皇太子当时觉得这些话是胡说八道，可是现在这些话却突然具有了可怕的力量。如果圣地真的一片荒凉——教会脱离了基督，反基督统治那里，将会如何？
陛下最卑贱之女奴
就在这个时候，主易圣容军团的监狱里正在进行着严刑拷打。
宣读诏书的第二天，2月4日，差役向彼得堡和苏兹达尔飞驰，奉命将皇太子供出的那些人押往莫斯科。
“我之所以脱去修女服，因为多西菲主教谈到圣像显灵说话和其他兆头时预言说，上帝将发怒，百姓将叛乱，皇上不久将死，皇后将和皇太子一起当政。”
基金在押往莫斯科途中企图用镣铐自缢而死，但被发现，没能成功。
最仁慈之皇上：
父亲的形象一分为二了：皇太子看见变形人顷刻之间变成两张面孔——一张是亲生父亲的面孔，善良而亲切；另一张——跟他格格不入，让他恐惧，犹如死人的面具——是野兽的面孔。最可怕的是，他不知道这两张面孔中哪一张是真的——是父亲的，还是野兽的？父亲变成了野兽，还是野兽变成了父亲？他惊恐万状，他觉得自己发疯了。
“如今在教堂里，在僧侣们的身上，在秘密中，在诵读经文和吟唱圣诗中，在圣像上，在所有的事物中，都没有上帝的恩赐——一切都被收回到天上去了。敬畏上帝的人不到教堂去了。你可知道，你们圣餐礼上的圣饼可像什么东西？你明白我所说的：像是倒在城里街道广场上的死狗。只要领了圣餐，这个人就能获得生命——可怜的人就死了！你们的圣餐可真是万能，跟砒霜或升汞一样——很快就渗进骨髓和大脑里去，魔鬼把灵魂给毒化了——然后你就得下到火焰地狱里，受到火烤，就跟不可救药的罪人该隐一样！”
多西菲被抓获，宗教会议免去其高级教士之职，把他叫作被免职的神甫杰米德。
公主说：“等到皇上不在世时，我高兴尽力帮助皇太子关心人民和治理国家。”她还说：“你们这些高级僧侣是干什么的，皇上有妻子活在世上，却让他跟另一个女人结婚？他要么把前皇后召回来，要么死了！”举行向彼得·彼得罗维奇宣誓效忠仪式时，被解职的神甫杰米德从宗教会议来见玛丽娅公主，她说：“皇上这事做得不应该，废黜长子，立幼子为太子，他只有两岁，而长子已经成年了。”
女长老卡普捷琳娜供认：
皇后还供认：
“格列鲍夫晚上常到前皇后叶莲娜修女那里去，跟她接吻和拥抱。我遇到这种情况便躲开。我收到过格列鲍夫的情书。”
托尔斯泰很长时间不想说。可是最后还是给他念了一道谕旨，这暂时还保密，要在建立宗教机关——圣主教公会时才能宣布：
圣上之前妻阿芙多季娅
整个这段时间，皇太子都被关押在主易圣容宫，戒备森严，与军团总部和监狱为邻。白天黑夜都能听见受刑者的号叫声。最可怕的是跟母亲见面。皇太子听说，父亲亲自用皮鞭抽打她。
雅科夫·多尔戈鲁基公爵出面为自己的兄弟说情。
审讯持续了两个多月。彼得几乎每一天都亲自到监狱来监督审讯，有时亲自审讯。可是尽管费了九牛二虎之力，但却没有达到主要目的——没有找到所要找的“叛乱祸根”。无论是在皇太子的供词里，还是在其他证人的供词里都没有真凭实据，只有言论，传闻，疯癫女人的胡言乱语，痴呆的老头子和老太婆在修道院角落里的窃窃私语。
他一连好几天没有摆脱这种沉思。有人跟他谈话时，他心不在焉地看着人家，好像是不明白对他说些什么，突然好像是僵住了——用托尔斯泰的说法，成了半死不活的人。但是对所提的问题要点却写了准确答案，肯定了忏悔时所说的一切，尽管预感到这是无益的，父亲什么都不会相信。
