“焚书坑儒”显然是加强封建主义思想专制的一项严厉的措施，极大地影响了文化的发展，是对中国文化的践踏与摧残，对于古代藏书事业来说，则是一次空前的浩劫。
秦始皇统一中国后，实行统一文字，废止原来六国各自通行的互有差异的古文，把在秦国文字基础上制定的小篆，作为标准字体。在此同时，社会上流行隶书，使文字的书写简便易行。由于统一了文字和简化了书写，克服了书写与传播的障碍，书籍大量增加。
秦始皇三十四年(公元前213年)，在一次宫廷宴会上，博士淳于越称道古代分封制的优点并建议秦始皇效法古制。秦始皇遂让众臣商讨，丞相李斯提出由于时代的变迁不能因袭古代的制度和措施，认为那些读过古书的人，往往对皇帝的决定持不同意见，借古非今，有损人主的威信。因此他建议将史官所藏不属于秦国所记的历史书籍都要烧掉；《诗》、《书》、百家语除博士官收藏者外，私人所藏一律都要交地方官烧掉；有敢谈论《诗》、《书》的，处死；以过去的事例非议当前政治的，杀全族；焚书令到达30天后，不依照命令烧书的，将其脸上刺上字并罚筑长城劳役四年。只有医药、卜筮〔shi氏〕和种、树的书籍不在禁毁之列。另外，对私人讲学进行限制，提出如果有人想研习法令者，必须以官吏为师。秦始皇同意了李斯的建议，下令全国焚书。焚书的第二年，即公元前212年，秦始皇发现有人议论他。他认为这是恶意诽谤，严加追查，把以侯生和卢生为首的儒生与方士460人全部活埋。这就是历史上的“焚书坑儒”。
秦始皇焚书令下达不过三年多，即公元前209年，终于爆发了陈胜、吴广领导的农民起义。公元前207年农历十月，刘邦进入咸阳，他的很多将领纷纷搜寻财物，唯有萧何收取了秦丞相府和御史府掌管的户籍、地理等图籍与档案，而将其他文献和书籍暂时封存。同年农历十二月，项羽率军攻入关中，纵火焚烧咸阳秦宫，大火三月不熄，使秦代皇家大量藏书化为灰烬。秦始皇与项羽在六年的时间里先后放了两把火，把中华民族远古至秦的大量典籍付之一炬，造成了文化史上永远不可弥补的损失。
秦始皇、李斯等人以为，只要下一道命令，就可以把他们认为应该烧掉的书全部烧掉，事实并非如此。焚书令颁布后，不少人进行抵制，他们把书籍藏匿起来，或藏于山中，或埋于地下，或把书砌于墙壁之中。据史书记载，最著名的藏匿书籍的事有二起：一起是济南一个叫伏生的秦代博士，把手头的《尚书》藏在墙壁中。汉文帝时伏生已经90岁了，他把藏在墙壁内的《尚书》取了出来，发现书简已损失了大半，只剩下28篇，就用汉朝通行的文字抄出，这部《尚书》与后来发现的藏在孔子宅壁中的《尚书》不同，故称今文《尚书》。另一起就是孔子的九世孙孔鲋(约公元前264—前208年)将《尚书》、《礼记》、《论语》、《孝经》等书密藏于孔子宅壁中。到了汉武帝末年，鲁恭王刘余为扩充王宫，拆孔子住宅时，发现了这批藏书。由于这批书都是用秦以前的大篆写的，被称为古文《尚书》。
公元前221年，秦统一了中国，建立了中国第一个中央集权的封建王朝。秦始皇在兼并六国时，收缴了各国的大批图籍运往咸阳宫收藏。秦代有比较完整的藏书机构，藏书处叫做石室，置放书册的柜子称为金匮，秦始皇还任命张苍为专门掌管书籍典藏等工作的御史。由于秦代宫内石室的藏书是各国典籍的总汇，因此其数量远远超过周王室藏室的藏书，也是战国时期其他六国所不能比拟的。与此同时，由于受战国时期诸子百家自由争鸣的影响，私家藏书更为普遍。
