有长安石工安民，当镌字，辞曰：“民愚人，固不知立碑之意。但如司马相公者，海内称其正直，今谓之奸邪，民不忍刻也。”府君怒，欲加之罪。民泣曰：“被役不敢辞，乞免镌安民二字于石末，恐得罪后世。”闻者愧之。
蔡京为开封府尹时，与宫廷内侍都有交情，后在杭州，又与宫廷供奉童贯勾搭上了，代他呈献珍奇古玩，天天在皇帝面前替他说好话。出入宫禁的道士徐知常又常在元符皇后刘氏前盛道蔡京的才干。由此，宫妾宦官，众口一词地称誉蔡京，生长深宫的皇帝，大都欢喜听信妾宦的话，所以蔡京尚未入京之前，徽宗就有意起用他作宰相了。
某与舍弟，流落天涯，坟墓免于樵牧者，尊公之赐也。承示谕，感愧不可言。闻井水尝竭而复溢，信否？现今如何？因见，细喻。
崇宁三年（1104）六月，蔡京重籍奸党，将元符末年徽宗初政时期的臣僚和上书人加了进去，又将他所厌恶的及元祐大臣的子弟都一网打尽，所以人数增加到三百零九人之多。宰执群中改以司马光为首恶，待制以上官中，首恶仍是苏轼。御书勒碑，置文德殿门东壁。蔡京又自写一份，诏颁天下州军令刻石置于监司长吏厅堂，俾众共见，说是“永为万世臣子之戒”。其间，发生两则类似的故事，一见于《宋史》：
九江碑工李仲宁，黄（廷坚）太史题其居曰瑑玉坊。崇宁初，诏郡国刊元祐党籍姓名，太守呼仲宁，使劖之。仲宁曰：“小人家旧贫窭，因开苏内翰词翰，遂至饱暖。今日以奸人为名，诚不忍下手。”守义之，曰：“贤哉，士大夫之所不及也！”馈以酒肉而从其请。
曾布和蔡京，原有嫌怨。忠彦既去，蔡京便正面攻击曾布以爵禄私其亲戚。布愤辩失仪，亦罢。七月，蔡京就顺利地登上了相位。
崇宁元年（1102）九月，党祸终于在蔡京手上发生了。朝廷诏籍元祐奸党九十八人。宰执以文彦博为首恶，待制以上官以苏轼为首恶，苏辙名列宰臣之内，而苏门四学士黄、秦、张、晁都列名在“余官”条下。罚状谓之奸党，请皇帝御书，刻成石碑，树立在端礼门前。
宋孝宗说得上是苏轼的“异代知己”，他爱好苏轼的诗文，以一个日理万机的皇帝，却能挪出时间来精读苏轼卷帙不少的全部著作，已经难得；又甚敬重他的高风亮节，欣赏他的才华与迈往之气。乾道六年（1170）以知眉州的何耆仲之请，赐谥文忠。复又感念苏轼生平“经纶不究于生前”的寂寞，决然要“议论常公于身后”，再崇赠太师；九年（1173）复诏有司重刊《东坡全集》，御笔亲撰序赞，弁于集前，书赐轼之曾孙苏峤。这时候，距苏轼之逝，已经七十多年了。
二月，遂罢蔡京，畏天怒也。但所重用为右相的却是赵挺之。
二年二月，蔡京做了尚书左仆射兼门下侍郎，已是大权在握的首相了。四月，诏毁东坡文集、传说、奏议、墨迹、书版、碑铭和崖志，同时并毁范祖禹的《唐鉴》，苏洵、苏辙、程颐、黄庭坚、秦观诸人的文集。
文教界所受的冲击，当然更大。士人们邀约同道，私祭于家。如京师太学里的教授和学生，不顾政治干碍，数百人集合在慧林佛舍，举行饭僧之会。
京师内外的故交，纷纷祭悼。当时的士大夫以及苏轼的朋友和门生，撰述的纪念文字一定多得不可胜计。但因后来党祸复作，都不存稿，所以流传甚少，只有李廌在苏轼会葬的斋筵上，作致语曰：“……道大莫容，才高为累。惟才能之盖世，致忌嫉之深仇。久蹭蹬于禁林，遂飘零于瘴海。……皇天后土，知一生忠义之心；名山大川，还千古英灵之气。……”为天下所传诵。此因苏轼逝世时，李方叔还是一介布衣，顾忌较少，所以敢于直抒这番“士林公论”。
宋高宗朝的建炎二年（1128），诏复苏轼为端明殿学士，尽还该得的恩数。绍兴元年（1131）特赠朝奉大夫，资政殿学士。绍兴九年（1139）诏赐汝州郏城县坟寺名为旌贤广惠寺。
除出人们内心里一致的公意之外，还有天变。
做官的人，便不那样自由了。张耒当时，在知颍州任上，闻讣，举哀成服，自己掏出俸钱来在荐福禅寺做了一场佛事，本来只是尽其门生的本分，致其师弟之哀而已，不料这也遭到台谏的议论，被贬房州别驾、黄州安置。
苏轼逝世的消息，很快传遍了全国，浙西、淮南、京东、河北等，都是他曾经留下“甘棠遗爱”的地方，老百姓们哀悼这个肯替他们说话、能替他们做事的好官，奔走相告，嗟叹出涕。秦陇楚粤之间，只要是苏轼生前曾经到过的地方，大家觉得和他有那么一份渊源、一份情缘存在，同声痛惜。
又有一个传说：“蜀有老彭山，东坡生则童，东坡死复青。”传说这一年老彭山果然又长起草木来了。
