8月27日，英国皇家海军军舰“非洲”号（Africa）驶入港口。它也需要装煤，但塞拉利昂煤炭公司的600名工人中有500人那天没有上班。船员们只得与非洲工人们一起并肩劳动，帮着装煤。船上共有779名船员。几周内，近600名船员病倒，51人死亡——这意味着全体船员的7%病亡。
罗西瑙和基根立即将这些水手隔离，并竭尽全力控制病情，他们上溯这些病人曾经接触过的人，并将这些人也隔离起来。但是，这种疾病的爆发性太强了。他们将注意力转向细菌学调查，寻找致病菌，这样他们就可以制备疫苗或者血清。他们的研究结果不尽如人意。几周后，他们开始在来自海军军舰的志愿者身上进行试验，检验是否由一种病毒引发了该疾病，这是世界范围内的第一次人体实验。
1918年6月30日，英国货船“埃克塞特城市”号（City of Exeter）在海关检疫站短暂停留后就在费城码头靠岸了。致命的疾病也随之而来，但外科主治医师、美国公共卫生部部长布卢并未发布过有关海事服务部门如何处理携带流感船只的指示。因此货船未被扣留。
1918年的大流感和其他的许多大流感一样，一波接一波地袭击人类。春季来袭的第一波导致的死亡率并不高，但第二波却是致命的。有三种假说可以解释这一现象。
哪怕是在一支试管中，仅改变环境也会产生同样的效果。有一位研究人员记录道，他正在研究的一个菌株就因为培养基从牛肉汤换成小牛肉汤而产生了致死性。
他们看似死于肺炎，但据一位宾州医科生的判断，肺炎只是并发症，他的根据是一些奇怪的症状，包括鼻出血。一份报告记录道：“人们达成的共识是，他们患上的是流感。”
换句话说，它成了一个更精于此道的杀手。
诸多关于流感大流行的历史记载都将这场致命疾病的爆发——第二波的重磅炸弹——描绘成突如其来，并在全球各个分散地同时出现，这显得不合情理。事实上，第二波是逐渐发展起来的。
8月3日，一位美国海军情报官员接到一封电报，立即为其加盖了“绝密”印章。他认为消息来源是“可靠”的，于是报告说：“我被秘密告知……现在流行于整个瑞士的疾病就是通常所说的黑死病，但对外宣称是西班牙流感。”
纽约市卫生部部长科普兰（Royal Copeland）和港口卫生官员联合发表声明，说“绝无爆发流行病的危险”，因为流感很少攻击“一个营养充足的人”。（即使他说得没错，他所在卫生部门的调研发现，城中有20%的学童营养不良。）他没有采取哪怕一丁点行动以防止感染扩散。
官员们不久就估计出，塞拉利昂因流感而亡故的人数占非洲总人口的3%，几乎所有死者都是在短短数周内死去。而近来更多的证据表明，实际死亡率极有可能要高得多——大概是这个数字的两倍，甚至更高。
200万抵法的美国士兵中，有近40%——791 000人——在布雷斯特登陆，那是一个可同时容纳多艘船只的深水港。来自世界各地的军队都在此登陆。布雷斯特像其他许多城市一样，在春季经历了一场流感的爆发，不过同别处一样，遭遇的也是一场温和的流感。7月，伴随高死亡率的流感在来自阿肯色州派克军营的一支美军后备特遣队中首度爆发。他们驻扎在一个单独的兵营中，并且爆发在初期看似不紧不慢。但事实并非如此。8月10日，就在英国军队宣布流感已经过去的当天，许多驻扎在布雷斯特的法国水手因流感和肺炎被送进了医院，人数之多令当地的海军医院人满为患而不得不关闭，病患死亡率也开始剧增。
英国皇家海军运输舰“切普斯托城堡”号（Chepstow Caste）从新西兰运送军队上前线，于8月26日、27日途经弗里敦加煤；三个星期内，船上1150人中有900人因流感病倒，死亡率达38%。
很长一段时间内，任何控制这种疾病的希望都破灭了。9月3日，一个患上流感的平民住进了波士顿市立医院。9月4日，哈佛的海军无线电通讯学院的学生也病倒了，学校所在的剑桥与波士顿仅以查尔斯河一水相隔。
