一次，林语堂问清华同事刘大钧：“如果我们不信上帝是天父，便不能普爱同行，行见世界大乱了，对不对呀？”刘答：“为什么呢？我们还可以做好人，做善人呀，只因为我们是人的缘故。做好人正是人所当做的。”林猛然醒悟，“同基督教之最后一线关系剪断了”。
但此时林语堂还是无法放弃对上帝的信仰，他说：“我总不能设想一个无神的世界。我只是觉得如果上帝不存在，整个宇宙将至彻底崩溃，而特别是人的生命。”在清华任教时，他还主动承担了一个星期日圣经班的课程，向学生们宣讲基督教知识。
林语堂曾解释他重新皈依基督教的原因：“三十多年来，我唯一的宗教乃是人文主义，相信人有了理性指引就什么都不假外求，只要进步，世界就会自动变得更好。可是在观察二十世纪物质主义的进展，和不信上帝的国家里所发生的种种事态之后，我深信人文主义不够，深信人类如果要继续生存，需要接触自身以外，比人类伟大的力量。”
在哈佛留学时，林语堂对夫人说，基督教最使他不满的是，它注重罪恶，要耶稣替人赎罪，才可以进入天堂。他又说，何必要天天祷告，有什么事都去麻烦上帝，一天叫他多少遍，像个三岁的孩子叫妈妈一样，上帝听了会不会厌烦？廖翠凤听了这话不敢出声，只觉得丈夫在胡说八道，希望千万别被别人听见了。
在厦门读小学时，林语堂曾测试上帝是否存在。他每周有一个铜元的零花钱，买一个芝麻饼后还剩下四文，只够买四个糖果。某次，他祈求上帝能让他拾到一个银角子，够他去饭馆吃碗素面。他再三闭目祷告，希望出现奇迹，但结果令他失望。
入圣约翰大学后，林语堂最先读的是神学班，最让林接受不了的基督教理论一是耶稣为处女所生，二是耶稣肉体升天之论，他向教授们提出疑问，教授也说这两条有问题，他们自己也不相信。林十分愤怒，他觉得，既然自己的神学家都不相信，那为什么一定要中国的教徒先接受这两条才能受洗，这是伪善。一年后，林语堂离开了神学班。
林语堂回忆：“有一次在假期回家，我在教会登坛讲道，发挥旧约《圣经》应当做各式的文学读，如《约伯记》是犹太戏剧，《列王记》是犹太历史，《雅歌》是情歌，而《创世纪》和《出埃及记》是很好的、很有趣的犹太神话和传说。这宣教辞把我父亲吓得惊惶失措。”
儿时，林语堂祈祷时，常常想象上帝必在他的头顶几寸之遥，靠近他的头发。这种想象令他有一种不可言说的感觉。
在厦门鼓浪屿读书时，林语堂发现外国人分为三类，一类是传教士，身穿清洁无暇的白衣，一类是水手，他们喝醉酒后在街上狂歌、乱叫，还有一类是商人，坐着四人轿子，对中国孩子随意拳打脚踢。林看到这些友善的传教士和穷凶极恶的水手、商人都是乘坐停泊在厦门港口的外国战舰一起来到中国的，多少有些失望。一次，他偷偷到外国俱乐部，看见舞会上的“外国男女，半裸其体，互相偎抱，狎亵无耻，行若生番”，林觉得惊骇又丑恶。
50年代，林语堂重新皈依基督教。一次，在美国的林语堂陪廖翠凤去做礼拜，林觉得牧师的讲道很有启发性，于是每个星期天都去听讲，觉得心安神乐，就自然地皈依了基督教。
