农村商业在明清也比宋代有了新的发展。镇市以下的农村集市贸易较前更旺，集期缩短，市集增多，品种扩充，商人活跃，南方集市尤盛于北方。在北方，“河北郡邑，乃有数十里无聚落”；连德州附近的商河县，也是“其为市不过附近居民贸易有无而已”。而在南方则县里的墟市已很普遍，如广东一个县就有二三十个以至五六十个墟市。有些地方还以一二种大宗商品为主要交易对象，以致形成专业性的市集，如丝墟、竹墟、桑市、蚕市、谷市、鱼市、牛市、鸡鸭市等。
不过尤为重要的是在更高层次的镇市上面。这一时期，市镇勃兴，数目大增，太湖流域更是突出，如吴江县明弘治前有四镇三市，嘉靖时增加为四镇十市，万历时更上升为七镇十市了。镇有各种类型，集散型的商业集镇与生产型的手工业专业市镇相继出现；已非过去仅为满足农民一般的商品购销要求的普通的商业市镇可比。前者实已形成专门性的农副产品市场，其贸易大宗除转输粮食外，大都是重要的农产原料或重要的农村家庭手工业产品。如苏州的枫桥是一个大粮食市场，湖州的双林镇是一大丝市，上海郊区集镇上有专业的棉花市场，盛产棉布的苏常松各府州县的集镇上则出现了许多棉布交易市场。后者则依托于某项手工业生产的发展，如吴江县盛泽镇可为代表，它的兴起即与丝织业有直接关系。明初这里还是一个五六十户人家的小村，明中叶才改为市，明末就发展成“狭巷穰穰”、“居民稠广”的镇；入清更盛，以至推为吴江诸镇第一。所产丝绸质量好，商人不远万里“辇万金来买者摩肩连袂”。在明代，城里有牙行的同时，镇上也出现了牙行。盛泽镇有绸丝牙行“千百余家”，松江各镇的牙行“奉布商如王侯，而争布商如对垒”(叶梦珠《阅世编》)。为方便客商起见，牙行不仅供给住宿，而且代客买货，有的还代客护送货物，商人未来时牙行也常从农村收购一些货物存着。进入清代，对大宗商品，外地客商很多在镇上自设坐庄，自己收购，不通过牙行，牙行只能起出租房屋介绍情况的作用，而收一些房租和行佣了。但一般农副产品牙行牙人活动余地还很大。有的奸牙欺行霸市，十分无赖。
明清时期城市的市场形制是宋代市制崩溃后情况的延续，倒是商业组织上有些新的变化。宋代牙人还是以个人身份进行活动，明代允许牙人在交纳相当费用的条件下设立牙行，清代牙行须领官帖(交牙税)，对商品交易有一定的特权(买卖必须通过牙行)，城市商人为摆脱牙行进行了不少的斗争。唐宋的飞钱、便换，至此形成票号、钱庄。行、团等行业组织发展成为具有一定设备和规模的行会性的会馆、公所。所谓行会性就是：明清的会馆(由包括许多行业的同乡商帮组成)、公所(非同乡商人组成的同业组织，嘉庆以后兴起)，是由商人按自己的意志创立的——很多与反对牙行的控制有关，而非如唐、宋的行、团行是为应付官府的科索而建立，官府对之有很大的控制力。会馆、公所抵制外来竞争的排他性的垄断色彩已较浓厚，对本组织之外新设店铺有严格的限制——需有人作保，交纳很多的银两作公费，并宴请同业，否则不准设店营业，对内控制也较强，规定了行规，违反行规者开会议罚，对外争议由本行“董事”出面交涉。由行业性组织转变为行会性组织(公所的行会性更强)，也是明清与宋代的不同之处。所有这些特点都标志着城市商业已发展到一个更高更新的水平。
明清时期，市镇商业突飞猛进的发展，说明商品交换已不仅仅局限于地方性小市场范围之内，许多大宗商品要靠前来镇上的商人拓展市场，把产品推销到远方去。能反映市场要求、扩大市场联系的商业，已成为沟通城乡之间、工(手工业)农之间、产需之间的桥梁，商业的这些作用日益显著和加强。而小生产者对商业的依赖性也同步地在加深。供给原料、推销成品都要靠商人，一旦“天边估客到来稀”，就只好“门里妻孥相向啼”了。
明清时期政治中心移至北京，但未影响南方商业的发展。明代北京(公元1421年明成祖由南京迁都于此)城内有三百六十行。店铺林立，南北货云集。大街上有许多专业性的市场(批发)，如米市、猪市、羊市、骡马市、煤市、花市、菜市、果子市、缸瓦市等，交易时间主要在早晨。此外还有定期开放的灯市(正月初八至十七日)和庙市(以城隍庙最热闹，每月朔望和二十五日开市)。清代的北京，商业更超过明代，以庙市而论，即由明代的22处，增加到36处，护国寺、白塔寺、隆福寺、土地庙是当时有名的四大庙市。北京而下全国较大的城市在明中叶已有55处，其中很多城市就是商业或手工业中心，而不是“完全与政府的消费有连带关系”的政治中心了。清代有“天下四大聚”——北京、苏州、汉口、佛山和“四大名镇”——佛山镇、景德镇、汉口镇、朱仙镇之称。仅北京是政治中心，其他都是以工商业发达而著称的。如苏州向来是丝织业的中心；佛山是冶铁业的中心；景德镇是制瓷业的中心；汉口镇为长江上下游总汇，“五方杂处，百艺俱全”，盐、米、木、布、当、药六个行业最大；朱仙镇(在开封西南45里处)，元开贾鲁河后成为通往开封的水陆转运点，南船北马于此相接，为重要的商品集散地，其商业发展与宋时汴京之依仗政治中心有所不同。总的说，明清时期城市商业繁盛之处主要集中在南方，北方的商业和南方比，较之宋代更是相形见绌，南北之间已出现了新的不平衡。
