设立司农官署，百姓安业力农。在灭南宋前，在近臣姚枢、张德辉等劝导下，忽必烈已经开始重视农业生产，“宽赋税，省徭役”，发展农桑。刘秉忠建言：“宜差劝农官一员，率天下百姓务农桑，营产业，实国之大益。”(《元史·刘秉忠传》)忽必烈均予采纳。中统二年(公元1261年)，设置劝农司，派遣八名劝农使巡视各地农业生产，并将招抚逃户、户口增减、农业丰歉作为地方官吏黜陟的依据。至元七年(公元1270年)，设立司农司，后更名大司农司，专掌农桑水利，还颁行农桑之制14条，申明劝课农桑赏罚之法。二十六年(公元1289年)，再设营田司，督促地方大兴农田水利建设。修渠道，筑陂塘，防御水旱，保农业丰产。如开凿泾渠，灌溉关中之田，使渭水平原旱涝得收。
忽必烈针对蒙古贵族废农就牧给中原农业生产造成的诸种弊病，进行认真的治理与纠正，倡导“安业力农”，主要采取以下几项措施。
“不得以民田为牧地”。忽必烈多次下令禁止蒙古王公贵族改农田为牧场，将已改的牧场退还耕地。就在忽必烈当政时，蒙古王公贵族在山东地区占民田近千顷，放养牲畜，“行营军士多占民田为牧地，纵牛马坏民禾稼桑枣”。镇守陕西关中的忽必烈之子安西王属下管畜牧的冒夺民田至万顷。忽必烈下诏严禁占农田为牧场。至元十三年(公元1276年)，蒙古军攻克临安(今杭州)，他即宣布：江浙淮湖地区，“凡管军将校及宋官吏有以势力夺民田庐产业者，俾各归其主，无主则以给附近人民无产业者”(《元史·世祖纪六》)。忽必烈从维护封建土地所有制出发，除官司土地自行收系外，“诸人种田地，收纳税石”。并令将牧场退还给农民耕种，或采用租佃的方式召民耕作，征收租税。如安西王将泾水一带几千顷牧地分给2000家农民耕种。为了保护农业生产，忽必烈还下令禁止军队践踏田园，不准牲畜毁坏庄稼。这一措施的贯彻有利于北方农业生产的迅速恢复和发展。
全国统一后，忽必烈更加重视发展农业。他在致南宋降将高达的信中说：“夫争国家者，取其土地人民而已，虽得土地而无民，其谁与居？今欲保守新附城邑，使百姓安业力农。蒙古人未知之也。尔熟知其事，宜加勉旃〔zhan沾〕。湖南州郡皆汝旧部曲，未归附者何以招怀？生民何以安业？听汝为之。”(《元史·世祖纪一》)这段话充分反映了忽必烈对农业生产和封建土地所有制的高度重视，要保护租佃制，“劝农桑以富民”。为了推动农业发展，忽必烈还提倡改进生产技术，普及农业知识。他令大司农汇集古今农桑典籍，撮其要者，编纂成《农桑辑要》一书，刊行四方。“用之则力省而功倍”，卓见明效。经过半个世纪的努力，蒙古贵族逐步地适应了中原地区先进的生产方式，放弃了传统的游牧经济及其剥削方式，大力扶植汉族地主阶级，发展农桑生产，从而，也使蒙古农奴主逐步地转化为封建大地主。封建经济的稳定增长为蒙古贵族在全国统治的巩固奠定了坚实的物质基础。
公元1251年，蒙哥即汗位，令忽必烈掌管漠南汉地。他将自己的府邸南迁到爪忽都(即金莲川)之地，“召集天下英俊，访问治道。一时贤士大夫，云合辐凑，争进所闻”(《元文类》卷五十八《中书左丞张公神道碑》)。中统元年(公元1260年)十二月，忽必烈在诏书中已经明确指出：先世“以武功创业”，而“文化未修”。决心“鼎新革故，务一万方”(《元史·安南传》)。他目睹了“汉地不治”而造成人口流亡、田园荒芜的悲惨现状，“遵用汉法”，在河北邢州、河南、陕西等地进行改革实践。忽必烈深刻地体会到发展农桑乃是“国家经赋之源，生民衣食之本”的道理，直至他登上汗位，仍然以“劝农桑为急务”，大力发展农业生产。
改变屠杀和掠夺驱口的旧习，保护社会生产力。忽必烈接受了姚枢、许衡等人的建议，“行仁政，不嗜杀”，扭转了蒙古贵族攻城略地大肆杀掠的政策。他以宋代大将曹彬取南唐时不杀一人为榜样，禁止滥杀无辜平民。公元1253年，蒙古军抵云南大理城，忽必烈命姚枢裂帛为旗，上书止杀之令，分悬街陌，“由是民得相完保”。公元1259年，蒙古军伐南宋，刘秉忠、张文谦等奏言：“王者之师，有征无战，当一视同仁，不可嗜杀。”忽必烈即纳其言，明令诸将“毋得妄杀，毋焚人室庐，所获生口悉纵之”(《元史·张文谦传》)。至元十一年(公元1274年)，忽必烈对南征统帅伯颜说：“曹彬不嗜杀人，一举而定江南。汝今体朕心，古法(曹)彬事，毋使吾赤子横罹锋刃。”忽必烈多次降“不杀人之诏”，也颇见成效，在征服战争中，蒙古骑兵杀人数量确实明显减少。在灭宋过程中，忽必烈还一再重申禁止掠夺人口为奴，已掠抢为奴者要释放，目的是让百姓安心从事生产，国家控制更多的户籍，保证赋役正常的征派。至元八年(公元1271年)，颁布《户口条画》，规定凡贵族、权势之家非法占为奴者，按籍追出，编为民户。十七年(公元1280年)，命令阿里海牙、忽失帖木儿等将领把所俘32000余口，解脱为民。尔后，又令御史台分拣浙东总管所俘的1695人亦释放为民。忽必烈这种做法是对社会生产力的保护，也是元初社会经济得以很快复苏的重要原因。
