到了八月，沃尔辛厄姆爵士搜集到的信息，已足够置苏格兰女王于死地，于是他决定不需等待巴宾顿回复玛丽·斯图亚特，他现在就要出手，在他们任何一个人听到风声之前，在他们有时间烧毁任何通信证据之前，而这些则是沃尔辛厄姆爵士准备上呈法庭的证据。
葛佛德告诉玛丽·斯图亚特，他安排了秘密通道，可将信件走私进出查特里。沃尔辛厄姆爵士也发现，巴克斯顿当地的酿酒人马斯特·伯顿（Master Burton），定期运入一桶一桶的酒。葛佛德必须负责说服这个酒商，同时承诺给予丰渥的报偿，将玛丽·斯图亚特的信件藏在防水的小木盒中，穿过桶孔藏在酒中。这位酿酒商是个“正直的人”，他一直相当同情玛丽·斯图亚特，于是便同意了，以为自己是在帮助她；一直到一切都来不及了，他才发现自己被利用了，当伯勒特爵士告诉他这个秘密时，他自知这位客户涉入的风险太大，因而只说出了自己要求的价码。
巴宾顿的家遭到搜索，找到许多天主教煽动谋反的证据，以及诅咒伊丽莎白女王身故的预言。此时已有十四人落网，罪名都是重度叛国罪。八月十八日，审问由伯利男爵、海登爵士与布隆尼大法官在伦敦塔中进行，巴宾顿因畏惧刑求的折磨，天真地以为只要合作就能获得赦免，于是自白承认策划暗杀女王的行动，在接下来七次的自白中，首度透露了阴谋内容，丝毫未保护玛丽·斯图亚特或其他共犯。吉尔伯特·柯勒与克劳德·诺鲁也证实，那些沃尔辛厄姆爵士复制来为玛丽·斯图亚特定罪的信与原版一模一样。
五月二十日，玛丽·斯图亚特写信给门多萨大使，透露自己愿意“主动退让，将自己应得的（英国王位）继承权让给贵国君主、阁下的主公，这一切都是因为我的儿子对异教的顽固与坚持”。然而菲利普国王却向罗马教皇表示，自己无意将英国纳入他那幅员广阔的版图，因此决定将英国统治权转交给他的女儿伊莎贝拉·克拉拉·尤金妮亚（Infanta Isabella Clara Eugenia）。
七月五日，伊丽莎白女王与苏格兰王詹姆士六世签订《贝维克条约》，让两国君主在遭遇武力侵犯时能够互助保护。这也代表菲利普国王无法从英国北部边界入侵。就在巴宾顿请求玛丽·斯图亚特祝福他的阴谋成功时，儿子最终的背叛消息也传到了玛丽·斯图亚特耳中；“这让她感到异常愤怒、绝望又难过，更进一步刺激她对眼前阴谋的支持”。
六月二十五日，与他预期得一模一样，玛丽·斯图亚特写信给巴宾顿，接着巴宾顿又于七月六日回信，简述其阴谋计划内容，要求玛丽·斯图亚特同意并给予建议。甚至称呼玛丽·斯图亚特为“我伟大的神圣主母与女王”，他向玛丽·斯图亚特表示“六位英国贵族，都是我可靠的朋友”，会“推翻篡位者”伊丽莎白女王，而他则会负责援救玛丽·斯图亚特逃离查特里，接着在西班牙军队入侵的协助下，助她登基成为英国女王。巴宾顿对玛丽·斯图亚特唯一的要求，就是保护那些执行“残忍极刑”的人，并给予适当的报偿。
九月二十日，巴宾顿、巴拉德与另外五位共犯一同带着枷锁从伦敦塔丘前往霍尔本的圣吉尔平原，当地架起了特别高耸的断头台与刑架。在这里的大批民众面前，这些罪犯就要接受叛国者应得的、最恐怖的极刑，一直到最后，巴宾顿仍坚称自己认为参与的“是合法且值得称颂”的活动。根据威廉·康登记载，巴拉德率先受刑：他与其他共犯都“活到最后一秒”才被解下，接着被摘取器官，肠子被活生生拉出体外，且自己全都目睹，然后才被砍头、肢解。临死之际，巴宾顿则不断大喊：“耶稣，救赎我！”怀着报复心而来的人们，因他们眼前的残忍景象感到作呕，意外地对犯人产生了同情心，隔天当剩下的七名共犯被带到刽子手跟前时，女王只好下令，将罪犯吊至死亡后，才能去除内脏与肢解。
