后来，美国医学会改革运动的领导者贝万（Arthur Dean Bevan）坚持认为：“所有重整这个国家医学教育的荣誉都该归功于美国医学会……《弗莱克斯纳报告》80%的内容都基于医学教育理事会的工作。”贝万错了。美国医学会避免将其公之于众，但只有公之于众所产生的力量（弗莱克斯纳造成的）——事实上是丑闻——才能迫使改变。没有这个报告，改革还将花费几年甚至几十年时间。而且，弗莱克斯纳也影响了改革的方向，他定义了一个模式。
影响迅速蔓延。在弗莱克斯纳的大声疾呼下，美国医学会医学教育委员理事会开始对医学院分级：“A等”是完全符合要求的，“B等”是指“能改善的”，“C等”则是“需要完全重组的”。那些教员自己所有并经营的医学院则被自动划为“C等”。
美国医学会不堪面对自己的成员——1900年，在全国110 000名医生中，只有8000人是学会会员，而且学会还害怕医生产生抵触情绪——于是向卡耐基基金会递交了一份报告，报告坚称其仍有信心，同时寻求资助。反过来，卡耐基基金会委任西蒙·弗莱克斯纳的弟弟亚伯拉罕来审查医学教育。亚伯拉罕虽不是医生，但他本科毕业于霍普金斯，他说在那儿，即使对于本科生来说，“研究也像是我们呼吸的空气”。他给出了一个毫不留情的评价意见，同时许诺发展模式教育机构。大学毕业后，亚伯拉罕的第一份工作是在路易斯维尔的一所高中任教，在那里他对全班15个学生实行新的教学方法，结果惨遭失败。后来他创办了普林斯顿高等研究院，并亲自聘请了爱因斯坦。
亚伯拉罕·弗莱克斯纳与韦尔奇及马尔长谈，开始了他的研究。他们的观点影响了他——至少可以这么说。据亚伯拉罕自己说：“关于医学教育研究，我剩下的工作大约就是扩充我初访巴尔的摩时所学的知识了。”
韦尔奇一手创建的这支队伍就是为了对付、搜索特殊目标而建的，任何可疑的目标一经发现就要立刻清除。1918年10月1日，这支队伍就将接受人类历史上最致命流行病的考验了！
当韦尔奇专注于把美国医学改造成基于科学的医学时，一度把这个目标搁置一旁。现在他再次开始为实现此目标而努力，他建议洛克菲勒基金会斥资建立一所公共卫生学院。
根据《弗莱克斯纳报告》，很少——非常非常少——的医学院符合亚伯拉罕的标准或任何合理的标准。他认为很多医学院该解散，因为它们“没有任何可取之处……普遍存在腐败现象……临床病例匮乏……外科教学没有病人、器械、模型或挂图；讲述产科学时也无人体模型可看——常常是整栋大楼都见不着一个”。在天普大学、哈利法克斯大学、费城骨科学院，解剖房“无法形容，气味令人难以忍受，尸体业已腐烂”。在北卡罗来纳医学院，弗莱克斯纳引用一个教员的话说：“对那些无知而蠢笨的学生谈论实验室的实际工作是在做无用功，他们中的大部分人都是被广告吸引来的，学成后不过就希望做个更好的农场主罢了。”
无论生性羞怯与否，科尔都不会屈服，于是弗莱克斯纳屈服了。结果是洛克菲勒研究所医院把科学直接应用于医疗，创造出临床研究模式，一个今天还在被世界最大的医疗研究中心——位于马里兰州贝赛斯达市的美国国立卫生研究院——沿用的模式。该模式让研究者学习，也让他们准备行动。
已在第一线的医生们不能做到这一点。他们靠自己来决定是否采用科学方法，很多人是采用了。弗莱克斯纳本人在一个很差的医学院获得医学博士学位，但收获颇丰，这正好印证了韦尔奇的观察：“结果要好于体制。”
实际上，也有很多非常优秀的将军、上校和少校，但他们没有中士、下士或士兵；他们无军可领，至少没有一个得力下手。最好的与平均水平之间的鸿沟必须跨越，最差的则必须清除。
