“我家道败落，依赖刘裕才得以生存。刘裕为皇室所倚重，其程度自古少见，因此无论从公从私的角度考虑，我都该归附投奔他，事事顺着他。第二次加授荆州牧时，我就苦苦陈述，自己才能低下而地位显赫，不能这样长久下去，屡次请求辞职，总得不到允许。前些时携带老母、家庭的一半人迁往西边，子侄都留在京城，臣兄儿子谯王文思，年少不懂事，喜好交结朋友，不知提防，朋友集会，为刘裕获悉。刘裕遂翦除文思的朋友，将他送到我处。我顺其旨意，上书请废文思王位，改袭大宗，派儿子文宝送女儿回京城。自以为真心实意地顺着他，也不过如此。岂料刘裕包藏祸心，领兵讨伐，加害文思，制造事端。幕僚议论刘裕，沸沸扬扬。但臣愚笨，错误地认为其不致如此，先前我府下司马张茂度仓惶回京城，南平太守檀凭之也在这个月的三号弃郡叛逃，找人寻问，才知刘裕早已攻上来了。刘裕现在的举措，不是因为与我有怨恨，而是因为我是王室的依靠，所处地位重要；时下贤能之士已被消灭殆尽，只有我还在。刘裕打算灭掉我后，好达到篡夺王位的目的。镇北将军宗之、青州刺史敬宣，都是刘裕所害怕的，想依次翦除，然后轻而易举地篡位。
六月，天子又加封刘裕为太尉、中书监，还授给黄金装饰的钺。刘裕接受黄钺，其他的封赏坚决不接受。让司马庚悦担任建威将军和江州刺史两职，从东陽向豫章进发。
交州刺史杜慧度杀死了卢循，将其首级送到京师示众。
诏书拟成后，呈送天子审阅，天子随即执笔，对左右说：“桓玄专权时，天命已改，被刘裕延续了二十年。今日让位，心甘情愿。”致信给刘裕说：
义熙十一年(415)三月，刘裕率军到江陵。当初雍州刺史鲁宗之担心刘裕不容他，与司马休之结盟。这时派他的儿子竟陵太守鲁轨到江陵同司马休之会合。江夏太守刘虔之拦击他，战败被杀。刘裕派彭城内史徐逵之、参事王允之从江夏口出击，又被鲁轨打败，双双毙命。当时刘裕驻军马头山，当天率军渡江，亲自指挥将士上岸，将士们莫不奋勇争先。司马休之溃败，与鲁轨逃到襄陽，江陵平定。皇上加封刘裕为南蛮校尉。
刘裕上表推辞，晋帝已退位去了琅王牙王府第，上书未到晋帝手中。于是陈留王虔嗣等二百七十人和宋府群臣，都上表劝进。刘裕不同意。太史令骆达陈上天文符瑞数十条，群臣又再三劝请，刘裕只好同意，正式称帝。
永初元年(420)夏六月十四日，刘裕在南郊设祭坛，即皇帝位，烧柴以告天。说：
卢循这时正修整舰只，制造一些攻城的器械。刘裕想从长计议，于是驻军雷池。起义军扬言不进攻雷池，顺水而下。刘裕知道起义军想进攻，但考虑到起义军战败后，可能从京江进入东海，派王仲德带二百艘舰船往吉陽，断绝起义军的去路。十二月，卢循、徐道覆率兵几万，乘船而下，前后相连，不见边际。晋军出动全部的轻便小船，刘裕亲自摇旗擂鼓，命令三军合力出击。又在西岸派出一些步兵骑兵。右军参军庾乐生坐在舰上不前进，刘裕将其斩首示众。于是三军奋勇争先。晋军中有很多威力大的神弩，所到之处没有不被摧毁的。刘裕在江中间焦急。起义军的船只顺着风和水流的去向，全部停泊在西岸上。岸上的士兵首先预备了火攻的材料，于是点火烧起义军的舰只，烟雾满天，起义军大败，追到夜里才回来。卢循等人退回寻陽。当初派步兵驻西岸，没有人不感到奇怪的，等到烧了敌军船只，大家才信服。召回王仲德，让他还担任先锋。留下辅国将军孟怀玉驻守雷池。卢循听说晋朝大军沿江上溯，想逃往豫章，于是全力在左里设置栅栏隔断江面。晋军到左里，准备决战，刘裕手中拿的令旗旗竿断了，折断的旗子沉入水中，大家都感到很奇怪。刘裕笑着说：“从前在覆舟的一战，旗竿也折断了，现在又是这样，一定能够打败敌人。”立即攻克栅栏前进。卢循的军队虽然也拼命迎战，但无能为力。各路晋军乘胜追击，卢循乘小船逃走。被晋军杀的以及投水自杀的起义军，总共有万余人。收纳投降的士兵，原谅他们被逼走上了叛逆之路。派刘藩、孟怀玉轻装追击残兵，卢循收集残兵剩将，还有几千人，从小路逃回广州。徐道覆退守始兴。刘裕在左里凯旋班师。天子派侍中、黄门到军营慰问军队。
