然而，在原子论式的联想图式和涌现论的整体性图式之外，是还存在一种第三种立场的。这种立场，就是运算结构主义的立场。这种立场，从一开始就采取了一种重视关系的态度；按照这种态度，认为真正重要的事情，既不是要人必须接受成分，也不是要人必须接受这样的整体而又说不出所以然来，而是在这些成分之间的那些关系；换句话说，就是组成的程序或过程（依人们说的是主观意向性运算还是客观现实而定），因为这个全体只是这些关系或组成程序或过程的一个结果，这些关系的规律就是那个体系的规律。
事实上，这个由整体性概念本身已经引起的问题，只要我们认真地对待“结构”的第二个特性，就可以清楚了。从结构这个术语的现代含义来讲，“结构”就是要成为一个若干“转换”[按：在有些学科里译为“变换”]的体系，而不是某个静止的“形式”。
认为一切领域中都可以把科学认识论的态度归结为两者必居其一的选择问题——要不就承认是一个具有其结构规律的整体，要不就认为是从若干成分出发而来的一个原子论式的组织——这恐怕是错误的。无论谈的是感知结构或“格式塔”的完形学说，还是谈的社会的整体性（社会的阶级整体或全社会的整体）等等，我们都可以看到，在思想史上，无论在［心理学里〕知觉方面反对联想主义的先验假设或是在社会学里反对个人主义的先验假设等等，人们总是把两类学说同这些先验假设对立起来。这两类学说之中，只有第二类学说才似乎符合当代结构主义的精神。而第一类学说只是满足于把想要由简到繁办事的人们所看来是自然的思想步骤［译者按：即指从感觉印象到知觉复合体，从个别人到社会群体，等等］，颠倒过来，并按照一种被认为是自然规律的“涌现”方式，一开始并不增加什么，就提出整体性来。当奥古斯特·孔德用人类来解释人，而不再是用人来解释人类，当涂尔千认为社会整体是从个人的汇合中涌现出来，就象分子是从原子的集合中涌现出来一样的时候，或者当“格式塔”学派认为在种种原始的知觉里面能立即看到一个整体性，可以比之于电磁学里的场效应的时候，这些人当然是有功绩的。他们告诉了我们：一个整体并不是一个诸先决成分的简单总和；但是，他们把整体看作先于成分，或者看作是在这些成分发生接触的同时所得到的产物，这样，他们就把自己的任务简单化了，就有把组成规律的本性这种中心问题丢到一边去的危险。
但是这就产生第二个问题，这是个更为严重的问题；实际它是一切结构主义的中心问题：由组成程序或过程产生的这些整体性，从来就是被组成的吗？可是怎样组成的，或者被谁组成的？还是一开始就已经是（并且是否一直是？）处在组成的过程之中呢？换句话说，种种结构是否都具有一个形成过程？或者只有一个多少具有永久性的预先形成过程呢？一边是原子论式的联合所假定的、经验主义已经使我们习惯了的、没有结构的发生论；另一边是主张没有发生过程的整体性或形式，因而这就不断会冒又回到谈本质、谈柏拉图主义式的理念、或谈种种先验形式的超验论的立场的危险：结构主义必须或者是从两者之间做出选择，或者是找出超越这些立场的解决办法。可是正是在这一点上，很自然地产生了最多的分歧意见——直到有这样的意见，认为不应该提出结构与发生论的关系问题，因为结构从本性上来说是非时间性的（好象在这里并不存在选择的问题了，而这正好就是预成论的意思）。
各种结构都有自己的整体性，这个特点是不言而喻的。因为所有的结构主义者都一致同意的唯一的一个对立关系（用在第1节里已经提到的各种批判意图里说的意义），就是在结构与聚合体即与全体没有依存关系的那些成分组成的东西之间的对立关系。当然，一个结构是由若干个成分所组成的；但是这些成分是服从于能说明体系之成为体系特点的一些规律的。这些所谓组成规律，并不能还原为一些简单相加的联合关系，这些规律把不同于各种成分所有的种种性质的整体性质赋予作为全体的全体。例如，数学中的整数就并不是孤立地存在的，人们并不是在随便什么样的程序里发现了它们，然后再把它们汇合成一个整体的。整数只是按照数的系列本身才表现出来的，这个数系列具有：“群”、“体“、“环”等的结构性质，而这些性质是不同于每一个数的性质的。就每一个数的性质而言，可以是偶数或是奇数，是素数或是能被n＞ 1的数除尽的数，等等。
但是，在事实上这个整体性的特性提出了许多问题。这里我们只研究其中的两个主要问题：一个是关于整体性的性质问题；另一个关系到整体有形成过程还是预先形成的这个方式的问题。