“女王对你依然不太能谅解，”圣乔治日过后莱礼爵士这样告诉莱斯特伯爵，“但感谢神，她已经平静了下来，阁下依然是体贴的罗伯特。”疲惫不堪又情绪低落的莱斯特伯爵写信向沃尔辛厄姆爵士表示：“国务大臣大人，我好疲倦，真的好疲倦。”
沃尔辛厄姆爵士与他殷切企盼的那封信，由玛丽·斯图亚特的两位书记于七月十七日以密码完成，他们从玛丽·斯图亚特手中接过指示，她也随即将它们烧毁。信件的原稿已不存在，显然是遭到巴宾顿湮灭证据，目前留下的则是菲利浦斯复制的版本，并以最快速度送交沃尔辛厄姆爵士手上，信上甚至还有菲利浦斯手绘的监狱图像。
枢密院盼女王能召开国会，解决苏格兰女王的问题。伊丽莎白女王知道上下两院将坚持审判玛丽·斯图亚特并处以极刑，且她将毫无选择必须同意，因此再度使出拖延战术。她的参事相当坚持，指出若涉案情节较轻的阴谋者巴宾顿与他的友人们都必须依照叛国罪面对极刑，也就不该纵放此案背后的主谋玛丽·斯图亚特。九月九日，怀着沉重的心情，伊丽莎白女王屈服了，召开国会。
九月十三日，巴宾顿与他的共犯们面对审判。结果早已未审先判，但伊丽莎白女王坚持，在这个“恐怖的叛国案”之中，通常施加在叛国者身上的刑罚不适用。伯利男爵向海登爵士表示：“我告诉过女王陛下，死刑应以适当、有条理的方式执行，在众人面前对犯人施以极度的痛苦，致死的方式一定要与各种新的谋反手法一样可怕。然而女王陛下并不满意，但她要我向法官表达这个意见。”
一五八五年圣诞节前夕，伯勒特爵士对特伯利城堡维安漏洞的担忧总算能稍歇，他接获消息，女王注意到玛丽·斯图亚特的不满，因此指示从特伯利城堡移监到位于十二英里外艾赛克斯伯爵于查特里暂时空下来的坚固宅邸，主要希望能让洗衣妇也能长期住在里面。
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六月份，有人听闻巴拉德与巴宾顿讨论菲利普国王计划入侵一事，并暗中策划要谋杀伊丽莎白女王，他们准备在谒见室中突袭，或在她漫步花园时出手，她坐在马车上时，也是个好时机。巴宾顿决定一肩扛起刺杀的重责大任，还有六位友人的协助，后来证实这些他的朋友，都与巴宾顿本人一样，出身权贵阶级，是有为青年，受到良好教育，他们全都是受到苏格兰女王操弄的骑士精神的感召。
三月十四日，托马斯·赫内基爵士通知荷兰国务委员会，莱斯特伯爵必须卸下总督职务——“这么重大的事情，能让许多人心碎”。荷兰方面上书女王，求她收回成命，但最后是伯利男爵以辞职威胁，才让女王不情不愿地同意让莱斯特伯爵继续担任总督一职，但她强调，莱斯特伯爵并非英国正式代表，并要求他莫忘自己对女王的从属关系。
在审判期间，尽管巴宾顿“以良好的态度”承认了所有的犯行，但他坚持约翰·巴拉德神父是煽动这个阴谋的主要角色。在伦敦塔的受刑架上，巴拉德只提到阴谋确有其事。伊丽莎白女王并不希望审判期间提及玛丽·斯图亚特的名字，但当审判委员会向她表示，如此一来这些证据就没意义时，女王才同意在起诉书与巴宾顿的自白书中，可以保留玛丽·斯图亚特的名字。
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女王写了一封信给伯勒特爵士：“阿米爱斯，我最细心的忠仆，神在这次的行动中赐予你三大袋的成果，让你可以顺利解决这个麻烦的角色。让那邪恶的坏女人知道，她那些卑鄙行径，经过法律制裁，会带来多沉重的苦痛，我多年来拯救了她的生命，但她却以各种奸诈的行径，造成我难以容忍的损失，那就看神能不能原谅她吧。”