先前朝廷接手的是晋朝这个乱摊子，政治混乱，百官放纵，百业废弛，桓玄虽然也想整治，但众人都不听他的。刘裕以身示范，先以威严约束宫廷内外，百官皆认真供职，二三天时间内，风气大变。况且桓玄虽然凭着英雄豪气被推举获得了拥护，但很快就篡夺了皇位，晋朝的各地刺史和在朝大臣，都尽心尽力地服侍他，君臣名分定了。刘裕在朝廷里职位卑微，又无一支军队，在草莽之地振臂高呼，倡导大义恢复帝位。因此王谧等人觉得失去了民心，没有不愧疚恐惧的。
高祖平定了石头城，设置留台官，在宣陽门外焚烧桓温的神庙，在太庙立了东晋的新皇帝。派遣众将帅追击桓玄，尚书王嘏率百官恭迎圣驾。司徒王谧与众人推举刘裕管理扬州，刘裕坚辞不肯。于是以王谧为录尚书事，兼任扬州刺史。后又推举刘裕为使持节，统管扬州、徐州、兖州、豫州、青州、冀州、幽州、并州八州军务，领军将军、徐州刺史。
义熙十三年(417)正月，刘裕率水军讨伐羌姚泓，留下彭城县公刘义隆镇守彭城。大军挺进留城，路过张良庙，刘裕感叹道：“大德不忘，全仗祀典。张良一代英才，知时讠音变，堪称帝师。拯济时世，灭项羽定汉业，功劳可比伊尹、吕尚，德高义重。今路过沛县，停驾留城，看到张良庙残破荒草丛生，塑像模糊不清，睹物思人，令人叹息。建议重修残破的庙宇，再塑金身，以抒怀古幽情，缅怀不朽的英烈。”
“我听说先王治理天下，重奖功德之臣，因而能建功立业，国运兴隆。
桓玄获悉皇甫敷等人都覆没了，更加恐惧。派遣桓谦驻扎东陵口，卞范之驻守覆舟山西侧，两地驻军合起来有二万人。早晨，起义军用完早饭后，丢弃剩余粮食，进至覆舟山东侧，派原是乞丐的士兵在山上插旗，迷惑敌人。桓玄又派武骑将军庚礻韦前来，配以精兵锐器，援助桓谦等人。刘裕身先士卒冲向敌军，将士都奋力死战，无不以一当百，喊杀声震天动地。当时东北风大，刘裕就下令放火，烟火遮天蔽日，击鼓声、喊杀声震动京师。桓谦等各路军，一时间土崩瓦解。桓玄当初虽然派兵布阵，但已打定了逃走的主意，嘱咐领军将军殷仲文在石头城备好船，带着他的子侄渡江南逃了。
“昔日桓玄篡位，祸国殃民，你忠心耿耿，气冲宵汉，挺身而出，奋勇伐贼，收复京师，恭迎皇帝归位。你的忠义仁德自那次勤王时就表现出来了。指挥大军，挺进峥嵘，收复南郢，剿灭起义军，斩其头领，这是你的功劳。开源节流，予民休养生息，户口日增，疆域逐渐拓展，民风淳朴，刑罚严明，天下安定。这又是你的功劳。鲜卑偷袭三齐，鲸吞青、冀，虎视沂、岱州，不断在边境挑衅，你亲率大军远征，击溃鲜卑，开拓疆域三千里，树我大晋虎威于大漠。这又是你的功劳。卢循妖贼，割据岭南，乘朝中空虚叛乱肆虐，攻陷江、豫两州，震慑宇内，危及京城，朝野沮丧，人心动摇，百姓打算迁徙，国家计划迁都。你率军南进，视危险如坦途，运用奇谋打得卢贼大败南逃，保我社稷、黎民。这又是你的功劳。派偏师渡海，指日即至番禺。番禺一战，俘虏斩首一万余，左里大捷，起义军作鸟兽散。卢循远遁，还是被斩首示众。自此南方安定，蛮族来朝。这又是你的功劳。刘毅叛变，在西夏挑衅发乱，不敬主上，暴虐妄为，拉帮结党，窥视京城，你依照刑法，很快灭掉了他，荆州、衡州重新太平。这又是你的功劳。谯纵乘乱获利，割据一隅，私自为政，三巴沦陷。你派偏师，授之以良策，溯黄河而上，灭了谯纵，平定梁、岷，这又是你的功劳。司马休之、鲁宗之联合叛乱。你研究对策，出师江津，快如闪电，回卫沔州，令贼震慑。两贼逃跑，荆雍平定。这又是你的功劳。永嘉年间国运衰落、朝纲不振，周边夷族进犯中原，国家四分五裂，亡国灭种之祸迫在眉睫。你统率雄师，打出捍卫王室的大旗，分派众将北定司州、兖州。兵锋所指，许州、郑州之敌溃败，巩州、洛州平定，夷族的州牧和叛将，纷纷归降。百多年的积弊，一朝扫除涤尽。这仍是你的功劳。
七月初十，起义军从蔡洲南撤，回寻陽驻扎。刘裕派遣辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间太守蒯恩追击。刘裕回到东府，大规模扩建水军，船只都是有高楼的大舰，有十几丈高。卢循派他的大将荀林进犯江陵。桓谦先从江陵逃往后秦，后又从后秦进入四川，谯纵让他当荆州刺史。桓谦和谯道福率兵二万人，进攻江陵，正好与荀林同时，相隔一百多里。东晋的荆州刺史刘道规在枝江斩杀了桓谦，在江津击败荀林的军队，追杀到竹町，斩杀了荀林。
