对科赫的起诉虽然成功，但摩根并未因此而满足。他沿着贪污的线索追至波兰。在卢布林，集中营的指挥官热烈欢迎了他。该指挥官名叫维尔特，曾在贝尔赛克任格斯泰因的向导。他自豪地透露，他不但在卢布林地区建造了４座灭绝营，灭绝系统也是他建立的。他说，每个营都建得像一个波特金村庄。当火车开进假站台时，乘客都以为到了一个新城镇。维尔特津津有味地说，火车一到，他或他的代表，便向新来者致词表示欢迎（欢迎词是固定的）：“诸位犹太人，把你们带到这里来，为的是要将你们重新安置。在犹太州建立之前，你们当然得先学会如何工作。你们必须学会一门新手艺。”这些定心丸式的话讲完后，犹太人便无辜地列队走向死亡。
１９４３年的最后几天，压得希特勒喘不过气来。他的军队在列宁格勒和整个乌克兰面临着新的挫折。不仅如此。由于党卫军法官摩根终于挖出了布痕瓦尔德贪污案的网络，希特勒的灭绝计划受到了威胁。集中营指挥官科赫的同案人科勒害怕了，同意出庭作证。他被关进监狱，作为人证，但不到３天，他便死在狱中。在铁证面前，在摩根的无形审问下科赫顶不住了。他供认，除了靠犯人发财外，为了保住秘密，他处决了不少犯人。
即使如此，这个美国人坚持让摩根签署一个文件，以证实科赫夫人确曾用人皮做过灯罩。对纳粹的威胁尚且不怕的人，自然不大可能向民主国家的一个代表屈服的。由于他拒绝，人们便威胁他说，要将他交给俄国人——俄国人肯定会将他活活打死的。摩根一而再再而三地拒绝，于是便遭毒打。他虽然憎恨科赫太太，但什么也不能诱使他作假证。幸运的是，摩根活了下来，目前在西德从事法律工作。）
这促使希特勒加速执行其“最终解决”的计划。１９４４年初，他批准向一大群非党员、非党卫军泄露这个秘密。１９４３年１月２６日，希姆莱作了第三次讲话，是在波森的剧场里向２６０名左右的陆海军军官作的。他冷静地告诉他们，希特勒已把消灭犹太人的任务交给了他。“我可以告诉你们，犹太人问题已经解决了。”一阵掌声席卷了整个礼堂。有个靠近冯·格斯道夫上校（即那位要把希特勒和自己炸死的军官）的陆军军官激动地跳上椅子。在礼堂的后边，有个脸色难看的将军正在检查，看他的同事中有几个人没有鼓掌。他数了数，一共５人。
在摩根听来，维尔特的描述是“完全荒唐的”，但，在他参观了贮藏战利品的屋子后，他可不这样想了。看到堆积如山的宝物——其中有一大得令人不敢相信的表堆——后，他明白了，“某种可怕的事情正在这里发生。”他从未一次看到过这么多的钱，特别是外币，有世界各国的硬币。看见炼金炉及一大堆金砖，他惊奇得张大了嘴。
在尔后数星期内，希姆莱继续在进行他的启蒙运动。他向一群海军将领承认，他曾下令屠杀妇女和儿童。“如果我允许这些充满了仇恨的儿童在这场人反对非人的战斗中长大成人，那么，我就是个弱者，就是我们的子孙后代的罪人……但我们必须更加清楚地认识到，我们进行的是一场原始的、独创的、自然的种族战争。”在宗特霍芬，他对另一群将领也讲了几乎同样的话。“在德国，以及在占领区，一般来说，犹太人问题已经解决了”，他说。当他说到这个问题“未作妥协”
他回去后，情绪高涨，决心搞好诉讼程序，尽可能多地搞掉领导人，以期破坏集体屠杀的整个制度。他不顾恐吓和报复，把调查范围扩展至集中营。在奥拉宁堡，他的一个消息提供者——一名叫罗德的犯人——在被公开处死的最后一分钟获救——他之被处死，是为了杀一儆百，不让其他犯人与摩根合作。即使如此，他还得了个外号叫“猎犬法官”。在他努力下，约８００个贪污案和谋杀案得到审理，其中２００个案子的当事人被判刑。布痕瓦尔德的卡尔·科赫被枪毙。马伊达内克的指挥官也被处决，他的主要助手也被处死刑。塞尔托亨博斯的指挥官，由于虐待犯人，被绑在一法庭前示众；佛罗森堡的指挥官则因酗酒和好色而被开除。
