首先，他们确定了之前的猜测：秋季那场致命的流行是春季侵袭过的同一种疾病的第二波。他们得出此结论的根据是，那些经历过春季流行的人对第二波来袭具备了充足的免疫力。陆军有最完善的记录。这些记录记载的主要是年轻人，所以它们在解答某些问题时没什么用。但它们可以支持免疫力这个说法，并且是确凿的证明。谢尔比军营是从3月至秋季始终留在美国的唯一一个师的大本营。1918年4月，流感使26 000人中的2000人病重到需要治疗，而更多人可能有轻度或者症状不明显的感染，所有26 000人都接触到了流感。夏天期间，11 645名新兵入营。10月，流感“几乎不碰”老兵，但是却令一成的新兵病亡。春季流感在欧洲袭击了美国军队的第11工兵团，使得1200人中的613人患病，2人死亡，但却保护该团度过了致命的第二波。秋季，全团只有150例“感冒”及1人死亡。道奇军营有两支老兵组成的部队，流感曾在春季侵袭了其中的一支，秋季这支部队只有6.6%的人患上流感；另一支躲过了春天的一波，但到了秋季，有48.5%的人患上了流感。还有许多其他例子。
美国具备优秀科研能力的人始终就只有那么一点，不过寥寥数十。虽说到了20世纪20年代中期，算上那些初入门的研究人员，这个群体曾达百多人，但也就这么多了。
联结这些人的纽带并不是友谊。他们中的一些人（如帕克和弗莱克斯纳）彼此并无好感，许多人热衷于寻找对手工作上的纰漏以令其难堪，也从不指望彼此会有什么可取之处。这个行业发展至斯，已足够某些人大耍手腕了。如果有心去留意，就能听到诸如：“任命奥佩博士为该计划的首席科学家将是个致命错误。”抑或“乔丹看上去似乎胜券在握的样子，但是我担心……他不是那种在困境中可以始终坚持自己观点的人”。又或是：“你提名的人中，我显然更倾向于爱默生，但我担心他无法被某些人接受，尤其是罗素和科尔，而且一般来说，［洛克菲勒］基金会小组也可能不会接受他，印象中他同他们有点格格不入。”
流感的第二波曾突然在全世界爆发，有成千上万的科学家曾挑战过这个问题。在德国和法国，在英国和意大利，在澳大利亚和巴西，在日本和中国，他们想要将之解决。但随着1919年过去，1920年接踵而至，随着疾病向温和漂变，这几千个人一个一个开始退出。他们发现这个问题太复杂，难以概念化——也就是说，难以找出方法来解决它，或者没有足够的技术去解决它，又或者它同他们旧有的兴趣或知识基础相去甚远。在许多世界最优秀的研究者作出两年超乎寻常——并且孜孜不倦——的努力之后，1920年，韦尔奇心灰意冷地预言道：“我想这场流行病很可能已经过去，而我们对这种疾病的控制并不比1889年疾病流行时的人们熟练多少。这是个耻辱，却是事实。”
但是，埃弗里并没有错。在他们中间，埃弗里将作出最具深远影响力的发现。
陆军也“尽其所能去搜集……能体现当前大流感所造成的肺部损伤的标本”，不仅从军营，也从平民资源进行搜集。这些标本无与伦比的重要性将在3/4个世纪之后见分晓——陶本伯格（Jeffery Taubenberger）将从其中提取出1918年的流感病毒，并且成功测出其基因组序列。
迄今为止，每个实验室都在独立工作，相互之间很少沟通。研究者们不得不组织聚会，交流想法，分享实验技术，讨论尚未发表的发现或是那些有人认为不重要却有可能启发他人的东西。他们必须以某种方式凑在一起来取得对抗瘟疫的具体进展。他们必须从失败的碎砾中筛选成功的线索。
他们对疾病未能达成共识，便开始转而讨论可能的病原体。他们还是没有取得一致的看法，甚至连个推测性的结论都没有。研究者们已经发现菲佛的流感杆菌，这点没错，但科尔报告说，埃弗里发现洛克菲勒研究所内30%的健康人身上都有流感嗜血杆菌。这说明不了什么。由于流感流行，这种细菌现在随处可见，而在非疫情流行时期出现才算异常。此外，如他们所知，许多健康人的口中也会携带肺炎球菌，但他们不会患上肺炎。在流感患者的肺内他们也发现了肺炎球菌、链球菌、葡萄球菌以及其他病原菌。帕克曾就滤过性病毒引发疾病的可能性提出疑问。罗西瑙正在进行实验以解答这个问题。
