他的长子郑经也是个将材，他收复台湾后，命郑经驻守金门、厦门。郑经的行为却是不大正经，和乳母通奸生子。郑成功闻知大怒，曾派人持令箭到厦门要杀郑经。但郑经很得军心，诸将不肯奉命。不久，郑成功就病死了。
郑成功在收复台湾之后，第二年（康熙元年，公元一六六二）就死了，享寿不过三十九岁。他的早死，和他的“家变”可能也有一点关系。
惟君克振祖风，乃使骨肉情中，生许多媒孽；
有妇能完夫志，求之须眉队里，恐无此从容。
说的就是这个家庭悲剧。
祸延下代，郑经接延平王之位，他和奶母所生的儿子郑克臧也渐渐长大了。史称他刚毅勇断，有乃祖风，郑经很疼爱他，在出兵大陆时，令他守台，号“监国”。但他的祖母（即郑成功的夫人）董氏认为丈夫是给儿子和奶母生子一事气死的，因而迁怒于他，极力主张立嫡孙克塽（郑经次子，正室所生）为世子，后来郑经又短命死了（比他父亲还少一岁，只活三十八岁），克臧遭祖母所废，自缢而死。克塽嗣延平王位，不过二年，台湾被清水师提督施琅攻陷，克塽降清。
台湾人痛惜克臧之死，建有“监国祠”在郑成功祠内，附祀克臧夫妇。（克臧夫人陈氏在丈夫自缢后，绝食七日而死）监国祠有陈谟所题一联：
