胡乔木依然处于正常工作状态。
尼赫鲁，当时的印度总理。他本来对中国持友好态度。后来，尼赫鲁支持西藏叛乱，转为反华。1959年4月27日，他在印度人民院发表演讲，把西藏平叛说成是“武装干涉”，他表示同情和支持“西藏人的自治愿望”。毛泽东读后，指示《人民日报》于4月30日全文转载尼赫鲁讲演，同时要胡乔木写一篇评论。
胡乔木倾注全力写出了一篇《再论》式的长篇评论，题目《西藏的革命和尼赫鲁的哲学》。《再论》批判的是“西尼”——尼基塔·赫鲁晓夫，此文批判的则是“东尼”——尼赫鲁。胡乔木这枝笔批了“两尼”。
毛泽东曾说过：“胡乔木写过许多好文章，《再论》和《尼赫鲁的哲学》就是他写的嘛！”
在修改《西藏的革命和尼赫鲁的哲学》一文过程中，最难处理得当的是对尼赫鲁的态度。他既是我们批评的对象，又是我们团结的对象。毛主席和周总理在讨论过程中讲了许多切中要害而又分寸得当的意见，要求在修改中体现又团结又斗争，以斗争求团结的方针。如何在行文中贯彻这个方针，难度相当大。乔木同志经多次斟酌，反复修改之后，终于找到了比较妥善的办法。这就是：全文开篇高屋建瓴，从西藏革命讲起，揭露西藏农奴制度的反动，黑暗，残酷与野蛮，这就势如破竹，彻底摧毁了借口中国军队平息西藏叛乱的反华言论的基础。接着是采取中国古文作法中“欲抑先扬”的笔法，首先充分肯定尼赫鲁的好话，然后批评他的谬论，并且利用他的前后矛盾，以其矛攻其盾。整篇文章充分摆事实，讲道理，细细道来，不慌不忙，尖锐处人木三分，委婉处娓娓动听，抑扬顿挫，理情并茂。这篇论文的最后部分，根据周总理的意见，引用。尼赫鲁1954年访华时的友好讲话，并表示中印两国和两国人民将继续友好合作，为亚洲和世界和平而努力。这就圈划了团结——批评——团结这个公式的圆满的句号。
在这“但是”之后，胡乔木逐条批驳了尼赫鲁关于中国西藏问题的一系列错误论点，最后又回归到希望中印继续友好、共同携手的话题上。
当时吴冷西“作为他的助手，从头到尾参加了起草，修改过程，深感这是高难度的作业”。吴冷西回忆说：
虽说毛泽东批评了胡乔木，好在乔木马上表示接受批评，而且问题的性质并不严重，也就过去了。从此，胡乔木在毛泽东身边工作，越发小心——他本来就很谨慎小心。
“但是，他在1959年4月27日的讲话中却唱着一种多么不同的调子！”
胡乔木正是在肯定了尼赫鲁的这一面之后，展开了对他的另一面的批判：
确实，胡乔木很恰当地掌握了分寸，做到了毛泽东所说的“有理，有利，有节”。
毛泽东很欣赏胡乔木这篇文章，嘱令仍以“人民日报编辑部根据中共中央政治局扩大会议讨论写成”的名义发表，使此文的“规格”向《再论》看齐。
相比而言，在三位秘书之中，胡乔木受到的毛泽东的批评是最轻的。
毛泽东对于田家英的批评，将在后文写及。
1959年4月底，毛泽东交给胡乔木一项重要写作任务：以《人民日报》编辑部名义，写一篇关于尼赫鲁演说的评论。
在那些日子里，毛泽东接连批评了他的三位秘书——先是陈伯达，接着是胡乔木，然后是田家英。
“我们现在被迫在自己的评论中同尼赫鲁先生有所争辩，这是我们非常难过的事。尼赫鲁先生是我们尊敬的友好邻邦印度的总理，是世界上有威望的政治家之一。对于我们来说，尤其不能忘记的是，他是一位中国的友人，一位帝国主义的战争政策和侵略政策的反对者。而且，他对于社会进步，也曾经发表过不少开明的言论。……”
1959年5月6日，《人民日报》全文刊载了《西藏的革命和尼赫鲁的哲学》长文。胡乔木十分准确地掌握着与尼赫鲁论战的分寸：
毛泽东对陈伯达的批评非常严厉。那是在1958年11月的郑州会议上。毛泽东狠狠地批评陈伯达提出的“产品交换”，于11月9日写了《致中央、省市自治区、地、县四级党委委员》的一封信，建议大家读《苏联社会主义经济问题》和《马恩列斯论共产主义社会》两书，以求弄清“一大堆混乱思想”（指陈伯达）一时间，把陈伯达批得灰溜溜的。