不成熟的作为！在事实摆在眼前之前，我等简直无法想象，在我们扶植之下的一个人，甚至得到比这块土地上任何一位臣民更多的宠信，却以如此卑劣的手段破坏国家戒律，造成国家荣誉极大损伤。我等面对此事的立场与命令为：将耽搁与借口摆在一边，为了表示你的忠贞，无论这个职务以我们之名为你带来什么考验，都务必遵从与执行。不许失败，若你的表现与预期相反，将为你招致最大的灾祸。
枢密院忧心女王怒火中烧的情绪会让她武断地召回莱斯特伯爵，并因此造成两人之间的裂痕，因为要是让西班牙方面看到英国内部闹不和，其后果将是不堪设想。枢密院参事们只好极力苦思安抚女王之策，并试图向她解释莱斯特伯爵违抗命令可能的原因；一直到一位信差来访，向女王传达莱斯特伯爵生病的消息，女王才勉强承认莱斯特伯爵只是自以为是地以为这么做能照顾到女王的利益。
行刑后，英国境内出现大量歌谣与文章，很快地“英国所有的人都听到这么可怕的阴谋”，不只是枢密院，就连一般平民百姓，都怒骂着这个造反计划背后的主谋玛丽·斯图亚特，要求审判她、处决她。尽管到了这一刻，但伊丽莎白女王依然想要赦免玛丽·斯图亚特的死罪，而这一切都是因为伊丽莎白女王并不赞成处决一个神圣的女性君主。她原本希望犯人死亡就能满足臣民们嗜血与报复的渴望，但她随后发现自己误会了。
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沃尔辛厄姆爵士在严密监视巴宾顿的同时，决定让这起谋反事件转向，以利英国政府。幸好玛丽·斯图亚特在巴黎的探子托马斯·摩根听过巴宾顿的名字，并写信向她推荐巴宾顿的忠诚，并指出“要赶走令全世界烦忧的野兽，方法很多”。沃尔辛厄姆爵士不费吹灰之力，就让这封信顺利交到玛丽·斯图亚特手上。
透过这个新的沟通方式，葛佛德给了玛丽·斯图亚特一封信介绍自己，以及玛丽·斯图亚特在巴黎的探子托马斯·摩根（Thomas Morgan）的到任国书，并表示玛丽·斯图亚特也可以用这个方法与境外的友人沟通。对玛丽·斯图亚特来说，与友人们断绝联系这么久，葛佛德的方法仿佛久旱逢甘霖，她大赞葛佛德的计划，对他背后的动机完全不疑有他。不久后，玛丽·斯图亚特开开心心地收下法国大使馆来的二十一包信件，并准备回信。
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“这足以让欧洲各国贵族视我为妖孽了。”她怒不可遏，并写了一封信斥责他：
沃尔辛厄姆爵士要的就是这样一封信，让玛丽·斯图亚特能在一五八五年的关联法之下俯首认罪，同时我们也相当确定，为了了解巴宾顿提及的六位贵族是谁，他在这封“血腥信件”的最后伪造了一个附笔，询问这些人是谁，最后在七月二十九日将信件交到巴宾顿手中。后来玛丽·斯图亚特的支持者便指称，其他的信件内容也都是沃尔辛厄姆爵士假造的，尤其是玛丽·斯图亚特支持暗杀伊丽莎白女王的部分：然而玛丽·斯图亚特与门多萨大使的共谋关系是确定的，门多萨大使甚至曾向菲利普国王表示，玛丽·斯图亚特知道阴谋计划的每一步。
八月四日，约翰·巴拉德遭到逮捕，以他身为天主教神职人员为由，被送往伦敦塔中囚禁。从友人处听闻这个消息，巴宾顿陷入慌张之中，于是要求一位叫作“野蛮人”的弒君杀手当天就要杀了女王。尽管野蛮人已经准备万全，但却表示自己穿着太不体面，可能进不了宫，巴宾顿于是给了他一枚戒指，要他将戒指卖了，将所得用来买件好一点的衣服。但时间太过仓促，于是当晚巴宾顿便展开逃亡，找地方躲了起来，伊丽莎白女王此时才将事情原委告诉伯利男爵，并下令要他发布宣告谴责阴谋暴行。有关阴谋计划的相关事证，很快就被复制，接着散布到全国各地，让忠诚派的臣子们能指认这些弒君杀手，各地随即传出抗议声浪。
