十二月十九日，有谣言指出小艾赛克斯伯爵逝世，许多教堂因而敲起丧钟。罗伯特·塞西尔家的门前，有人字迹潦草地写着：“这里住着个讨厌的家伙！”当女王听闻教堂牧师为小艾赛克斯伯爵祈祷一事时，随即下令他们停止，因为她知道小艾赛克斯伯爵不仅还未死，反而有逐渐好转的迹象。一周后，他已经能坐起，没多久就可以上餐桌吃饭了。
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三月三日，怀特发现：“女王陛下对小艾赛克斯伯爵的怒气丝毫不减。”艾格登爵士觉得再也无法忍受现况，在他的多次抗议下，伊丽莎白女王总算在三月二十日同意让小艾赛克斯伯爵在李察·伯克里爵士（Sir Richard Berkeley）的监管下，返回艾赛克斯宅邸接受软禁。此时艾赛克斯宅邸华丽的外表已被取下，此外小艾赛克斯伯爵不得擅离，也只能有几位仆人伺候。他的家人也不准与他住在一起。他依然不断寄出哀伤的信件给女王，要求女王继续关爱他。“我曾如此忠诚宣誓将生命奉献给女王陛下，神是见证。”他再度向女王发誓。
小艾赛克斯伯爵此时被迫脱帽面对枢密院，而罗伯特·塞西尔则指控他违背女王陛下的命令，擅离指挥官职守，罔顾皇室命令，无意义地册封许多骑士“冗员”，且擅闯女王寝宫。五个小时过去了，他不断解释自己的行为，接着有人上前要他先退下，让枢密院会中场休息，讨论这件事。经过仅十五分钟的讨论后，枢密院参事们便要求女王下令逮捕他。
回到宫中才一个小时，女王陛下就威胁要把我送往舰队（街监狱）。我将回答化作诗篇，表示自己服役的时间已经太晚，希望自己不要被迫到舰队街的女王舰队上服役。三天后，所有人对于我仍是自由之身都感到讶异，但我真的很幸运，才过了四五天，女王就谈起了我的名字，也两度与我说话，只是非常短暂。最后她以非常仁慈的态度，在怀特霍尔宫的女王休息室中接见我，她自己同时身兼原告、法官与证人，洗清了我的罪名，仁慈地释放了我。我能说些什么呢？我觉得自己如同圣保罗般为极乐之地而狂喜不已，他在这里听见了人类难以讲述的真理；所以我也不需透露女王说了些什么。在进入天国之前，我再也不可能面对如此圣严的法官了，也没有人能像当时的女王陛下一样，集威严、学识、愠怒与宠信于一身。
无论如何，到了十一月二十九日，枢密院参事、法官与许多平民们，严肃地聚集在闭门会议中，小艾赛克斯伯爵则以在爱尔兰战事中办事不力，浪费高达三十万英镑公帑，私自与泰隆伯爵联系，有辱国家声誉，以及违抗女王命令、擅自抛下部队而遭到起诉。
不久后，哈林顿爵士便接获小艾赛克斯伯爵的口信，哀求他到女王面前，让女王看看他的军事日志，希望能向女王证明自己尽了全力。哈林顿爵士并不愿意面对女王，担心女王会发现在停战协议达成后，他也与泰隆伯爵见了面，甚至接受了反叛军“丰盛晚宴”的招待。哈林顿爵士的恐惧果然成真，当他跪在女王面前发抖时，女王一个箭步逼近他，一把抓住他的腰带，大声斥责他。
“回到宫中之后，我总感到怒火中烧。”他向一位友人安东尼·史丹顿爵士这么说。
伊丽莎白女王才刚起床，她的侍女们正在工作。此刻她要戴上那副年轻的妆容、假发、精美的服饰与珠宝需要更长的时间，才能向世人展现更完美的一面。当小艾赛克斯伯爵破门而入，跪在女王面前时，根据一名宫廷人士劳兰·怀特（Rowland Whyte）的记录，“女王才刚起身，整个人披头散发”，脸上满是皱纹未施脂粉。尽管陷入惊吓与尴尬之中，女王陛下依然保持冷静沉着，她伸出手让小艾赛克斯伯爵行吻手礼，并“私下与他谈谈”，“似乎让他感到非常满意”。