在伦敦，7月8日的那个星期就有287人死于流感性肺炎，伯明翰则为126人。一名进行过几次尸体解剖的医生记录道：“肺部病变，存在复合病灶或者变异病灶，它与过去20年所解剖的上千个病例的普遍特征都极不相同。它不像是通常所见的普通支气管炎。”
8月初，一艘从法国驶往纽约的轮船上的船员遭遇了流感的猛烈袭击，照戈加斯办公室一位流行病学家的说法，“所有的水手都病得不轻，使得船不得不停靠到哈里法克斯”。直到足够多的船员康复后，他们才继续开往纽约。
一份海军公报警告公众留心8月14日、15日抵达纽约的三艘轮船：两艘来自挪威，一艘来自瑞典，船上都有流感病人。8月18日，纽约的报纸报道了“罗尚博”号（Rochambeau）和“新阿姆斯特丹”号（Nieuw Amsterdam）上的流感爆发情况，两艘船上的人都被送入了圣文森特医院。
不过，船员的情况实在骇人听闻，英国领事不得不提前安排货船停靠在一个空置的码头，码头上救护车随时待命，司机们都戴上了外科口罩。大量“奄奄一息”的船员立即被送往宾夕法尼亚医院。医院方面已为他们隔离出一个专门病房以应对传染。施滕格尔（Alfred Stengel）博士早年在竞争宾夕法尼亚大学一个炙手可热的教授职位时败给了弗莱克斯纳，不过弗莱克斯纳离开后他就接任了该职，之后他又担任了美国内科学会的主席。作为传染病方面的专家，他亲自视察了海员们的护理情况。施滕格尔甚至抛开与弗莱克斯纳之间的宿怨，找来了后者的门生刘易斯征询意见。虽然如此，船员接二连三死亡，数量与日俱增。
达韦纳每次都测定致死所需的最小血液量。他观察到细菌的毒性逐次增加，历经5只兔子之后，致死剂量从10滴血跌至0.01滴。感染到第15只兔子时，致死剂量降到了四万分之一滴。经过25只兔子之后，血液中病原体的毒性已经强到不足百万分之一滴血就足以致命了。
一种假说认为，温和型和致死型疾病是由完全不同的两种病毒所引起的。但这不太可能，许多第一波流感患者表现出了对第二波流感的显著抵抗力，这为证明致死型病毒是温和型病毒的变种提供了有力证据。
1872年，法国科学家达韦纳（C. J. Davaine）分析一个充盈大量炭疽杆菌的血样。为了测定致死剂量，他按数量梯度将血样注射到兔子体内，发现10滴能令兔子在40小时内死亡。接着他抽取这只兔子的血液注射给第二只兔子，第二只也死了。他重复这个过程，用第二只兔子的血液去感染第三只，以此类推，总共感染了5只兔子。
1918年每一次的早期致命性爆发（尽管似乎都是独立的），都像是快要沸腾时升上表面的第一个泡。火焰在哈斯克尔点燃，并且激起了第一次爆发。然后，在一个小型基地的又一次突发，令5%的所有法国新兵死亡，还有路易斯维尔、“埃克塞特城市”号上的死亡以及在瑞士的爆发。所有这些都是致命疾病的爆发，焦躁不安的水泡正要浮出水面。
致命性植根于这种病毒的遗传可能性之中，这种特殊的变异群较之其他流感病毒可能更具危害性。病毒正通过传代打磨屠刀，它令自身适应了周遭环境，在人体内的自我复制日益高效。传代，锻造了一座屠杀炼狱。
达韦纳的系列实验标志着人类第一次揭示了后来被称为“传代”的现象，这个现象反映出微生物具有改变自身以适应环境的能力。当一个具有弱致病性的微生物从一个活体动物转移到另一个活体动物身上时，复制会更加娴熟，生长和扩散也会更有效率，由此而增强了它的毒性。
报告还发现，夏季发生在美国和欧洲的“愈加严重的明显爆发，与秋季那一波混杂在一起而无法区分”。
早先时候，有一些医生坚持认为这种疾病不是流感，因为它太过温和。现在另一些人也开始质疑它是流感的可能性——不过这次的疑点是它似乎太过致命了。患者有时会面临严重缺氧而呈发绀症状——身体部分或全部变为蓝色，有时甚至蓝到发紫。