他们彼此相识，也曾交流经验，并且几乎都与霍普金斯、洛克菲勒研究所、哈佛大学、宾夕法尼亚大学、密歇根大学或哥伦比亚大学或多或少有些渊源。这群人很少，包括第一代的改革者如韦尔奇、沃恩、西奥博尔德，及其他一些积极分子。然后就是他们的第一批学生，只比他们年轻几岁：戈加斯在战争结束前几天就已到了退伍的年纪——军队可能已经准许他留任，但他在军队上层没有熟人，后来他转到洛克菲勒资助的基金会负责国际公共卫生事务；还有纽约的弗莱克斯纳、帕克和科尔；波士顿的罗西瑙，密歇根的诺维（Frederick Novy）以及芝加哥的赫克通。随后是他们这批学生中的另一拨人：费城的刘易斯，洛克菲勒的埃弗里、多兹、里弗斯等，纽约罗彻斯特的惠普尔，圣路易斯的华盛顿大学的奥佩等，此外还有十几位。要到下一代、再下一代人，真正的研究者的数量才开始大规模增加，遍布全美。
但他们最后还是达成了共识。在采用何种方法、需要完成什么工作上取得了一致。只在这点上——事实上是在他们对此病多么无知这点上——达成了一致。
问题并不在于线索的匮乏，而在于如何将那些为数不多的具有正确导向的线索从所有误导的线索中区分出来。这不是腺鼠疫。腺鼠疫的病原菌是最容易发现的病原体之一，它会在腹股沟淋巴结处大量滋生。而这只是流感。
这些流行病学研究将取得一个额外收获，它将刺激和转化医学的另一个新兴领域。1918年11月，美国公共卫生协会创办了一个流感大流行统计学研究委员会，主要由大都会人寿保险公司资助。一名委员会成员称这是“一个展现统计学（尤其是人口统计学）及其方法学能为预防医学做些什么的良机”，他的一位同行则认为它“也许是证明概率论和随机抽样法可行的证据”。1919年1月，海陆两军的公共卫生部部长及国家公共卫生部部长也同人口调查局合作，组建了一个流感委员会，该委员会后来成为固定的统计机构。而与此同时，一位出席了比格斯小组第一次会议的流行病学家说：“我认识到这个问题最终将在实验室里得以解决。”
与此同时，历史上规模最大的科学调查正在成形。比格斯的委员会又会谈了三次。截至最后一次会议，每个成员也为其他委员会工作。美国医学会、美国公共卫生协会、陆军、海军、公共卫生部、红十字会及大都会人寿保险公司在那些已经进行的研究之外都发起了重大研究，每一项的设计都是让它们彼此互补，而不要交叠。在每个医学专业的每次会议上，在每个公共卫生组织中，在医学期刊的每一期上，流感都主导着议程。在欧洲也是如此。
戈加斯曾有一个目标：使这次战争成为美国历史上第一场士兵阵亡人数大于病亡人数的战争。即便这次战争中每67名士兵中就有一人死于流感，即便他的上级在很大程度上无视他的建议，他离成功也仅是一步之遥——将海军阵亡人数及因流感而病亡的人数统计到总数中后，病亡人数还是超过了阵亡人数。
他们知之甚少，非常之少。他们所知的只是隔离会有效果。纽约州立女子培训学校就把自己隔离了起来，人们送来的日常用品也被要求放在外面。校内无人发病。纽约州北部的楚顿疗养院有类似的规定，也无人发病。横跨大陆，旧金山某岛上的一个海军基地强制执行了严格隔离，那里无人发病。所有这些都证明瘴气学说——至少他们中没有人相信——不能解释这场疾病。
他们打算沿两条路线进行：一是探究疾病的流行病学，二是在实验室里追踪线索。两条战线上的第一个任务都是要拨开扑面而来的数据迷雾。
在实验室中，迷雾依然浓厚，病原体还是未知。各地都不断地投入大量资源到这项研究中。澳大利亚的伯内特经历这场大流感的时候还是个十几岁的少年，流感在他脑中烙下了深深的印记。正如他在获得诺贝尔奖之后所说的：“像其他许多对细菌学和传染病感兴趣的人一样，对我来说，医学上这些年来悬而未决的最大问题就是……流感。”
