在经历了17世纪将近100年的“大屠杀时代”之后，从17世纪末至18世纪60年代，西班牙殖民政府的歧视、迫害政策集中表现为频繁地、大规模地驱逐华侨，因而被称为“驱逐时代”。从屠杀到驱逐，血腥气少了，但本质是一样的。产生这种变化的主要原因，是由于历次大屠杀给社会经济造成严重恶果。华侨是菲律宾的工匠、园艺师、农民、中介商和粮食供应者，他们在社会经济中的重要性是绝不可低估的。实践证明，屠杀华侨的政策是行不通的。但人数日益增多的华侨，又被西班牙人视为殖民统治的威胁，因此只好中止屠杀政策，转而以种种莫须有的罪名将华侨驱逐出境。在“驱逐时代”，华侨人数逐年增加，1749年达四万人，并且广泛地分布到菲律宾群岛，他们和菲律宾人民友好相处，逐渐融合于菲律宾社会，为菲律宾社会经济发展作出了贡献。
在第一次大屠杀后，华侨人数不断增加。西班牙殖民当局出自殖民统治的需要，一方面鼓励华侨入境，但另一方面则多方限制和歧视。最使华侨无法忍受的是强迫他们到卡兰巴服劳役。卡兰巴是一片自然条件恶劣的沼泽地，为保证军粮供应，西班牙殖民政府先后强迫6000余名华侨到那里垦荒。他们披荆斩棘、挖渠排水，逐渐垦出了良田。由于劳动强度大，疫病流行，仅1639年就死去了300余人。华侨既被死亡所威胁，又被苛重的地租和刑罚所逼迫，为摆脱套在脖子上的枷锁，只好选择武装起义抗暴这条出路。1639年11月19日起义爆发，起义者冲入卡兰巴镇，烧毁教堂，杀死省长和两名神父，然后集中3000兵力进军马尼拉。起义者受挫后被迫撤回卡兰巴，在苏卡尔山上筑工事自卫，但在西班牙军队的夹击下，最终失败了。然而它所点燃的起义之火蔓延到了各地，参加起义的人数增至6000余人。西班牙殖民主义者实行残酷的镇压，总督下达了杀光所有华侨的血腥命令。接此命令后，各地的西班牙殖民官吏采取欺骗、突袭等手段肆意屠杀华侨，在三个月的时间里，共有两万多华侨被杀。残酷的屠杀，血流成河，河水发出了腐尸的恶臭。据说人们一度不吃河鱼了，因为鱼吃了人肉而变肥。真是惨绝人寰的一幕。
1603年，第一次大屠杀发生。
事隔23年，即1662年5月，菲律宾又发生了屠杀华侨的惨剧。是年，郑成功从荷兰占领者手里收复台湾，鉴于华侨在菲律宾所受的歧视、迫害，他特在四月份致书西班牙总督，谴责西班牙的暴行，表达了护侨护商的立场。为此目的，郑成功还遣使去马尼拉。西班牙总督不仅拒绝了郑成功的正当要求，而且编造了郑将“入侵”的谎言，开展“备战”活动，乘机掀起新的排华浪潮。殖民地政府下令将非基督教徒华侨集中在两个囚禁区，驱逐回国。在囚禁区以外的任何地方发现非基督教徒华侨，立即处死。华侨财产被冻结。还从各地调集重兵到马尼拉，准备物资，修筑工事，并不断挑起事端为大屠杀找借口。在西班牙殖民政府的挑唆下，骚扰华侨的事件时有发生，华侨处在惶恐不安中。前两次大屠杀的惨剧，华侨记忆犹新，面对新的危险，他们被迫大批逃亡。乘华侨逃亡的混乱，西班牙殖民主义者开始了有计划的屠杀行动。他们欺骗华侨，假惺惺地要“保护”华侨，华侨不知是计，在西班牙人的“保护”下开始成群结队返回马尼拉住地。6月6日，在返回途中的华侨遭到了袭击，1500名华侨被杀死。接着，西班牙总督又下令将吕宋岛的华侨不分男女老少一律杀死。这次大屠杀延续了18天，大约有4000人死于非命。但和上两次大屠杀相比，这次华侨死亡人数还算少，这是因为：1.郑成功得知惨剧发生后，十分震怒，立即下令组织舰队，准备进军菲律宾为侨胞讨还血债。虽然由于6月23日郑成功的突然逝世而使这一护侨行动搁浅，但它对西班牙人起了很大的威慑作用；2.有鉴于上两次大屠杀给菲律宾社会经济造成的严重后果，因此西班牙人在行动上不能不有所收敛。事件过后，他们同意台湾郑氏政权的要求，归还被冻结、扣留的华商货物，并且允许华侨继续在马尼拉逗留，但对中国人入境，实行严格的限制。
菲律宾是中国的近邻，早在宋朝时两国之间就有了贸易和政治的交往，有些中国人也陆陆续续移入。16世纪，西班牙入侵，菲律宾逐渐沦为殖民地。西班牙到菲律宾路途遥远，西班牙人所需的消费品，完全依靠中国供应，而且还需要技术精良的中国工匠，因此，在1571年占领马尼拉初期，西班牙殖民政府鼓励华侨入境，16世纪末菲律宾华侨人口达两万余人。但是，由于中菲贸易间的不平衡，致使西班牙银元大量外流，华侨人数与日俱增也引起了西班牙殖民当局的恐惧，因此，从16世纪80年代开始，它就对华侨实行了种种的限制和迫害，并在17世纪初发展为大屠杀政策。
