1918年3月，科尔创建的组织已准备好进行大规模试验了，恰逢流感在堪萨斯州的士兵中初现端倪。于是，12 000名在长岛阿普顿军营的士兵被接种了该疫苗——用完了所有可用的疫苗——19 000名士兵作为对照，未接种疫苗。在接下来的三个月中，接受免疫接种的士兵无一染上疫苗所预防的任何一种肺炎，对照组中则有101例染病。当然，这个结果并非最终结论，但意义深远。这也远比其他地方所得结果要好。巴斯德研究所当时也在进行肺炎疫苗的试验，但未获成功。
1918年前，人类是十分现代、十分科学的，但因忙于与自身斗争而顾不上去对抗自然。然而自然瞅准了时机，它选择在这个时候攻击人类，而且它的攻击绝不再软弱无力。现代人类——能运用现代科学方法的人类，将第一次直面完全愤怒的自然。
他们都认识到，说服军队这样做，或者说服军队解决更为严重的兵营过度拥挤问题将非常困难。
如果埃弗里和科尔能开发出一种对头号杀手真正有效的血清或疫苗……如果他们做到了，那将是医学科学史上最伟大的成就。
他们挑选的人恰到好处。每个被挑中的人，后来都当选为美国科学院院士，而美国科学院也许是世界上最独特的科学组织。
这种疫苗来得太迟了，没有在大范围内对麻疹流行产生影响。但在亚特兰大市外的戈登军营里，有100名麻疹患者参加了疫苗测试，该疫苗专门针对一种导致大多数肺炎的肺炎球菌菌株，50人接受接种，另50人作为对照。接受免疫接种的人中仅有两人患了肺炎，而对照人群中有14人染上了肺炎。
同时，科尔给罗素上校（在军队中进行科学工作期间，他对改进伤寒疫苗作出过杰出贡献）写了一封关于“我们在以预防接种抵御肺炎方面所取得进展”的信。当然，科尔也补充说：“大批量制造疫苗是一件非常紧要的大事，比制造伤寒疫苗要困难得多……我正在着手建立一个组织，这样就能预先准备大量必需的培养基，以便能大规模地生产疫苗。”
韦尔奇踌躇不决，致电弗莱克斯纳。两个人达成共识，认为在这个国家乃至全世界，担任该委员会主席的最佳人选是科尔。翌日，科尔和弗莱克斯纳一同搭乘火车来到华盛顿，在宇宙俱乐部与戈加斯和韦尔奇见了面。他们在那里选定了肺炎委员会成员，这个委员会由戈加斯、韦尔奇、弗莱克斯纳及他们研究所所具备的全部知识和资源作后盾。
1917年10月，戈加斯告诉军队医院的长官们，“鉴于肺炎有可能成为军中最重要的疾病”，他们必须将更多医生送到洛克菲勒研究所去学习怎样制备和使用这种血清。当时尚为二等兵的埃弗里已经从研究转向给那些将在军营中工作的军官教授细菌学。现在他和他的同事们也教授这种血清疗法。比起叫他“二等兵”，学生们更愿意尊称他为“教授”（一个偶然得到的昵称）。埃弗里的同事将其简化为“费丝”（Fess），这个昵称伴其终生。
科尔第一次在病人身上试用新血清时，新血清就显示出疗效。他和埃弗里立刻着手改进他们的实验方案，改进感染马匹、生产血清的方法以及用药方式，最后用制成品开始进行一系列细致的临床试验。他们发现静脉注射大剂量血清（半升），I型肺炎的死亡率可从23%下降到10%，下降了一半多。
不过，一位军医官员中间讲了一条好消息，说医院过度拥挤问题已不复存在了。每所军队医院在5月15日至少有100张空床，共有25 000张空床。军队所收集的每项流行病学统计指标都表明，军队的整体健康状况有所改善。他坚持认为，这些设施和培训足够了。
但它不是万灵药，由其他类型的肺炎球菌所引发的肺炎没那么容易治愈。而且，正如埃弗里和科尔所言：“在人身上的预防效果比不上小鼠身上的。”
时间将揭晓答案。
他们并不特别惧怕流感，尽管他们正在追踪调查这种病的爆发性。当时的一些爆发还比较缓和，还不足以与麻疹流行所致危害相提并论。他们很清楚，流感导致的死亡是因肺炎而致死的，戈加斯已经要求洛克菲勒研究所加快生产和研究肺炎血清及疫苗的进度，而洛克菲勒研究所和军医学院正竭尽全力为此工作。
人类被定义为“现代的”，很大程度上取决于他们尝试控制自然的程度，而非调整自身去适应自然。在与自然的这种关系中，现代人通常是侵略者，而且胆大妄为：改变河流方向，在地质断层上搭建建筑物，如今还操纵现有物种的基因。虽然自然对此的反应一直都是有气无力，但愤怒一旦被激发，其暴戾的一面将随时显露出来。
