个美国教育。事实上，他们的目光更为深远，他们计划改变美国人认识和改造自然的途径。大会的主要发言人——英国科学家赫胥黎（Thomas H. Huxley），正是这个目标的代言人。
既然单凭推理就能够解决数学问题，既然牛顿靠思考就在物理学中走通了一条路，那为什么人们不能推理出身体的运作机制呢？为什么单单使用推理方法在医学上就失败得如此彻底呢？
他的发现令人震惊并受到瞩目，而且有助于形成一个关于疾病的新概念：具有自身特点并且客观存在的事物。17世纪初，西登哈姆（Thomas Sydenham）着手为疾病分类，但他及他的大多数追随者同希波克拉底和盖仑的观点一致，依然认为疾病是人体失调所致。现在，一门新的“疾病分类学”正逐渐形成，重新对疾病进行分类和编目。
这个假说是有意义的，它与观察一致，可以解释很多症状。例如，它可以解释咳嗽是由黏液流进胸腔引起的。人们咳出黏液的事实的确可以支持这个结论。
在这个广阔世界中，领军的是德国人。部分原因是选择使用显微镜的法国人比德国人要少，另一部分原因是19世纪中叶时，法国的医生普遍对做实验或设计一些探索甚至操纵自然的条件等缺乏兴趣。［法国两位长于做实验的科学巨匠巴斯德和伯尔纳（Claude Bernard）都不在医学院任职，这并不是巧合。与亨特给琴纳的建议异曲同工，生理学家伯尔纳曾对一名美国学生说：“为什么要思考？彻底实验后再行思考。”］
因此，不同于逻辑的有条不紊，生物学的结果通常是凌乱无序的。这好比建造一间节能农舍。如果是新造一座，那么逻辑可以帮助我们在心里考量具体建材的使用、门窗的设计，也许还有屋顶上的太阳能板等等。但如果想让一间18世纪的农舍具备节能的功用，就得竭尽全力去改造它。我们按逻辑在现有的农舍上做进一步的加工——封堵填塞、绝缘隔热、安置新火炉或者热泵。这间旧农舍将（可能）是我们在已有基础上建造出的最好的一间，但它依然是不完美的，比如在窗子的尺寸上，天花板的高度上，建材的选择上……这和建造一间专门为了达到最佳节能效果而设计的新农舍毕竟不同。
盖仑并不仅仅被动地观察。他虽然没有解剖人体，但解剖了动物。而且，作为角斗士的医生，他可以通过角斗士的伤口了解皮肤之下身体深处的构造。因此，他所掌握的解剖学知识已经远远超过了他的前辈。但他主要还是一个理论家、一个逻辑学家，他整理了希波克拉底的工作体系，使之通顺有条理，原因很清楚——如果一个人认可了他的前提，那么其结论就是必然的了。盖仑使体液理论在逻辑上更加完善，甚至更加简练。据历史学家纽顿（Vivian Nutton）记载，盖仑真正将理论上升到概念水平，将“气质”与身体里的体液区分开来，并且使它们变成了不可见的实体而“只能用逻辑识别”。
这个典礼上有一个重要的词确实未被提及：没有一个与会者提到“上帝”这个词，或者涉及上帝。这个明显的疏忽使那些担忧和抵制机械无神论的人心生反感。因为那是一个神学当道的时期：当时的美国大学中有近200个神学教席，而医学的才不到5个。当时的杜尔大学校长说，大量的研究和经验足以使他断言，只有宣讲福音的牧师才可以担当大学教授。
当这些思想传播开来，医生们又不能证明他们有治愈任何人的能力，而民主情绪及安德鲁·杰克逊（Andrew Jackson）的反精英论席卷全美时，美国的医学就像前线一样，乱哄哄但又极民主。英国在18世纪就已经放宽了颁发医生执照的标准。现在，很多州的立法机构已经与医生执照审批完全无关了。为什么必须要有执业要求呢？医生知道任何事吗？他们能治愈什么人呢？1846年的一位评论员这么写道：“没有比常规医学更厉害的上层垄断了——也没有比之更大的欺骗了。”在英国，“教授”这一头衔授予那些在大学担任要职的人，即使在亨特将科学引入外科学后，外科医生也只称为“先生”。可在美国，任何人都可以自封为“教授”或“医生”。到1900年，美国有41个州给药剂师颁发执照，有35个州给牙医颁发执照，而只有34个州给医生颁发执照。1858年，一个颇具代表性的医学期刊撰文质问：“我们该把美国大众所尊敬的医生职业受贬的原因归咎何处？”
一种解释是，希波克拉底理论和盖仑理论提供的医疗体系确实达到了人们期望的效果。这些医疗体系似乎很有效，所以希波克拉底—盖仑模型被应用了那么长时间，这不仅因为它逻辑上一致，还因为它好像很有疗效。
