南宋时朱熹制定了《白鹿洞书院学规》，提出书院的教育方针是实施“五教”：“父子有亲，君臣有义，夫妇有别，长幼有序，朋友有信。”为了实现这个方针，朱熹还提出了为学、修身、处事、接物的重要原则。
朱熹在白鹿洞书院的讲学中，循循善诱，日复一日，一天不讲学就心不安，甚至在病中还坚持讲经论道。他对学生要求严格，但不是消极的防范或生硬的抑制，而是积极诱导，不强调“学规”条文的强行约束，而强调在启发中自觉遵守，所以学生对他很尊敬。
值得注意的是，元朝有的书院还教授其他学科。如濮州历山书院设有医学，南阳府博山书院设有数学、书学，鄱阳县鄱江书院设有蒙古字学等。这在元朝书院中是颇具特色的。
宋初，书院便以其特有的强大生命力，得到较大程度的发展，并成为一种重要的教育组织。当时出现的著名书院有白鹿洞书院(江西庐山)、岳麓书院(湖南长沙岳麓山)、石鼓书院(湖南衡阳石鼓山)、应天府书院(河南商丘)、嵩阳书院(河南登封太室山)、茅山书院(江苏江宁三茅山)等。
书院是唐末以来一种重要的教育组织形式。书院萌芽于唐末，形成于五代，大盛于宋代。
书院之名，始于唐代，原为藏书与修书之所。唐玄宗开元六年(公元718年)设丽正修书院，开元十三年(公元725年)改称集贤殿书院，这是由中央政府设立的官方藏书、校勘、整理与修书的机构，还不是教学机构。民间出现的书院，是供个人读书治学的地方，在《全唐诗》中的诗题出现过。
书院的教学强调学生以个人自学钻研为主，教师则着重用自己的治学经验来指导学生的学习。书院提供充分的书籍条件，教师十分注意指导学生读书和研究学问的方法。书院强调学生要善于提出疑问，教师指导主要采用答疑方式。当时流行的“语录”，多是书院师生之间质疑或解答问题的记录。教师鼓励学生问难论辩，督促学生带着问题读书。朱熹就强调读书须有疑，“疑者足以研其微”，疑渐渐解，以致融会贯通，方始是学。 吕祖谦在丽泽书院讲学时，曾提出求学贵在创造，要求学生独立思考，独立研究，各辟门径，超出习俗的见解而有新的发明。书院大师们讲学，常常事先备有“讲义”，即讲学的纲要。在教师指导下，学生通过质疑问难，可以把学习引向深入；如果读书不求甚解，囫囵吞枣，那是不会有什么长进的。
如《全唐书》卷二四五有韩翊的《题玉真观李秘书院》，卷二七八有卢纶的《同耿拾遗春中题第四郎新修书院》，卷二七九有卢纶的《宴赵氏昆季书院因与会文并率尔投赠》，卷二九九有王建的《杜中丞书院新移小竹》，卷三三三有杨巨源的《题五老峰下费君书院》，等等。在私人设立的书院中，亦出现了授徒讲学的活动。
元代书院一方面在数量上得到了较大的发展，遍及于全国许多地区；另一方面，由于中央朝廷任命书院的山长和教师，控制书院的招生、考试及学生的去向，政府拨学田给书院，使书院官学化的倾向日益严重，许多书院甚至被纳入了地方官学系统，与路、府、州、县学一样，成为科举考试制度的附庸，丧失了宋代书院淡于名利、志在问学修身的初衷。尽管如此，元代的书院对于当时文化教育的普及、理学的传播以及人才的培养，仍然起到了一定的作用。
从上述可见，南宋书院兴盛，尤其是南宋理宗时期解除了对理学的禁令之后，掀起了大办书院的高潮。长江流域书院发达，是与宋代这一地区的经济与文化发达分不开的；至于江西、浙江、湖南书院林立，则是因为江西有白鹿洞书院的影响，并由于朱熹(公元1130—1200年)、陆九渊(公元1139—1193年)等著名学者在此讲学；浙江是南宋首都临安的所在地；湖南有岳麓书院的影响。这些政治、经济和文化的因素，对于宋代书院的发展起了重要的作用。