永初二年(421)春正月十二日，驾临南郊宗祠，大赦天下。十七日，禁止涂饰用金银。委任扬州刺史庐陵王义真为司徒，尚书仆射、镇军将军徐羡之为尚书令、扬州刺史。二十七日，南康揭陽蛮叛乱，郡县派兵讨伐击败之。三十日，禁止丧葬使用铜钉。撤销会稽郡府。
六月，慕容超派遣五楼和广宁王贺赖卢首先占据了临朐城。听说晋朝大军到了，留下年老的瘦弱的士兵守广固，其余的全部出击。临朐有一条巨蔑河，离城四十里。慕容超告诉五楼：“赶快去占领它，晋军得到了水源，就很难击败了。”五楼率骑兵急进。晋龙骧将军孟龙符率领骑兵打先锋，急驰争夺巨蔑河，五楼败退。
青州并入兖州。
先前山川湖泽都被豪强霸占，百姓砍柴捕鱼都要纳税，刘裕下令免征。当时百姓居无定所，刘裕上书说：
天子下诏说：
元熙元年(418)正月，皇上派使者征召刘裕入京辅佐朝政。重申前令，晋刘裕爵位为王，划徐州的海陵郡、北东海郡、北谯郡、北梁郡，豫州的新蔡郡，兖州的北陈留郡，司州的陈郡、汝南郡、颍川郡、荥陽郡等十郡，增补给宋国。七月，刘裕接受任命，赦免国内五年以下徒刑的罪犯，将都城迁到寿陽。任命尚书刘怀慎为北徐州刺史，镇守彭城。九月，刘裕辞去扬州刺史之职。
先前各州郡送来的秀才、孝廉，多是滥竽充数。刘裕上书天子，请求遵循旧制，用考试的办法加以甄别。
“刘裕君，四海之内，谁不知你的居心？你何必还想欺诈国人呢！天地所不容的，不是司马休之，而是你刘裕！来信说‘期望相见，由来以久’。今伐我主，夺我利益，真是‘期望相见，由来以久’啊！刘藩死于宫内，诸葛长民死在你的爪牙之手。好话说得使地方命官惊诧，却又派兵袭击他们。于是宫廷内没有坦诚之士，宫廷外没有诚信的诸侯。为了篡位，你这样做，真是可耻啊！你府内的将士官佐和朝廷贤德之士，提着身家性命度日，内心早已企望太平，我确实愚笨低下，但曾听有德君子说过‘一仆不侍二主’。以司马休之高尚的品德，难道不能胜任朝廷授予的官职吗？他没有自投虎口，比起郗僧施、任集之等人确实高明些。假若上天要使天下长期动乱、暴虐横行，我当与臧洪同归冥府。不必再多言了。”
刘裕先派冠军将军檀道济、龙骧将军王镇恶从陆路向许昌、洛陽进发。沿路把守的羌人都望风而降。驻守仓垣的羌人兖州刺史韦华也率众归顺，刘裕又派北兖州刺史王仲德率水军沿黄河挺进，在东郡凉城打败索虏，进军平定滑台。十月，各路大军会师洛陽，围攻金墉，姚泓弟弟平南将军姚氵光投降，刘裕派人将他押送回京师。又修缮东晋五帝陵墓，派兵把守。
“你亲率兵马远征江陵，江陵百姓莫不惊骇。为什么？因为不知你为什么出师。今承蒙赐信，才知是因为谯王事件，更感叹息。司马平西忠贞爱国，待人接物的风度可比古之贤人。因为你有匡复社稷之功，为国家所倚重，衷心推戴你，事事向你咨询。谯王往昔因为小事被弹劾，尚且上书请求降职，何况是大过失，他怎会置之不理呢？但康之先前没有说清楚，因而又派胡道去表白自己的想法。胡道还没来得及回来，你已上书废除康之王位。康之未能达到目的，真是命啊！寄托相互的思念，应当如此吗？有什么不妥的，就兴兵讨伐！自从义军掌权以来，各地官员，谁敢不先向你请示，而径直上书皇上呢？谯王被宰相指责，你又上书请废其王位，他到底有什么错，你上书究竟是为什么，真是‘欲加之罪，何患无辞！’
于是重新划定州界，只有晋陵附近的徐州、兖州、青州不在重新界定之列。许多由北方流亡来的郡县，多被合并裁汰。
听说晋军将到，慕容超的大将公孙五楼劝他说：“应占据大岘，割掉粟苗，坚壁清野以待来敌，晋军远道而来没有粮草，想交战又不能，一、二十天之后，就可折断刑杖鞭笞他们了。”慕容超不听，说：“敌军远道而来，肯定不能长久有战斗力，一旦引他们过了大岘，我用精锐的骑兵去攻打，不用担心不会击败他们，哪用得着先毁庄稼，自己先示弱于人呢。”在刘裕即将出兵时，谋士们认为，鲜卑人听说大军去讨伐他们，一定不敢迎战，如果不截断大岘，就会坚守广固，割粟苗坚壁清野，来断绝三军的粮草，这样不只是很难成功，而且还会回不来。刘裕说：“这件事我考虑成熟了，鲜卑人贪婪，想不到这么远，贪图眼前小利，他们舍不得粟苗。认为我们孤军深入，不能长久作战，只能进驻临朐，退守广固。我军一旦进入大岘，将士们就没有后退的想法。带领怀有必死之心的军队，对付怀有野心的叛逆，何愁不成功！他们不能坚壁清野牢固死守，是替各位保护财产。”刘裕进入大岘后，用手指着天说：“我们大功告成了。”