科尔却持不同观点。如里弗斯所言，他不允许医院及其医生“像女仆一样服务，他和同事们不打算检验野口（Noguchi）、麦萨尔（Meltzer）或列文（Levene）的想法。科尔坚持认为照顾病人就是在研究病人”。
直到20世纪20年代末，在大萧条时期的经济压力出现之前，近百所医学院已被关闭或合并。尽管当时国家人口陡增，医学院的学生人数却从1904年的28 000人减至1920年的不足14 000人；到1930年，尽管国家人口数量还在上升，医学院学生人数却仍然比1904年的少25%。
科尔的父亲和两个叔叔都是医生。在霍普金斯，他的导师巴克（Lewellys Barker）挨着病房建立了实验室以研究疾病，而不只是进行诊断测试。科尔在那儿已经完成了开创性的研究。这些经历可能影响他现在做“临床”研究时的处理方式——用病人代替试管或动物样本。
弗莱克斯纳把附属医院看作一个实验科学家实现想法的试验场，在这里科学家可以控制试验疗法，医生治疗病人和技术人员对待实验动物没什么差别。
尽管如此，这“唯一理由”足矣。霍普金斯的卫生与公共健康学院计划于1918年10月1日成立。韦尔奇则辞去了医学院教授职务，出任该学院首任院长。
1910年，也就是洛克菲勒研究所医院成立的那一年，亚伯拉罕的调研报告《美国和加拿大的医学教育》（Medical education in the United States and Canada）问世了，该报告不久就以《弗莱克斯纳报告》（The Flexner Report）著称。
弗莱克斯纳最后的结论是：全美150多所医学院中，120所以上应该关门大吉。
对于尚存的医学院而言，模式无疑就是霍普金斯大学。
即使是这些精英学校，改革的步伐迈得也不大。哈佛到1901年才紧跟着宾夕法尼亚大学和哥伦比亚大学效仿霍普金斯，要求医学院学生必须具有大学学历。但即使最好的医学院也没法完全效仿霍普金斯公开招募优秀教员，而不是从当地医生中选取临床医学教授。宾夕法尼亚大学医学院的校史不得不承认，“教员的‘近亲繁殖’很难突破”。哈佛的临床医学教授实际上是由一群医生挑选出来的，这群医生在哈佛并没有职位，他们聚集在塔汶俱乐部作决定，通常都是论资排辈。直到1912年，哈佛才从该团体外挑选了一位临床医学教授。
该报告产生了一些影响。当年就有57个医学院要求申请者必须具备至少一年的学院学习经历。但仍然有2/3的医学院要求较低或者根本没有要求。这份报告并未能将其精髓植入医学教育中。
在美国卷入第一次世界大战前夕，韦尔奇又有了一个目标。1884年，当霍普金斯第一次委任韦尔奇时，他就竭力敦促建立一个独立的学院，以科学的方法研究公共卫生。公共卫生过去和现在一直是挽救人类生命数量最多的领域，方法是了解一种疾病的流行病学——其作用模式、在何处以及如何产生和传播，然后攻击其弱点。这也就是通常所说的预防。科学首先控制了天花，然后是霍乱，接下来分别是伤寒、鼠疫和黄热病。所有这些都是通过大规模的公共卫生措施（从检测过滤水中的所有物质到捕杀老鼠、接种疫苗等）完成的。公共卫生措施并不是起死回生的魔法，却可以挽救数以百万计的生命。
《弗莱克斯纳报告》也有间接的影响，它极大地促进了已经开始的慈善基金资助医学院的行为。在1902—1934年，9个主要基金会对医学注入了154 000 000美元，几乎占了这些基金会所有资助总和的半数。而这还只是一种保守的说法，因为这些捐赠同时也令学院提高了相对应的经费。这些资金挽救了很多医学院，例如耶鲁大学曾被评为“B等”，由于得到一笔资金的驱动，它的捐赠从300 000美元提高到了约3 000 000美元，活动经费预算也从43 000美元跃升至225 000美元。各州也开始把钱投入到州立大学的医学院中去了。