然而，一个病人的好转并不能证明一种疗法的有效性。1889年版的《默克诊疗手册》（Merck Manual of Medical Information）推荐了100种治疗支气管炎的方法，每一种都有其忠实的拥护者，但是该手册当今的编者认为“这些方法没有一种是有效的”。该手册还推荐了晕船的治疗方法——服用香槟酒、番木鳖碱和硝酸甘油。
科学中最重要的两个问题是：“我能知道什么？”（What can I know?）和“我如何得知？”（How can I know it?）。
“他的声音低沉、清晰而独特，”一位听众这样描述，“听众们仔细聆听着报告者唇边流出的每一个字，不时报以赞许的掌声。”而另一位说：“赫胥黎教授用了缓慢、精确而清晰的方式，以智慧和才能捍卫着自己的立场。他不会胡乱发表意见，而是采取研究和缜密调查所用的深思熟虑的方式。”
霍普金斯大学创办于1876年，直至1893年才创办医学院。但医学院所取得的成功如此辉煌而迅速，令美国医学科学在第一次世界大战爆发前，很快就赶上了欧洲，并且大有超越的趋势。
管理者之所以作出这样的决定，是因为美国还没有这样一所大学，也正是因为他们在做了类似于市场调查的研究后认识到了需求所在。一名董事会成员之后解释说：“这个国家的年轻人强烈渴求能学到大学和科学院校的普通课程以外的知识。最有力的证据就是参加德国大学讲座的美国学生人数在不断增长。”管理者决定走高品质路线。他们只打算聘用声名显赫的教授并提供高级研习的机会。
许多美国医生被欧洲实验室的进步所吸引，他们前往欧洲学习。可他们归国后，几乎全无用武之地。在美国，无一例外，没有一家机构会资助医学研究——无论是什么样的医学研究。
单靠逻辑和观察为何无法促进医学发展的另一种解释是：生物学不像某些以某种逻辑形式——数学——为自然语言的学科（比如物理学），它并不需要借助于逻辑。这从著名物理学家齐拉（Leo Szilard）的抱怨中就能看出。自他从物理学转到生物学之后，就再也没有安安心心地洗过一次澡。还是物理学家时，他可以泡在浴缸的温水中思考问题，在心里盘算并进行逻辑推论；然而变成生物学家后，他不得不经常从浴缸里爬起来去找寻事实。
对于大多数宗教而言，这个问题的答案最终归结为上帝的安排。宗教的本性就是保守的，即使一个宗教推出了新的上帝，那也只是作了新的人事安排。
上午11点整，一行人走上台阶。霍普金斯大学校长吉尔曼（Daniel Coit Gilman）同赫胥黎相携，首先上台。接下来依次是地方长官、市长及其他名人。当他们就座后，观众们马上停止了窃窃私语，屏息期待着一个重大的宣言。
我能知道什么？我如何得知？
与这三人同时代的马丁·路德（Martin Luther）和哥白尼（Copernicus）改变了世界。但在医学上，帕拉塞尔苏斯、维萨里和弗拉卡斯多吕亚斯的新发现没能改变世界，医学实践并没有因为他们而发生任何改变。
不过，即使这种方法看起来同现代研究者或现代科学家的方法差不多，它还是缺少了两个极其重要的元素。
琴纳关于牛痘的工作是一个里程碑，但他并不是第一个使人们具有天花免疫力的人。在中国、印度和波斯，很久之前就有很多技术可以令孩童感染牛痘从而具有免疫力。在欧洲，至少16世纪就有非专业人员——并不是医生——划破那些未患天花的人的皮肤，将患轻度天花病人脓疱里的物质导入其中。通过这种方式染病的大多数人都会表现出轻度的天花症状，此后便对天花具有免疫力。1721年在马萨诸塞州，马瑟（Cotton Mather）接受了一个非洲奴隶的建议，尝试这种技术并且躲过了致命的传染病。但“天花接种”有时也会致命，而接种牛痘疫苗就要安全多了。
首先，希波克拉底和他的同事仅仅是观察自然，并没有探索自然。
在美国内战之前，美国医学开始缓步前行，但也只是缓步而已。而外科学却光芒四射。1846年，麻醉术在麻省总医院首次亮相，其发展对于医学来说功勋卓著。就像盖仑从罗马角斗士那里得到了许多解剖学知识一样，美国外科医生从战争中得到的知识也足够令他们领先欧洲医生一步。
事实上，在第一个关于能知道些什么的问题上，科学和宗教两者就已分道扬镳了。宗教——在某种程度上就是哲学——认为自己能够知道，或者至少论述了“为什么”这一问题。