当初，燕王鲜卑人慕容德在青州僭越称帝，他死后，他哥哥的儿子慕容超继位，先后多次在边境制造祸患。义熙五年(409)二月，在淮河以北大肆掠夺，俘虏了陽平太守刘千载、济南太守赵元，驱逐抢掠了一千多家。三月，刘裕发布北讨的檄文，委派丹陽尹孟昶兼管中军留守处理开府事务。四月，水师从京师出发，沿淮河进入泗水。五月，到下邺，留下舰船辎重，用步兵进攻琅王牙郡。每过一处都筑城派兵留守。戍守梁父、莒城的鲜卑人都逃跑了。
元熙二年(420)四月，晋帝征召刘裕入京。六月，刘裕到京，晋帝将王位禅让给刘裕，下诏说：
义熙十年(414)，减轻徭役让民休养生息，修建东府。
自晋朝中叶以来，政治腐败，豪强恃强凌弱大肆兼并土地，百姓流离失所，家产得不到保障。桓玄很想整改，但做不到。刘裕辅佐朝政后，颁布法规昭告天下，于是豪强大为收敛，人人知禁令。这时会稽余姚虞亮藏匿一千多人的户口，刘裕知道后处死了虞亮，免去会稽内史司马休的职务。
十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧去世。
三月三十，吴甫之领兵到江乘。甫之，桓玄的猛将，他的部队很精锐。刘裕亲自拿着长刀，高喊着冲向敌军，所向披靡，很快就杀了甫之。进军到罗落桥，皇甫敷率数千余人迎战。宁远将军檀凭之和刘裕各领一队人马，凭之战败被杀，其部下溃败逃散。刘裕越战越勇，前冲后突，在约定时间内打败了敌军，击毙了皇甫敷。当初刘裕与何无忌等人共筹大计时，有个善看相的人说刘裕和无忌等人都会大富大贵，很快就会应验，只有檀凭之无福。刘裕与无忌私下谈论说：“我们几个已是风雨同舟，按理应无差异。如果我们都大福大贵，檀凭之就不应该例外。”觉得相面人的话不可思议。到了檀凭之战死的时候，刘裕知道他的事业必定成功。
皇上加封刘裕为镇西将军、豫州刺史。刘裕坚辞不受太傅、州牧之职和班剑，奉还黄钺。
当初刘裕东征卢循，何无忌跟随到山陰，他劝刘裕在会稽起义。刘裕认为桓玄未篡皇位，而且会稽距京城遥远，起义成功难，等他篡位的事实彰著后，再在京口起兵，定能成功。这时桓修回京师，刘裕借口伤口疼痛，受不了陆路行走之苦，与无忌坐船同回京城，共谋复兴王室之计。于是与弟道规、沛郡刘毅、平昌孟昶、任城魏咏之、高平檀凭之、琅王牙诸葛长民、太原王元德、陇西辛卢兴、东莞童厚之共同筹谋。当时桓修弟桓弘为征虏将军、青州刺史，镇守广陵。道规是桓弘的中兵参军，孟昶是主簿，刘裕派刘毅秘密前去与孟昶接头，在江北聚结力量，图谋起兵杀桓弘。长民是豫州刺史刁逵左军府参军，计划在历陽响应。元德、厚之准备在京城聚集力量攻打桓玄，并约定同时起义。
“老天爷保佑我晋朝，派来英才。使持节、都督扬徐兖豫青冀幽并江九州军事、镇军将军、徐、青二州刺史刘裕，忠心耿耿，神武命世，选贤任能，恪守信义，忠义之士云聚他的麾下。他振臂一呼，天下响应。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，率领水师出击，斩杀了起义军首领，回师又平定了荆、汉。这样，皇位稳固，我又登基。他们的功德，我永记在心，镇军将军升为侍中、车骑将军、统管全国军事，使持节、徐青二州刺史职务照旧担任。”
当初卢循逃走的时候，刘裕知道他必定进犯江陵，立刻派遣淮陵内史索邈率领骑兵从陆路援助荆州。又派建威将军孙委高率士兵三千，从海路袭击番禺。江州刺史庚悦到五亩峤，卢循已派一千多人占据山道，庚悦的前锋鄱陽太守虞丘进击溃了起义军。刘裕已治理好军务。十月，率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶等水师南征。让后将军刘毅兼任太尉留守郡府，后方的事情都委托给他。
闰二月，府内大将骆冰谋划叛乱，将要被抓时，一个人骑马逃走，刘裕追上去斩了他。杀骆冰的父亲永嘉太守骆球。骆球本来是东陽郡史，孙恩起义的时候，他在长山起兵镇压，所以得到提拔。当初桓玄战败，因为桓冲的忠贞不贰，给他的孙子取名为桓胤。到此时骆冰谋划让桓胤称帝，与东陽太守殷仲文暗地勾结。刘裕于是斩杀了殷仲文以及他的两个弟弟。到这个时候，桓玄的残党余孽，都被处死了。
