第三方面，让我们注意，与有机结构的这种功能性质紧密联系，就是这些有机结构具有一个各种物理结构所不知道的方面（除非对物理学家来说），这就是要和意义联系起来。这些意义，在行为领域里对生命主体来说是明显的；尤其是行为领域里的本能结构，使种种遗传的“意义的标志”（动物行为学家说的种种IRM：天赋行为机制[innate releasing mechanisms])都发挥了作用。但是，从出现了生物学上所特有的正常与不正常的区别之后，这些意义在任何功能活动中就不是明显的了。例如在出生时有窒息危险的情况下，血液的凝固立刻会产生一个神经系的调节作用。
活的有机体，在种种其他体系之间同时既是一个物理化学体系，又是主体活动的源泉。如果象我们已经认为的（见第 1节）那样，一个结构真的是一个能自身调节的有若干转换作用的整体性体系的话，那末有机体就是各种结构的原型了；而且，如果人们能够精确地了解自身的结构，那末由于有机体的人具有既是复杂的物理客体、又是行为的原动力这双重性质，就会给我们提供一把结构主义理论的钥匙了。可是我们还没有达到这个地步；生物学经过了好几个世纪的简单化的还原主义，或者是讲得多而解释得少的唯生主义之后，真正的生物学结构主义甚至还只是刚在形成的过程中。
第一个方面，我们看到，结构的调整，首先取决于一个总的自身调节作用，其次是由起调节作用的各个分化了的器官来保证。例如根据马考洋（Markosjan）的研究，血液凝固的多种因素，产生一种从种系发生学上看已经古老的自发的调节作用（可能从腔肠动物开始），然后这些因素受到第一个调节器官即激素系统的控制，最后又受第二个调节器官即神经系统的控制。
有趣的是要在这方面指出：生物学方面明确主张结构主义的第一次尝试，是贝达朗菲（L.von Bertalanffy）的“有机论”。这是受到“格式塔”（完形）即知觉和运动结构的领域里所进行的实验心理学研究工作的启发产生的。但是，这位生物学理论家的创作就其努力建立一种“各个系统的普遍理论”而言固然具有无可争辩的兴趣，可是从生物学的当代结构主义趋向来看，主要还是在比较生理学、因果关系胚胎学、遗传学、演化理论、动物行为学等学科内部的进展，才是富有意义的。
综上所述，生物学的“整体”和“自身调节作用”，虽则是物质性的，并且具有物理化学的内容，它们却使我们懂得了在“结构”和主体之间有不可分割的联系，因为有机体就是这个主体的根源：如果按照富科（Michel Foucault）所说，人只是“[历史发展上的]各种事物的次序中的某个裂口”，相当于“我们知识里的一个简单的褶皱”（不过还不到两个世纪）；那就仍然值得记住：这个裂口和这个褶皱是从一个非常大的、但组织得很好的爆裂声中产生的，这个爆裂声就是整个生命界所构造成的。
但是生物体内平衡并不只有生理学上的意义。现代生物学结构主义的主要成就之一，就是已经能够抛弃掉把一个基因团作为许多孤立基因的聚合体来看的形象，而是看成一个系统，在系统里，这些基因象多布赞斯基（Dobzhansky）所说的，不再“象独奏者，而是象一个乐队”似地起作用，特别是有一些起协调作用的基因，使好多个基因仅为某一个性质协同地起作用，或者是一个基因为几个性质起作用，等等。遗传学的单位不再是个别的基因团，而是“种群”，不是一个简单的混合体，而是一个种系的组合体；以致它的遗传“库”呈现出一种“遗传上的体内平衡”，也就是一种增加存活概率的平衡作用，而且正如多布赞斯基和斯巴斯基（Spassky）所已经做的，当人使几个已知种系杂交成一个“种群笼”（“cage a populatlon”），繁殖了几代之后，来研究它们的比率时，是可以验证的。还不止如此，变异的基本过程不再是突变，而是遗传上的“再组合”，这是形成新的遗传结构的主要工具。
现代生物学的这些成就，对一般结构主义来说是很珍贵的，尤其是因为这些成就，跟行为的比较理论即“动物行为学”（ethologie）合并一起，为心理发生学的结构主义提供了不可缺少的基础。事实上，一方面，动物行为学已经阐明了存在着一个各种本能的复杂结构，以致今天我们可以说有一种本能的逻辑，并能分析本能逻辑的各种不同的等级水平；这样，本能在成为从遗传上说未编码的动作和人为制造的工具的逻辑之前，它先就是一种器官或有机工具的逻辑了。另一方面，这同样是重要的，现代动物行为学趋向于证明，任何学习和任何记忆必须以某些先存在的结构为基础而形成（而且甚至要以核糖核酸[RNA]的结构为基础；核糖核酸是受生殖物质的脱氧核糖核酸即DNA的变异影响的复制品）。以前，经验主义到因环境不同而获得的最偶然的变化里去寻找知识构成的模式；可是，同经验的接触和因环境不同而获得的最偶然的改变，都只能通过与某些结构发生同化作用才能固定下来；并不是所有的结构都是天赋的和不能改变的，但是要比经验知识开头时的那些摸索更稳固更加一贯。
