光绪皇帝及帝党翁同龢、张荫桓等较坚决地支持维新运动，提拔任用康有为等维新派，发挥他们的才干。就在这时，慈禧太后等也早已下手准备扼杀维新运动。“凡皇上有所亲近之人，西后(慈禧)必加谴逐”(《戊戌变法》第二册，《新党某君上日本政府会社论中国政变书》)。光绪二十二年(公元1896年)春天，慈禧太后将帝党骨干文廷式革职永不叙用。接着，后党有步骤地对帝党首领翁同龢等人发起了进攻。光绪帝非常气愤，他让庆亲王奕劻转告慈禧太后说：“朕不能为亡国之君，若不予我以权，宁逊位而已。”当军机大臣要查究康有为和保国会时，光绪帝斥责说：“会能保国，岂不大善，何可查究耶？”慈禧闻听此言，非常恼怒。但在奕劻的劝说下，她采取了“以退为进”的策略，以便置光绪帝及维新派于死地。足见维新派与顽固派的斗争是多么激烈与残酷。
戊戌变法是一次具有进步意义的资产阶级救亡图存运动，它的失败说明了资产阶级的改良道路在半殖民地半封建中国是行不通的。戊戌维新留下了极宝贵的经验教训。从此中国人民反帝反封建斗争不断深入发展。
八月初六日，慈禧突然发动宫廷政变，立即将光绪帝囚禁于瀛台，由她公开出面“训政”。五天以后，她以光绪帝的名义下诏废除“百日维新”时期推行的一切新政，恢复原有旧制，裁并的衙门重新成立，废除的八股文又被采用。只有京师大学堂被保留下来。顽固派还通令全国报纸一律停办，并捉拿各报主笔。紧接着，大肆捕杀维新人士。谭嗣同、林旭、刘光第、杨锐、杨深秀、康广仁六君子，在政变七天后未经审判，在北京菜市口被杀害。其中谭嗣同牺牲得最为壮烈。在生死的紧要关头，他没有离开北京。有的西方人很器重他，请他到某国使馆内避难。谭嗣同谢绝了，并无限慷慨地说：“不有行者，谁图将来？不有死者，谁鼓士气？”“我国二百年来，未有为民变法流血者，流血请自谭嗣同始。”(《清国殉难六士传》，《知新报》第七十五册)八月初九，谭被捕入狱。在狱中他挥笔题壁：“望门投止思张俭，忍死须臾待杜根。我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”(《谭嗣同全集》上)十三日，谭嗣同临刑前，面不改色地说：“有心杀贼，无力回天，死得其所，快哉快哉！”康有为和梁启超分别在英国和日本的保护下，到达日本，免于一死。至此，轰轰烈烈的戊戌维新运动失败了。
康有为领导的维新运动对封建顽固势力无疑是致命的打击，自然会遇到他们的强烈反对。康有为的《新学伪经考》一书刚发表，一些守旧的封建官僚和士大夫便指责该书是“以诡辩之才，肆狂瞽之谈”，“扇惑后进，号召生徒”，“非圣无法，惑世诬民”。并攻击他是“圣人之蟊贼，古今之巨蠹”(《翼教丛编》卷二《安晓峰侍御请毁禁新学伪经考片》)。请求“销毁原书”，治罪康有为。尔后，康有为几封历陈时弊，提出变法主张的上书，都被顽固派官僚以不宜转呈为由而拒绝。就在光绪皇帝下令让大臣听取康有为变革的建策时，慈禧太后的后党顽固派代表荣禄等人则多方刁难。当然，康有为等也早已感到守旧势力是很大的。因此，在百日维新时，也适当地调整了他们的主张和措施，以便使变法深入下去。
“百日维新”一开始，后党便从中进行破坏。四月二十七日，即宣布定国是诏的第五天，慈禧太后就以帝师翁同龢办事“多未允协”，“揽权狂悖”，“断难胜枢机之任”为由，迫使光绪帝革去翁的军机大臣、户部尚书等职，将其开缺回籍。慈禧太后这一招是对光绪帝和维新派的沉重打击。她还通过光绪帝颁布谕旨，凡新任二品以上的大臣都要到皇太后(即慈禧)面前叩头谢恩。同时，慈禧还将心腹大臣荣禄授予直隶总督要职，统率数万精兵，掌握京畿一带的军权。这样，以慈禧为首的后党集团控制了军政大权，政变的布置正在加紧进行。这时，光绪帝也感到变法的艰难和事态的严重，自己的帝位也将不能保全，请康有为设法相助。维新派谭嗣同只好夜访袁世凯，求他出来保驾。两面派的袁世凯投靠了慈禧太后，出卖了维新派。
