在这种环境下，大批的人聚集在一起，人与人之间摩肩接踵，原本相隔几百公里之遥的农村人和城里人开始接触，而他们每个人对疾病具有完全不同的免疫力和易感性。美国史无前例地——甚至在世界历史上也无此先河——以这样一种方式聚集起这么多的人。即便是在欧洲前线，即便那里汇集了来自中国、印度和非洲的劳工，各种具不同易感性的人相聚集，也不曾有美军训练营内这般的混杂人口的爆炸性增长。
美军人数在短短数月内从战前的几万猛增到几百万。一批庞大的兵站在短短数周内匆匆凑集起来，每个都要容纳5万人左右。在营地完工之前，数十万士兵就居住在这些兵站中。他们拥宿在临时搭建的木板房里，而木板房的数量还远远不够。几万名年轻士兵只好挤在帐篷里熬过第一个冬天。在建筑完工前，没人考虑必须建造医院。
奥斯勒称肺炎为“人类死亡之首”。肺炎是世界上的主要死因，比结核厉害，比癌症厉害，比心脏病厉害，也比瘟疫厉害。
同时，韦尔奇走访了受打击最严重的军营之一，那里虽然已经没有麻疹了，但并发症依然徘徊不去。他告诉戈加斯，麻疹之后的肺炎引起的死亡率“报告上说为30%，然而现在医院里却有更多人因此死去。医院需要一个好的统计学家，现今的登记人员都不合格”。他继续道，为了让医院中的人有更多的存活机会，“让罗素上校发布使用埃弗里肺炎球菌药品的指令”。他所说的埃弗里是洛克菲勒研究所的一个加拿大人，就是前面提及的两名仅作为二等兵加入军队的加拿大人之一。是不是二等兵并不重要，他很快——若他现在还不算是的话——就会成为世界一流的肺炎研究专家。埃弗里的发现远远超出了那个领域的范畴，引发了一场科学的革命，改变了遗传学研究的方向，并创立了现代分子生物学。不过，这些都是后来发生的事情了。
甚至在建造军营之前，戈加斯也为“预防传染病”创建了一个特殊的部门，并配置了最合适的人员。刚从英、法军营巡视归来的韦尔奇对可能存在的薄弱环节比较了解，因此由他来负责这个部门。其余5名成员分别是：弗莱克斯纳、沃恩、罗素、比格斯和罗德岛州的蔡平。每个人在国际上都颇有声望。他们为军队制订了最大程度降低流行病发生率的周密计划。
科学在调控免疫系统和公共卫生方面已经获得了相当可观的成就。利用疫苗可预防包括炭疽热和猪瘟在内的许多种能够毁灭畜群的疾病。在抗击天花旗开得胜之后，研究人员又开展进一步的工作，研发一种能预防其他疾病的疫苗以及治疗疾病的抗毒素和血清。科学已经战胜了白喉。人们采取公共卫生措施防范伤寒、霍乱、黄热病和黑死病，针对它们的疫苗也已经问世。蛇毒抗毒素正在投入生产。一种痢疾抗血清已被发现。还有种破伤风抗毒素带来了神奇的效果：在它未广泛使用的1903年，美国每1000名患者中有102名难逃死劫，10年后，抗毒素的普及把每千人的死亡率降到了零。脑膜炎得以控制——如果还不算被攻克的话——是弗莱克斯纳的抗血清的功劳。1917年，人们研制出一种坏疽抗毒素，虽然它还不如其他抗毒素那么有效，但随着时间的推移，科学家们可以像改进其他抗毒素一样改进它。通过调控免疫系统来战胜传染病的设想，前景似乎也一片光明。
戈加斯还将几辆有轨电车改造成当时最现代化的实验室——配备这些车的资金不是由政府，而是由洛克菲勒研究所和美国红十字会提供，并将这些移动实验室派驻到全国各个战略要点上。正如弗莱克斯纳对戈加斯的助手弗雷德里克·罗素（Frederick Russell）上校说的那样，它们整装待发，“将前往任何一个有肺炎或其他流行病爆发的军营中去”。
弗莱克斯纳警告说：“当时的状况就像人们把各种病症带到了一起，每个人都得了以前没得过的病。这种状况由于管理混乱和缺乏足够的实验设备等失误而愈演愈烈。”沃恩的抗议起不到任何作用，后来他称这些军队的做法“简直疯了……因此而白白牺牲的生命难以估算……其实在军队集结之前就已有人向有关部门指出接下来的动员阶段会存在的危险，但答复却是：‘动员的目的是让国民尽快成为训练有素的士兵，而不是给他们实地教授预防医学。’”
同麻疹一样，当流感要夺取人们生命时，它也总是通过肺炎来致人于死地。
