第三个同样严重的问题是少数民族问题，西南地区的少数民族比中国任何地区都多。在中国的历史上，少数民族与汉人的关系历来都是不好的，共产党的少数民族干部很缺乏。此外，共产党认为这些少数民族的社会结构方面是封建的，是与共产党的宗旨格格不入的。除了对少数民族干部和党员有一个优惠的政策之外，邓小平还在少数民族集中的那些地区免除了如土地改革这样的全国性的政治运动，西南地区的土地改革是在其它的一些社会改革如废除奴隶制完成之后才进行的。
西南军政委员会面临着比其它地区更严峻的第二个任务是与当地共产党组织的软弱涣散作斗争。在1949年之前，共产党在大西南几乎没有任何经历和组织，党员也很少，发展新党员成为优先考虑的一件大事。但是发展党员的速度过快又带来了新的问题，使党员的质量受到影响。因此，必须立即开展一场整风，通过整风来增强党的纪律。这成为邓在五十年代主要考虑的问题。
邓小平的组织才能与政治远见，在这些年中也得到了许多展示。哈里森·索尔兹伯里在他写的邓小平传中说道：“邓小平在这段期间帮助毛泽东发展形成了他的三线计划——为预防外部的威胁，把中国的经济设在内地的一系列建设项目。从政治上对邓的信任来考虑，哈里森的这种说法是可能的，然而如果邓在毛泽东开始考虑这些问题之前仍在西南的话，这种说法是不可成立的。总之，邓肯定是积极地鼓励所有主要工程的建设——其中一项著名的项目就是成渝铁路的建设，并积极地支持经济的重建。
1949年10月，邓小平和刘伯承出席了在北京举行的中华人民共和国成立的庆典活动。庆典之后，他们率领第二野战军开始了向大西南的进军。大西南包括四川、云南和贵州三省，还有西藏。这次与来自西北的第一野战军的一部分联合进行的军事行动，将使共产党在大陆取得彻底的胜利，几乎没有遇到什么大的抵抗。在1949年底，挺进大西南取得了胜利，对邓小平个人而言，这意味着自1920年他离家以来第一次和家人团聚。邓小平被任命为西南区共产党的第一书记，刘伯承为第二书记，现在他的职位正式超过了刘伯承。
在中华人民共和国的第一个五年中，特别是到1952年底，为了有利于国家政权的重建，政治活动与行政管理都是在军队的控制下按地区划分的。西南军政委员会像中国其它五个地区的军政委员会一样，是一个临时性的措施。目的是为了恢复经济，保持政治稳定和巩固共产党的地位，直到1952年，地区性的军政委员会负责控制该地区所有地方和军队的事务，这是一种军事的控制。
西南军政委员会面临着三项特殊的任务。由于西南是解放军征服的最后一个地区，被打败的其它地区的国民党残余部队都退到这个地区，这些残余部队有的被迫投降了，有的变成了土匪。另外，西南还留下大约两百万旧人员，这些人包括从中国其它地区逃来的国民党士兵和前政府官员。邓小平的解决办法是尽快地把这些人分散开，给他们提供住房和工作，以满足他们的迫切需要，以此稳住他们，打消他们从事土匪活动的念头。但是，在那些土匪活动猖獗的地方要坚决用武力消灭之。