五月底，葛佛德将两封玛丽·斯图亚特的信件交给沃尔辛厄姆爵士：第一封是写给门多萨大使的信，她向西班牙方面承诺，对入侵计划鼎力相助，同时允诺寻求詹姆士六世的协助。第二封信则是写给一位支持者查尔斯·佩吉特（Charles Paget）的信，信中提醒他要不断提醒菲利普二世入侵英国的必要性。佩吉特的回信，自然也经过沃尔辛厄姆爵士的审查，透露一名神职人员约翰·巴拉德（John Ballard）刚从法国抵达英国，准备精心安排英国天主教人士起义，西班牙大军也准备同步进攻，时间就在这一年的夏天。
巴拉德神父很快就成了沃尔辛厄姆爵士紧迫关注的对象。与多数曾待在国外的天主教徒一样，这位误入歧途的神职人员，将天主教支持玛丽·斯图亚特登上英国王位的概念，看得太过夸张偏激。对他的任务一片热诚之下，他前去拜访一位相当富有的天主教乡绅，德席克的安东尼·巴宾顿（Anthony Babington of Dethick），他已经在地下支持苏格兰女王长达两年时间了。帅气又热情的巴宾顿，时年二十五岁，出身于英国德比郡一个古老又受崇敬的家庭，曾在士鲁斯柏立侯爵负责看守玛丽·斯图亚特时担任她的侍从。然而英国政府方面早就知道，前一年秋天时，巴宾顿曾涉入一场草率的暗杀行动，目的是在闭门会议中杀害英国枢密院全员。
受到命运之神的眷顾，这个月一名受训中的天主教神职人员吉尔伯特·葛佛德（Gilbert Gifford）刚从法国踏上英国土地时，就在拉依遭到逮捕，接着就被带到沃尔辛厄姆爵士跟前。就他所知，葛佛德是玛丽·斯图亚特的友人从巴黎派来英国的间谍，意图与玛丽·斯图亚特恢复联系。在发现计划曝光后，意志不坚的葛佛德随即被煽动，转投沃尔辛厄姆爵士旗下，随后便接受指示传递多份在法国大使馆等待玛丽·斯图亚特已久的信件。玛丽·斯图亚特交给葛佛德的回信，则直接交到沃尔辛厄姆爵士手上，他的秘书托马斯·菲利浦斯（Thomas Phelippes）是密码专家，负责破解信中密码并复制，接着重新封缄，再送回到原定的目的地。透过这个方法，沃尔辛厄姆爵士得以监督玛丽·斯图亚特的通信网，设下了极大的陷阱。
一五八六年三月，西班牙的菲利普国王写信给教皇席克斯塔斯五世（Pope Sixtus V），请求教会祝福他“对英国的企图”。教会给予满心的祝福与经济援助。这场侵略阴谋，以讨伐异教徒为名，准备展开大规模圣战。
死刑正常的执行方法，刽子手必须先确定犯人已死，才会除去他们的内脏。但伯利男爵认为，确保巴宾顿与同党的生命——与折磨——一直延续，直到惩罚够重为止，最后他终于让女王同意他的看法。
伊丽莎白女王下令遣散玛丽·斯图亚特的仆人们，并以伯勒特爵士指定的对象取而代之；就连听到玛丽·斯图亚特因为失去这些朋友而重病，她也不为所动。
这封信由托马斯·菲利浦斯送往查特里。接着沃尔辛厄姆爵士便悬着一颗心等待玛丽·斯图亚特的反应。七月九日，他通知莱斯特伯爵有大事要发生了：“可以确定的是，若此事处理得宜，便能阻断女王陛下任内的所有危机。”
在漫长的沟通过程中，玛丽·斯图亚特因为替巴宾顿的阴谋背书与支持行刺伊丽莎白女王而有罪：“这项计划准备得如此精细，在里应外合的力量下促成，只要有时间让这六位贵族展开动作；按照指示一步一步完成计划，我可能很快就能离开这里了。”
荷兰战争为伊丽莎白女王带来极大压力，沃尔辛厄姆爵士发现，“她背负压力的能力日渐消退”。三月份，华威伯爵告诉莱斯特伯爵：“女王陛下的愤怒并未随着时间消退，她的怨恨与怒意反而日渐高涨。”她甚至不给付莱斯特伯爵军队的粮饷，以此给他重大的教训。莱斯特伯爵本想将接受最高总督的责任，推卸到戴维森身上，表示是戴维森爵士要他这么做的，但女王丝毫不相信，甚至立即拔擢戴维森为参事。