这样的研究不仅威胁到研究所单纯从事实验研究的科学家的地位，而且连带地改变了医生—病人的关系。这相当于承认一个事实：没有病人的配合，医生不知道也无从了解病因。因为任何一个严格的研究都需要一个“对照”，这就意味着随便一个与医生最佳判断相左的可能性，都可能影响病人最终接受的治疗方案。
洛克菲勒研究所的创始人一直希望建立一个疾病研究的小型附属医院。这个医院不接受付费治疗，只接受那些患了正在研究的疾病的人。世界上还没有哪一个研究所有这样的设施。韦尔奇、弗莱克斯纳、盖茨以及洛克菲勒都有此愿望。但医院的首任院长科尔（Rufus Cole）将自己的想法强加于他们，却是他们始料未及的。
来自教授内部的压力也促进着改革。不仅霍普金斯，密歇根、宾夕法尼亚、哈佛和其他一流医学院的教员们也纷纷投身于改革大潮，另外一大批内外科医生也作出了响应。最终，美国医学会于1904年成立了一个医学教育理事会来组织改革运动。该理事会一开始就调查了美国和加拿大全部的162所医学院——超过当时全世界医学院的半数。
科尔高高的个子，留着小胡须，举止优雅，其祖上在1633年就到了马萨诸塞州的普利茅斯。他实在不像是一个强硬的人，也看不出是一个能跟弗莱克斯纳对抗的人。但是，凡经他仔细思索的事情总能保持正确，他的见地强而有力。而且，他遵从证据而非个人喜好，以冷静和韧性来推动自己的想法。长期与他合作的同事里弗斯说，科尔是一个“谦虚、有点害羞的人”，“会为了避免冲突而让步”。但里弗斯又补充说：“他从霍普金斯毕业时就被认为是那批毕业生中最有前途的一个……如果你把他惹毛了，把他逼到墙角或背后扯他后腿什么的……一般你都会后悔，因为你会发现，这位老兄决不害怕战斗。”
然而，《弗莱克斯纳报告》不仅仅反映了进步时代，它还反映了其所处的历史进程。其间有一个马克思主义史学家试图定位医学科学，称之为“医学界的业内人士和企业阶级发展出来的一个工具，以使资本主义合法化”并转移人们对疾病的社会原因的注意力。非资本主义社会（包括俄国和中国）也采用了医学科学。较之所反映的进步时代，《弗莱克斯纳报告》更多地反映了科学。不足为奇的是，进步人士在律师标准化训练方面所作的类似努力均告失败。因为每个人都能读懂法律条文，但能从病人身上分离出病原体的，却只有受过训练的专科医生。
韦尔奇在开幕式当天病倒了，并且越来越严重。那时他刚刚结束一种奇特且致死的流行病的研究工作，他的症状跟那种流行病病人一模一样，他确信自己也感染了这种病。
为了争夺这个学院，又一场角逐开始了。其他人都竭力想说服洛克菲勒基金会，尽管建立一所公共卫生学院是很有意义的，但并不一定要把它放在巴尔的摩。1916年，哈佛校长查尔斯·艾略特直接写信给洛克菲勒基金会——同时对韦尔奇致以崇高的敬意。艾略特在信中把整个霍普金斯医学院归结为“一所新的小学校里一个人的工作……我越是考虑把公共卫生学院放在巴尔的摩，就越发现它不合适……与波士顿或纽约相比，这座城市显然缺乏公益心和慈善团体行为。韦尔奇博士的个人偏好和职业是把它建在巴尔的摩的唯一理由——但他差不多66岁了，且后继无人”。
流行病的研究当然是公共卫生关注的主要焦点。
单笔捐赠数额最大的始终是洛克菲勒基金会。洛克菲勒本人却仍在继续接受顺势疗法。