当这些工人回到家中时，他们带回去的不只是报酬。不久，流感通过这些装煤工扩散开来。这可不再是那种温和的流感了。8月24日，两个当地人死于肺炎，还有许多人病倒。
到那时，病毒已经在人体内经历了许多次传代，甚至在医学杂志尚在对这种疾病的温和性质交口评论时，世界各地已遍布预示它将恶性爆发的种种迹象。
8月12日，挪威货轮“伯根斯佛尔德”号（Bergensfjord）抵达布鲁克林，之前已海葬了死于流感的4人，而船上仍有200人身染流感，救护车将其中大部分人送进了医院。
水手们遇到了救星。基根后来成为内布拉斯加医学院院长。罗西瑙是当时的天才之一，他强壮结实，脖子粗粗的，看起来咄咄逼人、信心十足，给人以摔跤选手俯视对手的感觉。但他一向都彬彬有礼、乐于助人，人们都喜欢在他手下工作。他是创办美国公共卫生部卫生学实验室的最初推动者，后来又担任美国细菌学家协会会长，以撰写教科书《预防医学与卫生学》（Preventive Medicine and Hygiene）而闻名遐迩，这本书被誉作陆军和海军卫生官员的《圣经》。就在几个星期前，罗西瑙还与韦尔奇、戈加斯以及沃恩一起讨论如何预防和控制新的流行病。
1918年的所有传染病都是令人恐惧的。美国人已经意识到，“西班牙流感”已经严重到足以拖延德军的进攻。有流言说这些船员也是死于西班牙流感，全城人心惶惶。控制战争宣传机器的人不希望任何有损士气的新闻出现。有两名医生斩钉截铁地向报纸声明，这些人并非死于流感。他们隐瞒了真相。
伯内特因研究免疫系统而获得了诺贝尔奖，然而流感研究（包括流感的流行病学史）却占据了他科研生涯的大部分时间。当传代使一个流感病毒从温和型转变为致命型时，他注意到了个中原因。一艘运载流感病人的船曾在格陵兰东部一块独立的殖民地停驻过。在这艘船离开两个月后，一场严重的流感在该地爆发了，死亡率为10%。伯内特“确定这场流行病主要是病毒性流感”，并推断病毒在未适应新种群前以温和的形式传代（他估计病毒在人群中传递了15—20次），然后变成了剧毒而致命的形式。
在关于1918年大流感流行的研究报告中，伯内特总结道，到1918年4月底，“新病毒株的基本特性已然成形”，“我们必须假设，造成美国春季流行病的祖先病毒经过了传代和变异……到了法国后这一过程仍在继续。”
接着，病魔来到了德文斯。
8月27日，两名水手患上流感。8月28日，又有8人病倒了。8月29日，58人被确诊患病。
不过，这一现象非常错综复杂。毒性并非毫无节制地增长。如果一个病菌的毒性太强，那它就会在迅速耗尽宿主的同时把自己也给葬送了。它的毒性最终会稳定下来，甚至可能有所降低。尤其是在物种间转换宿主时，它的危险性会降低而不会增加。埃博拉病毒就是如此。埃博拉病毒通常不会感染人类。一旦感染，一开始它会导致极高的死亡率，但当其在人群中经数次传代后，它就会变得非常温和，不再对人类构成显著的威胁。
这些培养物一旦离开生物体冻存起来，毒性就消失了。毒性也是具物种特异性的。同样是这种血液，只需极微量就能置兔子于死地，但对鼠类和鸟类而言，即便加大剂量它们仍能存活。
美国公共卫生部每周的《公共卫生报告》（Public Health Reports）最终注意到了事态的严重性，认为疾病已经相当严重，于是向国家公共卫生官员发出警告：“一场流感爆发……据称已在英国伯明翰出现。疾病已迅速蔓延开来，在其他地方也已发现疫情。”报告同时还警告存在“致死病例”。