数年前，不记得何年，吾根据自己之许诺，于苏兹达尔波克罗夫修道院剃度为尼，更名叶莲娜。剃度之后，衣半年修女服；后不愿当修女，故脱之，但仍老老实实在修道院里隐居。吾之退隐已通过格里高利·皮萨列夫禀报圣上矣。如今吾期待陛下之宽宏大度。向陛下叩首，乞求宽厚，饶恕吾之罪过，勿让吾暴死。吾将一如既往，保证当修女，于修道院中隐居至死，为皇帝陛下向上帝祈祷。
被免职的神甫杰米德在监狱里给吊起来，问他：“你为什么希望皇帝陛下快点儿死？”杰米德回答道：“我希望皇太子阿列克塞·彼得罗维奇继位，好让老百姓能轻松一些，缩小彼得堡的建设规模或者完全停建。”
瓦西里公爵后来自己说：“我在彼得堡是偶然被捕的，押往莫斯科时披枷戴镣，已经完全绝望，昏昏沉沉，被羁押在主易圣容军团，后来押解到总部去见皇帝陛下，看到皇太子有关我的供词不实，非常害怕。”
杰米德还供出了皇上的妹妹玛丽娅公主。
阿列克塞明白了，瓦尔拉阿姆神父破坏了忏悔的秘密，他想起了德米特里·罗斯托夫斯基的话：
“我跟前皇后有过暧昧关系，跟她发生过淫乱。”
他供出了皇后的弟弟、皇太子的舅舅阿甫拉阿姆·洛普欣。把他也抓起来，在跟杰米德对质时拷问他。洛普欣挨了十五下，杰米德挨了十九下。二人都供认，盼望皇上早死，让皇太子继位。
他上书沙皇说：“恳请皇上开恩。臣等虽已年迈，但绝不带着恶人的罪名进入棺材，这不仅过早割断生命之绳，而且辱没美名。卑臣叩请最仁慈的陛下开恩！”
在彼得堡捕获了亚历山大·基金、皇太子的听差伊万·阿芳纳西伊奇、他的老师尼基福·维亚节姆斯基以及其他许多人。
多西菲在宗教会议上说：“犯了案的只有我一个人。你们看看所有的人心里是怎么想的！你们听听老百姓怎么说的！”
那个修道院的女长老玛列米雅娜供认：
彼得再一次感到自己孤独。假如雅科夫公爵这样公正的人——也成了叛徒，还能信任谁呢？
然而，近来酒已经不能给皇太子造成忘我状态，而取代可怕现实的是更加可怕的梦境。不仅是在睡梦中，而且清醒时，在光天化日之下，他也受到梦魇的折磨。他过着两种生活——现实的和虚幻的，两者纠缠在一起，混合在一起，因此他分辨不清彼此，不知道哪个是在梦中，哪个是在清醒的时候。
格里高利·斯科尔尼亚科夫-皮萨列夫中尉从苏兹达尔把前皇后阿芙多季娅——现在的修女叶莲娜押往莫斯科。她在途中给沙皇写了封信：
皇太子听了谕旨，从桌子后面站起来——他是单独跟托尔斯泰共进晚餐时谈话的——正如前几天在报答堂的密室里犯病时那样，他那张苍白的脸立刻变红了。皇太子看了托尔斯泰一眼，让托尔斯泰一惊，以为皇太子又犯病了。但这一次却平安无事。皇太子安静下来，好像是陷入了沉思。
公主本来是缄口不言，可是把她带到狱中跟杰米德对质，她就招认了一切。
但对别的事则守口如瓶。给他施加了可怕的刑讯：用鞭子抽，用火烧，放在外面冻，打断了肋骨，用钳子夹他身上的肉，把他放到钉子板上，让他赤脚站在尖木桩上，他的双脚溃烂了。可是他忍住了这一切折磨，没有出卖任何人，拒不招供。
“喝死才好——他就得有这一天。坏人不得好死！”
这时开始了梦魇。
“如果某一国君或民事法庭逼迫神父说出忏悔者的罪过，并用折磨或死亡来威胁他，那么这个神父就应该去死，戴上痛苦的荆冠，而拒不泄露忏悔的内容。”
他有时决定为母亲，为自己，为所有的人向父亲报仇，夜间在床上醒来，从枕头下面取出剃刀，只穿一件衬衣就爬起来，悄悄地走在皇宫黑暗的过道上；从睡在门口的听差身上越过去，进入父亲的卧室，向他俯下身去，摸到他的喉咙，割下去，感到他的血是冷的，像是死人的脓血；他惊恐地放下没有能杀死的人，头也不回地逃走了。
