台面上，伊丽莎白女王强烈反对单挑决斗，但她对于小艾赛克斯伯爵的霸道十分反感，当她听见决斗结果时，勃然大怒地说：“老天在上，若来个人挫挫他的锐气，教导他正确的态度，也是刚好而已，否则他简直没有王法了。”但伊丽莎白女王坚持，若两人不握手言和就不准回宫，于是两人言听计从，后来尽管布朗特较受女王宠爱，两人竟能成为至交好友。
这一年的春天，决心打压西班牙的海军实力到底，确保菲利普国王再也无法派遣无敌舰队来威胁英国，伊丽莎白女王决定派出德瑞克爵士、约翰·诺利斯爵士与莱礼爵士，带着一百五十艘船与两万名士兵，前往葡萄牙摧毁敌军残余的势力，同时英方忧心葡萄牙爱国分子可能会群起反抗，因此准备由非法觊觎葡萄牙王位的唐·安东尼奥登基。
女王也写信给小艾赛克斯伯爵，抱怨他“突兀又毫无责任感地离开宫廷、擅离职守；此举对我们的冒犯，理应不难想象。我给予你太多的善意与恩惠，信任你不会擅离职守，却反而使你忽略、遗忘了自己的责任”。
小艾赛克斯伯爵与莱斯特伯爵不同的是，他极度受到人们的欢迎，因为他总是以“和蔼可亲与开放的态度，敞开他的公务桌与房间，接待要求见的人”。伊丽莎白女王很快便起了嫉妒心，她希望小艾赛克斯伯爵的成功，只能仰赖她的给予；她不希望有人跟她竞争他人的感情。
英女王加冕典礼护卫官亨利·李爵士最后一次在幕后指导登基日马上比武大会，为了纪念这一天，他安排了一场护火贞女的盛装游行，音乐则由约翰·道兰德负责。纪念日过后，亨利·李爵士便与妻子——臭名远播的安妮·伐瓦梭尔退休，回到牛津郡的迪奇里公园。
布朗特曾打过荷兰战争，也对抗过无敌舰队，最大的野心就是要再到各国闯闯，寻求军事冒险的刺激，但伊丽莎白女王总不予理会，只是告诉他：“除非有神迹，否则你不准离开，别像不顾他人眼光的西得尼一样。只有我点头，你才能走。现在你只能待在宫中，好好看书，谈谈战争。”一五八九年，伊丽莎白女王钦点他成为四十卫士一员。
伊丽莎白女王将怒气发泄在德瑞克爵士身上，她有好一段时间，不愿再让他主掌规模如此大的探险任务，当然还有诺利斯爵士，而小艾赛克斯伯爵反而成了返国英雄，但伊丽莎白女王注意到莱礼爵士出色的表现，于是赐予他一枚奖章。她甚至原谅了小艾赛克斯伯爵与威廉斯爵士的抗命，无视小艾赛克斯伯爵刚愎自用的行为，指其为“年轻人的冲动”，因此维持了一段时间的和平。宫廷大开宴席、打猎与马上长枪比武，而小艾赛克斯伯爵“则在女王陛下的好评之中，日复一日地壮大声势”。
五月份，伊丽莎白女王来到特欧伯兹，接受伯利男爵一家的招待长达十天，塞西尔家族筹划了一出戏，暗示女王应正式赐予在此行中接受女王册封为骑士的罗伯特·塞西尔国务大臣之职。女王并未看出他们的暗示，但三个月后便招揽罗伯特·塞西尔进入寝宫中服务。约在这段时间，已经长期受到痛风困扰，且年已七十岁的伯利男爵，请求女王准他退休。伊丽莎白女王只是开玩笑地问他，是否想成为隐士，接着以他是“英国福祉的栋梁”为理由拒绝他离开。
事实上，这段时间对伊丽莎白女王来说相当哀伤。一五九〇年，死神带走了华威伯爵安布洛斯·达德利、过去曾负责看守玛丽·斯图亚特的狱卒士鲁斯柏立伯爵与时年已八十二岁的布兰琪·派瑞小姐（Blanche Parry，她是女王寝宫的首席女仆，打从伊丽莎白出生之日起便服侍着伊丽莎白）。
就在这个时期，女王的教子约翰·哈林顿爵士愚蠢地在女王的侍女之间，流传他下流的翻译之作，亚力奥斯托（Ariosto）的第二十八本诗作《愤怒奥兰多》（Orlando Furioso），伊丽莎白女王下令清查是什么样的书引起这么大的欢笑声，但当她亲自阅读时却陷入震惊之中，并宣布这本书的内容不适合年轻女孩阅读。这位“淫秽的诗人”遭到严重的谴责，女王也规定他在翻译完亚力奥斯托的所有作品之前，不准踏入宫廷一步——这么巨大的工作量，几乎占据了他一整年中最美好的时光。
