然而根据地的发展并不是一帆风顺的，太行根据地是四个根据地当中最牢靠的一个，但在1941——1943年中也受到重创。在冀南和冀鲁豫地区，地缘政治对共产党不利。华北的日军一加强了它的军事力量，共产党就立刻转入地下，在许多情况下这是毫不夸张的，日军和共产党经常是共同占有同一个村子，共产党处于暗处，受一种地道系统的保护。在四十年代初由于干旱和蝗虫等自然灾害对边区的打击，无疑使情况更惨了。
一二九师和它的根据地和边区，在1940年由于日军的进攻开始了后撤，在太行山脉的东边，日军利用京汉铁路线作为基地开始修建据点，对共产党进行封锁。在西边，1939年后半年，日军通过修建了一条从太谷（位于石家庄至西安的铁路线上）到长治的铁路线，成功地把太行和太岳两个根据地分割开。共产党在1945年取得胜利的功劳应归功于谁，现在仍然是个相当有争议的问题啊。然而，在晋冀鲁豫共产党面对日军轮番的进攻最终能够生存下来，并且在日军强大压力下太行根据地的力量还得到了发展壮大，这些成就应归功于邓小平的政治组织才能。
邓小平发展边区的策略对三种不同典型的人采取分别不同的办法，第一类是国民党员、国民党军人和他们的追随者，对这类人邓希望把他们争取过来，这在1940年通过当地的停战实现了这一目标。第二类是传统的地主统治阶级及其追随着，对这类人是要通过民族主义、民主主义的各种形式来争取他们。第三类是农民，邓希望通过经济上保持他们的稳定和提高他们的生活水平，赢得他们的支持。同时，邓采取措施确保共产党游击队和八路军家属及烈属能得到特殊的照顾和优待。
邓小平1943年7月发表的《太行区的经济建设》的文章，不仅是共产党在敌后游击战略宗旨的典范——强调了经济生产与取得政治及军事胜利之间的重要关系，而且还系统地概括了邓小平今后总的思想的发展，也是他的经济现实主义的一个典型范例。社会的变革只能是渐进的，而且要在变革的过程中告诉人民执行什么样的政策才会给他们的经济和政治利益带来好处。社会主义需要民主和经济实力，社会主义只能靠“资本主义的生产”才能建立。（“资本主义的生产”这句话在天安门事件之后的1989年官方发表的权威的该报告的译文中被删去了。这样做的目的无疑是为了对邓小平的讲话不会引起任何可能的误解。）邓引用毛泽东的话“战争、生产、教育是敌后的三大任务。”结束了他的报告。接着邓小平又说：“我们一切为着战争的胜利，生产正所以保障战争的胜利，教育则为战争、生产服务，把三者密切地结合起来，就是不可战胜的力量。所以，百倍地加强经济建设的领导，应该是今后始终贯彻的方向。”
此外，这个参议会在邓小平看来仅仅是“临时的”会议，这不是因为它是战时的会议，也不是因为它在困难情况下要简化一些手续，而是因为要使其成为一个直接选举产生的真正的参议会。
建立和发展根据地是由邓小平担任书记的太行军政委员会的主要任务，也是中央北方局的任务。从事这个任务包括了与北方局代表杨尚昆的紧密合作。邓小平花费了相当多的时间对太行区进行了考查，发动群众，组织群众，现在流传着许多感人的故事，说邓小平曾多次遇到危险，刘伯承是怎样地为邓小平的安全而担忧，总是要求把邓在外的情况定期向他汇报。现在甚至考虑到为他作为终身的最高领导人写偶像化的传记，可见邓在根据地发展的过程中曾起过重要作用。
邓小平在太行区的工作经历肯定形成了他的政治思想及观念，毫无疑问，同时也在他的周围成长了一批贯彻他的这些思想并在今后更广的范围内实践他这些思想的干部。曾在太行区作邓小平的同事或部下的一些人构成了1949年后中共领导层中的一个重要的组成部分。比如在1949——1989年间担任中共政治局委员及候补委员的87人中，有17人在1938——1945年间曾在一二九师、晋冀鲁豫边区或其辖区的机构中工作过。与之相比，有16人是来自1937——1945年的延安根据地的。
邓还说：“我们的方针是既要改善群众的生活，也要使地主保有一定的经济地位。”“对富农采取削弱其封建部分，奖励其资本主义部分的方针”。
邓小平把某一边区政府的经验引入晋冀鲁豫是很积极的，他学习了紧接太行山脉以北地区晋察冀边区的经验。在1940年初由于日军加强对根据地扫荡，根据地之间的合作不能进行，邓小平建议边区政府的召开一个参议会议，这个会议不由共产党主持包办，广泛吸收爱国民主人士，赢得爱国民主人士最大限度的支持，邓小平说：“我们共产党人素来反对一党专政，既不赞成国民党一党专政，也不主张由共产党包办政权，因为任何一党专政的结果，都只能顾及一党之私，不能顾及全体人民的意志，而与民主政治相违背”。
