1937年“七七事变”后，日军全面侵华。八九月间，日军进占北大校舍。北方各高校纷纷南迁，北大、清华、南开三校合并，在长沙组成临时大学。钱穆将历年讲授中国通史增删积成的五六厚册笔记装入衣箱底层夹缝，在十月与汤用彤、陈寅恪等人南下长沙，开始了抗战时期流转西南八年的学术生涯。与在北大时期一样，钱穆在西南联大主讲中国通史，也吸引了大批学生。他的《国史大纲》新义迭出，创见尤多，被定为全国大学用书而一纸风行。所以内迁西南的各个高校都纷纷请他讲学。
钱穆之离开西南联大，自然是由于顾颉刚的邀约，但也与那时校园的激进空气有关。钱穆自述：“自余离开联大以后，左倾思想日益嚣张，师生互为唱和。闻一多尤为跋扈，公开在报纸骂余为冥顽不灵。……凡联大左倾诸教授，几无不视余为公敌。”
1952年，18岁的李敖初次拜访钱穆。钱穆对李敖态度诚恳，循循善诱，慰勉有加；对于自己不知道的东西，钱穆还虚心向李敖求教。日后，钱穆和李敖书信来往多年，钱穆曾在信中殷殷规劝：“昨奉来书，知君努力学问，与日俱进，著能持之以恒，继续不懈，将来必有成就，可喜可贺。”“学问之事，首贵有恒心，其次则防骄气，小有所成，志得意满，中道而止，虽有脱秀之质，犯此二病，终不能有远到之望，唯立志高远，始克免此。君尚在青年，向学伊始，故特以此相勉。”又说：“当知学问与德性实为一事，学问之造诣，必以德性之修养为根基，亦以德性之修养为限度，苟忽于德性，则学问终难深入，此层务盼注意。”钱穆去世后，李敖回忆说：“信中对一个18岁的青年如此鼓励，固因我的好学引起他的注意，也实可看出他具有教育家的风度。”
钱穆在燕大教大一、大二国文。他以扎实的国学功底和妙趣横生的演讲，赢得了学生们的肯定和欢迎。但是执教一年后，钱穆终因不适应教会大学的环境，辞职南归了。
李敖初时对钱穆甚是佩服，但此后，因钱对蒋的态度，李敖对钱发起了猛烈攻击。但李敖却始终记得钱穆对他的殷殷教诲。钱穆去世后，他回忆说：“在钱穆死前不久，我去‘故宫博物院’，远远地望见了他，他已老态龙钟、步履维艰。我没有趋前问候，但心里一直感念他，毕竟在我少年时代，他曾经被我心仪，曾经热心指导过我、帮助过我，这种老辈风范的人物，对于‘现代史’的来说，真是‘上古史’了……”
钱穆最受学生欢迎的是中国通史，这堂课先后上了八年之久。中国通史课每周两堂，每堂两小时。多安排在下午一点到三点，这时通常是学生最疲倦的时候，他却能把枯燥的历史课讲得生动迷人，成了最吸引人的课，除了北大学生，其他高校学生也慕名前来旁听。人一多不得不从小教室换到大教室，“每一堂将近三百人，坐立皆满。”（《师友杂忆》）有的人一听就是四年。其中有一个姓张的学生从北大一直听到西南联大，总共听了六年之久，可见其吸引人的程度。钱穆也被学生评为北大最叫座的教授之一。
钱穆教作文的方法很有趣。他认为，作文就是说话，口中如何说，笔下就如何写。出口为言，下笔为文。他要求学生想说什么如实写下即可，遇到不认识的字，可以随时提问。一天下午，钱穆要求学生做作文，作文题目为《今天的午饭》。学生的作文交上来以后，钱穆选择一篇写得好的抄在黑板上。这篇作文结尾是这样写的：“今天的午饭，吃红烧肉，味道很好，可惜咸了些。”通过这篇作文，钱穆告诉学生，说话、作文要有曲折，要有回味的余地，就像这篇作文的最后一句：“可惜咸了些。”
