明清时期比宋代更进一步的是农产品商品化程度又有很大的提高。最突出的是棉花种植面积迅速扩大。在明代，河南、山东、山西都种植棉花；黄道婆的家乡松江地区更成为全国著名的棉花集中产区。清代主要产棉区又扩展到河北、湖北、湖南、江西、江苏、四川。河北冀、赵、深、定各州的棉农占农户的“什之八九”。每年“新棉入市，远商翕集，肩摩踵错，居积者列肆以敛之，懋迁者牵车以赴之，村落趁墟之人莫不负孥纷如”(乾隆御题《棉花图》)。甘蔗在闽、广、台湾普遍种植，如台湾是“蔗田万顷碧凄凄，……一望茏葱路欲达”，所产蔗糖远销日本南洋。明万历时始在闽广种植的烟草，入清已推广到全国各地；福建产烟区，种烟已耗地十之六七；南方的湘、桂，北方的陕、甘也都产烟。柞蚕在清代大量发展起来，由山东传至贵州、陕西等地。有悠久历史的茶，在18世纪中出口激增后，其生产更趋扩大。仅武夷山一地就年产几十万斤。农业商品性生产的发展为商业的发展提供了优越的物质条件。
粮食、棉布等主要消费品和棉花、丝等农产原料进入远(或较远)距离的流转，以至占流转量中的首位及前几位，这就使地区间贩运贸易呈现着明显的崭新的面貌。生活必需品(成品及原料)已确立了自己在贩运贸易中的主导地位，奢侈品贸易不得不退居其次。宋以来的此消彼长的变化过程至此已最后完成。
经济作物本身是手工业的原料；棉花盛行后棉布代替丝麻成为主要的大众化衣着材料。江南松江、常熟、嘉定等地在明代是全国最大的棉织业中心；附近一带盛产的棉花还不够用，需从北方产棉区输入棉花；松江等地之布则行销北方以至边地(北方“不善织”，棉布业不发达)。当时人所说的“今北方之吉贝贱而布贵，南方反是，吉贝则泛舟而鬻诸南，布则泛舟而鬻诸北”(徐光启《农政全书》卷三十五)，就是对棉布棉花南北对流贸易的概括。这种情况入清还维持了一段时间。清中叶，北方棉织业也发展起来，江南棉布在北方的市场日益缩小，但在质量上尚占优势。丝也发生原料生产和成品制造在空间上分离的现象。如明代东南的丝织业，三吴闽越最多，原料取于湖(湖州)丝；西北的丝织业山西潞州最好，原料取于四川的阆中。农产原料(如棉、丝)以不同的距离(较远或很远)大量销于外地，以供那里手工业生产所需，这是明清时代伴随手工业生产与原料地域分工而出现的新动向。商业不但是地区间经济联系的纽带，而且已日益起着联系成品生产者与原料生产者的中介作用。
日用生活消费品的供应在零售市场上也跃居首要地位。城市中大量的工商业人口的吃穿用都离不开商业，如明代的南京是“薪粲(柴米)而下，百物皆仰给于贸居”；北京是“九门一闭则煤米不通，一日无煤米则烟火即绝”；苏州是“吴人好费乐便，无宿储，悉资于市”(《姑苏志》卷十二《风俗》)。商业和城市居民的关系正日益密切。在农村，随着经济作物和农村手工业比过去有更大的发展，农民出售粮食和棉、丝等手工业原料以及布、绸等手工业产品，而取得较过去更多的收入，这就促进了双向贸易比过去有进一步的扩大。除传统的盐、铁、茶等以外，早先主销于城市的外地手工业品如瓷器、染料、食糖等越来越多地进入农村。而非以往(宋时)的香烛、纸马、油、酱、醋、盐、粉、麸面、椒、姜、药饵之类零星商品的小额供应所能满足。日用消费品已有了更为广阔的农村市场。商业更频繁地为城乡人民的日常生活服务，其联系生产与消费方面的作用比前大为加强。
过去农民出售余粮余帛，是“由商业变成商品”，不是明确的商品生产，进入宋代，特别是明清，农民生产的粮食中已有相当部分是专门准备出售的商品粮，有些品种如供酿酒用的糯米、苦高粱则有着更高的商品率。其他产品专供出售而生产的这时也更多了，而且有的产品其最终目的是为了谋利，而非单纯为了谋生。如某些地区部分农户集中种植棉花、烟叶、甘蔗、桑树、茶树以至花生，从事织布(如苏松地区)、制糖、养蚕、制茶等专业，即可借以发家致富，获取更多的货币；已不是生产、出售产品仅用以换取自己所不生产的生活和生产资料的那种“简单商品流通”(商品→货币→商品)可比。这是过去农村中罕见的或很难谈起的新情况，这种以实现更多的交换价值为目的的商品流通(货币→商品→更多的货币)，可称为“发达的商品流通”。明清时期，商品流通已在更大范围内、更大程度上自不发达向发达转化，商业正以努力推销产品、供应原料为培育这种发达的商品流通发挥着积极作用。说到古代商业在更新的阶段中所发生的质的变化，这也正是一个足以引起高度重视的标志。
棉花、甘蔗、烟草、桑等经济作物的发展，缩小了粮田面积，使这些经济作物集中产区的粮食不能自给，比之宋代更需余粮区的接济；再加城市工商业人口的增长，私营酿酒业的发展，对粮食的需要量更为扩大。如江南地区在宋代还可在区内调剂(苏常之米)，到明代就非得自两湖、江西、安徽运进食米不可，“湖广熟，天下足”，即反映了粮食产销路线的改变，清代更远自四川购米。关外的粮食在清代也进关供应直隶、山东甚至赣、闽。在清代，广东也成缺粮省，其米取给于广西、湖南；台湾米则经海路运销福建。闽广两省也都是经济作物发展较快的地区。