小艾赛克斯伯爵的罪行公之于世后，闭门会议的审判也告一段落，他依然被软禁，但许多人依然认为，在未经审判的情形下“就先判定一个人有罪”是不公平的事情。
英国宫廷因流言揣测而沸腾了起来。“实在是太令人好奇了，他胆大妄为地直闯女王跟前，女王根本还没准备好，而他则是满身满脸的泥泞。”怀特记录下他的观察。
小艾赛克斯伯爵的姐姐瑞奇小姐，因为不断为弟弟求情，也招致女王陛下的不悦。在她的恋人蒙裘依勋爵于二月七日出发前往爱尔兰前，他向南安普敦伯爵与小艾赛克斯伯爵的友人查尔斯·丹佛斯爵士面授机宜，教他们如何给予小艾赛克斯伯爵最大的帮助。他们也都同意，要告诉苏格兰王詹姆士六世塞西尔派系不断阻挠他的英王之路，以拉拢他的势力，并告诉他，他继承英国王位之路唯一的希望，但看小艾赛克斯伯爵是否能恢复与女王的关系。若詹姆士六世愿意展现军事实力，协助达成目的，蒙裘依勋爵便会带着四千到五千兵力，从爱尔兰南下会合支持他的行动，逼迫伊丽莎白女王同意他们的要求。这三人私下都与小艾赛克斯伯爵有联络，他显然知道也同意这个阴谋计划。但詹姆士六世以外交辞令表示自己毫无兴趣，因此计划便遭到搁置。
但就连罗伯特·塞西尔都不相信，女王会软禁他太久。
“如果我还派他回爱尔兰，我就嫁给你！我说到做到！”女王大声呵斥。女王表示自己希望能定小艾赛克斯伯爵的罪，但要怎么做呢？他犯下了叛国罪吗？他的罪行足以送交闭门会议吗？贝肯建议，这些做法都很不妥当，因为虽然小艾赛克斯伯爵非常无能，但政府却掌握不到他蓄意胡为或叛国的证据。在证据不足的情形之下，若贸然将他定罪，依据他受到的欢迎程度来看，英国显然要面对一场民权运动；毕竟，女王陛下在毫不起诉的情形下，将他软禁这么长一段时间，民间已经开始传出反对声浪。这不是伊丽莎白女王希望听到的答案，两人的会面就在女王难看的脸色中结束了。但事后她仔细思考了贝肯所说的一切，英国当时的社会气氛的确不太适合，也相当容易挑起冲突。
尽管如此，此时的伊丽莎白女王已经搜集了足够的证据，证明小艾赛克斯伯爵与泰隆伯爵间的联系已经到了叛国的境界，因此女王依然坚持要惩罚他的罪。但女王陛下愤怒之余仍感忧伤，她后来告诉法国大使，她依然希望能“助小艾赛克斯伯爵悔改”，因为他“仍有非常良善的一面”。
一月底时，小艾赛克斯伯爵再度恢复健康，伊丽莎白女王则恢复了强硬的态度，向参事们宣布，她要在二月八日的闭门会议中公开以叛国罪处置他。罗伯特·塞西尔与贝肯因忧心公众意见而劝退了女王，并进一步说服女王私下解决小艾赛克斯伯爵的问题。在罗伯特·塞西尔的建议下，小艾赛克斯伯爵写了一封恳切的信件，请求女王陛下的原谅，并恳求女王降罪于他。“我心中的泪水淹没了我曾有的骄傲。”小艾赛克斯伯爵宣称。在闭门会议的最后一分钟，女王陛下才不情不愿地取消了计划。
一六〇〇年的主显节，一名西班牙探子回报：“伊丽莎白女王大开宴席，英国与爱尔兰教会领袖，都看到垂垂老矣的她跳了三四曲的双人舞”。
“我的天，我简直就不是女王了！”她如狮吼般说：“那个男人比我重要。”接着“女王便快速地来回踱步”，对哈林顿爵士始终皱着眉头。他不住地发抖，仍将自己的军事日志呈交给女王，女王耐心地阅读了一次后，感到毫无新意。
过了一小段时间，哈林顿爵士便派妻子去女王面前为他求情，并意有所指地指示她告诉女王陛下，她透过对丈夫展现的爱意来感受丈夫的爱。伊丽莎白女王听懂了这个比喻，于是她说：“去吧！去吧！夫人，我知道你是个聪明人；经过了这些事情，我依然对我所有的丈夫们，也就是我的人民，抱持着善意；若非这一份特殊的爱，他们也不会给我们如此大的顺服。”语毕，她同意让哈林顿爵士返宫，但当哈林顿爵士真的回来后，女王仍忍不住要挖苦他。
