就在戚继光抗倭之时，从16世纪40年代起，我国台湾等沿海岛屿不断被一批强大武装集团所占据，他们拥有数百只船舰，成千上万的兵力，并有优良火器。史书上称之为“海盗”。他们成分复杂，有破产的商人、船户、农民，也有沿海豪强，或走私贩运，或劫掠商旅，李旦和郑成功父郑芝龙等都是其首领。郑芝龙是福建泉州安平镇石井村人，曾随舅父黄程到香山澳(今澳门)学会葡语，为荷兰当过通事(翻译)，后投靠大海商李旦。李旦也是泉州人，后侨居日本。为郑芝龙娶日本长崎王族田川氏女儿为妻。天启四年(公元1624年)生长子郑森(后被南明隆武帝赐姓朱，名成功)。郑芝龙为了垄断海外贸易，于崇祯元年(公元1628年)接受了明朝招安，以借助官方力量吞并其他海商集团。崇祯六年(公元1633年)七月，侵占台湾的荷兰人巴特劳姆带战舰九艘攻厦门，被郑芝龙率福建水师击退(击沉五艘，夺得一艘，歼敌数千，生擒119人)。这是数十年来中国人抗击西方侵略者的一次最大胜利。以战功郑芝龙被提升为总兵。崇祯八年(公元1635年)，郑芝龙完全控制了东南沿海的制海权。凡在南海活动的商船“不得郑氏令旗，不能往来”。每船请领令旗时，要交纳三千金。仅这项收入，每年约在千万。郑氏集团自此独占南海，富可敌国。李自成攻入北京后，1645年，原明朝唐王朱聿键被黄道周、郑芝龙等拥立为帝，年号隆武。全闽兵马钱粮皆领于郑芝龙兄弟。顺治三年(公元1646年)，清军攻入福建，隆武帝逃到汀州被俘死。郑芝龙因贪恋田产富贵于是年降清。郑成功时年23岁，苦谏不纳，遂与其父决裂，并于十二月初一大会文武群臣于烈屿，定盟复明，起兵抗清。
郑成功以金门厦门二岛为根据地，采取“通商裕国，以商养兵”方针，维持数千艘战舰、18万军队的开销并不断壮大自身力量。自1652年经营海运，筹集饷械，力量发展很快。清顺治十一年(公元1654年)郑成功遣张名振率水师战舰数百艘入长江直逼南京，然后顺江而下，分战舰60艘，北攻山东登莱各州，直抵高丽而还。顺治十五年(公元1658年)五月十三日，郑成功第二次北征南京，时有“甲士十七万，铁人八千，战船八千，扬帆而进，号八十万”(夏琳《海纪辑要》)。八月十日舟到羊山，遇风损失严重，便“分令流入温台各港，夺船取粮，再图进取”。休整八个月后，顺治十六年(公元1659年)四月十九日，再次大举进攻南京，七月，克镇江，围困南京。但中了清总督郎廷佐缓兵之计，两个月后遭清军突然袭击，兵败。于九月七日退回厦门。后感到困守金门、厦门不是长久之计，很难与清对抗，就决心收复台湾。
诸王无寸土，一隅抗志，方知海外有孤忠
元末，日本九州一带的诸侯纠集失意的武士及商人、海盗等常数十百人，骚扰我沿海，杀人抢劫，是为“倭寇”。明世宗嘉靖年间(公元1522—1566年)倭寇猖厥。嘉靖三十二年(公元1553年)，海盗王直等勾结倭寇，大举入犯，连舰百余艘，自台(今浙江临海)、宁(今浙江宁波)、松(今上海松江)、淮北、滨海数千里同时告警。倭寇所到之处，劫夺财物，屠杀居民并掳掠人口。沿海人民奋起抗倭，最著名的就是戚继光(公元1528—1587年)抗倭。他是山东蓬莱人，出身将门，少有大志，爱读书。曾在书之扉页上写“封侯非我意，但愿海波平”的诗句，表达了抗倭之志。17岁就备倭于山东，后被明政府派到浙东抗倭。由于倭寇盘踞在沿海岛屿上，一看到戚家军，就乘海船逃至小岛。戚继光决心练就水师。由于“福船耐风涛，且御火”，他亲自督造了适于作战的三种福船，即大福船、海苍和艟(舟乔)。
四镇多二心，两岛屯师，敢向东南争半壁
台湾自古以来就是中国的领土。1624年，荷兰殖民主义者侵占了台湾西南海岸安平湾一带，修筑赤嵌城和台湾城(二城相距不远，都在今台南安平)。1626年，西班牙殖民主义者也侵占了我国台湾北部的鸡笼(今台湾基隆)和淡水，后经长达15年的争夺，荷兰人打败西班牙人，于1641年独占台湾。荷兰人强迫台湾人纳重税，还把台湾人卖到爪哇当奴隶。