这种混乱局面决不仅限于美国。比如德国的哈内曼（Samuel Hahnemann）发明了顺势疗法。他在1810年，也就是德国科学成为欧洲大陆主要力量前不久发表了这一观点。没有一个地方会像美国一样，任何人都能自由地质疑权威，但也没有任何一个地方会像美国那样混乱。
这次会议引起了全国的重视，包括《纽约时报》（New York Times）在内的许多报纸都派记者进行现场报道。会后，他们全文印发了赫胥黎的演讲。
战争的原因之一是扩张和种族矛盾。在达科他，卡斯特（George Armstrong Custer）的第七骑军团被抵抗白人入侵的印第安人送进了坟墓。而就在赫胥黎演说的当天，《华盛顿星报》（Washington Star）头版报道，“兵强马壮的敌军苏人”，已经完成了“一场矿工大屠杀”。
诚然，赫胥黎的演讲在120多年后读来似乎相当平淡无味，但赫胥黎和整个典礼给全国民众留下了一个深刻的印象，以至于吉尔曼花了几年的时间才慢慢摆脱其带来的影响。当然，他同时也在努力完成赫胥黎所嘉许的目标。
科学的过程——及发展——比库恩概念所表明的更为灵活。它更像一只变形虫，边缘柔和而模糊。更为重要的是方法问题。库恩的理论认识到，从一个解释到另一个解释的转变背后的推动力来自方法学，来自我们称之为科学方法的东西。但是他认为那些不断质疑的人是在检验现有的假说。事实上，无论怎样的范式，用一种方法论去探查和检验假说必然会有所进展。而没有这样一种方法论，进展纯粹是巧合而已。
与此同时，医学开始利用其他客观测量手段以及数学方法。这是前所未有的。因为希波克拉底文集作者认为，医师的判断比任何客观测量更加重要，除了逻辑，医生们总是避免在疾病研究中应用数学。19世纪20年代，温度计诞生200年之后，法国医生才开始将其投入使用。也直到此时，临床医师才开始利用一些18世纪初就已发明的方法精确测量脉搏与血压。
内战结束，美国不断有人倡导新型、简单、完整及独立的治疗体系，其中两种（脊椎指压疗法和基督科学）仍存于世。（有证据表明，刺激脊椎可以缓解肌肉与骨骼的不适，但并无证据支持脊椎指压疗法所宣称的疾病是由于脊椎骨未对准而引起的这种论调。）
按照库恩的理论，主流范式将会冻结科学的发展，它间接地通过制造思想障碍而使人们失去创造性，或者直接阻碍科学的发展（比如阻碍了对新观点、特别是与范式相抵触的新观点的研究资金的投入）。他说，尽管如此，研究者们最终还是能够发现他们称之为“异常事物”的与范式不符的现象。每一项“异常事物”都能侵蚀范式的基石，当积累到足以破坏它时，范式就土崩瓦解了。科学家们随后会想方设法推出一个既能解释旧现象又能解释新发现的新范式。
当一个疗法明显无效时，医生和病人间错综复杂的——亲密无间的——关系开始发挥作用，双方都投入了感情。从希波克拉底时代到今天，有一个真理恒久未变：当面对一个绝望的病人时，医生常常是无心做任何事；或者更准确地说，他们想做的太多了以至于什么都做不成。于是这个同病人一般绝望的医生会尝试任何方法，包括那些他们自己知道无效但也无害的方法。至少，病人可以从中得到些许安慰。
医学已经发现一些药物（比如奎宁、洋地黄以及鸦片）具备一些疗效，但是正如一名历史学家所指出的，人们总是因为药物对人体的全面功效就例行公事般将其不加选择地开进处方，而不是出于特定的治疗目的。比如奎宁，即便不是为了治疗疟疾，也总是被开入药方。因此，美国最高法院大法官的医生父亲霍姆斯（Oliver Wendell Holmes）宣称：“我确信，如果将现在所有入药的东西都丢到海底的话，对人类而言反而更好——而对鱼来说可就惨了。”这并非言过其实。
在更狭义的科学语义中，这个回答决定了个人探索自然的方式——一个人如何做科学。而且，一个人回答问题的方式，即他的方法学，与问题本身同等重要。研究方法为知识打下了基础，并往往决定着一个人的发现。换言之，一个人研究问题的方法往往决定，或者至少限制了他的答案。