这是个进步时代！生活变得有效化、合理化和专门化。当州立法机关认为连医生都需要执照是不民主的时候，每一领域的“专业人士”正在凸现，击溃了杰克逊时期（Jacksonian period）遗留的思想。泰勒（Frederick Taylor）创建了“科学管理”领域，以此提高工厂效率。为了传授“科学管理”，哈佛商学院于1908年宣告成立。生活合理化则体现为正在出现的国家广告业和跨越洲际的零售业，最大的药业连锁店（联合药店）就有6843家分店。
在《弗莱克斯纳报告》发布后不到四年，31个州拒绝给“C等”学院的新毕业生进行执照认证，这样实际上就令这些学院彻底关门了。“B等”学院也不得不有所改进或进行合并。诸如内布拉斯加大学、科罗拉多大学、塔夫斯大学、华盛顿大学和乔治敦大学等校的医学院，则因勉强获得美国医学会的批准而保留下来。在巴尔的摩，三个“B等”医学院合并成了现在的马里兰大学医学院。在亚特兰大，埃默里大学吞并了另外两所学院。其他如南卫理公会大学、德雷克、波登、福特汉姆等校的医学院则直接关门了事。
然而，医学教育体制仍然需要大力改革。改革的呼声从19世纪20年代就开始了，却只在少数精英学校中有所实现。
这不是简单的势力大小或官僚主义问题。科尔开创的先河别具意义。他号召（要求）治病的医生承担一些跟病人相关的疾病研究。这类工作也曾在别的地方出现过，但不如科尔设想的这般系统。
三年后，美国医学会发布了一份秘密报告，“一石激起千层浪”。该报告的结论是：尽管改革步伐不够快，但在众多改革者的不懈努力下，好的医学院正在逐步提高，只是差的医学院几乎没有任何改变。这些医学院仍然受教员所制约，大部分与大学或医院没有联系，也没有入学标准，学费仍然是教员工资的主要来源。某医学院在1905年毕业了105个“博士”，可是其中没有一个人完成过任何实验室工作；他们没有解剖过一具尸体，也没有检查过一个病人。他们只会在办公室坐等病人上门来获取经验。
在致主管的一封信中，科尔解释了为什么临床医生应该是从事重要研究的成熟科学家：“医学研究的最大障碍就是实验室和病房之间研发与应用的障碍。临床实验室存在的主要意义只是辅助诊断。因此我迫切希望医院的实验室能发展成为真正的研究型实验室，并希望医院的医生能获准承担一些实验工作。”
进步时代也是一个揭露丑闻的时代！《弗莱克斯纳报告》揭露的丑闻轰动一时。该报告印了15 000份，报纸头条刊登并深入采访了当地的一些医学院。弗莱克斯纳本人则受到过不止一次的死亡威胁。
韦尔奇已经把霍普金斯模式转化为一股力量了。他和密歇根大学、宾夕法尼亚大学、哈佛大学及少数几个其他医学院的同行，先是有效地组成一个高级官员精英小组；然后他们在令人惊讶的短时间内变革了美国医学，创建并扩充了高级官员团队，接着开始训练他们的队伍，一支由科学家和科学武装的医生所组成的队伍。
科尔兴趣广泛，晚年还写了两卷有关克伦威尔（Oliver Cromwell）、斯图加特王室以及英国内战的研究著作，长达1294页。但在研究所的午餐桌边，他全神贯注。海德尔伯格回忆说：“他会坐在那儿仔细聆听，然后提出一个问题，这个问题对于在此方面知之甚多的人而言，通常显得非常幼稚，但是总会因此而带来新的火花而深化原来的问题。科尔博士在这方面真的是非常不简单。”
洛克菲勒研究所医院于1910年成立。当时，美国最好的医学科学及医学教育已能与世界列强相提并论了，但美国国内的医学平均水平却与一流水平相差甚远，一道不可逾越的鸿沟将最差的和最好的截然分开。