苏轼还没有下葬，党祸就发作了。
邓绾的儿子洵武在徽宗御前密陈道：“陛下是神宗之子，今相忠彦是韩琦之子。韩琦反对新法，现在忠彦就变更神宗之法。为人臣者尚能子承父志，我皇上反而不能绍述先帝，何其悖逆。”故崇宁元年五月，韩忠彦便罢相了，并以蔡京、赵挺之为尚书左右丞。同时，再经谏官彭汝霖发动，党祸复起。
世以“苏黄”并称，但是黄庭坚本人，并不敢这样想。苏轼过世后，庭坚在宅内供奉他的画像，每日晨起，整肃衣冠，在遗像前上香恭揖。有人问道：“大家都以为你们二人，声名相上下耳，你以为如何？”庭坚惊惶起立道：“庭坚望能为东坡门下弟子，岂敢失尊卑之序！”
宣和间，申禁东坡文字甚严，有士人窃携坡集出城，为阍者所获，执送有司，见集后有一诗云：“文星落处天地泣，此老已亡吾道穷。才力漫超生仲达，功名犹忌死姚崇。人间便觉无清气，海内何曾识古风。平日万篇谁爱惜，六丁收拾上瑶宫。”京尹义其人，阴纵之。
政治权力，看似挟有雷霆万钧之势，神圣不可侵犯，其实，古往今来，邪恶的政权常在真正的民意之前，战栗颓败。蔡京可以挟天子以令天下郡县，遍立党籍碑，被以奸邪恶名，妄图传之“万世”，不料即使当时，人们的评价便已适得其反，魏了翁《鹤山题跋》云：
崇宁定元祐为奸党，元符上书人为邪等，以附元祐之末。且奸邪之名，人所甚恶；而子孙矜以为荣，作史者又以奸魁邪上为最荣。然则，谓随夷溷，谓跖蹻廉，千数百年间用事之臣，盖一辙也。
政府的禁令，可以说是很严格的了，不但毁版绝印，甚至不准持有和携带。但是东坡文字，秘密中流传愈广，对它的崇拜也更热烈。费衮《梁溪漫志》有一则故事云：
无独有偶，还有个九江碑工李仲宁。王明清《挥麈三录》云：
靖康元年（1126）金兵围京师，移文开封府指名索取《东坡文集》、司马光《资治通鉴》诸书。大概因为金人都那么敬爱苏轼的著作，所以这一年又诏复翰林侍读学士的官衔。
崇宁、大观间，（东坡）海外诗盛行，后生不复有言欧（阳修）公者。是时，朝廷虽尝禁止，赏钱增至八十万，往往以多相夸。士大夫不能诵坡诗者，便自觉气索，而人或谓之不韵。
崇宁五年（1106）正月，彗星出现于西方，尾长竟天，太白昼见。某夜，暴风雷雨大作，无巧不巧，单单将党籍碑打碎了。当风雷毁碑时，蔡京厉声道：“碑可毁，名不可灭！”但是，徽宗皇帝怕了，立即诏除朝堂外处的党禁石刻，下诏自咎，求直言，罢方田、岁贡、科敛、市易、香盐矾茶诸事。
这种传说的意思，是以老翁那股泉水，象征苏轼生命的源头。而老彭山杰秀之气，本来独钟苏轼一身，所以草木不生；现在泉水复溢、彭山复青，都是苏轼生命垂尽的兆头。
蜀中出了苏轼这样的一个人物，蜀人对他当然非常关切。苏轼刚向朝廷请准“致仕”，乡人父老，便纷纷表示希望他能还乡。没想到这时候，他的病势已很沉重，不久，逝世的噩耗，就接着来了。
理宗端平二年（1235）正月，诏议胡瑗等十人从祀孔子庙庭，苏轼位列张载、二程之上。这是“春秋俎豆”的大事，对于终身服膺儒学的苏轼来说，是个非常重要的认定，并不等闲。
苏轼自海外北归，还至仪真，听说故乡蟆颐山他家祖坟边的老翁泉，曾经一度枯竭，心里觉得很奇怪，写信去问数十年来代他照顾坟庄的杨济甫的儿子子微，书曰：
这是道士以神道设教的故技，谏诤皇帝的神话，徽宗也欢喜受骗。能够管束皇帝的，毕竟只有“天”。
政和改元，崇信道教的徽宗皇帝于宝箓宫内设醮祈禳，道士焚章伏地，历时甚久，才起来。皇上问是何故，答曰：“适才到了玉皇大帝殿上，恰逢奎星奏事，等他完事后，才得上达。”皇上问：“奎星何神？”答曰：“就是本朝的苏轼。”徽宗大惊，随即下诏追赠龙图阁待制，时在苏轼逝世后十年。
韩忠彦是个忠厚、懦弱的贵族子弟，实在不懂政治权术，大权旁落而不自觉，直到曾布布置完备，专政的局面已成，他才想起来与他抗衡，愤懑中更自放弃原则，认为：“尔主绍述，我觅一最善绍述者胜之。”一错再错，他把虎狼引进来了。
然而，书物是愈禁止愈流行的。读书人秘密传诵，称苏轼为“毗陵先生”而不敢名。朱弁《风月堂诗话》一则，可证其事：
余如李昭玘、廖正一等人，皆因是苏门中人，终生废黜以卒。思想先驱者，生前要遭受现实社会的迫害，古今中外，几乎没有例外，而门下弟子也必须忍受池鱼之殃，则是政治的酷虐。