燕京是一所教会大学，在北平各大学中，非常有名气。当时校务主要由监督司徒雷登主持。一天，司徒雷登设宴招待新来教师，问大家到校印象。钱穆在会上直抒己意：“初闻燕大乃中国教会大学中最中国化者，心窃慕之。及来，乃感大不然。入校门即见‘M’楼、‘S’楼，此何义？所谓中国文化者又何在？此宜与以中国名称始是。”事后，燕大特开校务会议，讨论此一意见。最终采纳了钱穆的建议，改“M”楼为“穆”楼，“S”楼为“适”楼，“贝公”楼为“办公”楼，其他建筑也一律赋以中国名称。校园一湖，所有提名都未得到认可，因为一时无名，遂根据钱穆的提议取名“未名湖”。事后有人和钱穆开玩笑说，你提个意见，得了一楼，与胡适分占一楼，诚君之大荣也。
钱穆对顾颉刚一直抱有知遇之恩。在抗战时期，顾颉刚在成都借齐鲁大学设立国学研究所，希望钱穆任主任，钱遂离开西南联大，于1940年到成都协助顾。虽然研究所所处的成都赖家园僻处乡野田间，但钱穆认真讲授，培养了严耕望、方诗铭等历史学家。
钱穆从燕大辞职后，顾颉刚向自己的老师、北大文学院院长胡适推荐钱穆，于是钱穆到北大任教。钱穆在北大讲授通史课，事实性强，不骋空论，有据有识，简要精到，并能深入浅出，就近取譬。如他比较中西文化，喻秦汉文化犹如此室的四周遍悬万盏明灯，打碎一盏，其余犹亮；罗马文化为一盏巨灯，熄灭了就一片黑暗。当时钱穆将通史课的教室设在北大梯形礼堂，面积是普通教室的三倍，“每一堂近三百人，坐立皆满，盛况空前”。课堂之大，听众之多，和那一排高似一排的座位，衬得下面讲台上穿着长衫的钱穆似乎更矮小了。但这位小个儿导师，却支配着全堂的神志。一口洪亮的无锡官话，震撼了在座的每一位学生的心。他对问题往往反复引申，广征博引，使大家惊异于其渊博，更惊异于其记忆力之强。在北大，他与胡适都因以演讲的方式上课而驰名学校，成为北大最叫座的教授之一，在学生中即有“北胡南钱”之说。
1986年，钱穆92岁生辰，在素书楼讲最后一课，告别杏坛，最后对学生赠言：“你是中国人，不要忘记了中国！”
钱穆在北京大学讲授上古史的同时，又主讲秦汉史，在清华大学、燕京大学、北平师范大学兼课时，也讲授这门课程，深得各校学生的欢迎。据他的学生李埏回忆，1936年下半年，钱穆在北平师范大学历史系讲授秦汉史。当时听者云集，座无虚席，偌大的教室被挤得水泄不通。整个学期，钱穆“从未请过一次假，也没有过迟到、早退。每上课，铃声犹未落，便开始讲，没有一句题外话。他以炽热的情感和令人心折的评议，把听讲者带入所讲述的历史环境中，如见其人，如闻其语”。
1977年，钱穆83岁，冬天胃痛甚剧，次春患黄斑变性症，双目失明。时新亚书院创设钱穆讲座，金耀基院长恳请他作首次主讲人。钱先生的讲演题为《从中国历史来看中国民族性及中国文化》。
钱穆曾先后在美国耶鲁大学、哈佛大学讲课和讲演。在耶鲁大学讲课结束时被授予该校名誉博士学位。后又去哥伦比亚大学为“丁龙讲座”作演讲。在美国停留七个月后，他应邀去英国访问，参观了牛津、剑桥大学。从英国到法国、意大利，最后回到香港。
王玉哲也在《我和中国上古史》中回忆说：“在北大历史系讲中国上古史课的，是当时古史名家钱穆先生。钱先生讲上古史与别人不同，不是从远古讲起，而是先讲战国，再逆向讲春秋。并且也不是一章一节、面面俱到地讲，而是以学术问题为中心，从发现问题到解决问题，层层剖析，讲得娓娓动听，很能启发人深入思考。”