“回去！”女王喝道。哈林顿爵士“并没有等到女王再说一次便脚底抹油”，“仿佛后有爱尔兰追兵般”奔赴克尔斯登。
这场庭讯耗时十一小时。囚犯对于自己该怎么做了然于心，于是跪在一群端坐的枢密院参事面前，总检察长爱德华·柯克爵士则宣读他那“罄竹难书的违法行为”。其中情节最重大的，莫过于他恶劣的企图与不服从，但文中也为他开脱，表示他对女王的忠诚度并未受到质疑。王室的四位律师谴责他的行为不端；当小艾赛克斯伯爵看到往昔的友人贝肯也在其中时，感到相当震惊与受伤。事实上，贝肯曾哀求女王不要这么做，但女王坚持一定要他出席。
小艾赛克斯伯爵离开后，伊丽莎白女王很快地结束梳妆打扮，随即召集了当天在无双宫中的四位枢密院参事：罗伯特·塞西尔、亨斯顿勋爵二世、托马斯·艾格登爵士与诺斯勋爵，另外还有威廉·诺利斯爵士。十二点半，女王再度接见小艾赛克斯伯爵，接下来的一个半小时“一切安好，女王以非常仁慈的态度对待他”。不久后就到了晚餐时间，他显得神采奕奕，并以爱尔兰的冒险故事来娱乐友人与宫中的侍女。但怀特感受到台面下的紧绷感：“我仿佛灵光乍现般，感受到此刻暗伏的危险。”
这一年的圣诞节，伊丽莎白女王在里奇蒙德宫度过；宫中人满为患，充满喜悦，女王也看起来神采奕奕，一边与沙克维尔伯爵（Sackville）和罗伯特·塞西尔玩着纸牌，一边看着侍女们在谒见室中表演乡村舞蹈。同时也依据女王的喜好，献上了“戏剧表演与圣诞节派”。也有不少人在讨论潘布鲁克伯爵的继承人——年纪轻轻的威廉·赫伯特，近来因为他“慎重地循着讨女王欢心的道路前进”，因而在宫中快速累积人气，但事实上他是个乏味单调、毫无野心的年轻人，只爱看书不爱比武，“很快地许多人都发现，女王不欣赏他，全都是他的问题。其中最大的原因，就是他缺乏精神，而且是个郁郁寡欢的人”。
在遭到软禁的几周内，小艾赛克斯伯爵蒙受许多痛苦。他正因为肾结石而疼痛不堪，加上不断复发的痢疾，除了仆人之外，他也见不到任何人的面，足不出户，向女王求情的信件也石沉大海，这些让他陷入极度绝望之中。就连勇敢前去探望他的哈林顿爵士，都不敢为他带一封信给伊丽莎白女王，毕竟他与女王的关系才刚恢复，不想“因为小艾赛克斯伯爵的事情再栽一次跟斗”。但英国人民依然未对小艾赛克斯伯爵失去信心，当他病重的消息走漏后，人们就更加怜惜他了：伦敦街头散发着赞美他的宣传手册，内容直指他是无辜的；宫廷的围墙上甚至出现亵渎女王与罗伯特·塞西尔（他被视为是影响女王思想，让女王痛恨小艾赛克斯伯爵的元凶，甚至严重到必须由随扈陪同才能出门）的涂鸦；全国各地的布道会上，牧师们也为这个新教信仰的代表祈祷，呼吁伊丽莎白女王仁慈宽厚。最严重的是，（女王口中的）“邪恶叛徒”则开始大胆地针对女王扯出“挑衅的传闻与诽谤的谎言”。一切的现象都让她非常烦闷，毕竟她穷及一生都在追求臣民的忠诚与爱，女王简直无法忍受看见他们的不满。
莱礼爵士非常忧心，罗伯特·塞西尔与女王对待小艾赛克斯伯爵的态度不够严苛，于是警告他：
因此，十二月初，伊丽莎白女王仁慈地允许长期待在宫中的小艾赛克斯伯爵夫人，刻意穿着丧服在白天时前往探视丈夫，但此时小艾赛克斯伯爵的身心都已病重，因此法兰丝断言“小艾赛克斯伯爵康复的可能性渺茫”。根据怀特的记录，“哀伤让他病重并且衰弱，并迫切地想要早点知道女王陛下打算如何处置他。他吃得很少、睡得很少，靠着流质物体维持基本生命，让身体的炎症加剧”。
贝肯并不在场，当女王问他为什么时，他表示许多人都认为他是背信弃义、背叛朋友的人，因而受到严重的暴力威胁而不敢前往。女王完全不相信他，随后几个月都不愿跟他说话。