“皇帝臣刘裕，用黑公畜祭祀天地，昭告皇天后土。晋帝退位，是气数已尽，蒙上天垂青，传位于我。立君治世，天下为公，有德之人当皇帝，是众望所归。上至唐虞，下至汉、魏，莫不以上智之人治天下，功高之人居帝位，因而能拯济百姓，垂训天下。晋朝自东迁之后，四维不振，宰辅无靠，为时已久。隆安年间灾难降临，元兴年间终成大祸，皇帝流离，宗庙坠毁。我虽地处偏僻，又无一支军队，但仰激于义愤，俯怜惜百姓之苦，振臂疾呼，揭竿而起，匡复王室。扶危济困，铲除叛逆。确是兴废有定期，衰亡有定数。至于再造晋室，拨乱反正赈济百姓，全靠乘乎气运，才担当了如此重任。外族慕仁义，派使来朝，普天之下心悦诚服，接受训导。及至三灵降迹象，山川告吉祥，新主将出现，愈来愈明显。因此公卿士人，黎民百姓，都说上天降下了旨意，晋朝又诚恳禅让，天命不可以久违，皇位不可以空缺。我迫于众议，恭受大礼。
晋军稳步前进，战车四千辆，分为左右两翼，成方阵徐徐前行，车子全部蒙上青布，驾车的人手持长槊。又把轻骑兵作为机动部队。军令严肃，队伍整齐。在离临朐几里的地方，燕军精锐的骑兵一万多人，先后都到了，刘裕命令兖州刺史刘藩、刘藩弟并州刺史刘道怜、谘议参军刘敬宣、陶延寿、参军刘怀玉、慎仲道、索邈等，合力攻打。太陽偏西时，刘裕派谘议参军檀韶直奔临朐。檀韶率领建威将军向弥、参军胡藩急驰前往，当天攻下临朐城，砍断燕军牙旗，缴获慕容超的全部辎重。慕容超听说临朐城已被攻克，带领大军逃走，刘裕亲自带兵追赶，燕军狂奔不已。慕容超逃到广固。晋军俘获了慕容超的马匹、车辇、玉玺、豹尾等物，送到京师。斩杀了段晖等十几名大将，杀伤俘虏的士兵数以千计。
史臣说：“汉朝坐江山四百年，据有皇祚时间超过周朝。虽然有过动荡，但百姓归附刘氏，黎民百姓，忠于汉朝之心未改。魏武帝只以武力压服民众，虽然拥有天下，皇祚易人，江山改姓，但民未忘汉。到了曹魏衰败孤零，民怨鼎沸，天下大乱。晋主凭借宰相权力，乘机擅专大权，建立王业。晋朝南迁后，福星离去，朝中大权，旁落台辅。国君虽然名存，但权力实亡已久。桓温雄才盖世，功高一时，取代晋主的大业已成，上天之望即改。自此以后，晋室更加衰败。元显年间酿成大祸，桓玄利用时机，又凭借先父留下的基业，图谋篡权，百姓与之同心。高祖地位不如桓、文，又无一支军队，在短时间内翦除凶暴，恢复晋室，外清夷敌，内除奸贼，功盖天下。江山改姓，祀天改制，民心去晋，异于延康年初，功实静乱，又殊于咸熙之末。所以恭皇逊位，如释重负。若要细究其理，魏晋采其名，高祖收其实。盛哉！
即将举行授官仪式，刚好碰到“四”这个不吉祥的日子。刘裕幕僚郑鲜之、诸叔度、王弘、傅亮上书请求换个日子，皇上不同意，下诏说：“江陵积弊甚多，事故频频，百姓疲惫，田畴荒芜，府库空虚。加上过去的政令苛刻模糊，劳役繁重，百姓食不果腹。即使全家老少都去服役，也满足不了需要。我常常想起百姓的疾苦，寝食不安，确实该废除苛政，让民休养生息，望你在一月之内革除陈规陋习，使政局焕然一新，教化有序。荆州、雍州、西局、蛮府府臣及服役十二年以上的士兵，或年达六十岁以上，以及负有抚养幼小责任，或一个男丁的困难户，都让他们回家。那些生活困难难以生存的，给予赈济，州府勤恳之士，根据功劳提拔选用，免去今年租税。”
朝廷开始重金招聘守城勇士，投身效力朝廷的人，都委以京城的官职。征发老百姓修建石头城，建牙城，戒备森严，当时有人主张分兵把守各要塞。刘裕认为：“敌众我寡，如果分兵驻守，敌人会摸清我们的虚实。况且一地失利，就会沮丧三军的士气，现在将军队集中在石头城，调遣起来机动灵活，既可以让敌人无法知道我军的人数，又可以集中力量。如果部队需要转移，待以后再说吧。”把军队转移驻扎在石头城，在淮河中设栅栏隔断了查浦。不久起义军大部队到了，刘裕分析说：“敌人如果在新亭向前挺进，就锐不可挡，应当躲避，胜败就难以估量，如果停泊在西岸，那么就要成为我们的俘虏。”