钱穆到达香港后，即创办新亚书院（今并于香港中文大学），收留战乱流离的学生。钱穆秉承了中国传统知识份子经世救国的抱负，他坦言：“我创办新亚的动机，是因为当初从大陆出来，见到许多流亡青年，到处彷徨，走投无路，又不是人人都有机会到台湾来；而我觉得自己是从事教育工作的人，怎忍眼看他们失学。同时，也觉得自己只有这一条适当的路可以走。虽然没有一点把握，但始终认定这是一件应当做的事。”
当年在北大有三个教授在学生中十分有名，被人称为“岁寒三友”。“所谓三友，就是指钱穆、汤用彤和蒙文通三位先生。钱先生的高明，汤先生的沉潜，蒙先生的汪洋恣肆，都是了不起的大学问家。”
钱穆做事特立独行。刚到燕大时，他对学生要求十分严格，批学生试卷时给分十分吝啬，八十五分以上极少，通常只批八十分，大部分在八十分以下，一个班总有几个六十分以下的。他原以为那几个学生可以通过补考过关，不料燕大规定一次不及格就开除，不许补考，从无例外。听说几个学生因为他批的分数过低将要失学，钱穆立刻找到学校当局，申说理由，要求重批试卷，学校一开始以向无先例加以拒绝，经他力争，终于破例让他重判了试卷，让那几个学生留了下来。此后阅卷，给分也就大方多了。
钱穆完成《朱子新学案》以后，应张其昀之约，任中国文化学院（现中国文学大学）历史系教授，每周两小时，学生到他家听课。又应蒋复璁之约，任国立故宫博物院特聘研究员。院在素书楼对面。院为钱辟一研究室，钱在此读《四库全书》中宋、元、明理学诸集，并撰写专论。钱穆居双溪时，曾先后两次去日本、韩国访问，又数度去香港作讲演。
钱穆一生以教育为业，五代弟子，冠盖云集，余英时、严耕望等人皆出门下。
1930年，钱穆因发表《刘向歆父子年谱》成名，被顾颉刚推荐，聘为燕京大学国文讲师。钱穆最高的文凭仅为高中（尚未毕业），完全是靠自学成才的。钱穆居北平八年，授课于燕京、北大等名校，并在清华、北师大兼课，与学术界友人时相切磋。抗战军兴，辗转任教于西南联大、武汉、华西、齐鲁、四川各大学。
晚年钱穆曾多次对人说，教大学不如教中学，教中学不如教小学。
抗战胜利后，北大复校。傅斯年代理校长之职，负责北大接收、复员和北迁事宜。但钱穆却没有得到返回北平的邀请。30年代，钱穆任教北大时，即与傅斯年相识。钱穆早年作为考据名家，被傅斯年视为史料考证派的同志，二人彼此往来问学，保持着不错的关系。但是钱穆与他在学术观点上又是同不胜异的。在钱穆看来，考古派迷信地下出土材料而将古代典籍抛之脑后，这做法与疑古派一味疑古、否定典籍同样有害，甚至有过之而无不及。在西南联大时期，随着钱穆自己史学理论体系的日渐成熟，对史料考据派进行了全面批判。为此，作为学派领袖的傅斯年对钱穆的攻击自然不会高兴。北大复校，钱穆不在被邀之列，这恐怕是重要原因之一。至此，钱穆告别了北大。
钱穆做小学教师10年，中学教师8年，任大学教师时间更长。但他对小学教师生活却情有独钟。他说，在小学任教时，每校学生都在百人左右，师生相聚，同事如兄弟，师生如家人。每天住在学校，吃在学校，工作在学校，团体如家庭，职业即人生。学校就像堂屋，故在小学任教，总觉心安。而中学、大学规模比小学大，人员比小学杂，师生之间、同事之间来往也比较烦琐。由此才知中学教师、大学教师更是个职业。