小艾赛克斯伯爵过去的监护人伯利男爵，试图想要将这个年轻人召入门下，但小艾赛克斯伯爵对于“人生与追求庞大财富之路，必须一步一步慢慢来，相当缺乏耐心”，同时他也讨厌伯利男爵那逐渐成气候的儿子罗伯特·塞西尔。他希望在最短的时间内达到令人望之生畏的权势顶峰。
弗朗西斯·贝肯当时是个三十岁的律师，也是个博学多闻的国会议员，当时他就已经发行了历史、哲学与法律论述著作。“他的身材普通，未老脸上就已烙上岁月的痕迹；但风度翩翩恰如其分。”这是十七世纪历史学家阿瑟·魏尔森（Arthur Wilson）对他的形容。这位后来晋身成为大法官的弗朗西斯·贝肯，资质远胜罗伯特·塞西尔与小艾赛克斯伯爵，但女王始终不欣赏他，也从不赋予他应得的重责大任。事实上，弗朗西斯·贝肯与哥哥安东尼都是同性恋，这也有可能是造成女王对他们反感的原因之一。
小艾赛克斯伯爵盼能从中获利清偿债务，积极想要争取出征的机会，但四月初，女王有感他的轻率鲁莽，因而禁止他前往，小艾赛克斯伯爵公然抗命，在女王未允诺的状况下擅自离宫，不顾一切地奔赴法尔茅斯，在四十八小时内奔驰了二百二十英里。当伊丽莎白女王得知他抗命的消息时，小艾赛克斯伯爵已经成功说服罗杰·威廉斯爵士（Sir Roger Williams）让他加入，并出航到海上了。伊丽莎白女王非常生气，派遣佛朗西斯·诺利斯爵士与亨斯顿勋爵搭上轻艇，在英吉利海峡逡巡缉拿小艾赛克斯伯爵，当此举毫无所获，女王便在给德瑞克爵士的一封信中，大大地谴责威廉斯爵士的行径：
伊丽莎白女王面对她那一代的友人与参事们纷纷离世，也只能调整心态，适应当前较为年轻、较不协调的一代，这些年轻人的思想与品味与她差异甚大，对于长者的态度也越来越轻蔑。女王也得忙于维持宫廷的平和，维持初出茅庐的新派系间的平衡，对一位垂垂老矣的女性来说，这可是相当吃重的工作。
莱斯特伯爵死后，伊丽莎白女王转而将感情寄托在小艾赛克斯伯爵身上，他很快地便晋身为女王身边的大红人，搬进了继父过去在宫廷中居住的房间，无时无刻不陪伴在女王身旁。想要得到恩宠的宫廷人士，听闻他“善待友人”的名声后都蜂拥而至，他经常替这些友人运用他在女王面前的影响力。但女王常常拒绝他的要求，让他因此气愤不已，“变成一个就连稍微丢脸都感到愤世嫉俗又懦弱的伪君子”。他时常考验伊丽莎白女王的耐心，但女王希望他能安于自己的幸运，然而他从未因此满意，他知道女王非常需要他的陪伴，因而屡次语出威胁要离宫，回到乡间居住，透过这样的手段逼得女王不得不就范。
小艾赛克斯伯爵坚持将塞西尔视为敌人，在宫廷中形成派系之争，成为伊丽莎白女王执政晚期的重大现象，因此也制造许多纠纷、贿赂与机会主义者。小艾赛克斯伯爵与许多宫廷中的追随者都渴求军事上的荣耀，更希望持续与西班牙对战到底，至于以罗伯特·塞西尔与伯利男爵为中心的派系，则以和平与稳定为主要诉求。从一五九〇年以后，小艾赛克斯伯爵开始在宫廷与国内各处推行贵族统治的概念。只要在宫廷中不受罗伯特·塞西尔青睐，或是赞成与西班牙持续对战的人，纷纷走向这条道路，积极地拥戴他。他也得到伦敦清教徒的支持。罗伯特·塞西尔则紧紧地抓住了宫廷官职与政治机会。在国会方面，他的父亲主宰上议院，而他则成为上议院领袖。