当初刘裕平定齐时，还有平定关、洛之意，因卢循袭击后方，未能如愿。荆、雍州平定后，又图谋向外拓展疆域，恰逢羌王姚兴死，其子姚泓继位，兄弟相互残杀，关中动乱。刘裕任征西将军、司州豫州刺史，乘机北伐。他委任长子为徐、兖州刺史。发布文告说：“我倡导大义，首先从本州做起，努力匡复王室，建立功勋，外灭劲敌，内除奸贼，都是国人共同竭诚努力的结果。情义日月可鉴。今奉旨西征关河，小儿本不应当担任官职，今又加官封职，实在令我心绪郁结，越来越严重。想到国不富民不强，我更是心急如焚。罪犯关押了五年以上的都释放回家，再作良民。文臣武将劳碌多年而未得升迁的，都可按资历深浅上报。”
刘毅等各路人马又进军到夏口。刘毅攻鲁城，刘道规攻偃月垒，都攻克了。十二月，各路军挺进平定巴陵。
“如今荆、雍义众，自发集结，人数众多。岂是我这个无德之人所能招集的？全靠宗庙之灵保佑所致。加封文思为振武将军、南郡太守，宗之儿子竟陵太守鲁轨为辅国将军。我现与宗之统率大军，据守江津，屯兵抵抗，相机出击，今兵锋所指，只是刘裕父子。早就应该扫除叛贼，传来捷报。只是我位低软弱，致使刘裕凌虐横行，真是无颜见人。”
“我听说先王治理国家，用有功之人，尊贤达之士，给他们封侯封地，褒以殊荣，给以信物，功臣贤能因而辅佐王室尽心尽力，国运昌盛，你功德盖过古人，而没给你殊荣，我真昏愦啊。今加封你为相国，将徐州的彭城郡、沛郡、兰陵、下邳、山陽、广陵郡，将兖州的高平、鲁郡、泰山十郡封给你，封为宋国公。”
诸君，或世代忠良，或身受皇恩，却都向狡诈的小人低头，自己都会觉得这样做没道理，对照周礼，难道不感到羞耻吗？今日举旗起义正是醒悟的好机会，我刘裕没有名望，才不如古人，接权于起义之初，受命于既倾之时。赤胆忠心未昭示于众时，就感慨愤怒，跃跃欲试，仰观云霄星汉长久地怀念，斜看山河豪情壮志日增。接受檄文之日，心思已奔向了朝廷。
元兴元年(402)正月，骠骑将军司马元显率军西进讨伐桓玄，桓玄亦率荆楚大军，南下讨伐元显。元显派镇北将军刘牢之抵御，刘裕协助刘牢之。刘牢之率部到溧洲。桓玄到了，刘裕请求发起攻击，没得到同意，刘牢之打算派儿子敬宣到桓玄营中讲和。刘裕与牢之外甥东海何无忌联袂坚决谏阻，牢之不听。派遣敬宣到桓玄营中。桓玄攻克京师，杀害元显，任命牢之为会稽内史。牢之恐惧，对刘裕说：“桓玄很快就会剥夺我的兵权，大祸即将临头啊。现在应当向北边的高雅靠近，在广陵起义，你能随我一起去吗？”刘裕答道：“你率精兵数万，望风而降。桓玄新得志，威震天下。三军人心，都向他了，广陵岂能去得了！我看还是归顺他退回京口吧。”牢之起义后自缢身亡。何无忌问刘裕：“我该到哪里去呢？”刘裕说：“镇北将军起义肯定难免一死，你可随我回京口。桓玄若能守臣节北面侍君，我就与你归顺他；否则，与你共击之。现在正是桓玄骄横为所欲为之日，肯定要用我们。”桓玄堂兄桓修领抚军衔镇守丹徒，任命刘裕为中兵参军，军队编制、郡辖范围不变。
闰八月一日，下诏说：“晋代的皇帝及藩王陵墓守卫，予以保留。名贤先哲，为前代所敬重，或立德有节义，或平息动乱庇护百姓，坟茔离得不远的，都宜祭祀。主要人物逐个登记以便知晓。加封特进、左光禄大夫孔季恭为开府仪同三司。”
皇上下诏尊奉豫章公母亲为宋国太妃，长子为中军将军，辅佐相国府。委任太尉军谘祭酒孔季恭为宋国尚书令，青州刺史檀祗为领军将军，相国左长史王弘为尚书仆射。其余百官设制都依晋朝旧例，又下诏准许宋国官员在所封十郡之外也可拜官授职。
尚书左仆射王愉、王愉的儿子荆州刺史王绥等人，是江东的名门望族。王绥少时名气就很大，因为刘裕出身平民，很是看不起他。王绥，还是桓玄的外甥，也有夺取王位的志向。刘裕都杀了他们。
隆安四年(401)五月，孙恩又攻克了会稽，杀卫将军谢琰。十一月，刘牢之再次领兵东征，孙恩败退。牢之驻扎上虞，派刘裕戍守句章城。句章城矮小，士兵又不到数百名，刘裕常常披坚执锐，身先士卒，每战都冲锋陷阵，起义军这才退回浃口。当时东征的各路将领，由于治军不严，士兵肆暴抢掠，为老百姓所憎恶。只有刘裕一路法令严明，所到之处无不受到老百姓的热烈欢迎。
冬十月二十二日，委任凉州少数民族首领大沮渠蒙逊为镇军大将军、开府仪同三司、凉州刺史。二十八日，驾临延贤堂听诉讼，任命员外散骑常侍应袭为宁州刺史。