其他事情则与美国有关。美国毕竟是一个崇尚实践的地方，是一个活力四射的国家，它没有耐性在白日梦上虚掷光阴。1832年，路易斯让他的得意门生之一——一个美国人——在开始一项医学实践之前，先花上几年做研究。这名学生的父亲也是位医生，名叫詹姆斯·杰克逊（James Jackson），是麻省总医院的创建者之一，他轻蔑地拒绝了路易斯的建议并申明：“在这个国家，他的课程会因为过分奇怪而在某种程度上让他和其他人之间产生隔阂。我们的职业是和人打交道……有太多事情要做而不做，他一定会被认为是一个游手好闲的人。”
从数百年前使用定量测量所引发的革命开始到1800年止，其他科学领域都已有了惊人的进展。培根和笛卡儿（Descartes）尽管在纯逻辑的有用性上持对立观点，但他们都为探索自然世界的新方法提供了哲学框架。牛顿在两人的分歧间架起了一座桥梁，运用逻辑推理同时依靠实验和观察的确认，推动了数学的发展。普里斯特利（Joseph Priestley）、卡文迪什（Henry Cavendish）以及拉瓦锡（Antoine-Laurent Lavoisier）创立了现代化学，使人们对自然世界有了深入的了解。而其中对生物学尤为重要的一个，当属拉瓦锡所揭示的燃烧的化学原理和呼吸（作用）的化学过程。
流感是一种病毒性疾病，它引发死亡的方式有两种：或者是强烈的病毒性肺炎（会令病人觉得肺部如火燎般痛苦）引发快速而直接的死亡；或者是通过解除机体防御而让细菌侵染肺部，引发一种更常见但稍慢一些的致死性细菌性肺炎。
希波克拉底文集的作者们被动地观察而主动地得出结论。他们细致地观察记录了黏液流出、月经出血、痢疾患者脱水。他们似乎观察到了静置的血液会随着时间流逝而分为几层，一层基本上透明，一层是某种黄色血清，还有一层颜色更暗。根据这些观察，他们假设人体内有四种体液，或者说“气质”（humour）：血液、黏液、胆汁和黑胆汁［这个术语今天在短语“体液免疫”（humoral immunity）中还在使用，体液免疫涉及免疫系统中的一些元素，如在血液中循环的抗体］。
在此之前，巴黎的路易斯（Pierre Louis）已经跨出了更有意义的一步。医院中有着成百上千的慈善病例等待医救，路易斯对患有相同疾病的病人施以不同的治疗方式，并通过最为基础的数学分析——其实简单如算术——将其同对应的治疗结果相关联。一名医生建立起了一个可靠而系统的数据库，这在历史上还是第一次。其实医生们可以更早完成这个数据库的，因为这样做既不需要显微镜，也用不着高超的科学技术，只要细心地做好笔记就够了。
医学史上从未有过的激动人心的时代来临了，广阔世界的大门正在打开。
经过600年的时间，医学才等来了又一次重大进步——盖仑（Galen）来了。但盖仑并没有推翻这些学说，而是把它系统化，使之得以完善。盖仑自称：“我为医学所作的贡献可媲美图拉真（Trajan）为罗马帝国修建的贯穿意大利的桥梁和道路。正是我，而且就我一个，揭示了医学的真正道路。必须承认希波克拉底已经为这条道路标出了界线……他作好了准备，而我令它成真。”
查尔斯·艾略特（Charles Eliot），一位先天缺陷导致脸一侧畸形的良好教养人士——所以他从不允许别人拍他的那一侧脸——在1869年成为哈佛的校长。在担任校长后发表的第一篇报告中，他宣告：“这个国家的整个医学教育系统需要彻底地重整。美国医学院的毕业生普遍无知和无能，但他们拿到学位后就能对社会为所欲为，一想到这就令人不寒而栗。”
这并不是说，2000年间希波克拉底文集和盖仑提供的只是些解释健康和疾病的理论构造，还有许多关于身体如何运作、疾病如何发展的概念和理论也得到了发展。希波克拉底—盖仑传统中，也有着重经验和经验主义的部分。一个与纯理论相抗衡的学派逐渐发展了起来。
投票结果已陆续产生——那时并没有统一的国家选举日，两个月后民主党的蒂尔登（Samuel Tilden）以绝对优势赢得普选，但他并未就任总统。身为共和党人的战争部长不只是口头威胁要“强行逆转”投票结果，还派遣全副武装的联邦军队在华盛顿巡逻。南方人也开始考虑重燃内战之火。国会成立了一个超宪法的特别委员会来解决这场争端，通过委员会达成的政治共识终于化解了危机。共和党除了推翻路易斯安那、佛罗里达和南卡罗来纳三州原先的选票结果外，还牢牢抓住了俄勒冈州那有争议的一票，使海斯（Rutherford B. Hayes）入主白宫。但他们必须从南方撤出所有的联邦军队，并且停止干预南方事务，让黑人可以自谋生路。