邓在太行区共事的许多人在八十年代的改革开放中扮演了重要的角色，薄一波就是其中之一，他曾担任过太岳根据地的领导人，后来又任边区政府副主席，在五十年代担任政治局候补委员时，对毛泽东经济发展的思想不太热情。在六十年代初曾和邓合作将大跃进带来的恶果减少到最低限度。另一个是赵紫阳，他和邓小平初次相识是在1938年，当时赵是冀鲁豫边区的一位党支部书记。
据一些消息报导说：胡耀邦（邓可能是在1937年在延安认识他的，当时胡是延安抗日军政大学的一名学生。也是邓的另一位得力助手。在1942——1945年间，胡在太岳根据地邓的领导下担任政委。这是不可能的，因为胡耀邦抗日战争时期在延安工作，后来又到了军队，在刘邓领导的第二野战军工作，后来又在邓领导下的四川工作，胡在抗战的整个期间是在延安度过的，当时担任中央军委组织部部长，这个职务使他能够经常密切地与包括邓小平和刘伯承在内的各根据地的司令官打交道。除了这些考虑之外，胡耀邦与邓小平的关系肯定是很密切的。1938年胡耀邦介绍邓小平未来的妻子卓琳加入共产党，在1949年期间和之后在西南区邓的手下供职；五十年代在邓的领导下任共青团书记。
在1949年之后，任中共中央政治局委员的那些曾在抗战中在太行区机关工作过的人中，不仅有邓小平和刘伯承，而且还有薄一波、陈锡联、纪登奎、李德生、李雪峰、刘华清、秦基伟、宋任穷、苏振华、谢富治、许世友、徐向前、杨白冰、杨得志、赵紫阳和万里。这还不包括那些曾在太行地区的八路军总部和中共北方局工作过的那些人，除了像朱德和彭德怀与这样一些名人，他们的大部时间很少参与当地的事情之外，还有杨尚昆与晋冀鲁豫的工作密切相联。
在税收制度中，与邓小平八十年代的改革相类似的一个有趣方面是：个体经营者按照他们前几年平均生产值纳税，剩余的部分全归他们自己。另一个与后来的改革相类似的是邓所推广的“责任制”。这种责任制是通过签定一个合同把公有土地承包给个人，超出合同之外的任何剩余部分都归生产者所有。总之，在后来的一些年中，邓小平巧妙地明确表达了对反对资本主义作法的全面否定。邓认为：共产党在本质上不应该反对资本主义。因为不管在哪种社会中，都应该发挥个人的创造力和提高生活水平。正如邓小平1943年9月21日在一二九师生产会议上报告中讲的：“建立赏罚制度……规定个人生产模范、劳动英雄给予100到200元的奖金。有些同志说这是否过高了，不高。是由于其劳动所获得的，又不是贪污所得，应该的，对于懒惰不积极的，要给予处分，懒惰、生产不好的单位必须自己吃苦。否则，赏罚不明，就不能将一个工作做好”。
在经济方面，邓小平所提出的政策不是要创造一个空想的乌托邦，特别是抗战中期在日军经济和军事封锁并有严重自然灾害的情况下，这些经济政策都取得了相当大的成就。使人感到有趣的是这些政策与“文革”后的经济政策极其相似，截止1942年底，尽管太行行政区需要进口些火柴，但是它能够生产足够的粮食来满足本地人民的需要，并且还能出口一些自己制造的简单的商品。边区政府有自己的管理严密的信贷货币系统，由翼南银行发行了纸币，曾建立了自己税收体制。1943年税收几乎下降了五分之一，如果考虑到当地老百姓当时面临着蝗灾饥荒和其它困难，这很可能是政治上的权宜之计，而并非是国库财力的减少。
除了那些在抗战期间在太行区工作过的人在1949年之后进入政治局成了显赫的人物之外，还有一些来自太行区的人成为军队的领导人，他们是：李达（国防部副部长和解放军的副参谋长）、杨白冰（中央军委秘书长）和陈再道。除此之外，还有一些来自太行区的人在党中央和国家政府部门担任领导职务，他们包括：安子文（中组部长）；王任重和黄镇（他们分别担任过中宣部部长和文化部部长）；戎子和（财政部副部长）；段君毅和滕代远（分别担任过铁道部长）。还有杨秀峰（当时的边区政府主席，1949年后任高教部部长）。此外还有一批人担任了省一级的高级官员，他们是黄欧东（辽宁）、李大章（四川）、刘建勋（广西和河南）、张国华（西藏）和赵建民（山东）。
