1933年4月陈独秀受到了国民党政府江苏省高等法院公审。当审判长问他“何以要打倒国民政府？”陈独秀慷慨陈词，提出三条理由：
1947年，陈独秀三子陈松年遵其遗嘱，把陈独秀的棺木从四川江津迁回故乡安徽安庆市，安葬在北郊十里乡林业村，与元配高晓岚合葬。通往墓地的，原是一条狭窄的泥路。1989年五四运动七十周年前夕，那里修建了一条七米宽的柏油马路，便于汽车直达墓地。 [1]《陈独秀案开审记》，《国闻周报》第10卷17期。[2]《人民日报》，1981年7月16日。
在狱中，陈独秀有两个大书架，放着经、史、子、集，他埋头于钻研《说文》。1937年“七七”事变后，经胡适和天津南开大学校长张伯苓保释，陈独秀得以出狱。
出狱后，陈独秀离开南京，在武昌双柏巷租了三间平房暂居。他的老朋友、当年北京大学教授王星拱，此时是武汉大学校长，有意聘他在武汉大学任教。他以“我所学亦无以教人”为理由谢绝了，在1938年7月由武汉入川，来到重庆。重庆是个繁华热闹的所在，已是贫病交加的他，在那里只住了一个月便深感不适。于是，带着老母（继母谢氏）和第四次结合的妻子潘兰珍（在高晓岚、高君曼之后，陈独秀还曾与施芝英同居多年），避居于离重庆一百八十里水路的小小的江津县城。
从此，陈独秀离开了中国共产党的领导岗位。这时，他四十八岁。
根据以上三点，人民即有反抗此违背民主主义原则与无民权实质政府之义务。[1]
1933年6月30日，国民党政府最高法院终审判决，判处陈独秀有期徒刑八年。
（一）现在国民党政治是刺刀政治，人民既无发言权，即党员恐亦无发言权，不合民主政治原则。
（三）全国人民主张抗日，政府则步步退让。十九路军在上海抵抗，政府不接济。至所谓长期抗战，只是长期抵抗四个字，始终还是不抵抗。
中等个子。样子不算漂亮，但也说不上难看。不大讲究衣着，但很干净。长袍、马褂都穿，帽子不常戴，难得穿西装——除非在重要的场合。倘若他穿戴非常整齐，这往往表明有女人在照料他的生活。
此后，在1929年9月26日和彭述之联名致信中国共产党中央，表明自己的政治态度：“托洛茨基同志在一年以前，已经预见到你们不正确的政治路线之发展和你们真正的政治面目。……你们说我们是反对派，不错，我们是反对派；我们的党此时正需要反对派……”于是，同年11月15日中国共产党中央政治局通过了《关于开除陈独秀党籍并批准江苏省委开除彭述之、汪泽楷、马玉夫、蔡振德四人决议案》，从此这位“中国共产党开山书记”被开除了中国共产党党籍。
此后，他与中国共产党中央、共产国际的分歧越来越大。1928年7月，中国共产党“六大”在莫斯科召开时，共产国际直接邀请陈独秀出席，他拒不出席。
陈独秀和马林一样，都是创建中国共产党的元勋。他后来的道路，竟然也和马林颇为相似……
他的老朋友章士钊，担任他的义务辩护律师。
四一二反革命政变之后，中国共产党陡然陷入逆境之中。一大批中国共产党党员惨遭杀害，内中有中国共产党主将李大钊、赵世炎、张太雷以及中国共产党“一大”代表李汉俊。
在五四运动里面，起领导作用的是一些进步的知识分子。大学教授虽然不上街，但是他们在其中奔走呼号，做了许多事情。陈独秀是五四运动的总司令。[3]
陈出狱后，暂住在他友人家中。他说，董老（引者注：即董必武）衔中国共产党中央之命，曾去访问他一次，多年未晤，谈得很长。董老劝他，应以国家民族为重，抛弃固执和偏见，写一个书面检讨，回党工作。他说回党工作，固我所愿，惟书面检讨，碍难遵命。……
1932年10月15日，蒋介石以“危害民国罪”逮捕了陈独秀——尽管他是“反对派”的总书记，但在蒋介石看来，仍属“危害民国分子”。
此后，他越走越远。以他为首，组成了中国共产党反对派，人称“陈独秀派”。他的观点与托洛茨基（自1988年以来，苏共正在重新处理和评价托洛茨基问题）不谋而合，他接受了托洛斯基的观点。他组织了反对派小集团。