1917年和1918年的交接之冬是洛基山脉东部有史以来最冷的一个冬天。兵营里塞满了人，还有几十万人住在帐篷里，营地医院和其他医疗设施尚在搭建。在一份军方报告中，部队勉强承认了未能提供冬衣乃至供暖的失误。然而，最大的危险乃是过度拥挤。
克里尔的精神影响了《军医》（Military Surgeon）——一本军队为他们的医生出版的期刊。该刊写道：“这个国家中的每一项活动都直接指向同一个目标，那就是赢得这场战争；现今的任何其他事都不重要；若不能赢得战争，任何事情都将不再重要。所有不直接指向这个目标，或者不能通过最有效的方式来实现这个目标的组织都得不到资助……因此，医学要为战争而救死扶伤，艺术要为战争而文过饰非，娱乐表演等活动要为战争重振士气。”
当时，所有麻疹并发症中最为致命的当属肺炎。从1917年9月到1918年3月流感爆发前的半年间，一共有30 784名美国士兵患肺炎而病倒，其中5741人死亡，几乎所有的肺炎都是由麻疹引起的。在谢尔比营，由麻疹引发的肺炎而导致的死亡数占总死亡数——包括病亡、车祸、事故、训练意外等——的46.5%。1917年11—12月，鲍威营有227人因病死亡，其中212人死于麻疹并发的肺炎。在29个军营中，肺炎造成的平均死亡率为同期平民的12倍。
至1917年，医学科学早已摆脱了面对疾病束手无策的窘境。实际上，它就矗立于冥河之岸。如果说它能够涉过死亡之河而于黄泉路口拉回几条人命，那实验室就被赋予了更大的希望。
戈加斯被召去解释这次对抗麻疹的惨败。他的证词和上呈给参谋长的流行病报告成了头条新闻。同他的导师斯滕伯格在20年前伤寒爆发时一样，他出语尖锐，指责战争部的同事和上级不该急于把军队塞入营房，而军营中的生活条件根本不足以达到公共卫生的最低标准。空间过度拥挤、没有免疫力的新兵暴露在麻疹流行的环境下，没受过训练的“农村娃”在设备简陋的医院里——有时甚至连医院都没有——照顾濒死的士兵。戈加斯说，战争部好像认为军队的医学部根本不重要。“我从未得到过他们的信任，从来没有”，他以此回答了一位参议员提出的问题。
一些年轻人开始死去。
这本医学期刊——原本是为以拯救生命为宗旨的医生创办的期刊——还宣称：“对人类生命的关心成为十分次要的……医学官员更注重大局而非细节，即使是极为重要的个人人身安全，在公众利益的措施面前也要退居其次。”这本期刊在表达其“公众利益”的观点时，引用了老兵麦克雷（Donald McRae）少校的话：“当［受审的］战俘人数足够多时，若（在战壕中）又发现受伤的敌军士兵，就一刀刺死他们。”
在管理层面上，戈加斯也在采取行动。他监督新分配进军营的军医到洛克菲勒研究所接受世界顶级科学家的培训，他着手储备大量的疫苗、抗毒素和免疫血清。他没有依靠药品制造商提供的这些药物，它们不太可靠，常常没有疗效。1917年，纽约州卫生委员比格斯检测了市场上几种治疗疾病的药品，结果发现质量非常糟糕，一气之下，他封禁了所有纽约州药品制造商的货物。因此，戈加斯将药品生产交给了他信得过的人。军医学校能提供足以供500万人所需的伤寒疫苗，洛克菲勒研究所则生产预防肺炎、痢疾、脑膜炎的免疫血清，后来成为国家卫生研究院的华盛顿卫生学实验室则负责准备天花疫苗以及白喉和破伤风抗毒素。
研究人员尚未研制出预防麻疹的疫苗，也没制成治疗用免疫血清。大部分患者的主要死因是继发性感染——病毒削弱了肺部的免疫防御能力，细菌继而侵入肺中引发继发性感染。洛克菲勒研究所和其余各处的研究人员竭尽全力寻找控制细菌感染的方法，取得了一些成效。
与此同时，军中发布了禁止士兵挤在炉边烤火的命令，并派军官下到军营和帐篷中监督执行。然而，尤其是对于在严冬酷寒中还睡帐篷的几万名士兵来说，不围着火炉是不可能的。
没错，当时科学上仅发现了埃尔利希设想的一系列“神奇子弹”中的一种。为了治疗梅毒，埃尔利希和一名同事试验了900种不同的化合物，在重新测试第606种化合物时，他们终于成功了。那是一种砷化物，这回它发挥了效果——能治疗梅毒而对病人无害。这种物质被命名为“萨尔佛散”（Salversan），俗名就是“606”。
