关于杨明斋之死的最为权威的说法，是《青运史资料与研究》第三辑所载《曹靖华同志谈中国社会主义青年团情况》一文，曹靖华回忆了周恩来跟他在1954年的一次谈话，内中谈及杨明斋：“后来他（引者注：指杨明斋）生病，苏联送他到西伯利亚养病，那里条件比较好，但后来病死在伊尔库茨克。”
杨明斋在中国共产党“二大”之后，日渐受到冷落，其原因可能在于他曾非常坚决地反对共产国际马林关于中国共产党党员以个人身份加入国民党、实行国共合作的建议。杨明斋的身份，不同于一般中国共产党党员，他毕竟是由俄共（布）派遣来华的。虽然在中国共产党“二大”之后，杨明斋服从共产国际的决定，拥护国共合作，然而，他已不像当初陪维经斯基来华时那样受到信任……
为了弄清杨明斋的身世，华东石油大学马列教研室教师余世诚做了许多调查工作。1988年9月，余世诚以个人名义写信给苏共中央总书记戈尔巴乔夫，请求帮助查找杨明斋的下落——因为杨明斋死于苏联，苏共的档案中会有准确的记载。
回国之后，环境险恶，杨明斋不得不隐居在北平。他埋头于著述，写出了近二十万言的《中国社会改造原理》。这本书上册在1928年出版，下册在1929年出版。
杨明斋之死，曾是一个谜。
这时，杨明斋和他的家人还保持着通信。
现在，根据苏共中央提出的建议，对所有非诉讼机关镇压的人都应该恢复名誉……
虽然他被历史淹没多年，但中国共产党人仍深深怀念着这位建党元勋。经过中国共产党党史研究者们的努力，现在，终于把杨明斋身上的历史积灰掸去。 [1]转引自余世诚：《一位忠厚长者》，《人物》1984年第4期。
他蒙冤而死之际，为五十六岁。周恩来赞誉他是“忠厚长者”。[1]
过去，杨明斋的卒年，被写成“1931年”，或者说是“1931年后”。
1925年10月，杨明斋带领一大批中国共产党党员，前往莫斯科中山大学学习。他被留在那里，负责中国留学生工作。
在1930年之后，杨明斋消息杳无。他的家人曾在北平报纸上登出寻人启事，也如泥牛入海，没有反馈。
不久，余世诚收到了苏联科学院远东研究所所长吉塔连科的来信，说他受苏共中央的委托，作如下答复：1930年1月，杨明斋未经党的领导许可，在走私者的帮助下越过中苏边界，直至这年秋天，他都在哈巴罗夫斯克扫盲站做中文教员。后来转到符拉迪沃斯托克（即海参崴），在《红星报》和无线电台工作。1931年，杨明斋被当作“叛逃者”流放到托阿斯克，当勤杂工。1934年8月，杨明斋流放期满，来到莫斯科，在一家出版社当投递员、誊写员、校对员。1938年2月，杨明斋被以捏造的罪名逮捕，同年5月被杀。
1927年夏，得知中国共产党在蒋介石“四一二”政变之后，处境维艰，他坚决要求回国，从事秘密工作。
杨明斋的死因之谜，终于大白。这位中国共产党的革命先驱，如此悲惨地死于冤屈之案，几乎令人难以置信！
杨明斋最初作为俄共（布）党员，与维经斯基一起来华，帮助建立中国共产党，曾有过不可磨灭的贡献。
戈尔巴乔夫认真地批转了余世诚的信。
此后，杨明斋的命运，如同苏联科学院远东研究所所长的公函所述……
杨明斋在中国共产党“一大”之后，又出席了中国共产党“二大”。