按照惯例——如果这样的紧急情况算是惯例的话——科尔长途跋涉来到华盛顿，在戈加斯的办公室内同韦尔奇及军队高级医学长官探讨最近的发现。科尔、韦尔奇、沃恩和罗素展开了一系列极为艰苦的军营巡回调查，检查各方面的情况，从军营外科医生、细菌学家和流行病学家的资质，到军营厨房清洗餐具的方式。他们给出的任何建议都会马上被勒令执行。当然，他们并不是只下命令，许多营地医院和实验室由他们所推崇的人管理，他们也听取各种各样的想法。
埃弗里理所当然地要领导实际的实验室研究，因而留在纽约。其他大多数人则去实地工作。陆军中尉里弗斯是霍普金斯的毕业生，也是韦尔奇的门生，他后来成为世界顶尖的病毒学家之一，并继科尔之后担任洛克菲勒研究所医院的院长；陆军上尉布莱克（Francis Blake）是另一位洛克菲勒研究人员，他之后担任了耶鲁医学院院长；而奥佩克（Eugene Opic）上尉被认为是韦尔奇的病理学学生中最富才华的一个，他入伍时就已是华盛顿大学医学院院长。与他们通力合作的有洛克菲勒研究所的兰德施泰纳和霍普金斯的惠普尔，他们并不是委员会成员，后来都获得了诺贝尔奖。数年之后，一位洛克菲勒科学家回想当年：“加入肺炎小组无疑是一种特权。”
肺炎最终将被战胜的前景，以及它在军营中的状况，更加增强了戈加斯寻找方法限制肺炎致死能力的决心。他请求韦尔奇筹建一个针对肺炎的特别委员会并出任主席。确切地讲，戈加斯并不想该委员会在他自己的办公室内开展工作，但韦尔奇将办公桌安在了戈加斯的个人办公室内。
这是一本里程碑式的著作，它首次详述了制备和使用治疗肺炎的血清的方法。该书还明确地预言这种疾病会在军营中爆发，书中写道：“肺炎有可能是战时所有致死疾病中的头号杀手。”
春末，科尔向美国医学会汇报了有关麻疹的一项结论：麻疹“似乎使呼吸道黏膜特别易于受到继发感染”。他还相信，这些继发感染就像麻疹一样，“主要以流行病的形式发生……每一个新的感染病例不仅扩大流行范围，还增加流行的强度。”
但在所有肺炎中，由I型肺炎球菌造成的肺炎最为常见。将这种最常见肺炎的死亡率降低一半多就是一个进步，一个真正的进步，一个长足的进步。1917年，洛克菲勒研究所出版了一本由科尔、埃弗里、多兹和该所一名青年科学家奇克林（Hery Chickering）撰写的90页专著，标题为《急性大叶性肺炎的预防和血清治疗》（Acute Lobar Pneumonia Prevention and Serum Treatment）。
他们也讨论了医院负荷过重和军队间的隔离问题。1916年，加拿大军方将所有抵达英国的队伍隔离了28天，以防止那些已整装待发上战场的军队遭受感染。韦尔奇建议，设立类似的“隔离营，让新征召入伍的军人在那里滞留10—14天”。
与此同时，科尔、埃弗里和多兹还在开发预防I、II和III型肺炎球菌所致肺炎的疫苗。在动物身上证明有效后，他们和另外6位洛克菲勒研究人员以自己代替豚鼠，互相注射大剂量血清来检验其对人体的安全性。所有人对疫苗都有不良反应，其中三人反应强烈。他们断定该疫苗在如此大剂量水平下对人体是有害的，于是计划做另一个实验：低剂量注射，每周一次，连续注射四周。这样可以给接受注射的人以足够的时间来逐渐提高免疫力。
随后，讨论从实验室转到流行病学话题上。对军营的巡回检查使韦尔奇、科尔、沃恩和罗素确信，交叉感染是与麻疹相关肺炎的致死原因。为了防止悲剧重演，科尔建议设立传染病房，配备专门训练的人员和最好的民用医院设备。韦尔奇指出，英国有隔离医院，具有完全独立的组织和严格的制度。另一种防止交叉感染的解决方案是在医院中设立小房间——围绕医院病床设立隔离区。
1918年6月4日，科尔、韦尔奇和肺炎委员会的几名成员又一次出现在戈加斯的办公室里，这次还有纽约州健康委员会委员比格斯，哈佛的杰出科学家、后来成为海军少校的罗西瑙，以及帮助成立洛克菲勒研究所的功臣之一霍尔特。这次讨论的内容非常广泛，焦点是如何最大限度地降低比麻疹流行更糟糕事件发生的可能性。他们都担心戈加斯的梦魇会成为现实。
