按照达尔文本人的说法，第一版是1859年11月24日出版，第二版是1860年1月7日出版；派克汉姆先生查阅了该书出版社的出版记录，则认为第一版是1859年11月26日出版，第二版是1859年12月26日出版。也就是说，第二版与第一版相隔只有一个半月或一个整月的时间。第二版在字体、纸张和装订上，跟第一版不无二致，最重要的是没有经过重新排版（两版的页数相同），故可说是第二次印刷。但根据派克汉姆先生的研究，达尔文在第二版中删除了第一版中的9个句子，新增了30个句子，修改了483个句子（大多为标点符号的修改）。但主要的还是改正了一些印刷、标点符号、拼写、语法、措辞等方面的错误。在其后的十二年间的第三（1861）、四（1866）、五（1869）及六（1872）版中，尤其是自第四版开始，达尔文为了应对别人的批评，做了大量的修改，以至于第六版的篇幅比第一、二两版多出了三分之一。值得指出的是，从第三版开始，达尔文增添了《人们对物种起源认识进程的简史》；从第五版开始，他采纳了斯潘塞（Herbert Spencer）的“适者生存”（“the survival of the fittest”）一说；从第六版开始，他把原标题“On the origin of species”开头的“On”字删除了；并将《人们对物种起源认识进程的简史》的题目改成《本书第一版问世前，人们对物种起源认识进程的简史》。
在1859年至1872年间，《物种起源》一书总共出了六版。此外，在《物种起源》一书问世百年纪念的1959年，美国费城的宾夕法尼亚大学出版社出版了由维多利亚文学研究者派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物种起源〉集注本》（Morse Peckham：The Origin of Species by Charles Darwin：A Variorum Text）；《集注本》对各个版本的增删情况进行了逐字逐句的对照。在众多的英文版本中，以第一版的重印本最多，而在20世纪的前八十年间，最常见的却是1872年第6版的重印本。
达尔文在第三、四、五及六版修订的过程中，为了回应同时代人的批评（尤其是有关地球的年龄以及缺乏遗传机制等方面的批评），做了连篇累牍的答复，甚至“违心”的妥协，以至于越来越偏离其原先的立场（譬如越来越求助于拉马克的“获得性性状的遗传”的观点）。现在看来，限于当时的认识水平，那些对他的批评很多是错误的，而他的答复往往也是错误的。不特此也，孰知这样一来，新增的很多零乱的线索与内容，完全破坏了他第一、第二版的构思之精巧、立论之缜密、申辩之有力、行文之顺畅、文字之凝练。鉴于此，当今的生物学家以及达尔文研究者们，大都垂青与推重第一版；而近二十年来，西方各出版社重新印行的，也多为第一版。然而，牛津大学出版社的“牛津世界经典丛书”（Oxford World's Classics）的1996版以及2008修订版，却都采用了第二版，理由很简单：与第一版相比，它纠正了一些明显的错误，但总体上基本没有什么大的变动。
译者经过对第一、二版的反复比较，最后决定采用牛津大学出版社“牛津世界经典丛书”2008修订版的正文为这个译本的蓝本，并在翻译过程中，始终参照“牛津世界经典丛书”1996版、哈佛大学出版社1964年《论物种起源（第一版影印本）》以及派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物种起源〉集注本》。因而，在翻译过程中所发现的“牛津世界经典丛书”2008修订版中的几处印刷上的错误（漏印、误印），均已根据多个版本的检校，在译文中改正了过来，并以“译注”的形式在译文中做了相应的说明。鉴于第三版中才开始出现的《人们对物种起源认识进程的简史》，有助于读者了解那一进程，故译者将其收入本书中（以“企鹅经典丛书”1985年重印本中的该节原文为蓝本，并参检了派克汉姆先生编纂的《达尔文〈物种起源〉集注本》）。
据译者所知，时下通行的《物种起源》中译本，均为第六版的译本，由于上述的原著第一、二两版与第六版之间在内容上的显著差别，故本书其实是一本与其他中译本十分不同的书。
苗德岁