但是，戈加斯没时间理会《军医》杂志的那些编辑，他有更重要的事情去做。他正专注于自己的手头工作，以一种传教士般的使命感全力以赴，因为他心头始终压着一个梦魇。
与此同时，1917年大批军队涌入军营时，洛克菲勒研究所的科尔、埃弗里（Oswald Avery）及其他一些转而专攻肺炎的科学家发布了一则特殊的警告：“虽然肺炎主要呈地方性发生，但也许出现过我们不得而知的或小或大的流行。它曾是威胁到巴拿马运河开凿工程的最严重的疾病。”它甚至比黄热病还严重，对此戈加斯十分清楚，“肺炎在大量易感人群聚集地区的盛行，将令事态变得极为严重。肺炎［似乎］特别容易感染新兵。［1916年］在墨西哥边境的少数部队中爆发了流行性肺炎。这件事为我们敲响了警钟——若在冬季把大批易感人群集中到一起，我们的军队中很有可能会悲剧重演。”
1918年，共和党控制的参议院就威尔逊政府在动员军队时所犯的错误举行了听证会。自1912年威尔逊仅以41%的支持率入主白宫后，共和党人就一直瞧不起他［前任共和党主席、第三方候选人西奥多·罗斯福和现任共和党主席塔夫脱分摊了共和党的选票，社会党人士德布斯（Eugene Debs）也获得了6%的选票］。动员军队的失误似乎正是让威尔逊难堪的一个绝好机会。其实这次攻击是包含有私人恩怨的：众议院议员加德纳（Augustus Peabody Gardner）是参议院多数党领导人洛奇（Henry Cabot Lodge）的女婿，他辞去国会职务而应征入伍，不料竟因肺炎死在军中。
由于已感染士兵在军营之间来回走动，病毒被带到了各处，像保龄球击倒木瓶一样横扫所有营地。沃恩报告说：“1917年秋，没有一列开到韦勒营［佐治亚州梅肯附近］的军用火车不携带1—6个麻疹患者。这些人……在露营中和火车上把病毒传染给了其他人。这种情况下，要阻止麻疹的扩散已非人力所能及。”
这场爆发的流行病用各种方式折磨着患者：高烧、对光极其敏感、剧烈地咳嗽。并发症则包括重度腹泻、脑膜炎、脑炎（大脑的炎症）、严重的耳部感染以及痉挛。
圣安东尼奥外的特拉维斯营有30 067人。圣诞节前就有4571人病倒。福斯顿营的平均兵力超过56 000人，其中3000病重者需要住院。南卡罗来纳州的格林利夫营和马萨诸塞州的德文斯营中的情况也差不多。新墨西哥州柯迪营的25 260人原本未受麻疹侵染，但好景不长，福斯顿营的人到那儿后不久，麻疹就席卷了整个营地。
然而，戈加斯所在军队的上级长官对此警告充耳不闻。结果不久后，军队就尝到了流行病侵袭的苦头。不过这对病毒和药物而言还只是一次小试牛刀。
戈加斯对该刊编辑的观点持不同看法。洛克菲勒资助的一位研究人员发现坏疽抗毒素有效后，准备发表自己的结果——尽管这样做可能令德军受益。戈加斯和战争部长牛顿·贝克都认为他应该这样做，于是他这样做了。韦尔奇对弗莱克斯纳说：“我很高兴，战争部长和军医署长都果断地表明了立场。”
在那个难熬的寒冬里，麻疹侵袭了军营并很快流行起来。麻疹通常只发生在儿童身上，症状也仅是发热、出皮疹、咳嗽、流鼻涕以及身体不适。但就像其他儿童病一样——尤其是病毒性疾病——当麻疹攻击成年人时，力度非常之猛。（21世纪初，全球每年仍有100万人死于麻疹。）
威尔逊总统要求“将残酷无情的精神……渗透到国民生活的每个角落之中”。为了贯彻这一指示，克里尔想要营造一批“热情的民众”，一批受“不朽之决心”驱动的民众。他这么干了。这是一场真正的全面战争，战火甚至烧到了医学行业。
戈加斯的梦魇就是会横扫军营的流行病。因为部队调动的方式是从一个营地到另一个营地，如果传染病在一个军营内爆发，要隔离这个军营不让疾病向别的军营扩散会非常困难。数千人甚至上万人会因此丧命。这种流行病还可能扩散到民间。戈加斯在他的能力范围之内，竭尽全力阻止这个梦魇成为现实。
他希望他的证词能促使军方给予他更多的权利去保护军队。这可能奏效了：军方在三个军营中开设了军事法庭，但他的证词也孤立了自己。他向姐姐吐露了心声：“好像我在战争部的所有朋友都开始讨厌我，当我走过他们身边的时候，每个人都恨不得踢我一脚。”
