宗教的表现形式和宗教组织的行为因时代不同而不同。虽然我自己没有宗教信仰，我揣测，个人的宗教追求则不会因时代不同而不同，说到底，宗教追求是一种对终极价值的追求，这种心灵上的追求也许不因时代改变而改变它的本质。宗教也并不在根本上排斥科学，相反，宗教往往借助科学，西方中世纪的宗教就有托勒密体系作为支撑，而托勒密体系是那个时代的科学。从哥白尼到伽利略与宗教的矛盾只能说明宗教和科学的不同：科学基于冰冷的、可以验证的事实，而宗教不需要。
科学界几乎一致认为智慧设计论不是科学，是伪科学，或者是垃圾科学，因为智慧设计论没有实验支持。这是科学与宗教最为不同的地方，宗教可以用非实验的方式否定科学或提出一个宏大概念，如超级智慧的存在，科学中的任何内容却必须通过实验的验证才能成为科学。所以我前面说，尽管研究科学的个体在研究过程中充满宗教感情的驱动，科学本身却是冰冷的，它的内容必须能够被不同的人在另一个场合所验证。有趣的是，佛教禅宗虽然强调个人体验，同时也强调每个人的体验的不同，这在《金刚经》中尤其明显，释迦一直在说没有一定的佛法。
文化和艺术界类似王朔这样的人会感到失望，遗憾的是事实如此：陈晓旭也许能够在佛教中找到精神家园，却不能够指望佛教帮她治疗癌症。作为真正意义上的宗教，佛教也不应该许诺任何人治疗任何疾病。
我们这里说的神创论不是《圣经》里的那个神创论，它的更好的翻译也许是智慧设计论，在美国简称ID，这个理论20世纪90年代起源于美国，它的主要倡导者是来自于美国的“发现研究所”（Discovery Insitute）。智慧设计论的主要论点是，生物系统的一些部分是整体的不可分割的部分，因为将这些部分分离后，整体不再具备原来的一些功能。因此，这些部分不可能是通过优胜劣汰的过程进化出来的，而应该是一开始就被一个超级智慧创造出来的，因此上帝是存在的。智慧设计论者认为这个理论是科学。
最近衣阿华大学物理系的一位助理教授吉勒莫·冈萨雷斯（Guillermo Gonzalez）没有获聘永久教授职位，尽管他在科学研究上可算是杰出的：他在有同行评审的刊物上发表了近70篇论文，他合著了一本本科天文学教材，他的工作还帮助发现了两个行星。不仅如此，他的一些论文还发表在《科学》和《自然》这些在天文界看来是顶级的刊物上，这在中国会被认作了不起的成就。但是，他最终还是被系里的同事拒聘了，据说被拒聘的一个重要原因是他和另一个人共同发表了一本智慧设计论的书，即《享有特权的行星：我们的位置在宇宙中是如何被设计的》（The Privileged Planet： How Our Place in the Cosmos is Designed for Discovery）。在美国智慧设计论尽管有很大的市场，科学的标准和科学界的同行却是冷酷无情的：作为科学家，你可以有自己的宗教信仰，你却不能宣传你的宗教信仰是科学。
人们喜欢说一个人的生活也可以分成三个层次：物质的生活、精神的生活和心灵的生活。这种划分当然不是泾渭分明的划分，三种不同的层次有交叠，每个人也许同时需要三种不同的层次，没有纯粹物质的人，也没有纯粹精神的人。人活着需要衣食住行，这是物质的。人活着不仅仅需要物质，我们需要听音乐、读书，这是文化层次上的需要，属于精神的。无论是个人还是人类整体，我们需要理解这个世界，需要知道为什么有昼夜和四季，需要知道地球上物体运动的规律和天体的运动规律，这是科学，所以科学和文化都是精神层次上的。科学又可以反哺物质，因为技术大部分来自于科学，技术是社会在物质上进步的重要动力。这么看来，物质生活和精神生活的确有交集。最后，我们谈到心灵生活。我们当然不能将心灵生活和精神生活彻底分开，之所以有心灵生活这个独立层次的存在，说明心灵生活也不仅仅是精神生活，宗教的需要就是心灵生活的一个重要特征。
在西方，宗教从来没有停止过对科学的干预，伽利略被迫放弃日心说仅仅是过去的一个例子。在罗马教廷逐渐承认物理学所获得的知识后，并没有打算从整个科学领域撤退。达尔文的进化论不仅在他在世的时候遭到欧洲宗教的排斥，直到今天，进化论和神创论（Intelligent design）在美国还在竞争。
宗教和科学不是绝对的矛盾。一个科学家可以有自己的宗教信仰，爱因斯坦甚至说过：“科学没有宗教，是跛足的；宗教没有科学，则是盲目的。”爱因斯坦说这句话的时候有他自己的感受，这种感受当然不能上升到真理，因为每个人对科学和宗教的认识并不一样。我们可以作比较宽泛的理解，科学是研究客观世界的，科学研究本身并没有“俗世的”和“非俗世的”目的，科学是冰冷的，虽然我们前面提到，研究科学是人类的精神需要。宗教则含有价值观和道德观，每个宗教都有明显的终极追求。渴望理解这个世界，是人们在追求科学过程中的最大动机和满足，我前面将这个动力说成是精神的需要，在爱因斯坦那里，也许就成了一种心灵需要，在这个意义上我们可以说，爱因斯坦有宗教感，所以他说“科学没有宗教，是跛足的”。
