鲁迅在给钱玄同信中称刘师培是个“卖过人肉的侦心探龙”。
刘师培魂归道山后，蔡元培在《刘君申叔事略》中无限惋惜地说：“向使君委身学术，不为外缘所扰，以康强其身，而尽瘁于著述，其所成就，宁可限量？惜哉！”
有人嘲弄刘师培一生是“在风雨飘摇的乱世中笑熬糨糊”，这锅“糨糊”足够他消化一万年的了。乱世如狂流，人人好变，人人善变，不少人都在政治追求上反复无常，区别只在有无高标，有无底线。刘师培善变，总是在污泥浊水中辗转其身，最终变得委琐，变得龌龊，道德学术双双受损，遭人鄙弃，关键就是他一而再再而三地甘于堕落，根本没想过要严守底线，大有越堕落越快乐的劲头。
黄侃说起刘师培这位只比自己大一岁的老师时，无限慨叹道：“真是天才，有清一代有三个天才，都是36岁就去世。前清有孔广森，中间有戴望，晚清有刘申叔。可惜可惜。”
陈钟凡在《刘先生行述》中说刘师培“不能忘情爵秩，时时为佥壬牵引，……遂入于坎陷”。
有人说：刘师培在政治上屡次失足，其品行在生前已为人所不齿。而对他在学术上的贡献，学界评价却始终如一。
关于刘师培的《中国中古文学史》，鲁迅于1928年评价说：“我看过的已刊的书（指中国文学史一类），无一册好。只有刘申叔的《中古文学史》倒要算好的，可惜错字太多。”在《魏晋风度及文章与药及酒之关系》的著名演讲中，鲁迅推荐说：“研究那时的文学，现在较为容易了，因为已经有人做过工作……辑录这时代文学讲座有刘师培的《中国中古文学史》……对于我们的研究有很大的帮助。”同时声明：“我今天所讲，倘若刘先生的书里已详的，我就略一点；反之，刘先生所略的，我就详一点。”
黄侃曾评价老师刘师培曰：“忧思伤其天年，流谤及于后世，贻人笑柄，至可痛惜！”王元化先生评曰：“世人诋诃，多出于道德上的责备，殊少思想上的探索。其实从激进革命走向拥戴独裁，也不是没有思想上的线索可寻。这在中外近代史上是不乏先例的。所谓两极相反亦相通。”
刘师培的叔父在给他撰写的墓志铭中道：“侄得名太早，厥性无恒，好异矜奇，狷急近利。”
刘师培在北大所从事的文学史教学与研究活动，尤其是《中国中古文学史讲义》的出版，起到了垂之后世的“典范”作用。有人评论说：“在现代中国学界，真正将‘文学史’作为一‘专门学问’来深入探讨，而且其著述的影响历久不衰者，此书很可能是第一部。”