1661年，郑成功命子郑经留守金门、厦门。三月二十三日，亲率战舰350余艘，将士2500多人，从厦门、金门出发，横渡海峡。四月初一，在台湾赤嵌城附近的鹿耳门外登陆。郑成功掌握了四月初一黎明正当大潮的潮流规律，从澎湖出发时全程航行时间的计算十分准确。当大批战船抵鹿耳门时，正值高潮，立即趁潮顺利进港，约一小时完成登陆。台湾人民热烈欢迎郑成功大军的到来并给予热情支持。郑成功大军进驻赤嵌街(今台南赤嵌楼)。赤嵌城荷军只300人，只得困守。荷兰守将猫难实丁写信派人到台湾城(荷兰人名为热兰遮)去求援。荷兰总督揆一得信后，派战将拨鬼仔率鸟枪兵数百来援，被郑成功部将陈泽打败。击沉荷舰一艘，其余三艘受重伤狼狈逃至海外。郑成功水师控制了台湾海面并切断了两城间及其对外联系。四月初，赤嵌城投降。郑成功派猫难实丁到台湾城去招降揆一。揆一写信给郑成功，愿送白银10万两，请求郑军退出台湾。郑成功复信义正辞严指出“台湾者，中国之土地也。久为贵国所踞，今余即来索，则地当归我”(《台湾通史·开辟纪》)。四月，包围台湾城，八月上旬，从爪哇来的荷军以战舰10艘来援。陈泽率水师迎击，将其击败。十二月下旬在长达八个月的围困中，荷军死1600多人，城内仅余600人，能战斗者仅300人。在粮断援绝，突围无望之绝境中，荷兰侵略者只得于1662年2月1日(顺治十八年十二月十三日)向郑成功投降。荷兰总督揆一及其残兵败将被逐出台湾。被荷兰殖民主义者侵占了38年之久的台湾回到祖国怀抱。1662年6月23日，郑成功病死，时年39岁。康熙皇帝曾写一挽联，对这位收复台湾的名将给予高度评价。
郑成功是我国历史上的民族英雄，为捍卫国家主权独立，领土完整作出了卓越的贡献。然而如果没有强大的水师和人民的支持，郑成功是不可能收复台湾的。这也说明17世纪我国船舰性能、航海技术的先进和发达。
戚继光操演水军图式戚继光在抗倭战争中，使用福船、广船、沙船等屡立奇功。嘉靖四十年(公元1561年)肃清了浙江的倭寇，嘉靖四十四年(公元1565年)东南沿海的倭寇都被肃清了。戚继光不愧为我国的民族英雄。
明代不但有可以远洋航行进行海外友好贸易往来的沙船型“宝船”，而且还有了战船。像福船、广船到明代也发展成为著名的战船了。在戚继光抗倭和以后郑成功收复台湾的战斗中都大显神威。
挽联是：
戚继光也很重视广船在抗倭中的作用，尤其是广东东莞的“乌槽”和广东新会的“横江”。这两种广船都是戚家军的主力战舰。这两种船据另一位抗倭名将俞大猷说：原是富人所造，驾驶的船夫叫后生，都是船主雇来之年富力强者，船可载四五十人。他们四处贩运，南至琼州载白藤、槟榔等货，东到渤州载盐，获利十倍。戚继光征用，改造为优质战船以抗倭。“乌槽”船底涂黑漆，船型上宽下窄。“广东船，铁栗(力)木为之，视福船尤巨而坚，其利用者二，可发佛郎机(葡萄牙大炮)，可掷火球。”(同上)敌船遇火球即燃烧沉没；敌船接近，广船以其巨大船体撞去，敌船即粉碎。“横江”船上有6—16支橹，两根大桅，桅杆上设大小望斗，可进入三四人瞭望监视敌情。望斗以藤作网，网经，上蒙以犀革、棉被，可防敌箭，船舷两侧有佛郎机大炮及霹子炮、神炮、火砖、灰罐、烟球等各种武器，全身皆炮，可旋转四环，首尾相运用，快捷勇猛无比。
戚继光还造了很多种战船，如艚船(即舶艚船，形状像鸟，俗称鸟船)，开浪船(快船)等。
大福船“能容百人，底尖上阔，首昂尾高，柁楼三重，帆桅二，傍护以板，上设女墙及炮床。中为四层，最下实土石，次寝息所，次左右六门，中置水柜，扬帆炊爨〔cuan窜〕皆在是，最上如露台，穴梯而登，傍设翼板，可凭以战。矢石火器皆俯发，可顺风行”(《明史·志第六八兵四》)。大福船的最下层装土和石块，这叫“压载”。压载的方法北宋时已有，是用来保持船的平衡的。第二层是士兵活动场所。第三层是放船帆、锚等船上工具和炊事场所，第四层是露台，可安大炮、放弓箭。士兵都可以居高临下看清敌阵进行战斗。大福船靠风力推动，在顺风顺水情况下更能发挥威力。戚继光赞曰：“福船乘风而下，如车碾螳螂。”海苍船比大福船稍小，艟(舟乔)船比海苍船又小。戚继光说：“倭舟甚小，一入里海，大福、海苍不能入，必用苍船逐之，冲敌便捷。温(州)人谓之苍山铁也。”大船吃水深，作战时遇到逆风逆水，浅水航行，受到阻力时就用小型战船来作战，如沙船、鹰船。“沙船可接战，然无翼蔽。鹰船两端锐，进退如飞，傍钉大茅竹，竹间窗可发铳箭，窗内舷外隐人以荡桨。先驾此入贼队，沙船随进，短兵相接，无不胜。”(同上)
