不过，由于他是非常有能力的一个人，因此他很快又再受到高宗重用，并开始高唱和平论。其主张也就是说，当金不断地攻击时，就算再努力抵抗，终究是没有办法长久坚持下去，同时又不可能一举北上收复全国的失土，因此就只有和平一途。
当时的朝廷里，没有人敢对秦桧说不，只有韩世忠例外。他生气地跑到秦桧的面前，质问他有关岳飞谋反的证据何在。秦桧本来还想辩解，但在其一一追问之下实在是答不出来，最后就只说出三个字“莫须有”，倒不是说完全没有，而是也许可能会有的意思。
这一点让韩世忠大为光火，大叫道：“竟然连个证据都没有，而只是‘莫须有’这样的一句话就将岳飞杀死是吗？”然而，除此之外他也没有办法再为岳飞做些什么了。至于这时的高宗皇帝，他本来就害怕岳飞功高震主，担心自己难以驾驭，才出此一招的，更何况岳飞手握重兵又一味主战，大大违背他偏安一隅的想法，所以，他对岳飞的事也就装作不知道。这让韩世忠也感到非常地厌恶，因此便引退了。
秦桧曾以俘虏的身份被扣留在金国，不久之后，其族人却都被放了回来，并佯称是在被俘虏的时候将看守的金兵杀死才逃回来的。然而却连下人都能够一起带回，很令人起疑，因此一开始便有秦桧是金国间谍的说法。
秦桧为了能够和金进行和平交涉，就一定要对这个持反对意见的岳飞有所行动才行，于是他就将岳飞以谋反的罪名打入狱中，在拷问之后便将他杀死。当岳飞在受拷问时，由于这是天大的冤罪，因此他怎么样都不肯认罪，于是秦桧就让岳飞拿着笔、押着他的手命其写下自白书，因而留下了岳飞在墙上写下“天日昭昭”的故事。意思就是说自己是无辜遭陷，老天爷会明白他所受的冤屈。
在秦桧掌握了朝廷的实权之后，就开始推动他的和平策略。当然，这时主战的另一方就成了反对派，而岳飞就是这反对派的先锋。
这时的秦桧，其权力之大，再也无人敢违抗。高宗为表彰秦桧，进封他为太师、魏国公，进而再封秦、魏两国公，妻王氏为韩、魏国夫人，连襁褓中的孙子也穿起了三品朝服，真是权倾一时。
就这样，杀了岳飞的秦桧与金国之间达成了停战的协议。至于和平的条件，就是宋必须对金称臣，每年还必须奉上为数庞大的银两，说明白一点就是讲和的代价，此外还要割让边境地带的领土等等。
从整体上看来，秦桧乃是利用和平来稳固自己的地位，从这个所谓的和平之中，秦桧可说是没有任何的损失，除了留下一个千古骂名。不过，中国的士大夫是很讲究自己的后世名声的，所谓雁过留声，人过留名。秦桧也知道这一点，谁也不会天生以作汉奸为人生目标。于是他玩起了篡改历史的把戏。但是他忘了，历史从来都是后来人写的，结果落得个欲盖弥彰。在岳飞的墓前，他的形象为锁缚住，并遭到任由参拜岳飞的人吐口水的下场。
在中国历史上，秦桧是最大的奸恶之人。在演义小说《岳飞传》中，秦桧更是恶得不可救药。他以莫须有的罪名害死了岳飞，从而使自己背上了千古骂名。
最后，秦桧命令部下在狱中将岳飞杀死。除了绞杀的说法外，也有下毒一说。不管如何，在岳飞死后，岳飞的军队也遭到解散，甚至连岳飞的养子及其心腹等人也都一同为其所杀害。其他的反对派也一一遭到放逐或被打入牢中，从此就再也没有反对声浪了。