但这疏忽也如同一个宣言：霍普金斯大学将永远追求真理，无论遭遇什么艰难险阻。
作为一个外行人发起的医学运动，汤姆森主义（Thomsonism）最为流行，但并非绝无仅有，还有很多小团体在乡村兴起。一首汤姆森主义的诗概括了他们的态度：“大学成立要靠三/法律、医学、神学院/当这三者相结联/世界盲从而混乱/……一举撕开旧观念/神父、医生休掌权。”
与此同时，德国的魏尔啸（Rudolf Virchow）——他和伯尔纳都于1843年获得医学学位——创立了细胞病理学，提出了疾病始于细胞水平的概念。在德国，数量多于其他国家的杰出科学家正积极投身于用实验探索自然的工作，许多以这些科学家为首的著名实验室也逐渐建立起来。亨勒（Jacob Henle）是阐明现代病菌学说的第一人，他以“只有向自然提问，她才会作答”响应培根。
但研究自然的人并不是一直都在采用科学方法。有史料记载以来，试图解读自然世界和洞悉我们所说的科学的研究者们都仅仅依靠智慧和推理。这些研究者相信，如果他们的知识是根据一个他们认为合理的前提通过逻辑推理得出的，那么他们就能了解该事物。但反过来，他们的前提绝大部分又都是建立在观察基础上的。
1796年，他提出了一个自认为同牛顿的物理学说一样既符合逻辑又十分完美的假说。他观察到所有的发热都伴随着皮肤发红，因此认为这是由毛细血管扩张引起的，并且推论发热的直接原因是这些血管不正常的“痉挛行为”。他进一步推论，所有的发热现象都是由毛细血管紊乱引起的，而毛细血管是循环系统的一部分，因此发热与整个循环系统的高压有关。拉什建议用“减液”，比如静脉管切开术（放血）来控制这种痉挛行为，其效果将是显而易见的。
没有什么领域比对生命的研究更需要真理，美国也没有什么领域比生命科学和医学研究更落后于世界其他国家。所以特别是在这个领域，霍普金斯的影响将无法估量。
事实上，无论要构建什么都没有基础——除了金钱，另一个美国式的特性。
希波克拉底出生于公元前约460年。《论圣病》（On the Sacred Disease）是最著名的希波克拉底文集之一，也是通常被认为出自希波克拉底本人之手的一部书，该书嘲讽了将癫痫归咎于上帝之手的理论。他和他的门徒们提倡精确的观察，然后建立理论。正如文集中所阐述的：“客观记忆经过主观理解之后就形成了理论”，“但是仅仅由口头作出的结论不可能有结果”，“我赞成建立理论时将它的基础建立在事件上，根据现象推导出结论”。
的确，方法学高于一切。例如库恩（Thomas Kuhn）提出的众所周知的科学发展理论，就属于方法学。库恩赋予“范式”（paradigm）一词更广义的用法，他指出：在任何科学中，在任意给定的时间点上，某种范式（类似于共知的真理）会支配人们的思维。还有人将他的概念应用到了非科学领域。
同时，医学也通过借鉴其他科学得以进步。物理学提供的洞察力使研究者们能够记录通过神经纤维的电脉冲。化学家则分离了细胞组分。当研究者们开始使用一种神奇的新工具（19世纪30年代开始使用的装有新式消色差透镜的显微镜）时，一扇通往更广阔世界的大门即将开启。
在霍普金斯大学，吉尔曼迅速招募了一支在国际上深受尊崇——而且相互联系——的教员队伍，也迅速赢得声誉。在欧洲，赫胥黎等人将霍普金斯大学视作美国能量爆发和坦诚开放同科学不屈精神的结合体，认为其潜在力量能撼动世界。
但旧观念是冥顽不灵的。尽管琴纳在进行着他的实验，尽管由哈维和亨特得来的人体知识增长得也很快，但医学实践还是没什么改变，而且有很多医生——就算不是大多数的话——研究医学的方法仍只是推理和观察。
弗拉卡斯多吕亚斯（Fracastorius）是一位天文学家、数学家、植物学家和诗人，他提出假说，认为疾病具有特定的起因，传染病“从一物传递到另一物，它最初是因为感染了极其微小的粒子而引起的”。一位医学史家称他的工作是“从希波克拉底到巴斯德（Pasteur）时期一个他人无法逾越的高峰”。
但是，他们倡导的方法引起了一定的反响，中世纪的墨守成规几乎使所有的研究领域裹足不前，现在这种情况开始有所转变。1620年，培根（Francis Bacon）在《新工具》（Novum Organum）中抨击纯粹的逻辑推理，称“亚里士多德……纯粹受逻辑学奴役，因此致使他的理论颇具争议而且几乎无用”。他还责备：“逻辑学现在被用来支持错误，而不是帮助追寻真理，而且这些错误都建立在已被普遍接受的概念上，因而弊大于利。”