在胚胎发生学领域中，自从发现了“形成体”（organisateurs）、结构的调节作用和复生作用之后，已经开始了的结构主义倾向，因瓦廷顿（Waddington）的研究工作而越发加强了，他引进了“血缘恒定”（homeorhesie）的概念，也就是在发育中的能动的平衡，对于围绕着“胚胎顺序”（creodes）即胚胎发育必须遵循的途径可能有的偏差，能够起补偿作用。但瓦廷顿尤其指出了在胚胎发育过程中以环境为一方。遗传综合体为另一方之间的相互作用（表现型的形成），并且强调了这样一个事实，表现型就这样成了基因团对于环境刺激的反应，选择就在这些“反应”上进行，而不是在遗传型本身上面进行：由于进行了这样的选择，才有“遗传同化作用”即把获得的性质固定下来的可能性。总的说来，瓦廷顿在环境和有机体的关系上看到了一种控制论的回路，使得环境在制约有机体的同时，有机体也在选择他的环境。这里自身调节结构的概念超越了个体和种群本身，包括整个由环境X 表现型X 种群遗传库所组成的复合体。总之，从演化的意义上来看，这种解释是带基本性的。但是，正象还有作者仍然认为胚胎发育完全是先天形成，从而否定了后生成（epigenese）概念的价值（相反，瓦廷顿却恢复了这个概念的全部意义），近几年来有时有人主张整个演化作用是由建立在脱氧核糖核酸（DNA）构成成份基础上的组合系统所预先确定的。要是这样，那就是某种预成论的结构主义对于演化论本身的胜利了。如着重新确立环境的地位，那环境所提出的问题就要由内源变异来提供答案了；人们一定会把辩证的意义归于演化，而不是在演化里只看到有一种永恒的先天命定作用的。先天命定说的缺陷和缺点现在已成为无法解释的了。
单就把生命现象还原为物理化学现象的尝试而言，就象种种还原问题一样，对于结构主义也已经是有教益的了。但是在这种有巨大重要性的情况下，这种尝试具有特殊的尖锐性。以往还原主义的原理，认为在无机界中认识了A、B、C等现象之后，就应该足以理解用它们组成的总和或乘积：从而产生了一长系列叫做“机械论” 的学说。这些学说中最糟糕的例子是笛卡尔的“动物-机器”论，和那种没有明确承认失败、在许多地方还受人尊重、主张由偶然的变异并在事后选择的进化论图式。就这样，人们简单地忘记了两件主要事实。一个事实是，物理学不是靠把累积的知识相加而进步的，而是新的发现M、N等总是导致对知识A、B、C等进行全面的重新解释；可是未来仍然会有未知的X、Y等的发现的。另一个事实是，物理学本身把复杂还原成简单的尝试，例如把电磁学还原成机械力学这样，最后总是得到一些综合理论，其中低级的内容被高级的内容丰富了，由此而来的相互同化作用阐明了整体“结构”的存在，这与加法式的组成或同一化的组成恰好相反。所以，我们可以毫不忧虑地等待着把生命现象还原为物理化学现象，因为这些还原不会把任何东西“还原掉”，而是会把这有关的两个项转换得对双方更加有利。
从结构的观点来看，长期以来生理学继贝尔纳（ClaudeBernard）的研究工作之后运用了一个非常重要的概念，这就是坎农（Cannon）提出的 “体内环境恒定”（或译“体内平衡”homeostasie）的概念。这个概念，涉及到机体内部环境的永恒性平衡状态，因而也涉及到内部环境的调整，于是引起对整个有机体的自身调节作用的阐明。然而，整个有机体的自身调节作用，在三个方面超越了已知的物理平衡作用的形式（特别是按照勒·夏托列 [LeChatelier]原理，发生“平衡位移”时的部分补偿作用）。
由此而来，第二个方面，一个生命结构包含一种与有机体在其整体方面起机能作用相联系的机能作用，这样，这个生命结构就担负或包含了一个在生物学意义上可以用子结构相对于整体结构所起的作用来确定的功能。在生命领域里，这个事实是很难提出异议的；但是在各种认知领域里，我们看到有些作者却用结构主义来反对任何功能主义的情况，这种意见将留在以后来加以讨论。
唯生论经常不断地用各种整体性观念、内在目的性或外在目的性等观念，来反对简单化的反结构主义的还原论的尝试。但只要人们还没有明确说明在一个体系中发挥作用的那些转换的因果关系模式和运算模式时，这还称不上是结构。同样，摩根（LloydMorgan)和另外一些人坚决主张的“涌现论”学说，只限于证明有不同水平的整体性的存在，却又说这些整体性是在某个时候“涌现”出来的；这种理论只是提出了这里面存在着问题而已，另一方面，如果说唯生论着重在把有机体作为主体或主体的来源，来跟客体的机械论相对立，那也只是或者满足于从常识的内省得到启发的对于主体的表象，或者象德里施（Driesch)那样满足于亚里士多德式的“形式”的形而上学。
