唐朝时寺院规模达到极盛，有殿堂塔室310余间，藏经一万余卷。扬州高僧鉴真东渡日本以前特来此寺，后来和该寺智恩和尚同渡日本传经讲学，因而慧远和净土宗的教义也随之传入日本。至今日本东林教仍以慧远为始祖，东林寺为祖庭。
东晋太元元年(公元381年)，名僧慧远在此建寺讲经，并创设莲社(白莲社)，倡导“弥陀净土法门”，后世推崇他为净土宗始祖， 国内外许多名僧都曾来此求经拜佛，西域佛界传诵的“东向稽首，献心庐岳”，就是对东林寺的一种虔诚膜拜。
净土宗也称莲宗，是中国佛教的一个宗派。它以《无量寿经》、《观无量寿佛经》、《阿弥陀经》和《往生论》为理论依据，宣扬信徒死后即往生阿弥陀西方净土，即佛国极乐世界。净土宗认为，人们所在的现实世界是“秽土”、“尘世”，而佛居住的彼岸世界则是“净土”、“佛国”。阿弥陀佛(梵文意为“无量寿”)所在的西方净土，没有苦，只有乐，所以最值得追求。怎么解脱现实苦难、往生净土呢？净土宗在实践中提倡快速成佛法，认为只要一心专念阿弥陀佛名号，死后便能往生净土。由于净土宗修行方法简易，中唐以后得到广泛传播，并与禅宗融合。直到晚清时期，净土宗仍有一定影响。
明清以来，东林寺屡遭破坏，逐渐衰败。现在寺院的两道山门、四座佛殿，基本上都是清末建造的。寺内建筑以正殿神运宝殿最好，供有释迦牟尼、文殊、普贤、阿难、迦叶等佛像，左右两殿是10人高贤堂、三笑堂。寺内的聪明泉、石龙泉、罗汉松等，都与慧远诵经传教相关。
位于今江西九江庐山西北麓的东林寺，是中国净土宗的发祥地。它属于我国江南最大寺院之一，在国内外都有巨大影响。
东林寺群山环抱，风景优美，加上它的名气，古往今来为诗人学者所向往。其中不少人在此留下了传世杰作。如李白《庐山东林寺夜怀》、白居易《宿东林寺》、陆游《六月十四日宿东林寺》、岳飞《寄东林慧海上人》以及柳公权真迹残碑等，最著盛名，为人们所喜爱。
寺前虎溪，自南向西回流，上有石拱桥，著名的“虎溪三笑”即源出于此。相传当年慧远专心修行，足不出户，送客绝不过虎溪桥。当时的著名诗人陶渊明、山南道士陆修静与慧远相好，经常来寺谈儒论道。一次，慧远送陶、陆二人出寺，边谈边走，兴致很高，不意之中越过了虎溪桥，于是山中神虎大声吼叫起来，三人相视，不觉大笑。世人传为美谈，称之为“虎溪三笑”。