此时的情势来看，伊丽莎白女王透过拔擢伯利男爵的儿子与莱斯特伯爵的继子，仿佛想要让宫廷的气氛回到她年少之时，然而尽管罗伯特·塞西尔非常愿意与小艾赛克斯伯爵分享荣耀，但后者知道自己缺乏与宫廷人士的亲近互动，因此非常嫉妒罗伯特·塞西尔的政治地位，并决心破坏他的声望。他并不认为自己无法获得宫廷人士青睐并且成为主要的政治参事；也不明白伊丽莎白女王为何从不将“国内事务的权威”加诸同一人身上。
出生于一五六三年的罗伯特·塞西尔，据传在婴儿时期被一位粗心的保姆摔到地上，因此让背部畸形、身材矮小、发育不良。罗柏·侬顿就形容：“针对他个人的部分，老天爷待他相当苛刻，但若要说到脸庞，那可是他最值得骄傲的部分。”伊丽莎白女王昵称他为她的“小矮人”或她的“小精灵”。“因为是女王起的小名，因此我并不讨厌。”罗伯特·塞西尔表示，事实上他对于自己身体的残缺非常敏感，因此痛恨这个名字，但他的对手常残酷地以此来开玩笑。
七月份时传来消息，为了报复他杀了吉斯公爵，一位疯狂的修道士暗杀了法王亨利三世。因为亨利三世膝下无子，又是瓦洛王朝的最后一个传人，因此便由他那信仰新教的妹夫纳瓦拉的亨利（Henry of Navarre）继位，成了法王亨利四世（Henry IV），也开启了波旁王朝的历史。
诡计多端的弗朗西斯·贝肯，很快就看出了端倪，于是写信给小艾赛克斯伯爵，献上诚挚的建议，试图让他了解自己在女王眼中的地位：“天生不愿被管束的人；享有非以崇高作为得来的地位；却十分受到爱戴；倾向军事行动——我想对世界上任何君主来说，再没有什么比这种形象的人更加危险，更不要说对女性，甚至女王陛下带来的忧虑。”于是他呼吁小艾赛克斯伯爵放弃军事上的野心，才能让女王放心，并透过和平的手段达成目的。这样的建议相当明智合礼，但刚愎自用的小艾赛克斯伯爵拒绝了。
夏季中，皇家卫队队长莱礼爵士宣誓保护女王旗下的侍女，并获得进入的一把钥匙，他秘密地诱惑（但也有可能是被其诱惑）年纪最长的首席侍女伊丽莎白·贝丝·瑟洛克摩顿（Elizabeth Bess Throckmorton），她是尼可拉斯·瑟洛摩顿爵士的女儿。七月份她便与莱礼爵士珠胎暗结，但她与莱礼爵士的其他情妇不一样：她开始坚持要与莱礼爵士结婚，但任谁都看得出来，女王一定会认为她配不上他。这一年秋天，莱礼爵士与贝丝·瑟洛克摩顿秘密地结婚了。贝丝继续待在宫中，照样执行每天的工作，尽可能地隐瞒自己有了身孕的事实。
“她并非信心满满地否定，”他总是说，“只要懂女人心的人都知道，这就是女人柔顺的象征。”他自以为能控制女王，但事实上是小看了女王杰出的智慧与意志力。不过，正因为女王对小艾赛克斯伯爵的情感极深，因此总是能原谅他的小过错：也因为这样，又再度地让他自以为能为所欲为、无法无天。
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然而伊丽莎白女王对他的好意，只是更加深了他的不满，让他开始秘密与詹姆士六世通信。而他的姐姐潘妮洛普·瑞奇（Penelope Rich）则向苏格兰王表示，小艾赛克斯伯爵“感到非常厌烦，认为自己仿佛过着奴隶般的生活”，希望能看见王权轮替，但詹姆士六世却不为所动。
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到了十一月十七日的女王登基纪念日，穿着一身黑的小艾赛克斯伯爵以葬礼的步伐走进怀特霍尔宫的骑士比武场，象征自己的耻辱；但在场观看的人很快就发现，女王早就原谅他了。尽管如此，女王却始终不同意将法兰丝视为他的妻子。两天后，他表现杰出，在参赛者之中脱颖而出。