此时这些阴谋者，正在伦敦的小酒馆中公开吹嘘他们的冒险精神，甚至提前庆祝胜利。巴宾顿甚至要人画了一幅他与弒君杀手群的团体像，作为“行前纪念”。
八月九日，玛丽·斯图亚特到附近的查尔迪打猎时，伯勒特爵士搜查了她的私人物品，扣押了三大袋的信件、珠宝与现金，递交给沃尔辛厄姆爵士。她的书记吉尔伯特·柯勒（Gilbert Curle）与克劳德·诺鲁（Claude Nau），接着骑马到附近的荒野，逮捕了玛丽·斯图亚特本人。涕泪纵横的她被带到附近民宅中整理仪容，接着才被押解回查特里继续拘留。
这也代表她绝对不可能接受荷兰王位。
巴宾顿的脸全都被“绿核桃木的外皮划伤”，八月十四日被人发现在伦敦北部的圣约翰森林中，隔天就被押入伦敦塔。当逮捕他的消息公开后，伦敦各地甚至响起欢庆的钟声，伦敦市民纷纷表达感激之意，燃起营火，大开街头嘉年华。伊丽莎白女王被人民的这些爱与忠诚感动不已，因此亲笔写了一封动人的信函感谢伦敦市政厅。
莱斯特伯爵依从形势。四月份在乌特勒支庆祝圣乔治日时，他在庆典上留了一个空荡荡的王位，仿佛女王只是不在而已，女王的座位上甚至还摆放着饮料与食物。
二月五日，伊丽莎白女王从一位侍女处得知（而这位侍女则是看到了一封私人信件），莱斯特伯爵接受了荷兰最高总督职位，并于一月十五日在海牙的一场庄重的仪式后开始执行“至高无上的命令”，伊丽莎白女王爆发了一阵宫廷人士从未见过的恐怖怒火。
七月十日，菲利浦斯回报：“苏格兰女王已经回复巴宾顿了，而我昨晚就已经收到。”但所谓的回复其实只是一张短签，玛丽·斯图亚特在信中允诺，未来几天会写得更详细。“接下来几天必须更谨慎地对待她。”菲利浦斯说。
“我无法想象，这些人要怎么把手指大的文件带出城堡外。”伯勒特爵士对此感到相当满意。但多次发现玛丽·斯图亚特对外联络的神通广大后，沃尔辛厄姆爵士并不像伯勒特爵士那么确定，然而就在此时，他灵感乍现，不如利用玛丽·斯图亚特对外联系的能力让她自己露出马脚，这样他就有理由处理掉她。
女王的反应让莱斯特伯爵深感苦恼。他认为自己这么做，能带给女王极大的利益，尽管伊丽莎白女王认为他绝对不敢向她实话实说，但事实上，莱斯特伯爵依然派出了皇室书记威廉·戴维森（Sir William Davison）去向女王解释。但戴维森受到天气状况极差的影响，当他于二月十三日抵达英国时，其他人已先发制人。女王也不愿听他的解释，而是以“最讽刺难听的话语”训了他一顿。“至少在女王听取他的陈述以前，任何人都不会受到她如此大的谴责。”莱斯特伯爵苦涩地说。
知道陷害玛丽·斯图亚特一事的人，仅限于沃尔辛厄姆爵士、他的助手莱斯特伯爵，当然也可以确定伊丽莎白女王应该知情，因为她在这段时间曾向法国大使馆表示：“你们持续与苏格兰女王秘密通信，相信我，我都知道我国家中发生的每一件事。在我的姐姐统治期间，我也曾是阶下囚，对于刑犯赢得他人协助、对外秘密联络的奸计，我再清楚不过了。”历史事证显示，她不仅知道这个计划，甚至同意这个计划的进行，并相当密切地关心事件的发展。
就在七月，莱斯特伯爵向伊丽莎白女王提起，确保能赢得荷兰战争的方法就是由她来接掌荷兰王权。想到此举可能为财政带来的困境，并忧心过度刺激菲利普国王，伊丽莎白女王以相当歇斯底里的态度响应。接着在冷静下来之后，女王写信给莱斯特伯爵，理性地解释自己犹豫的原因，更强调：“罗伯特，想必你认为在这个季节中，仲夏夜的疯狂影响了我的思考，然而你必须接受我的想法，这就是命令……这件事到此为止，我不会再与你讨论。尽管不情愿，但我还是要向你道别，我的眼睛，但我会向神祈祷，保你不受伤害，保你远离仇敌，我对你的付出有无尽的感谢。一如往昔的E.R.。”
