雍正帝还有一个重大发明，就是秘密建储制。清朝皇位的继承，开始时没有实行中原王朝的嫡长子继承制。康熙帝研究了中原王朝的嫡长子继承制，觉得可以接受。于是便采纳了中国历代皇帝的嫡长子继承制。皇帝生前，公开地将嫡长子立为皇太子，是为储君。皇帝死后，他就自然继承皇位了。这种继承制有它的优点，也有它的缺点。缺点是如果嫡长子条件不具备，或皇帝对嫡长子不满意，一旦更换皇太子，就极易造成诸多皇太子之间的明争暗斗。康熙帝二立二废皇太子，就是明证。这给康熙帝终生造成了极大的痛苦，也使政局动荡不稳。
这是一个拖延多年的老大难问题。顺治帝、康熙帝都没有彻底解决。雍正帝即位时已经45岁，对社会底层的情况很是了解。即位的当年，就有巡抚提出“摊丁入亩”的建议。建议的主旨是，把丁银（人头税）归入田赋（土地税），两税合一征收。这样，有田就交税，没田就不用交税了。这对无地或少地的贫苦农民来说，是一个福音。他们不用再去逃亡躲税了。他们可以老老实实地种地，国家自然增加了税收。同时，减少了流民，使社会安定了。为了慎重，雍正帝把这个奏折交给户部讨论，户部同意。雍正帝颁旨，在他即位的第二年，在全国实行。这是在赋税制度上的一项很有创意的重大改革，也是中国封建社会税收方面的突出改革。
雍正帝是一位勤奋理政的皇帝。他在位13年，13年如一日，亲理政务。他白天无一刻清闲。上朝研究政事，聆听大臣面奏，商讨各种建议，处理突发事件。晚间则要批阅批不完的奏章。因为雍正帝实行的是他首创的秘密奏折制度，全国各地递上的密折，只有他有权拆阅。他必须当天把全部奏折阅完，而且要写上朱批。他批阅的奏折，现在都保存下来了。上面有时记载他批阅奏折的时间，常常是在半夜。他不像他的父亲康熙帝，也不像他的儿子乾隆帝，他没有南巡北狩，巡视祖国大地，视察大江南北。他13年都是在北京城的办公桌上度过的，他的生活是很单调乏味的。可以说，他是一个不折不扣的工作狂。他58岁就死了，可以说是累死的。历史上这样的皇帝还没有过。
雍正帝是一个很有创造性的皇帝。雍正一朝，他在政治、经济方面提出了许多创造性的做法。
雍正帝在清朝中央设立了军机处，这是他的首创。1729年，由于军事行动的需要，雍正帝下令设立军机房。第二年，改为军机处。虽几经变换地点，但一直设在雍正帝寝宫养心殿的附近，以便就近处理军政要务。军机处是一排低矮的小平房，显得很简陋。它只有值房，没有衙门。它没有庞大机构，没有政府编制，没有专职官员。几位军机大臣和几位军机章京，都是从各个衙门抽调上来的。军机处秉承皇帝的旨意办事，实质是皇帝个人的秘书班子，有极大的权力。皇帝的圣旨，绕过内阁，绕过议政处，直接送达总督、巡抚手中，别人无权拆阅，速度快，密级高，叫作“廷寄”。军机处办事快，效率高。军机处的设立，使皇帝把国家的军政大权，紧紧地控制在自己的手里，这就把专制皇权推向了史无前例的高峰。以后的七代皇帝，也都设立了军机处。
这个制度的实行，起到了巩固皇权、平稳政局的作用。以后几代皇帝如乾隆帝、嘉庆帝、道光帝的继位，也是采用了这个成熟的模式，使清代皇权得以一代一代地顺利交接。政局保持了相对的稳定。秘密建储制度在清朝的实行，是雍正帝的首创。
在经济上，他进行了摊丁入亩的重大改革。摊丁入亩是一场税收改革。清政府实行的是明朝的税收制度。税收分为人头税和土地税。人头税叫丁银，即按家庭人口数量交税，五口人就要交五口人的税。土地税叫田赋，即按家庭拥有土地的数量征税。每个农家都要交这两种税。但由于连年战乱，无地或地少的贫苦农民交不起人头税。没有办法，他们只有隐瞒人口或逃亡在外，以躲避人头税，即丁银。这就造成了大量流民，使社会不稳，并影响国家税收。
雍正帝，名胤禛。1678年出生。1723年，45岁时即位。1735年病死，时年58岁。在位13年。
雍正帝45岁即位，他亲眼目睹了康熙帝为此焦头烂额的情景。心中有数的他，在即位之初就着手解决这个难题。即位的当年，他便下令群臣讨论如何立储的问题。其实，他是把写好的谕旨让大臣们讨论，大臣们认为这是一个好办法。于是，当即确定下来。所谓“秘密建储”，就是秘密建储一事完全公开，储君何人则绝对保密。皇帝把自己选定的皇太子，写在纸上，装在匣中，置于乾清宫顺治帝御书的“正大光明”匾额之后。待皇帝病危之时，再予开启。由于不知皇太子为何人，皇子们也只有在修养上、努力工作上下功夫了。