一五八九年春天，小艾赛克斯伯爵寅吃卯粮的习性，让他背负了超过两万三千英镑的巨额债务。当伊丽莎白女王下令，要他随即清偿某一笔借款时，他却提醒女王“爱与仁慈”的重要性，远超过金钱。女王的态度和缓下来，并同意让他抵押一处庄园，得到未来十年所有英国进口甜酒的关税收入，如此一来等于是让他公器私用、中饱私囊。
这一年的夏天，在英国所有的城市中，伊丽莎白女王出巡来到了毕乡修道院，由罗素小姐的女儿们负责接待女王，再前往米契汉、萨里等地，负责招待女王一行人的则是朱力斯·西萨爵士（Sir Julius Caesar），他献给女王“一件银丝织成的华服，上面用刺绣装饰得极其华丽，一件镶着纯金的黑色网状披风，一顶白色塔夫绸制的帽子，上面缀有许多花朵，以及镶有红宝石与钻石的全副黄金珠宝。女王陛下于九月十三日晚膳过后才心满意足地离开”。
在不堪长期过劳之下，弗朗西斯·沃尔辛厄姆爵士于一五九零年四月六日逝世，死时为了服侍女王几乎濒临破产，只得瞒过债主在一个夜里下葬，以免他们扣押他的棺材。他对伊丽莎白女王一向忠心，传闻中，他在欧洲各地部署了五十五位探子，保护女王不受天主教敌人恶意侵犯。英国多数人对他的离去感到相当哀伤，但“对我们来说是好消息”，西班牙菲利普国王曾这么说。
秋天时，伊丽莎白女王发现，小艾赛克斯伯爵于四月份秘密与沃尔辛厄姆爵士的女儿兼继承人法兰丝（Frances）结婚，她同时也是菲利普·西得尼爵士的遗孀。伊丽莎白女王认为法兰丝身无嫁妆，也毫无美丽可言，根本配不上小艾赛克斯伯爵，因此大发雷霆，整整生气了两周，才在他人的劝说下，接受小艾赛克斯伯爵只是做了他这个身份地位的男人应该做的事，那就是结婚生子。小艾赛克斯伯爵自己则使尽浑身解数，希望能获得女王的谅解，时间一久，女王紧绷的情绪也渐渐放松。
但很快，他就从这样的幻想中觉醒过来，因为一五八八年十一月时，伊丽莎白女王的眼光转向蒙裘依勋爵之子查尔斯·布朗特（Sir Charles Blount）。他是学者派的年轻人，有着“栗色头发、俊俏的脸蛋，个性冷静沉着，身材修长”，他在马上长枪比武大赛上的精湛技巧，让他备受瞩目。女王在惊羡之下，“从她专属的纯金西洋棋子中，挑选出了女王棋送给他”，他便以深红色的缎带，将这个女王棋系在手臂上。见此状而嫉妒不已的小艾赛克斯伯爵嘲讽地说：“看来所有的蠢人都会受到宠信。”被惹得怒不可遏的布朗特，表示要与他在梅利本公园中单挑，随后在决斗中，他一剑划伤了小艾赛克斯伯爵的大腿，并让他的剑离手。
到了一五九一年，小艾赛克斯伯爵受到已故国玺大臣尼可拉斯·贝肯爵士之子弗朗西斯·贝肯（Francis Bacon）越来越多的影响，他的哥哥安东尼（Anthony Bacon）过去十年来一直担任沃尔辛厄姆爵士在法国的探子，因此与亨利四世结为至交。他们的母亲则是伯利男爵的姐妹，但身为财务大臣的伯利男爵没什么时间照顾外甥，且认为这两个外甥蓄意要破坏他儿子的政治前途，因此一直拒绝将这两个孩子纳入门下。这件事严重地撕裂了家族情感，弗朗西斯·贝肯因而寻求外人支持，当然也就不令人意外了。
伊丽莎白女王并未指定任何人与沃尔辛厄姆爵士共同管理英国情报网，也没有马上找人替代他。接下来六年的时间，国务大臣一职就由罗伯特·塞西尔一肩挑起，而女王也相当信任他的能力。伯利男爵培养他的儿子做接班人，对于儿子进步快速也感到相当满意。
时年五十五岁的伊丽莎白女王健康情形非常好。她腿部溃疡的情形已经痊愈，她也一如往常地活力充沛，有时早晨仍会舞上几支双人舞，也定期散步、骑马与打猎。年龄渐长加上政治上的成功，让她更加威严，更有风采，当人民看见她坐着金色马车而过时，她看起来“就像个女神”。小艾赛克斯伯爵相当聪明地在某种程度上对女王言听计从，并在公开场合中以当时最爱使用的隐喻符码向女王表露他的爱与忠诚。“我必须承认，身为男人，比起身为臣子对君主风采的崇拜，陛下那天生的美丽更让我着迷。”他曾这样告诉女王。他天真地以为自己的影响力，永远无人能及。