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对于小艾赛克斯伯爵仍遭监禁一事，英国民间的怒火甚嚣尘上，许多人深信，他未能接受审判的原因，是因为“政府缺乏将他定罪的不利证据”。为了打击这些流言，六月五日，伊丽莎白女王在约克宅邸，让小艾赛克斯伯爵面对十八位枢密院参事组成的委员会，掌玺大臣艾格登爵士则在旁陪审。还有两百位平民受到邀请出席这场审判。这并非正式的法院，而是为了公布女王事先同意的罪与罚，因而得到女王授权召开的法庭，而女王陛下则是透过此举来操作公众意见。会后许多臣子都开始认为，女王陛下正在为和解之道铺路。
这天晚上十一点，“请阁下待在自己的房中，这是女王陛下给小艾赛克斯伯爵的旨意”：在他的行为受到彻底调查前，他都会被软禁在这里。他的政敌们准备瓮中捉鳖取他性命。隔天一早，枢密院急速召集了全体成员举行会议，小艾赛克斯伯爵又被带到会议上，负责的书记离场，接着关上枢密院大门。然后他接受整整三小时的严密审讯，这段时间他曾一度表现出“严肃审慎”的模样。听到小艾赛克斯伯爵的证词，伊丽莎白女王无语，只表示自己要再想想。但事实上她的情绪陷入极度愤怒之中，也出现了报复的念头。此刻英国宫廷中出现各种流言，女王与其他枢密院成员仍在等待小艾赛克斯伯爵的余党出现，执行政变计划。到了十月一日清晨，他们都发现这样的忧虑只是无稽，伊丽莎白女王下令由一位友人掌玺大臣艾格登爵士来看守小艾赛克斯伯爵，将他软禁在艾格登爵士位于斯庄特的约克宅邸中，直到女王满意为止。他只能带着两位仆人，访客全部禁见，就连他的妻子也一样。被软禁后不久，小艾赛克斯伯爵便生了病——这次是真的了。
“我的天，你们都是冗员骑士，国王代表更是糟糕透顶，竟聪明到浪费你的时间，也浪费我们的信任！”女王骂声连连。吓坏了的哈林顿爵士尽可能地安抚她，但“她在盛怒之中什么也听不进去”，在场的所有人都不会怀疑“她是谁的女儿”。
这一年的春天，伊丽莎白女王精神萎靡不振，显然被处置小艾赛克斯伯爵的方法两头拉扯。斯葛洛普小姐带来一封小艾赛克斯伯爵的信，信中哀求女王陛下，让一位拥抱哀伤不断期盼的人，重新回到女王的怀抱，伊丽莎白女王则忧愁地回复：“没错，的确是这样。”
此时小艾赛克斯伯爵早已与身在爱尔兰的蒙裘依勋爵密切通联，向他提出要求，就算詹姆士六世不愿出手，仍要带兵返国协助他。但蒙裘依勋爵此时亲眼见证了爱尔兰的情势后，对小艾赛克斯伯爵的怜悯大减，加上眼前有更要紧的事情要办，其中最重要的就是打倒泰隆伯爵。于是他便表示“无论小艾赛克斯伯爵阁下的野心是什么，他都不愿透过任何行动协助他”。此时小艾赛克斯伯爵再度写信给女王陛下，向她表示“自觉像个被扔到墙角的死尸”。
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小艾赛克斯伯爵也收到与会通知，他哀求地表示自己得了“爱尔兰病”，已经病重无法出席。但伊丽莎白女王并不采信他的借口，因此在十一月二十八日的下午，他在伍斯特勋爵与由舵手送达约克宅邸的华威伯爵夫人陪同下与会。闭门会议中究竟发生了什么事，没有人知道，历史上甚至没有留下在垂死边缘挣扎的小艾赛克斯伯爵与女王见面的证据。
听到此消息，女王也相当难过，于是派了八位御医前往诊治，但他们的检查报告都不乐观：他的肝脏“功能丧失，逐渐衰竭”，他的肠子全都溃烂。他无力走路，当仆人们要为他更换被内脏深黑脓血浸湿的床单时，他还得由人搀扶。医生只能开立灌肠剂作为药方，以涤净他的排泄系统。伊丽莎白女王于是下令，将他移居到艾格登爵士家最好的房间，女王眼泛泪光地派遣信差带着几帖汤药与一封能安慰小艾赛克斯伯爵的信件前往探视，信中女王允诺，若能在符合礼仪的状态下探视她，她非常愿意。女王甚至暗示，等到小艾赛克斯伯爵身体好转后，可以到约克宅邸的花园中透透气。