前皇后供认：“2月21日那天，叶莲娜女长老被带到总部，跟斯捷潘·格列鲍夫对质时说，我和他发生过淫乱，我有罪。亲笔写下此供词——叶莲娜。”
于是怀疑的阴影也落到雅科夫公爵头上。基金供认，多尔戈鲁基公爵建议皇太子不要到哥本哈根去见皇上。
彼得没有动这个老头，但对他进行了威胁，雅科夫公爵认为有必要向沙皇提起自己以前的忠心耿耿，最后痛苦地说：“我听说，如今我要得到嘉奖，将被铁扦刺死。”
皇太子几乎是每天晚上都喝得酩酊大醉，不省人事。御医阿列斯金断定他要得上酒狂病。可是停止喝酒，他又苦闷异常，无法忍受，于是又喝起来。阿列斯金也向皇上报告了威胁着皇太子的病。但彼得回答说：
但谁是反基督呢？
“我们不能对皇后说，你为什么脱下修女服？她多次说：‘这都是我们皇家的事，你们也都知道，皇上为了自己的母亲奖赏给火枪兵什么东西了，而我的儿子已经长大成人！’斯捷潘·格列鲍夫少校在苏兹达尔招募士兵，皇后让他到自己的净室来；两个人锁上门，说悄悄话，打发我回到自己净室去裁衣服，给了几个小钱，让我们去念祈祷词。格列鲍夫胆大包天，我对他说：‘你以为怎么的？老百姓会知道的！’皇后为此骂我了一通：‘鬼问你啦？你竟然监视起我来了。’别人对我说：‘你为什么惹皇后生气？’斯捷潘夜间到她那里去，这是值夜女仆告诉我的，女侏儒阿加菲娅也说：‘格列鲍夫经过我们那里，我们连动都不敢动。’”
托尔斯泰建议他不要隐瞒任何事情，因为似乎是沙皇已经知道了一切，只不过是要求他证实一下而已。
他有时梦见父亲在监狱里殴打母亲；他听见了皮鞭在空中的呼啸声和抽打在裸露着的躯体上的噼啪声；他看见了苍白的躯体上一道道紫青色的鞭痕，他发出比母亲更加可怕的号叫声，倒下了，像个死人似的。
格列鲍夫本人的供词很简短：
彼得有时模模糊糊地感到，最好是放弃这一切，不予理睬，藐视他们——宽恕他们。可是已经无法刹住，预料到了只有一个结局——儿子的死。
他有时想起经书里关于叛徒犹大的话——自缢而死，便潜入楼梯底下堆放破烂东西的仓库里，用一个翻倒的空箱子把三条脚的破椅子支起来，爬到上面去，解下天棚上挂灯笼用的绳子，系个绳套，套在自己的脖子上，踢倒椅子之前想要画个十字——可是突然间，不知从何处跳出一只大黑猫，在他的脚下弓起腰，喵喵地叫，向他表示亲热，用两条后腿站起来，把两个前爪子搭在他的肩上——这已经不是一只猫，而是一头巨兽。皇太子在巨兽的脸上看出一张人脸——只见颧骨宽宽的，两只眼睛凸起，胡须向上翘着，像是“科塔勃雷斯猫”。他想要从猫爪中挣脱出去。可是野兽却把他摔倒，跟他嬉耍起来，像是猫耍戏老鼠一样，忽而抓住他，忽而松开他，忽而抚摸他，忽而用爪子挠他。突然用爪子抠住他的心脏。他认出一个人，人们说他：“给野兽鞠个躬说，有谁像这头野兽，有谁能和它厮打？”
“爸爸是从谁那里知道的？”皇太子问道。
“有人向自己的忏悔神父说出危害国家声誉和安全之罪恶企图时，该神父应立即向有关部门，主易圣容军团或保密局报告。这样做无损于忏悔，该神父不仅不违背福音书之规定，而且是履行基督之教诲：就是你兄弟不听话，你也要揭穿他，向教会报告。主需要了解你兄弟的罪恶，更需要了解危害国君之罪恶阴谋。”
审讯时，他在严刑拷打之下，供出瓦西里·多尔戈鲁基公爵是阿列克塞的主要谋士。
彼得通过托尔斯泰交给儿子一份“问题要点”。皇太子必须以书面形式回答这些问题。
他也想起了一个分裂教派长老的话，当年他奉父命到诺甫哥罗德森林去砍伐造小桡战船用的松树时，跟这个长老进行了一次谈话：
沙皇打算以后在诏书中向百姓公布这个供词。