事已至此，科尔仍在揣度这种疾病到底是不是流感：“所有见过初期阶段病例的人都认为我们正在应对一种新疾病……流感是什么？如何作出诊断？这就是我们面对的棘手难题……我们已经仔细检查过这次流行的所有历史病历，仍然难以辨别哪些是流感——这是一个极其复杂的东西。”
现在，有200万人正在从欧洲返回的归途中。在其他战争之后，甚至在19世纪末期，归国的军队会将疾病携带回来。克里米亚战争之后，英国、法国和俄国军队曾经传播过霍乱；南北战争之后美国军队散播过伤寒、痢疾和天花；普鲁士人从普法战争中将天花带回了国；美国人从美西战争的战场返回时携带了伤寒。
一名海军的科学家观察到，“在某些地方这种疾病的症状与鼠疫有相似之处”。
可是，所有这些工作都没能穿破迷雾。
慢慢地，经过几个月的时间，一个知识体系开始形成。研究者们开始深入了解这场曾在全球咆哮并且仍在继续郁积能量的大爆发。
几百名研究者仍在探究这个问题，但他们很少有能达成一致的地方。每件事都要争论一番。那些争论的主力军分为两派，一派是帕克和威廉斯的长期合作团队，另一派则是刘易斯和洛克菲勒研究所的一些人。
1918年10月30日，随着东海岸的流行病逐步减弱到可控制的程度，比格斯组织了一个由优秀科学家组成的流感委员会。比格斯有着傲人的过去——曾令纽约市立卫生局在全世界独占鳌头，但是他对坦慕尼协会的所谓政治深感厌恶，于是离开纽约去当了州公共卫生委员。他的委员会内还有科尔、帕克、刘易斯、罗西瑙及流行病学家和病理学家。当时韦尔奇尚在大西洋城疗养，依然虚弱而无法出席。比格斯在第一次会议开幕时的讲话呼应了沃恩：“这件事情的重要性高于一切……而我们却对此无能为力。”
他下定决心要提出这个问题并且解决它。
刘易斯的研究将以讽刺和悲剧收场。洛克菲勒研究所内大部分研究者都错了。
但这并非易事。甚至在第一次会议时，他们就遇到了问题。他们对这种疾病近乎一无所知。他们甚至对疾病本质都无法达成共识。疾病的病理学机制是一团乱麻，症状也同样令人不解。
哈佛的一名研究人员则反驳了他们的观察结果：“这就是同一种古老的疾病，而且特性毫无变化。”
从疾病爆发的第一天起，所有这些科学家就开始在实验室中狂热地工作，没有一个人停下来。在只能孤注一掷的绝境下——这是他们（也几乎是任何一个科学家）所经历过的最为绝望的境况，他们中的大多数人放低接受证据的标准，怀着希望，积极对待。正如德乌纳穆诺（Miguel de Unamuno）所说，人越感到绝望，就会有越多希冀。然而，无论研究活动有多狂热，他们仍然不会乱作一团，总是从基础扎实的假说开始展开。他们没有如埃弗里自嘲时所说那样，只是将材料从一个试管倒入另一个。他们没有无视他们对身体机能的认识而做出荒诞之事。他们没有因为奎宁和伤寒疫苗对疟疾和伤寒有效就异想天开地希望它们能治愈流感，而去给流感患者服用奎宁或注射伤寒疫苗。有人这么做过甚至更夸张，但他们没有。
统计学也确认了每个医生（实际上也是每个人）都已了解的情况。在平民人口中年轻人的死亡率也是出奇地高，令人生畏。老年人通常是最易感染流感的人群，却在流感攻击中挺了过来，并且受侵染的概率小得多。老年人具备抵抗力这个现象全世界范围都有出现。最有可能的解释是一次早期的流行病（后来对抗体的分析证实它不是1889—1890年的那一次）非常温和，没人注意到它的存在，它与1918年的病毒非常相似，于是提供了保护。
他们设计了精确的流行病学调查：将公共卫生措施和死亡率进行关联分析；在选定区域内进行缜密详尽的研究，比如隔出小块地区，便于他们了解每个流感患者发病前72小时的情况，记录患者和未患病者详细的个人历史记录；寻找与其他疾病、早期流感侵袭及饮食之间的关联。
但是，他们并未放弃。现在，这个科学兄弟会又开始了它的搜索，所花费的时间将出乎他们的意料。