元朝书院传授的内容，主要是儒家经书和理学家的著作。元代初期程端礼拟订的《程氏家塾读书分年日程》，被历代书院所采用，它是书院全面的“教学计划”。程端礼指出了读书的顺序是：先读朱熹的《小学》，再读《礼记·大学》、《论语》、《孟子》、《礼记·中庸》，再读《孝经》、《易经》、《书经》、《诗经》、《仪礼》、《礼记》、《周礼》及《春秋》经并三传等，再读《四书集注》，再抄读五经，在读经书的基础上读史书《通鉴》，并读韩愈的文章以及《楚辞》，最后练习作文。
书院中的师生关系十分融洽，师生之间感情深厚，这在当时的官学中是少见的。官学之中师生关系较冷漠，而书院中教师多能以身作则，诲人不倦，对学生充满深情。师生朝夕相处，接触频繁，感情甚笃。教师热心教习，爱护学生；学生虚心求教，尊敬教师。师德高尚的教师还主动向学生推荐比自己高明的教师。
书院教育重在陶冶人的品格，反对以追逐科举及第为直接目标的官学教育和社会风气，强调教育的首要任务在培养人的德性。书院大师们常以“人师”自律，学生也以“正其谊(义)不谋其利”和“明其道不计其功”的“醇儒”严格要求自己。学生坚持尊师重道，他们从师，不仅要学知识，更要学做人。他们对教师感情甚深，从学术到生活，从生养到死葬，都有极为动人的事例，如“程门立雪”就是一个为人们所传颂的尊师故事。一些名师，生前深受学生的爱戴和尊敬，死后会葬时的场面也令人感动。如朱熹和陆九渊去世时，前来送葬的学生都有千人。书院名师去世后，他们的弟子为了继承师业，纷纷在各地建立书院，广招生徒，继续传播和研究老师所创立的学说，有些弟子对师说还有所发展，并取得了新的成就。
宋代书院主持人一般称洞主、山长、堂长、院长、教授等。在规模较大的书院中，还设有副山长、副讲、助教等，协助山长工作。书院的组织机构比较简单，管理人员少，管理相当严格，学生也参与管理。
元代对书院采取了保护、提倡和加强控制的政策。元太宗八年(公元1236年)，元在燕京(今北京)创立了太极书院。至元二十八年(公元1291年)元朝明令提倡书院，从而大大促进了元代书院的发展。据王颋先生《元代书院考略》统计，元代书院共有408所，其中新建134所，再建59所。在408所书院中，除九所尚无法知道其所在地点外，其余399所则分布于全国13个行省中的七个行省：江浙行省167所，江西行省80所，中书省55所，湖广行省42所，河南行省37所，陕西行省九所，四川行省九所。由此可见，有人说“书院之设，莫盛于元”，这是有一定根据的。
陆九渊在教育学生的过程中，能根据学生的个性，对症下药，因势利导，晓之以理，动之以情，收到很好的教育效果。
修身之要：“言忠信，行笃敬，惩忿窒欲，迁善改过。”
据曹松叶先生《宋元明清书院概况》统计，宋代书院共有203个，北宋占24%强，南宋占75%强。以江河流域计算，长江流域占74.76%，珠江流域占21.53%，黄河流域占3.52%。以省份计算，最多的是江西省，有80所；其次是浙江省，有34所；再次是湖南省，有24所。以民办和官办计算，民办的占50%以上，民办多于官办。民办书院以江西、浙江、湖南为最盛。
接物之要：“己所不欲，勿施于人；行有不得，反求诸己。”
