商鞅在秦国执政19年，他的新法在秦孝公的支持下，得到较彻底的实行，取得了巨大成功。然而，变法并非一帆风顺。围绕着要不要革新变法，如何贯彻新法等重要问题，商鞅同保守派势力作了殊死的斗争。
这时，惠文王师、被商鞅劓〔yi义，割鼻〕刑而八年未出家门的公子虔等人重新活跃起来，反对商鞅。他们四处活动，诬告商鞅要谋反。还对惠文王煽动说：“现在连秦国的妇女、儿童都谈论商鞅之法，不讲大王的法令。这样，商鞅反而成了君主，大王则成了臣民。再说，商鞅坚持与大王为敌，愿大王设法除掉他。”于是惠文王下令，缉捕商鞅。
新法在全国施行了一年，数千人来到国都，反映法令执行不利。因为新法剥夺了奴隶主贵族的特权，侵犯了他们的既得利益，故此遭到了他们的强烈反对。面对保守派的挑战，商鞅毫不含糊，主张将其绳之以法。太子傅公子虔和太子师公孙贾教唆年幼的太子驷公开出来反对变法。商鞅对孝公说：“新法难以推行，阻力主要来自上层贵戚的破坏和捣乱。要实行变法，先从太子头上开刀。”太子驷犯法，应当处罚，考虑到他是嗣君，不便行刑，商鞅下令割掉公子虔的鼻子，黥〔qing情，刺字〕公孙贾面额，狠狠地打击了保守势力的猖狂进攻。商鞅的这一举动打破了奴隶制时代的那种“刑不上大夫”的旧礼制，受到百姓的称赞。“秦人皆趋令”，新法迅速推广起来。
商鞅在秦国致力于封建改革十多年，为此献出了生命。但商鞅变法顺应了历史的潮流，合乎民心，在社会上产生了巨大的反响。当时的百姓皆言法制，不少人家珍藏管仲、商鞅的法令。先秦著名的思想家韩非歌颂商鞅功绩“名垂百世。”
公元前338年，正当秦军东征节节胜利之时，秦孝公身患重病。弥留之际，孝公想把王位传给商鞅，被商鞅谢绝了。这年五月，孝公死去了，太子驷即位，是为秦惠文王(公元前337—前311年)。不久，商鞅便辞官，告老还乡了。
一次，一个叫赵良的人去见商鞅。起初，他劝商鞅让出手中的职权，接着又以儒家“恃德者昌、恃力者亡”的主张，要商鞅放弃峻法严刑，并威胁说：“现在百姓对你积怨很多，你的处境就好像早晨的露珠一样，不会长久。你想延年益寿吗？还不如隐居商、於十五邑，在地方浇灌田园，安居乐业。”商鞅说：“你好好看看我是怎样治理秦国的！”他没有听从赵良的说教，继续坚持变法。这时，商鞅也感到了社会各方面的潜在威胁，为防万一，每次巡行，全副武装的车驾数十辆，前呼后拥，好不威严！
随着变法的深入，社会效果日益明显。在秦国十年，商鞅的权势也越来越大，他用严刑峻法不仅镇压公开诋毁新法的“乱化之民”，就是对不法的宗室贵戚也决不手软，引起了他们对商鞅的忿恨不满。
商鞅虽然死了，但“秦法未败”(《韩非子·定法篇》)。秦孝公至秦庄襄王，相传六代，历时百余年，商鞅之法相沿不变，社会较为安定，经济持续发展。公元前221年，秦王赢政“灭诸侯，成帝业”，统一了中国。商鞅变法为这一伟业的实现奠定了坚实的基础。
商鞅闻讯后，立即逃离秦国。来到关口，天已黑了，只好找家旅店歇息一夜。客店主人不认识他，说：“商鞅之法规定，投宿客人没有凭证，查出后连店主一同治罪。”因商鞅仓惶出走，未带任何凭证，被店主拒之门外。商鞅感慨地说：“新法的弊病，竟加到了我的身上。”他无奈逃往魏国。魏国人抱怨他欺骗公子卬而打败魏军，拒不收留他。商鞅走投无路，又返回秦国自己的商、於封邑，组织邑兵准备反抗秦兵的搜捕。终因寡不敌众，商鞅及全家被秦兵抓获。秦惠文王用最残酷的刑法车裂了商鞅示众，并威吓说：“看还有谁敢像商鞅这样造反！”接着，又杀掉他的全家。