正值中年的赫胥黎中等身材，尽管他的头发已经变成了铁灰色，胡须也几乎成了白色，但仍拥有一张可以形容为“具亲和力的脸”。他看上去并不像斗士，但他具备斗士的冷酷。他的格言包括：“道德的出现就是为了彻底终结谎言。”他是一位才华横溢的科学家，后来担任英国皇家学会主席。他建议研究者“在真理前要像个小孩子一般，时刻准备放弃每一个设想。谦恭地跟随自然到它引导的任何地方及任何深不可测的事物中去，否则你什么也学不到”。他也相信学习有其目的性，并宣称：“生活的伟大目标不是知识而是行动。”
但是，就在16世纪初，至少有三个人对医学方法发出了挑战。帕拉塞尔苏斯（Paracelsus）宣称他研究自然“不是遵循旧知识，而是依靠自己对自然的观察，通过……实验和在其上的推理进行验证”。
在美国，科学正在排挤治疗学，这令一些机构丧失了支持后者的兴趣。物理学、化学和工程技术开始兴旺发达。工程师的数量爆炸般猛增——从19世纪末期的7000人增加到了第一次世界大战后的226 000人——他们还带来了不少非凡成就。工程师将炼钢从一项技术转化成了一门科学。他们发明了电报，在欧洲和美国之间铺设了海底电缆，建造洲际铁路，摩天大楼的高度节节攀升，他们发明了电话——不久后，汽车和飞机也相继出现。世界日新月异。在实验室学到的任何生物学知识都在构建着基础知识，但除了麻醉术，实验室研究只能检验当时的医学实践，而对提供其他方法来取代它束手无策。
在更宽泛的意义上，这个假说也符合希腊人认识自然的方式：他们观察到四个季节，环境的四种性质——冷、热、湿、干，四大元素——土、气、火、水。
19世纪70年代之前，欧洲的医学院要求并提供严格的科学培训，也普遍得到国家资助。而美国却恰恰相反。美国的大部分医学院是私立的，即便不是，它们也依赖学生的学费来维持日常开销，所以这些学院除了对学生支付学费的能力有所要求外，通常都没有入学标准。没有一所美国医学院允许学生进行尸体解剖或者替病人看病，医学教育一般只是两段各历时四个月的学期课程。很少有医学院同大学合作，而与医院挂钩的就更少了。即使是在哈佛这样的学校，1870年就有一名九门课程中四门不及格的学生拿到了医学博士学位。
在南方，白人民主党试图在重建时期得到“救赎”以迎接总统大选，发起了另一场更重要但同样残酷的战争。在整个南方，原美国南方同盟的“来福枪俱乐部”、“骑兵俱乐部”和“来福枪队”被组编成步兵和骑兵部队。针对共和党与黑人的一系列威胁、攻击、私刑乃至谋杀已经昭然若揭。在300名黑人在密西西比的一个县被非法杀害之后，一名男子深信，只有民主党亲口承认才能使世界确信他们的图谋，他恳求《纽约时报》：“看在上帝的份上，把民主党在大陪审团面前做出的证词刊登出来吧。”
从科学的角度看，琴纳最重要的贡献是他严格的方法论。他在谈到自己的发现时说：“在向外界公布之前，我已经确认它的基石是不可动摇的。”
这种对逻辑的依赖与人类想以更广泛、更深入的方式认识整个世界的野心形影不离，而这种依赖实际上给科学，特别是给医学强加了一道翳障。具有讽刺意味的是，纯粹理性变成了进步最大的敌人。在漫长的2500年里，医生给予病人的实际治疗方法几乎没有任何进步。
赫胥黎言行一致，成为一名人类理性信仰的传道士。到1876年，他已经成为世界上最早的进化论及科学的倡导者。确实，孟肯（H. L. Mencken）说过：“正是他——而不是其他任何人——造成了人们思想上的巨大转变，这种转变是19世纪的里程碑。”当时，吉尔曼校长作了一个简要介绍，随后赫胥黎教授开始演说。
无法对自然进行探索在某种程度上是可以理解的。人体解剖在当时不可想象。但希波克拉底文集的作者们并没有检验他们的结论和理论。一个理论必须作出一个有用的或科学的假设——最终它必须这样陈述：如果这样，就会那样。而且，对这个假设进行检验是现代方法学最重要的一个方面。一旦这个假设被验证，它一定会引出另一个有待检验的假设，就这样循环往复而永无止境。