这次大流行过后不久，流行病学研究的相关著述就认识到了这一点。一份记录中写道：美国的军营中，“被报告为流感的病例在1918年8月4日前一周内开始持续增加，并在8月18日之前一周内开始出现流感性肺炎病例。如果这是这场大流行来袭的真正发端，我们可以预期，将这串数据绘制到对数刻度表上，几周来的增长曲线就呈一条直线。通常的传染曲线就是呈对数增长的……实际情况也完全符合这条在对数坐标纸上绘制出来的差不多呈直线的增长曲线。”
所以，传代也会削弱病菌的毒性。当巴斯德试图减弱——或者用他自己的话“削弱”——猪丹毒病菌的毒性时，仅令病菌在兔子身上传代就取得了成功。细菌在适应兔子的同时，丧失了部分在猪身上寄生的能力。然后，巴斯德将从兔子身上提取的病菌给猪接种，猪的免疫系统轻而易举地杀灭了这些细菌。由于减毒菌株的表面抗原与正常菌株的相同，所以猪的免疫系统也学会了识别——并杀灭——正常菌株。此后，猪对这种疾病就具有了免疫力。至1894年，法国兽医利用巴斯德的疫苗使10万头猪幸免于难；而匈牙利则有100多万头猪接种了疫苗。
壶中之水将要沸腾时，底部会先出现一个泡，随后升至表面。接着是又一个泡，然后水泡三三两两同时出现，再是六七个一起。如若温度不降，没多久整壶水就会骚动起来，水面则剧烈地翻滚。
流感病毒的习性与其他病原体并无二致，它也面临着同样的进化压力。当1918年的病毒从动物转移到人身上并且开始扩散时，也许它在适应新物种的同时还要承受来自自身的冲击。尽管它总会保有些许毒性，但这个冲击也许狠狠地削弱了它，使它变得相对无害；然后，随着它感染新宿主的本领见长，它又变得致命了。
疾病没有扩散。货船在检疫时的短暂逗留已足以让船员们在靠岸时丧失传染性。这种具有特殊毒性的病毒由于找不到新鲜养料，已经将自身耗尽。费城躲过了一劫。
在大西洋彼岸的波士顿联邦码头，海军拥有一艘“接收船”。这个名字有些名不副实。它实际上是一个兵营，运送的多达7000名水手在此船上吃睡，海军自己称它为“极度拥挤的”军营。
就像在布雷斯特、弗里敦和船上的人一样，患病者开始陆续死去。50人很快被转移到了切尔西海军医院，罗西瑙少校和他年轻的助手基根（John J. Keegan）上尉在那里工作。
“塔希提”号（Tahiti）同时在那加煤；在它与“切普斯托城堡”号同一天抵达英国前，船上有68人病亡。靠岸后，两艘船上的患病者增加了800多名，而死亡人数则增加了115人。
塞拉利昂的弗里敦是非洲西海岸一个主要的供煤港，为从欧洲驶往南非和东方的船只提供燃料。8月15日，英国皇家海军军舰“曼图亚”号（Mantua）带着200名患流感的船员抵达这里。在一些船员的指挥下，汗流浃背的黑人工人将几吨煤炭装进了这艘船。
8月19日，《纽约时报》刊载了另一次爆发的消息：“有相当一部分美国黑人上岸后搭乘马队前往法国，他们感染了西班牙流感，最后因肺炎死于法国医院。”接下来的几周内，布雷斯特的周边地区全被殃及。美国军队继续川流不息地涌入城市，随后撤出，和同在周边地区训练的法国军队交相混杂。当两军士兵离开这里时，他们都成了病毒散布者。
第三种解释则涉及病毒对人体的适应。
第二种可能性是有一种温和型病毒导致了春季流行病，而该病毒又在欧洲碰上了第二种流感病毒。两种病毒侵染了一些相同的细胞，“混合重排”基因后产生了一种新的致命型病毒。这种情况有可能存在，也可以解释第一波流感的某些患者获得了部分免疫力。但不能忽视的是，仍有一些科学证据同该假说直接抵触，而且现今的大多数流感专家都不认同这种可能性。
病毒的致命变种开始在人类身上安家落户。现在，几乎是同时，在彼此远隔重洋的三个分开的地方——布雷斯特、塞拉利昂的弗里波特、波士顿，致命的沸腾蠢蠢欲动，即将翻滚起来。
8月20日，科普兰终于让步了，承认流感在纽约出现，但他宣称，这次流感并不严重，而且绝不会传染开来。