在洛克菲勒研究所，科尔投入“所有人力”去攻克它。他让玛莎·沃尔斯坦也加入其中。当布莱克上校（曾经是陆军肺炎委员会的成员）在圣诞节造访他在研究所的老同事时，他发现每个人都“为了研究流感全力以赴，用猴子和一切可用之物做着实验”。一周后，他离开陆军回到了洛克菲勒，说道：“如果某天我们可以摆脱并且就此解决流感这码事，我一定会非常高兴，这样我就能换其他事情做了。这6个月来，我的日常工作和起居好像完全都和肺炎及流感扯在了一起，其他什么事情都没有做。”
但它确实变了，一直在变，从患者能很快康复的温和型流感的病例变成了症状奇异的病例，那些症状从未在流感中出现过；从急性病毒性肺炎或成人呼吸窘迫综合征变成了继发性感染造成的细菌性肺炎。所有这些情况一直在出现。科尔在霍普金斯的导师巴克记录道：“不同地区的肺炎标本差别很大。德文斯的标本与巴尔的摩的全然不同，与其他几个军营的也不相同。不同地点的病理损伤差异很大。”
戈加斯最终的举措之一就是制订行动计划以避免这次重蹈覆辙。在士兵们登船回家前实行7天的隔离，并在上船前进行除虱。这样士兵们才不会携带疾病回国。
他们也认识到了自己的不足。他们已不再抱有幻想。尽管20世纪的前十几年他们还自信地认为，科学的成就即便有限，最后也会大获全胜。如今沃恩却对同事这么说：“别再说什么医学就快征服疾病了。”他以自己的失败为耻。他还说：“医生们对这场流感的了解，并不比14世纪佛罗伦萨医生对黑死病的了解更多。”
但是，有关疾病的几乎所有其他问题依然未能得到解决，甚至疾病病菌学说与其他病因学说的相互影响也还在争论之中。直到1926年，一位有名望的流行病学家还在为瘴气学说的一个版本争论不休，认为有“一种相互关系存在于……流感和气压的周期变化之间”。
最后，在几个城市中进行的挨家挨户的调查也确认了一些显而易见的事实：居住条件最为拥挤的人，染病的概率高于居住空间较大的人。看起来（尽管这不是按科学方法确定的）那些最早住院、待在病床上时间最久、得到最好照护的人在死亡率高的大环境下最能幸免于难。这些发现自然意味着穷人的死亡数要比富人高很多（关于种族和大流感的关联问题所得到的信息与此相反）。
美国所有的大实验室继续聚焦于该疾病。费城的刘易斯仍关注着它，宾夕法尼亚大学的研究者也一样。波士顿的罗西瑙领导着一群哈佛研究者。芝加哥大学的赫克通和凯斯坚持对它进行研究。明尼苏达州的梅约医学中心的罗斯诺也在研究着。陆军肺炎委员会的每个成员回到民用研究之后，仍继续研究流感。大都会人寿保险公司为大学里的科学家提供资金，而且还资助着纽约市和联邦政府，为帕克和威廉斯在纽约实验室进行的研究以及麦科伊在公共卫生部卫生学实验室进行的研究提供基金。
戈加斯击退了大部分疾病。在疟疾击垮了几万名法国人、英国人和意大利人的时候，美国士兵几乎完全避开了它的侵袭。
不久后，他就被流感完全缠住了。
不过，这些人也认识到，无论彼此有些怎样的缺点，他们每个人都各有长处，非凡的长处。他们的工作非常出色，即使是个谬误也能让人们从中有新的发现、重要的发现、实质性的发现。那是个排外的团体并且——即便存在敌对和嫌恶——几乎就像是兄弟会，一个鲜有女性在内的兄弟会。严格来说，还是有那么几位女性的，而在细菌学上，这些女性的成就没有谁能同安娜·威廉斯和玛莎·沃尔斯坦相匹敌。
但与沃恩不同的是，比格斯表现出的是愤懑，宣称他们的失败“反映了公共卫生管理工作及医学科学所存在的问题，正是这些问题导致我们落到今天这步田地”。他们眼看着大流感肆虐了数月，而公共卫生官员和科学家却毫无防范措施。“我们必须获取目前为止或自兹日起6个月内能得到的所有科学资料，不能坐以待毙。”
第一次世界大战前，由韦尔奇引领的美国医学革命已经高奏凯歌。那场革命从根本上转变了美国医学，医学的教育、研究、技术以及执业都经由科学筛选而得以促进。