书院允许不同学派进行会讲，开展辩论。南宋产生了书院讲会制度。淳熙二年(公元1175年)吕祖谦(公元1137—1181年)在江西信州主持著名的讲会——鹅湖之会。会上朱熹与陆九渊两个学派就学术问题展开了激烈的争辩。淳熙八年(公元1181年)朱熹特地邀请陆九渊到白鹿洞书院讲学，并把他的讲义刻在石上，立于院内。这就为两个不同的学派共同讲学、互相论辩树立了榜样，开书院讲会制度之先河。此后各学派学者纷纷参加各地书院组织的讲会，宣讲自己的观点。从讲会制度的组织、仪式、规模及规约来看，讲会制度已超出了书院教学的范围，成为一个地区性的学术讨论会及学术交流会。这样既扩大了书院的影响，提高了书院的社会地位，又丰富了书院的教学内容，提高了书院的教学水平和学术研究水平。
为学之序：“博学之，审问之，慎思之，明辨之，笃行之。”
书院允许不同学派共同进行讲学。宋代有许多学派正是通过不同观点的争辩而逐步发展起来的。书院请名师讲学时，欢迎各地各界人士前来自由听讲。如朱熹、陆九渊在各地书院讲学时，前来听讲的四方学子往往多达数百人。朱熹的学生、女婿黄干在白鹿洞书院讲“乾坤二卦”时，“山南北之士皆来集”。书院提倡自由讲学，自由听讲，来者不拒，热情接待，互相切磋，取长补短的做法，可以把书院内的教学工作与书院外的学术活动有机地结合起来。这些做法与经验，有利于开阔学生的视野，有利于消除各个学派之间的门户之见，对于提高教学质量和学术水平也是十分有益的。这在一定程度上也体现了“百家争鸣”的精神，尽管这种“争鸣”的范围有限，但较之只准先生讲学生听、只此一家别无分店的一般官学教育却自由得多。
宋代许多著名的书院，既是教学活动的中心，又是学术研究的胜地。如朱熹研究“理学”，在书院讲授的也是“理学”；陆九渊研究“心学”，在书院讲授的也是“心学”。宋代书院的主持人大多是著名的学者，他们用学术研究促进了教学，又以教学带动了学术研究。学术研究是书院教学的基础，而书院的教学又是学术研究的成果得以广泛传播和进一步发展的重要条件。学术研究和教学相结合，是书院教学的突出特点。
处事之要：“正其谊(义)不谋其利，明其道不计其功。”
书院很重视对学生读书的指导，书院大师们曾对读书方法作过总结，如“朱熹读书法”总结了六条读书经验：循序渐进(遵循教材的客观顺序与学生的主观能力，规定学习的课程或进度)、熟读精思(把书本读得很熟，并反复寻绎文义，以理解书本的内容)、虚心涵泳(以客观的态度去理解书本精神，不好高务奇、穿凿立异、执著偏见)、切己体察(使书本中的道理、自己的经验与实际生活结合起来，并以书本中的道理去指导自己的实践)、着紧用力(即以刚毅勇猛、坚持到底而不懈怠的精神去读书去研究)、居敬持志(严肃认真与精神专一的态度，树立一个具体目标而去读书与研究)。这是千百年来人们读书经验的总结，其中包含有很多合理因素。“循序渐进”包含有读书的“量力性”原则，“熟读精思”包含有读书的“巩固性”原则，“虚心涵泳”包含有读书的“客观性”原则，“切己体察”包含读书的“结合实际”的原则，“着紧用力”包含有读书的“积极性”原则，“居敬持志”包含有读书的“目的性”原则。朱熹还写过一首“观书有感”的小诗：“半亩方塘一鉴开，天光云影共徘徊。问渠哪得清如许，为有源头活水来。”描述了一个透明如镜的池塘，它之所以如此清澈明亮，是因为有源头活水不断流动补充的缘故。朱熹以此来比喻读书、做学问也应“通而不塞”，要有源源不断的新知识和新见解来补充，才能使人见识通达、头脑清新，这个比喻是十分形象和发人深思的。
《白鹿洞书院学规》概括了儒家道德修养的基本原则，体现了古代封建社会教育的主要精神，它不仅是南宋时期书院的教规，而且对元明清三代书院都有指导作用，还为一般官学所采用。