事实上，生物学就是混沌的。生物系统并非逻辑的产物，而是进化所致，而进化是一个不太讲究精准的过程。生命并不会选择逻辑上最佳的设计来迎合新环境，而只在已然存在的基础上进行调整。人类基因组中的绝大部分区域包含“保守的”基因，这些保守基因与那些存在于更为简单的物种中的基因本质上相同。进化是建立在现有基础之上的。
他的演讲产生了影响，同时也反映出医学陷入的混乱局面及其从业者所遭受的挫败。医生们一边放弃了几年前还在采用的方法，一边又由于不确定某个疗法是否有用而不愿有所作为。19世纪初，在美国费城，拉什提倡大规模的放血治疗，获得了一片叫好声。而1862年对费城的一项研究表明，在超过9502个病例中，医生“只在某一种情况下”为病人切开血管放血。
19世纪50年代，斯诺和巴德在得出各自结论时，并没有用到科学知识和实验室结果，在当时，疾病的病菌学说尚未被提出。就像路易斯的研究证明了放血疗法在绝大多数情况下不但无效而且更糟一样，斯诺和巴德的工作其实在一个世纪甚至1000年前就能进行了。但他们的工作反映了一种新的世界观、新的研究方式、新的方法论以及将数学作为分析工具的新应用。
1873年，霍普金斯（John Hopkins）去世，身后留下了一笔用以创办一所大学和医院的价值350万美元的财产。对那个时代和一所大学而言，没有比这更好的礼物了。普林斯顿大学图书馆的藏书在那时只有紧巴巴的一丁点——而图书馆每周也只开放一小时。哥伦比亚大学稍微好一点：图书馆每天下午开放两小时，但新生若没有特别的允许不得入内。哈佛大学的教授只有一成拥有博士学位。
为了向霍普金斯大学的创立以及创立者的远见卓识表达敬意，为了劝导大家转投这个新理念，赫胥黎来到了美国。
尽管如此，除了在霍乱和伤寒上的发现——即使这些也是慢慢才被接受的，新的科学知识中只有很少一部分转化成治疗或者预防疾病的手段。它们中的大部分虽被发现但没被弄清楚。例如，1868年，一名瑞士研究员从细胞核中分离出了脱氧核糖核酸（DNA），但对它的功能却一无所知。直到3/4个世纪之后，在一些与1918年大流感直接相关的研究结论中，才有人推测——也仅仅是推测而非证明——DNA可能携带有遗传信息。
霍普金斯的财产受托人是贵格教徒，他们行事审慎但也果敢。同哈佛校长艾略特、耶鲁校长安杰尔（James Burril Angell）和康奈尔校长安德鲁·D·怀特（Andrew D. White）给出的建议相左，他们决定效仿那些著名的德国大学来建设霍普金斯大学，使之成为沉醉于创造新知识的人的乐园，而不仅仅是一个教授已知事物的地方。
一位癌症专家承认：“事实上，我自己也做同样的事。如果我治疗一位泪流满面、无比绝望的病人，我会给他低剂量的α-干扰素，尽管我不相信它能治愈病人，但它没有副作用，而且能给病人带来希望。”
然而，就传染病和其他疾病而言，医生们还是继续使用会引起水疱的芥末膏药，还有砒霜、水银以及其他毒药。有太多的医生坚持他们对崇高的哲学系统的忠诚，而内战也表明法国对美国医学的影响甚微。欧洲的医学院会教导医生如何使用温度计、听诊器以及眼底镜，但美国人却很少使用这些器具。美国最大的联邦军队中只有6支温度计。美国人仍然采用在伤口上撒鸦片粉的方式来减轻痛楚，而不用注射器注射鸦片。当联邦军医署长哈蒙德（William Hammond）取缔了一些过分强效的泻药后，他被美国医学会告上法庭并被判有罪。
19世纪，医学的变革终于开始了——并且以非凡的速度进行着。这番巨变也许是伴随法国大革命而来的。那时，法国新政府建立了后来被称为“巴黎临床学院”的学校。医学变革运动的领导者之一比夏（Xavier Bichat）解剖了器官，发现它们是由不同类型的物质分层组成的，他称这些物质为“组织”。另一位领导者雷奈克（René Laennec）则发明了听诊器。
一旦研究者开始应用类似于现代科学方法的东西，旧的假说自会土崩瓦解。
逻辑和观察之所以无法洞悉机体运作方式，并非是因为希波克拉底假说（希波克拉底所提出的范式）的效力，对此无能为力的原因是两者都无法严格检验这个假说。
正如一个曾在欧洲学习过的美国人写的那样：“在德国，我经常被问及，为什么那些在德国表现出色并显露一定天赋的人，归国之后就销声匿迹，再没有优秀成果出来了呢？答案就是：在这里，对这类工作而言，没有机会、没有伯乐、没有需求……这里的医学教育条件非常可怕。”