刘裕北伐的时候，徐道覆还有伺机而动的野心，劝卢循乘虚而出，卢循没有听从。徐道覆就到番禺(广东)劝说卢循：“我们居住在南岭以南，难道真的只能限此一隅，只是因为打不过刘裕罢了。如今他在围攻固若金汤的广固城，不知什么时候才能攻下。乘这个时候，用归乡心切的将士，偷袭何无忌、刘毅的部队，成功易如反掌。不趁这一有利时机而图保全暂时的平安，如果刘裕平定南燕之后，稍稍休养生息，过不了一、二年，一定有檄文征讨你。如果刘裕亲自率军队到豫章，派遣精锐的部队越过南岭，即使将军再勇猛，恐怕也抵不住。现在这个机会，万万不可错过。如果占领了他们的都城，捣了他们的老巢，刘裕即使回师，也无能为力。”卢循听从了他的话，于是带兵越过了南岭。同月，攻克了南康、庐陵、豫章三郡，各郡的郡守都弃职逃走。此时平定南燕的消息还未传回，天子派使者骑马告诉刘裕，刘裕刚刚攻下南燕国，想在下邳休整，进而平定河、洛，但不久朝廷的使臣到了，当天就班师回朝。
义熙十四年(418)正月，刘裕到彭城，休整部队，任命辅国将军刘遵考为并州刺史，兼河东太守，镇守薄坂。刘裕辞去司州刺史，任徐州、冀州刺史，坚决辞让宋王称号。
起义大众推举刘裕为盟主，并在京城传递檄文，檄文说：
“我虽昏聩，不明大道，但知借鉴历史兴衰。为顺民心，我将退位离官，禅让于刘裕，遵循唐虞、汉魏旧例。”
二十日，下诏说：“主上处理文案很多，众官奏议，宜清晰明审。奏章总称叁详，文字要简洁。提意见，应指名道姓；意见不一，可照旧上书。”又下诏说：“各地冬季使节，有的派了有的未派，事役宜减省，现在都可停止。元正大庆，不在此之列。郡县冬季派使臣拜诣州和都督府，也停止。”
诸葛长民过了约定的时间还不能起事，刁逵拘捕了他，并押送石头城，还未到桓玄就失败了。
义熙十一年(415)八月二十日，刘裕自江陵回京城，将黄钺还给皇上，坚辞太傅、州牧之职，不受羽葆、乐队。朝中大臣认为刘裕德高望重，不必再对皇上拘于臣礼，亲自统率大军，宜给他特殊待遇，上书时不必再称皇上了，委任刘裕长子为兖州刺史。
义熙四年(408)正月，天子召刘裕入朝辅佐，加封为侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书，照旧担任徐兖二州的刺史。刘裕上书辞去了兖州刺史一职。先前，派冠军将军刘敬宣讨伐四川的叛逆谯纵，无功而回。九月，刘裕以派刘敬宣讨伐无功，请求降职，天子不恩准。于是降为中军将军，开府的官职照旧担任。
任命孟昶为长史，总管后勤事务，檀凭之为司马。百姓愿意追随的千余人。
秋天七月二十三日，发生地震。
抚南将军刘毅上书请求南征，刘裕写信给刘毅说：“我以前常和起义军作战，知道他们的战术，他们近来又接连获胜，不可轻视。最好等我休整完毕，我们一同前往。”又派刘毅的堂弟刘藩去制止他。刘毅不听，率水师两万从姑孰出发。卢循北上，派徐道覆向寻陽进攻，自己进攻湘中的各郡。荆州刺史刘道规派兵到长沙迎战，被卢循打败。起义军直入巴陵，准备攻江陵。徐道覆听说刘毅率军沿江西上，派人报告卢循说：“刘毅的军队很强大，成败在此一举，应该合力击败他。如果这次胜利了，夺取天下就没有什么问题了。根本安定了，就不用担心枝叶不平定。”卢循当天从巴陵出发，与徐道覆联手东下。另外有艚舰九艘，舰上有四层楼，高十二丈。刘裕因为南方诸郡失守，上书请求免职，皇上不允。五月，刘毅在桑海洛洲(今江西九江)被击败，弃船从陆路逃走，其余逃走不及的人，都被起义军俘虏。卢循刚到寻陽时，听说刘裕已经回来了，不相信。击败刘毅的军队后，询问凯旋将士，都相顾失色。卢循想退回寻陽，占领江陵，占据两地来对抗晋军。徐道覆认为应当乘胜追击，据理力争，商讨几天后，才被采纳。
刘裕接受了中外大都督的职务后到司州，谢绝了大司马琅王牙王的礼物，朝中谋士都赞同其做法。刘裕想以仁义的名声使远敌归附，于是尊奉琅王牙王北伐。五月羌人黄门侍郎尹部率兄弟归顺刘裕。皇上加封刘裕为北雍州刺史，赏赐羽葆、乐队，班剑增至四十名，免去中书监职务。八月，刘裕率大军从京师出发，委任长子为中军将军，管理太尉留守府事务。委任尚书右仆射刘穆之为左仆射，主管监军府、中军府军务，住进东府，总管大小事务。九月，刘裕到彭城，任徐州刺史。
划荆州十郡建湘州，归刘裕督治，任命西陽太守朱龄石为益州刺史，率军伐蜀，皇上加封刘裕为太傅、扬州牧，赐给羽葆、乐队，班剑二十名。