因为学习力敏锐，他在前往剑桥就学前便已接受导师的调教，之后更前往法国与尼德兰进行外交任务，一五八四年被选为英国国会议员。他反应很快，也有极佳的专注力。他除了是一个十分机灵的政治人物外，也拥有相当的行政才能，且面对吃重的工作也有无限的能力，许多人总是说常常看见他“满手拿着文件，满脑想着事情”。“打从娘胎就是个宫廷奇才”，他拥有绝佳的演说才能、讨人喜欢的举止与诙谐的幽默感。他并不缺乏狡猾与机灵，但与伯利男爵相较之下，更缺乏原则。尽管女王对待他，并不如对他父亲那般亲近，但女王仍是全然地信任他。
西班牙的菲利普国王马上巧立一位天主教的继位者，企图夺取法国王位，但伊丽莎白女王嗅到此举背后的危机，坚决支持新王亨利四世。她于十月份派遣一支由魏勒比勋爵（Lord Willoughby）带领的精兵前往诺曼底，并连续五年金援这支部队，破坏西班牙的反对力量，并协助亨利四世稳坐王位。
弗朗西斯·贝肯很快便建立与小艾赛克斯伯爵的情谊，他很快就发现，只要获得这个新朋友的青睐，他就可以对抗罗伯特·塞西尔。高傲又工于心计的弗朗西斯·贝肯接着便看出可以利用小艾赛克斯伯爵“杰出的完美与美德”，以此来达成政治上的声望，同时挫挫罗伯特·塞西尔的锐气。但宫廷人士很快就注意到，尽管伊丽莎白女王愿意在合理范围内，给予小艾赛克斯伯爵任何想要的东西，却不乐见他过度扩张自己的派系，因此来到他身边盼能得到些许利益的人，总是败兴而归。人人都知道，女王害怕他会招来一大群追随者。
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他的罪过如此沉重，甚至得宣判死刑。我只要你们不择手段将他押回，严密地看守他，直到我给予新的命令，若你们不从，将可能招致灾祸，因为国家有尊严，希望你们遵从。我要直截了当地命令你们，立即以安全的方式遣送（小艾赛克斯伯爵）。若你们不从，就该接受应得的痛苦，这绝不是儿戏。
女王的信件花了两个月才送达，当船舰抵达里斯本时，小艾赛克斯伯爵依然在船上，德瑞克爵士发动了一场突袭，但因为葡萄牙方面无法如实起义对抗，因而失败。接着，他们无视于伊丽莎白女王的命令，推进亚速尔群岛，盼能拦截西班牙宝物舰，却在六月底时遭遇海上强风，因而被迫退回英国。历史上有各种不同推测，显示有四千到一万一千人因而死于疾患，伊丽莎白女王也大大损失了四万九千英镑：这次的出航完全是场灾难。
到了十二月，小艾赛克斯伯爵与莱礼爵士发生严重争吵，再度扬言要决斗，但此事挑动了枢密院的敏感神经，于是严格禁止。尽管两人严守秘密，但消息依然传进伊丽莎白女王的耳中，两人因此“麻烦大了”，但小艾赛克斯伯爵却毫不在乎。“她非常喜欢干涉臣子们的不和”，尤其是她的几位爱将，他向法国大使这样表示。
对于自身日见增长的人气，他也并未做任何事情来平息伊丽莎白女王的妒意。女王不仅嫉妒他与其他人交好，更见不得他注意其他的女性。一次女王抓到他正在调戏女王的两位侍女，凯瑟琳·布里姬（Katherine Bridges）与伊丽莎白·罗素（Elizabeth Russell），便以相当厌恶的态度对他大吼大叫，甚至赏了情妇布里姬（她后来真的变成小艾赛克斯伯爵的情妇）一巴掌，并将这两个女孩赶出宫整整三天。但小艾赛克斯伯爵个性也同样善妒：只要女王对他在宫廷中的对手微笑，他就会发怒、生气很久。