当然，如果希波克拉底和盖仑来到1800年，也会认可这些进展并在很大程度上同意大多数的医疗实践，但1800年的医学还停留在一位历史学家描述过的状态中——“科学的一条残臂”。
癌症还给我们提供了其他的例子。没有真正的科学证据可以证明紫锥菊对癌症有功效，但在今天的德国，它被医生作为药方广泛地开给晚期癌症病人。日本医生在治疗中给病人开安慰剂已成家常便饭。美国国立癌症研究所的科学家史蒂文·罗森堡（Steven Rosenberg）是第一位通过刺激免疫系统治疗癌症的科学家，并且领导了第一次人类基因治疗实验。他指出，多年以来，化学治疗被推荐给几乎所有的胰腺癌患者，即使事实上没有一个化疗方案被证明可以延长他们一天的生命。［在本书写作过程中研究者刚刚证明，吉西他滨（gemcitabine）可以延长生命1—2个月，但毒性很大。］
确实，今天被称为“静脉切开术”的放血疗法可以帮助治疗一些罕见的疾病，如红细胞增多症。这是一种罕见的遗传疾病，会造成人体血容量增多，或者在血液携铁过多时表现为血色素沉着症。还有更为常见的急性肺水肿，当肺部充斥液体时，放血可以缓解急性症状，而且目前仍在使用。举个例子，发生淤血性心力衰竭时，肺部过多的体液会使患者感觉非常痛苦，如果心脏最后不能将体液从肺部泵出，病人会因此送命。在这种情况下为患者放血能极大地缓解病情。于是，放血理论得到了有力的支持。
不可能用几句话归纳所有这些理论，但它们几乎都有一个共识：健康是一种稳定与平衡的状态；疾病可能是身体内部失衡的结果，也可能是外界环境（例如瘴气）影响的结果，或者是这两种因素联合作用所致。
在美国，仍有一些人在独立做研究——而且是一些出类拔萃的研究——但没有得到任何机构的支持。米切尔（S. Weir Mitchell）是美国实验生理学的领军人物，他曾说过，他惧怕任何“消磨我研究新真理的时间或动力而使我无聊到极点”的东西。在19世纪70年代，当他已在国际上享有声誉并开始用蛇毒做实验（该实验能获取有关免疫系统和抗毒素产生的直接而初步的了解）后，想申请生理学教职，却同时被宾夕法尼亚大学和杰斐逊医学院所拒，他们对研究没兴趣，也没有可用来进行教学或研究的实验室。1871年，哈佛建立了美国大学中第一个实验医学实验室，但这个实验室却窝在一个阁楼上，其资金来源于该实验室教授的父亲。同样也是在1871年，哈佛的病理解剖学教授坦承自己并不懂得如何使用显微镜。
霍普金斯大学所涉及的这场战争虽然远不那么硝烟弥漫、枪炮轰鸣，但其意义同样深远。它有助于对国家特性中的一个进行定义：这个国家在何种程度上接受或者抵制现代科学，或者退一步讲，这个国家会变得何等的世俗，抑或会保持怎样的虔诚。
赫胥黎称赞了霍普金斯大学大胆的目标，阐述了自己的教育理论——这些理论很快就被詹姆斯和杜威（John Dewey）所吸收，并且赞美霍普金斯大学的存在意味着“不管是政治还是宗教的派别，最终都不能”干涉人们对真理的追求。
尽管批评之声不断，数值系统还是慢慢赢得了人心。19世纪四五十年代的英格兰，身为流行病学家的斯诺（John Snow）开始以一种新的方式将数学应用在医学上。他对霍乱的爆发模式进行了细致入微的观察：哪些人得了霍乱，患病者住在哪里，他们的生活方式如何；健康者又住在哪里，他们又如何生活。他沿着疾病追根溯源，找到了伦敦市内一口被污染了的井。于是斯诺得出结论，是污染的水源导致了这场疾病。这是一次极为出色的侦察，也是一项出色的传染病学工作。巴德（William Budd）借用了斯诺的方法论，并迅速将之应用到伤寒的研究上。
所以具有讽刺意味的是，科学的进步实际上导致了“治疗虚无主义”。医生们渐渐不再对传统治疗手段抱有幻想，但他们也不知道能用什么来取代。响应于路易斯和其他人的发现，1835年，哈佛大学的雅各布·比奇洛（Jacob Bigelow）在一次重要演讲中提出：“具备正常判断力和丰富经验的大多数从医人员不存偏见的观点是……如果任由所有的疾病自由发展，死亡和灾祸的数量将会减少。”
他是“英勇医疗”最积极的鼓吹者之一。当然，“英勇”是对病人来说的。在19世纪早期，整个欧洲都对他的理论赞赏有加，一个伦敦医生评价拉什集“几乎史无前例的地位、睿智和判断力于一身”。