但“女王陛下的怒意似乎不能稍缓”；几个月后，女王陛下才告诉法国大使，小艾赛克斯伯爵抗命的情节有多严重，她其实没有向枢密院据实以告，尽管没有详尽阐述，但历史上留下极少的证据显示，女王陛下认定小艾赛克斯伯爵可能在前往爱尔兰前，就已经与泰隆伯爵狼狈为奸。若果真如此，他的确是犯下了非常严重的罪行。但可想而知，女王陛下掌握的一切并不足以将他定罪，因为女王陛下并不确定该拿小艾赛克斯伯爵怎么办，并要多年后曾记录下这段对话的弗朗西斯·贝肯提供一点意见。贝肯嗅到小艾赛克斯伯爵前途毁于一旦的意味，为了保全自己的政治前途，于是决定抛弃他，将全部心力用在迎合女王的要求上。于是他告诉女王，他认为小艾赛克斯伯爵的罪行严重。他建议，绝对不要再派他回爱尔兰。
十一月十七日女王登基日，伊丽莎白女王展现出无忧无虑的样子，欣赏马上比武竞赛好几个小时。一周后，为了宣布由蒙裘依勋爵取代小艾赛克斯伯爵出任爱尔兰国王代表，女王突然决定要公开向臣子们说明她对小艾赛克斯伯爵处置的理由。当时的传统，在会期结束的那一天，掌玺大臣必须在闭门会议法庭上发表演说，女王则决定“为了满足社会的期待”，并镇压“法庭外、城市外与国外的危险叛徒对女王陛下与枢密院的流言蜚语”，她要利用这个场合来宣读小艾赛克斯伯爵所犯下的各种令人遗憾的罪行。
十月份，爱尔兰与英国的停战协议到期，泰隆伯爵重新武装。伊丽莎白女王不减怒意，反而更加生气，大骂小艾赛克斯伯爵，并决定给他一个教训。“这种藐视王权的行为，就该公开受到谴责”，她向枢密院表示。同时女王也向法国大使表示，她要让小艾赛克斯伯爵知道，英国是谁当家做主。她气急败坏地表示，就算是她自己的儿子犯了这样的错，也要把他关进英国最可怕的监狱中。但其他国家的人并不知道她究竟有多愤怒，只是天天等着小艾赛克斯伯爵获释的消息。就连枢密院也已多次建议释放他，他们的理由是，小艾赛克斯伯爵没有恶意，只是无能而已，他犯的错并不严重。
下午，透过罗伯特·塞西尔查明了没有叛乱的危险后，伊丽莎白女王再度召来小艾赛克斯伯爵，这一次“他却发现女王短时间内态度丕变，开始质疑他返国的动机，对于他擅离职守，让英军陷入危险之中也感到相当不悦”。小艾赛克斯伯爵于是动怒，并要求直接向枢密院亲自解释。女王“安排了几位贵族来听审，于是他们便在下午前往枢密院”，伊丽莎白女王则带着满腔怒火回到了房里。
伊丽莎白女王完全不知道宫廷外发生了些什么事，可能认为自己的恐惧成真，小艾赛克斯伯爵可能带着一支精兵回来，准备罢黜她、监禁她。但他看起来态度依然相当好，女王陛下仍维持一定的风度要他先退下，同时允诺等两人都准备好后再行深谈。小艾赛克斯伯爵丝毫看不出女王内心的慌乱，也不知道自己已大大地冒犯了女王：“从女王的寝宫中出来后，他回到房里沐浴更衣，他的心情大好，甚至感谢天，尽管他在国外惹了许多麻烦与风暴，家依然给予他恬静的温暖。”
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我不够聪明，无法给你什么建议，但若你对这个恶人心软，等到太迟了，懊悔也来不及。可以肯定的是他的恶意，就算你采取温和路线，也无法消弭他的恶。不要失了你的优势。若你让步，我便能预见你未来的命运。他将成为女王权势与安危最大的威胁。若他重获自由，女王的好日子告终，而我们也一样。
