为了孤立农民起义军，割断他们与农民的联系，汉律规定，凡首谋藏匿起义农民的，定为“首匿罪”，处死刑弃市；凡给农民起义军通情报、当向导、供给饮食的，定为“通行饮食罪”，处死刑。据《汉书》记载，被定为这两个罪处死的有数千人之多。
《汉书·刑法志》记述了汉文帝刘恒废除肉刑的一段故事。齐太仓令淳于意犯了罪，按照法律规定要处肉刑。当他被押往长安时，其幼女淳于缇萦〔tiying题迎〕跟在囚车后面跑到长安。到长安后，她上书汉文帝，书中说：“我父做官时，人们称他平易廉洁，现在因犯了法要受肉刑处罚。我切痛人死不可复生，刑伤不能再补，即使他改过自新，也毫无办法。我甘愿入身当官奴婢，为父亲赎罪，使他能有改过的机会，以便重新做人。”汉文帝看了缇萦的上书，很受感动，叹服她关于肉刑的议论，没有惩罚淳于意，并下令说：“用刑而使人肢体被折断，肌肤被剖削，以致终身受害，既不道德，也不符合我为民父母的本意。”他宣布废除黥、劓、刖三种肉刑，用髡城旦舂(五年劳役徒刑)代替黥刑，用笞300代替劓刑，用笞500代替刖左趾，用弃市即死刑代替刖右趾。宫刑也被废除了。
皇帝是封建社会最高统治者，任何对皇权的侵犯都被法律规定为最严重的犯罪。汉律中有“不敬罪”和“大不敬罪”，严惩对皇帝不敬的行为。其范围很广，凡是违反诏令、不奉诏、矫诏、阑入宫殿门(擅自进入皇帝居住的地方)、犯跸〔bi必〕(冲撞皇帝出行时的仪仗或车骑)、触讳(触犯帝王的名字)、侵犯皇帝的人身甚至将皇帝使用的弓放在地上，都被认为犯了“不敬罪”或“大不敬罪”，处以重刑。汉律中还有“非所宜言”罪和“腹腓”罪，用来严惩对皇帝不敬不满的言论和思想。
汉代还专门颁布了两个特别法来惩办对起义农民镇压不力的官吏。一个叫“沈命法”。“沈”同“没”，藏匿的意思，“命”指亡命的“盗贼”。该法规定，如果发生群盗而没有发觉，或者发觉了没有去捕捉，二千石(指享有二千石俸禄的高级官吏)以下都要处死刑。汉武帝时，“盗贼”蜂起，依“沈命法”处死的官吏很多。主管小吏们担心不能及时报案，祸及自己，连累上司，干脆藏匿不报，上司也以同样考虑，纵容下级不要报案，结果上下欺骗，“盗贼”越来越多。另一个特别法叫“见知故纵法”。该法规定，官吏得知别人犯法，特别是“盗贼”，必须举告，不告者与犯人同罪；对应判刑者不判为故纵。这个法令无疑在鼓励官吏宁可错杀也不能错放。但是，无论汉朝统治者采取多么残酷的刑法手段，都无法扑灭农民起义的烈火。
汉朝继承了所谓“王者之政莫急于盗贼”的立法原则，把起义农民诬陷为“盗贼”。凡是以武装反抗的行为，被宣布为“大逆不道”、“谋危社稷”，除本人腰斩处死外，父母、妻子等一律弃市，甚至祖父母也得处刑。
对汉文帝废除肉刑，历史上作了肯定的评价。但是，应该看到有改重从轻的一面，也有改轻从重的一面，例如用死刑弃市代替刖右趾便是。从总的来说，废除了从奴隶制起沿袭下来的肉刑，是刑制发展史上的一个进步。
汉文帝废除肉刑，决不单纯是受到孝女缇萦言行的感动，而是与汉初整个形势有关。汉文帝时，西汉社会经济开始繁荣兴盛，社会秩序比较安定，社会生产力的进一步发展，需要大量的劳动力；社会的繁荣，地主贵族日益奢侈，需要从农民身上剥削更多的财物。这些都要求增加可供剥削的劳动人手，而肉刑使犯罪者失去劳动能力。这是汉文帝废除肉刑的真正原因。
汉初，统治者为吸取秦暴政速亡的教训，曾废除了一些苛法。待政局稳定、经济发展后，立即就运用刑法作为巩固和强化中央集权，镇压农民反抗的重要工具了。
汉文帝十三年(公元前167年)废除了墨、劓、刖、宫四种肉刑，从此开始了封建刑罚制度的改革，奴隶制五刑向封建制五刑过渡。
汉文帝主张无为而治，除废除肉刑外还推行刑罚改革。他认为汉高祖时所制定的法律，有的条文比秦更为苛刻。法律规定一个人犯法株连父母妻子儿女，这样做不利于国家要加以改变。掌管法律的大臣反对说：“因为百姓不能制约自己，所以才制定法律，一人犯法亲属连坐，这样才能使他们互相监督，而不轻易犯法为害。”汉文帝反驳说：“法令公正则百姓厚道，赏罚得当则人民顺从。官吏的职责就在于引导民众从善，如果不靠引导，而单靠严刑峻法，这只会导致暴乱。”由于汉文帝的坚持，颁布了诏书，废除了连坐法令，减轻了其他刑罚，汉文帝的刑罚改革收到了良好的社会效果。
汉代刑法增加了“阿党”罪和“附益”罪两个罪名，用来限制和打击与中央相对立的王侯国的势力。所谓“阿党”罪，是指诸侯王有罪，辅佐他的下臣不揭发的行为。所谓“附益”罪，是指朝廷的大臣外附地方上的诸侯王的行为。犯了这两种罪都要处以重刑。汉武帝时，淮南王和衡山王犯了这两个罪，被处死的有数万人。汉律还设有“非正”罪(非嫡系正宗继承爵位)，“出界”罪(诸侯王擅自越出封国国界)，“酎金违律”罪(诸侯献于皇帝的醇酒与赤金，色量不合标准)，“事国人过”罪(诸侯王役使其封国吏民超过法定限额)，等等，目的在于削弱王侯国割据势力。
