南方科差包括包银和户钞两项。包银每户纳银二两，户钞每一万户纳钞100锭(合5000两；钞每锭值银50两)，平均每户须纳钞五钱。户钞不入国家财政，而是供封于当地的诸王、公主、勋臣享用，相当于北方的“五户丝料”。
元代田赋不仅正税繁杂苛重，而且还有各种田赋附加，如规定民田税粮每石须带征“鼠耗”三升，“分例”(手续费)四升，官田输租也要带征“鼠耗”和“分例”(数量为民田一半)。元代盛行包税制，豪绅权势之家包征税粮，盘剥佃民的情况屡有发生。至于官吏赋一征十，额外苛征则是常事。这一切，进一步加重了农民的负担。
北方地区的税粮，包括丁税和地税。丁税的征收制度如下：“全科户”(15—60岁的正丁户)丁税每年每丁纳粟三石，“驱丁”(战俘和奴婢)纳粟一石，“减半科户”每年每丁纳粟一石，新交参户(尚未列入正式户等的新收户)第一至第五年每丁每年纳粟依次为五斗、一石、一石二斗五升、一石五斗、一石七斗五升，第六年编入正式户等，丁税与全科户相同，即每年纳粟三石。“协济户”(老幼妇女等户)每丁纳粟一石。地税数额为每亩纳粟三升。税粮，近仓之地输粟米，远仓之地折钞输纳：每粟一石折钞币二两。并有“丁税少而地税多者纳地税，地税少而丁税多者纳丁税”(《元史·食货志一》)的规定，但实际上丁税地税往往同时并征。
南方即江南地区的税粮，沿用宋朝旧制，按田亩征夏税秋税，夏税纳木棉、布绢、丝绵等物，秋税则纳粮，数量视土地肥瘠和产量高低，从一、二升至二斗、三斗不等。二税均可折钞输纳。
元朝耕地也分为官田和民田。蒙古族统治全国以后，其所圈占的耕地和荒地，以及没收的民田，即成为官田。官田招佃耕种，向国家输田租。民田所课的田赋，则有税粮和科差之分，而税粮和科差又有南北之别。
科差又称差税，按户征收，类似唐代的“调”。北方的科差分为丝料、包银和俸钞三项。丝料的征收办法是：全科户每户出丝22两4钱，两户出丝为二斤(每斤16两)12两8钱，其中二斤纳官。两户余12两8钱，每户余六两四钱，凑五户余丝满二斤时，输给食邑于本地的诸王、勋臣支用。减半科户每户纳丝11两5钱，协济户纳10两2钱。其他户等也规定有不同的缴纳数量。包银开始规定每户征六两，后改为四两，其中二两征银，剩下二两折收丝绢等实物。到元世祖时，则可以用钞币折纳包银。俸钞实为包银的加征。元世祖时，规定纳包银的民户，每四两征纳一两俸钞，可以钞币折纳，以供官吏俸禄之需。
元朝曾实行经理之法，让百姓向官府自报田产田赋，履亩征税。也有鱼鳞册等赋役册籍，通过这些措施保证国家田赋收入。
赋税征钞，以纸币缴纳，是元代田赋的一个重要特点。元代田赋中货币税的比重比前代大大地增加了。