此人听完后，气得发昏，答应安排摩根与希姆莱会晤。但是，由于官僚机构的种种限制，摩根的官司只能打到希姆莱的接待室。这下，摩根便认识到，要打这场官司，他非走另一条更加实际的道路不可，“那就是，利用这个制度本身提供的条件去把它的领导人和重要分子从这个制度中清除出去。对国家元首直接下令屠杀的案子我虽然无办法，但对不属此令或违反此令的屠杀，或对其他严重的控告，则可这样做。”
１９４４年早春，这些审判在德国的官僚的机构中引起了强烈的震动。于是，希姆莱——显然是受希特勒的指使——便令摩根停止调查。“猎犬法官”做得太过火了，太成功了；他正准备全面调查鲁道夫·赫斯和奥斯维辛各营。摩根一人大扫除的冲击波业已冲倒了卢布林的屠杀营之建筑。维尔特营长受命将他建造的４个营中的３个营——特莱勃林卡、索必波尔和贝尔赛克——全部毁灭，不准留下任何痕迹。任务完成后，维尔特便被派往意大利去护路，以免游击队侵犯。在这里；在摩根的法网下死里逃生的维尔特，不久便被一更粗暴的法律打倒——背上中了游击队的一颗子弹。与此同时，尽管希姆莱——希特勒有令，康拉德·摩根仍偷偷地继续进行他的赤手空拳的调查工作，以期结束“最终解决”。（*摩根也尽力证明布痕瓦尔德的指挥官的妻子伊尔塞·科赫有罪。他相信，她犯有虐待狂罪，但对她的指控却又无法证实。战后，一个美国官员要求摩根证实科赫夫人用犯人的人皮做灯罩。摩根回答说，她犯的罪行肯定很多，但这个指控却是不存在的。他曾亲自对此事进行调查，但最终只好将此案放弃。
摩根参观了维尔特建造的４个集中营——马伊达内克、特莱勃林卡、索必波尔和贝尔赛克。在每座集中营内，他都亲眼看到了处决犯人的证据——毒气室，焚尸炉，以及大片大片的墓地。这里在大规模地犯罪，但他又无力采取行动，因为命令是从元首的总理府直接下达的。摩根的唯一依靠是对“武断地屠杀”犯人一事进行起诉——这些官司倒可以打到党卫军的法庭上去。他立即着手搜集证据，终于找到了足以控告马伊达内克两名高级官员犯有谋杀罪的证据。
便解决时，厅内出现了掌声。希姆莱在“最终解决”问题上共作了１５次演讲，听众广泛，但，意味深长的是，外交部的人一个也没有。
维尔特是个基督教徒，他帮了很大的忙。他继续与摩根无拘无束地谈论这４个营的指导思想。一天，他无意说到，有个名叫霍斯的人，在奥斯维辛附近建立了另一个大型的灭绝营。在摩根听来，这地方有大量证据可以搜集。但摩根的权力有限，要到如此遥远的地方去，非有正当理由不可。很快他找到了借口：有件悬而未决的黄金走私案涉及霍斯手下的数名职员。于是，在１９４４年初，刚强的摩根便在奥斯维辛附近调查死亡营的事件了。他不费什么手脚便找到了众多的堆满财物的小屋子，毒气室和火化室。但是，在调查“不合法”的屠杀事件中，一到手下某个工作人员快接近事实真相时，调查工作便受阻。于是，摩根便决定返回德国去处理一件更重要的事情——官方的集体屠杀事件本身。抵柏林后，摩根决定面见希姆莱，向他阐述清楚，这项灭绝政策正直接把德国“引入深渊”。为了见他，摩根又不得不再次通过种种渠道。首先要找的是他的顶头上司即刑警局局长。奈比听后，大吃一惊（”我向他汇报时，我看出他毛骨悚然”），说不出话来。待他能说话时，他叫摩根立即将此事向卡尔登勃鲁纳汇报。卡尔登勃鲁纳听后也大惊失色，答应将此事直呈希姆莱和希特勒。接着，他又找了党卫军法庭的首席法官勃赖豪特。
正当希特勒在制订征服包括五大洲在内的征服计划时，他的部队却在东方朝本土节节败退。在粉碎“堡垒战役”的胜利鼓舞下，苏维埃统帅部满怀信心，勇敢地转入反攻。在１９４３年后半年，红军在某些地方推进了４００公里，把中部和南部的德军驱至第聂伯河彼岸。
