都司卫所制度对御外和靖内都起过一定的作用，但到明代后期，这一体制已渐渐松弛。清代初年都司已废，而卫所尚存，但性质也变成纯粹的军事组织，与行政区划无关。至雍正年间，卫所都已改为府州县。如西宁卫改为西宁府，天津卫改成天津直隶州，上海附近的金山卫也辗转变为金山县。但是卫所制度行之300年，许多地名已留下很深的烙印。
卫所起初隶属于中央的大都督府，后来按地区分属于各省的都指挥使司。不久，元代延续下来的行省又被改造成布政使司，于是都司和布司就分别掌管地方上的军、民二政。唐代的府兵虽然也是战时为兵，平时为农，但统兵的折冲府却与行政区划无涉，而明代的部分都司卫所却是一种特殊的行政区划。
这样，明代分统卫所的地方军区共有23个单位，即16都司、五行都司和二留守司。其中的实土都司和行都司以及实土卫所的名目都列在《明史·地理志》当中，表明是行政区划的一种。无实土的行都司、留守司和卫所都不列于《地理志》中，以示与政区无涉(非实土的13都司则与13布司并列)。如赫赫有名的天津卫，在《明史·地理志》中就找不到。
朱元璋建立明朝以后，很注意吸取前代经验教训，尤其因为仰慕唐宋之制，往往进行模仿并加以改造发展。如高层政区学习宋代的路，实行都、布、按三司分立的制度，而都司卫所制度又与唐的府兵制有相似之处。
明代都司卫所制度十分复杂，上面所说只是梗概。除羁縻都司卫所外(详后)，明代后期正式版图是由两京13布政使司和两个实土都司(辽东和万全)所组成。实土的行都司和非实土的都司都不作为行政区划单位看待，如陕西都司和陕西行都司辖区之和就算陕西布政使司的范围，故只以陕西布政使司为一个政区计算。
实土卫所之外还有实土都司。前面我们已说过，明代的高层政区定制为两京13布政使司，与13布司同一治所的有13都司，这13都司都是非实土都司，但其中的陕西、四川、湖广、云南、贵州五个都司领有部分实土卫所。在13都司之外又有三个与布司无关的都司，其一是辽东都司，置于今辽宁地区，全为实土，领25卫、二州；其二是万全都司，在河北北部，大部分为实土；其三是大宁都司，即元代大宁路(今冀辽交界处)，原为实土，后来侨治于保定府，已非实土。
明初在天下已定之后，在边疆要害之处遍设卫所，作为军事布防之用。卫所组织大率是以5600人为一卫，每卫分为前后左中右五个千户所，每千户所1120人，下设十个百户所，每百户所设总旗二个，小旗十个。卫所所管辖为军户，即军士及其家属。军士都是世籍，也就是世世代代为兵，平时垦屯自给，遇有战事则上疆场。
先说卫所。明初洪武年间罢废部分边境州县，建立卫所，这部分卫所有自己的管辖地域和户籍，俗称为实土卫所(卫相当于府州，所相当于县)，成为行政区划的一种。而内地的卫所则星罗棋布，与府州县相杂错，只是单纯的军事组织，俗称非实土卫所。
在16都司之外，又有五个行都司，设于边境海疆重地，其中陕西、四川行都司为实土，山西行都司为部分实土，福建和湖广行都司则非实土。在都司和行都司以外，又有两个留守司，也分统部分卫所，一是中都留守司，二是兴都留守司。中都即安徽凤阳，是朱元璋老家；兴都即湖北钟祥，为嘉靖皇帝父亲陵墓所在。二留守司俱非实土。
