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在萨基来米兰之时，巴乔还对这位“火炮教练”抱有幻想，“萨基刚来AC米兰的时候，我曾经认为他会重新安排我的位置，把我当主力使用，事实证明，我想错了。”萨基不仅没有在巴乔状态不好时去帮助巴乔，反而在他状态好时中途将他换下场，巴乔似乎成了多余的人。可见萨基对巴乔的成见之深。巴乔是一个职业素养高、善于忍让的人，尽管萨基处处与他为难，可他在公开场合从来不给萨基难堪，两人相对时，巴乔也不会怒目相向。可是他的大度和忍让却未能使萨基改变铁石心肠。巴乔对自己受到的冷遇感到十分痛心，他说：“我不知道我是否是多余的人，但我踢球的信念是没有改变的，我渴望能为AC的振兴贡献一份力量。”
萨基在冠军杯赛失败后还是像以前那样不敢承担责任，而是将责任推到球员身上，他说：“我只有48小时的时间来准备比赛，不可能在这么短的时间内去塑造一支球队，而且这场球的失败并不是我排兵布阵的失误，而是个别球员的错。”责怪球员似乎成了萨基解脱自己的新招，不过这次他说的个别球员的错，肯定不应该包括罗伯特·巴乔，因为他是这场比赛中表现最好的球员之一，反而被萨基换下场，是谁的错明眼人一看便知。
将帅失和的AC米兰自然不可能取得什么骄人的战绩，球队内部士气低落，成绩节节下滑，令米兰球迷痛心不已。尤其是1997年4月6日的一场惨败，更令米兰全城充满了一种悲哀的气氛。1996-1997赛季的联赛已近尾声，这时，AC米兰到客场挑战老对手尤文图斯，AC米兰球迷希望本队能以一场胜利来一扫颓气，各路媒体也看好这场龙争虎斗。这时巴乔的状态不错，且求战心切，可是萨基仍把他放在替补席上。比赛结果令人震惊，AC米兰以1：6的悬殊比分告败。萨基只在比赛快结束时象征性地派巴乔上场几分钟，但此时全队早已军心涣散，毫无斗志，巴乔也只有望球兴叹，并无回天之力。这一惨败在意大利足坛引起了巨大的震动，人们简直无法相信，上一赛季还夺得冠军的红黑军团，此时居然如此弱不禁风。面对这个结果，AC米兰的老板贝鲁斯科尼欲哭无泪，他无奈的说：“这真让我感到耻辱，也许在AC米兰的历史上，将永远记住这一令人痛心的时刻。”
以这样的战绩，AC米兰和巴乔将如何面对未来呢？
由于没能得到重用，巴乔个人的业绩也降到了近年来的最低点。他在联赛上出场23次攻入5球，在意大利杯赛上出场5次攻入3球，在欧洲冠军杯上出场5次攻入1球，整个赛季只有9球入帐，是自1988年以来首次入球数只有个位数。
一个赛季终于结束了，AC米兰清点自己的收成，简直让他们无脸见人，他们不仅没能打进冠军杯的八强，而且联赛成绩也是近十年的最低点。他们仅排在第十一名。11胜10平13负，进43球失45球43分，比第一名的尤文图斯少了22分之多。巴乔最初的母队维琴察，还有亚特兰大、博洛尼亚、乌迪内等小球队都排在AC米兰之前，对于AC米兰来说这是一个彻底失败的赛季。
就在巴乔为自己未能受到主帅重用而苦恼之时，另一件不愉快的事情又让他烦恼。
事情是这样的，有一家报纸报道说，巴乔和其他几位在意大利联赛中踢球的球员涉嫌逃税，其中称巴乔逃税金额为35亿里拉。报道中说，巴乔将自己的一大笔钱委托他在维琴察的一位朋友进行操作，把钱通过在美洲的投资获得特殊的收益，例如投资在智利和安德烈群岛找矿等。巴乔听到这些大为惊讶，他说：“我对这些一点也不知道，我的财产确实是由别人替我打点，我只管签字。我对投资、债券、股票这些一窍不通……我认为我只是一名足球运动员，我只想着训练、比赛。”意大利国内的一些人确实有逃税的现象，但巴乔个人绝对没有在逃税方面动过什么脑筋，因为仅仅在1994年，巴乔就主动申报了60亿里拉收入的应缴所得税，尽管他当时完全可以轻而易举地逃掉这笔税款。足球运动员的收入是比较高的，因此常被人怀疑有逃税的嫌疑，但有时这种捕风捉影的猜测也会对一些人造成伤害。逃税风波只是巴乔生活中的一段小插曲，他最终被证明是清白的。