1762年又发生了一次对华侨的大屠杀。
从17世纪初至18世纪中期的150余年的时间里，先后发生了多次屠杀华侨的血腥事件。
仅隔30多年，一次新的屠杀事件又发生了。
1756—1763年发生英法战争，西班牙站到法国一边。1762年1月，英国对西班牙宣战，进攻菲律宾。10月，马尼拉被英军攻占，西班牙人退往布拉干省另立新政府。在英军的进攻面前，西班牙殖民主义者不堪一击，充分暴露了他们的虚弱本质。在英军占领菲律宾期间(公元1762—1764年)，菲律宾人发动了反西起义。华侨除了在行动上、物质上积极支持菲律宾的反西起义外，自己也酝酿起义。他们秘密筹划，集结人员，准备1762年圣诞节(12月25日)前夜起事。但在预定行动日期的前几天，起义计划泄露。西班牙人立即进行反扑，他们向华侨居住区发动进攻，并且下令绞死群岛各地所有的华人。据不完全估计，从1762年起大约有6000余名华侨死于屠刀、枪弹和绞刑架下。有的是每10至15人为一组，用辫子结在一起，再系上石头，投入海中淹死，手段极为残酷。由于许多华侨是在1762年圣诞节期间被杀的，因此该年的圣诞节被历史学家叫做“1762年的红色圣诞节”。1763年英法战争结束，西班牙人重新主宰菲律宾，他们变本加厉对华侨进行反攻倒算，煽动排华。1766年，西班牙国王竟然发布了全面驱逐华侨的命令。根据这项命令，许多在大屠杀中幸存的华侨被集中起来，从1769年起开始驱逐行动。西班牙人又一次尝到了自己种下的苦果，由于华侨被驱逐，菲律宾的商业几乎陷于停顿，经济又一次面临萧条，经济生活无法正常运转。如果继续执行驱逐令无异于自寻绝路，因此，1778年驱逐令被撤销。殖民政府改变了执行100多年的对华侨进行周期性大屠杀和大规模驱逐的政策，实行新的、较宽容的法令，鼓励华侨移入，然后对他们进行严密的控制和监督。新法令虽然对华侨仍是歧视性的，并且在以后也不时发生排华行动和反华宣传，但从17世纪开始延续长达170余年的屠杀、驱逐华侨的局面结束了，它实际认可了一个铁的事实：华侨是发展菲律宾经济、促进菲律宾社会发展的一个积极因素。在相对宽容、安定的环境下，菲律宾华侨得以发展，人数在19世纪90年代增至10万人。他们更深地融入菲律宾社会中，在19世纪末至20世纪初的菲律宾独立战争中，华侨积极参与，他们在革命战争中表现出来的献身精神得到了菲律宾人民的赞誉。
西班牙殖民主义者占领马尼拉不久，为推行限制和排斥政策，就在马尼拉设立华侨集中的居住区帕利安(华侨称之为“涧内”)。设帕利安的目的从它的选址就可以看得出来。帕利安设在巴石河之南，距西班牙人居住区及政府与军营都不远，这就便于控制、防患，一旦出事，由于还有些距离，又不致立即波及西班牙人。在加强控制的同时，还对华侨多征货物进口关税、禁止华侨经营零售业、强迫华侨皈依天主教等等，并且从1596年起开始驱逐华侨、限制留居人数。在这样的排华背景下，发生屠杀华侨事件就不使人感到奇怪了。事件是由万历年间明朝官员张嶷等人到菲律宾甲米地“勘金”的闹剧引起的。张嶷等胡说甲米地盛产黄金，昏庸的万历皇帝信以为真，于是就派张等三人去“勘金”。张嶷等到菲律宾后趾高气扬，傲慢无比。西班牙殖民当局抓住“勘金”大做文章，说张嶷等人探矿是假，探察菲律宾虚实是真，还造谣说，中国军队即将来犯，华侨将充内应。西班牙一方面加紧备战、调兵遣将、修筑要塞城墙、查收华侨铁器，同时大造舆论，掀起排华、反华逆流。在马尼拉市出现了肆意凌辱华侨、趁机掠夺华侨财物的事件，他们还煽动、唆使日侨参与迫害华侨的行动。面对西班牙殖民主义者的挑衅，为了生存，华侨只能以牙还牙，并组织起来，在马尼拉市郊修筑碉堡，于1603年10月3日武装起义。起义人数曾多达万人，他们使用矛枪、棍棒等原始武器，曾歼灭前来镇压的西班牙精锐部队，还杀死了一些军官。但在进攻马尼拉的战斗中，起义军蒙受了巨大的损失，因而被迫撤退。起义坚持了40天，虽然给了围剿的敌人很大的打击，但终因寡不敌众而失败。华侨有两万余人被杀害，大批财物被劫掠，损失惨重，幸存者纷纷逃离。华侨人数的急剧减少，意味着菲律宾没有裁缝、鞋匠、厨师，没有熟练的劳动力，它使菲律宾经济陷于危机之中。于是，在大屠杀过后不久，西班牙殖民当局被迫采取鼓励华侨来菲的措施，华侨人数再度增加。