在中国共产党党史上，倘若以“届”计算的话，陈独秀主持中国共产党中央的“届”数多于毛泽东：从中共“一大”直至中国共产党“五大”，陈独秀都是中国共产党第一号人物（有时称“中央局书记”，有时称“中国共产党中央总书记”或“中国共产党中央执行委员会委员长”），共五届；毛泽东则从中国共产党“七大”至中国共产党“十大”，任中国共产党中央主席，共四届。当然，按时间计算，毛泽东作为中国共产党领袖的时间比陈独秀长得多。陈独秀作为中国共产党领袖是1921年至1927年，共六年；毛泽东则从1935年至1976年，共四十一年。
濮清泉在《我所知道的陈独秀》一文中，回忆了一段重要史实：
习惯动作是用手拍脑门。特别高兴或者格外苦恼的时候，便拍脑门——前额。
文章写得很快。有学问。口才并不很好……
怎么想就怎么说。有时会骂人，骂得没有道理。
到了7月下旬，形势变得益发危急，就连武汉汪精卫的国民政府也实行“分共”，大批逮捕和屠杀中国共产党党员。
（二）中国人民已穷至极点，军阀官僚只知道集中金钱，存放于帝国主义银行，人民则困苦到无饭吃，此为高丽（引者注：即朝鲜）亡国时之现象。
讲一口安庆话。虽然在外多年，安庆口音几乎没变。
就在1927年蒋介石发动四一二反革命政变的一周前——4月5日，陈独秀与汪精卫所发表的《汪陈联合宣言》，还在那里口口声声说“事事协商，开诚合作”。
陈独秀去世之后，安葬在江津县大西门外鼎山。
1945年，毛泽东在《“七大”工作方针》一文中，对陈独秀曲折多变的一生，作出了公允的评价：
此后，陈独秀组织了托派小组织“无产者社”。不久，在1931年5月中国各托派小组织的“统一大会”上，他当选为“中国共产党左派反对派”的中央总书记。
陈独秀最初对于“马林战略”是坚决反对的，以至向共产国际“告状”。后来他被马林说服之后，与国民党携手。然而，他只讲合作，不讲斗争，犯了严重的右倾错误。1927年，成为他的一生的浮沉分界线。
在江津，陈独秀的母亲去世，他“心绪不佳。血压高涨，两耳日夜轰鸣，几于半聋”。生活困苦的他，身体日衰。1942年5月13日，老友包惠僧前去看他，使他十分喜悦。但当夜发病，医治无效，于5月27日病逝，终年六十四岁。
烟瘾很重。不过，他不抽纸烟，而是抽雪茄——往往抽不起高档的雪茄，只是抽普通的雪茄。
关于陈独秀这个人，我们今天可以讲一讲，他是有过功劳的。他是五四运动时期的总司令，整个运动实际上是他领导的。他与周围的一群人，如李大钊同志等，是起了大作用的。……我们是他们那一代人的学生。五四运动，替中国共产党准备了干部。那个时候有《新青年》杂志，是陈独秀主编的。被这个杂志和五四运动警醒起来的人，后头有一部分进了共产党。这些人受陈独秀和他周围一群人的影响很大，可以说是由他集合起来，这才成立了党。我说陈独秀在某几点上，好像俄国的普列汉诺夫，做了启蒙运动的工作，创造了党，但他在思想上不如普列汉诺夫。普列汉诺夫在俄国做过很好的马克思主义的宣传。陈独秀则不然，甚至有些很不正确的言论，但是他创造了党，有功劳。普列汉诺夫以后变成了孟什维克，陈独秀是中国的孟什维克。……关于陈独秀，将来修党史的时候，还是要讲到他。[2]
笔者曾多次访问过年已九旬的陈独秀老朋友郑超麟，他曾这么勾画过陈独秀的形象：
在1927年4月下旬召开的中国共产党“五大”上，陈独秀受到党内尖锐的批判，他的领袖地位动摇了——虽然大会仍选他担任中国共产党中央总书记。
另外，毛泽东在1942年3月30日中国共产党中央学习组关于《如何研究中国共产党党史》的讲话中，也谈及陈独秀：
在这生死存亡的紧要关头，8月7日中国共产党在汉口召开秘密紧急会议，史称“八七会议”。这次会议，推选瞿秋白、李维汉、苏兆征等组成中国共产党临时政治局。这样，瞿秋白取代了陈独秀，主持中国共产党中央工作。