十三年(417)二月，冠军将军檀道济等到达潼关。三月，大军到达黄河地区。索虏率步兵、骑兵十万，据守在黄河渡口。刘裕亲自指挥兵马渡过黄河，打败了索虏。刘裕到洛陽。七月，到达陕城，龙骧将军王镇恶伐木造船，从黄河进入渭河。八月，扶风太守沈田子在蓝田大败姚泓。王镇恶攻克长安，活捉姚泓。九月，刘裕到了长安。长安富足，府库殷实。刘裕首先收缴青铜器、浑天仪、地图等物，献给皇上；其他珍珠宝物都赏给战将。押送姚泓回建康，斩首示众。刘裕拜谒汉高祖陵，在未央殿聚会文臣武将。
治乱相沿袭，天理不常兴，狡黠放纵横行，偶尔遇上君主圣明。我大晋朝，皇位一再变更，尤其是自隆安以后，皇室难以集在一起，忠臣死于虎口，善良毙于豺狼。叛逆之臣桓玄，是凌虐百姓的魔鬼，屯兵荆郢，肆虐京师。苍天没灭掉这个祸害，凶残的势力得到了发展昌盛，一年多点时间，就推翻了皇位。皇上被送到遥远的地方，流离失所，神器沉沦，宗庙坠毁。夏朝灭于浞、豕壹，汉朝亡于王莽、董卓，将桓玄比作浞、豕壹、莽、卓，还不足以形容其罪恶。桓玄篡位，到现在已一年了，长久的大旱，民无生气。加上士子庶民疲于传送运输，文武百官困于大兴土木，父子离散，夫妻分离。上观天文，下察人事，倘若桓玄的胡作非为能够长久，还有什么会死亡呢。凡是有良知的人，谁不扼腕痛惜。这就是刘裕等义愤填膺，揭竿而起，不愿安居的原因。因此以前依附桓玄，现在揭竿而起，联合劝勉忠烈之士，秘密共同筹谋大计，险些因出差错而被镇压。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏泳之、宁远将军刘道规、龙骧将军刘藩、振威将军檀凭之等人，忠烈之气能截铁斩钉、冲霄汉，拿起武器，号召民众，立志完成上苍赋予的使命。益州刺史王璩，在万里之外响应，平定了荆楚。江州刺史郭昶之，恭迎皇上，在寻陽建造宫殿。镇北将军王元德等，率领部下，收复了石头城。扬武将军诸葛长民，网罗义士，已占历陽。征虏参军庚赜之等，暗中联络，作内应。同心协力，各地并举，就在当天斩了桓玄的徐州刺史安城王修、青州刺史弘。起义将士已经集结，文臣武将奋勇争先，都认为没有一人领头，则难成大事。我刘裕坚辞不许，不得已总领军政要务。希望上靠祖宗保佑，下凭义众之力，翦除叛逆，平定京师。
永初三年(422)春正月一日，下令无论轻重刑罚，都要比原来减轻些。九日任命冀州刺史王仲德为徐州刺史。十日任命尚书令扬州刺史徐羡之为司空、录尚书事，刺史之职照旧担任。晋升抚军将军、江州刺史王驻为卫将军，开府仪同三司、太子詹事傅亮为尚书仆射，中领军谢晦为领军将军。十二日，委派辅国将军毛德祖为司州刺史。二十二日，下诏说：“古人建国治国，教育为先，弘扬正气训导世人，莫不依靠教育；启蒙开智，亦从教育开始。因此从古至今，盛世帝王莫不尊重学术，修建学校。昔日动荡，戎马倥偬，旌旗漫卷，无暇顾及。导致学校荒废，讲诵之声不闻，训导教化之风，几乎荡然无存。青年人胡作非为，老年人私下叹息。就像《国风》思念过去，《小雅》怀念古远。今天下太平，有识之士，盼望早日重建学校。宜延请贵族之后，奖励启蒙教育，选拔儒官，重振国学。主管人要参照过去的办法，即时实施。”
卢循在广州的守兵对海道没设防。同月，建威将军孙季高从海路突然到广州，起义军的城池高峻严整，守城的士兵有几千人。季高焚烧了起义军的船只，全部上岸，从四面围攻，当天就攻下了广州城。卢循的父亲乘小船逃往始兴。季高安抚老百姓，剿杀起义军将士，派兵好好守城。当初刘裕派遣季高出兵的时候，大家都认为从海路进攻遥远，一定很艰难；且分散了兵力，费时又很长。刘裕不赞同。天子诏令季高说：“大军在十二月底，一定打败起义军。你现在到广州去，捣毁他们的巢穴，让他们溃逃时，没有去处。”季高依命而行，如期成功。
高祖节俭简约寡欲，严肃认真讲究法度，不看重珍珠宝玉华车骏马，不爱奢靡丝竹之音。宁州曾进献虎魄枕，色泽艳丽。当时正准备北征，需用虎魄治疗刀槍伤。高祖非常高兴，下令捣碎虎魄枕，将虎魄分给众将。平定关中后，得姚兴侄女，美妙绝伦，高祖十分宠爱，以致荒废政事，谢晦进谏，高祖醒悟，马上打发她走了。钱财都收入国库，不藏于私家。宋宫建成后，有人上奏请东西厅堂使用局脚床、涂银钉，高祖不许；用直脚床、铁钉。诸公主出嫁，陪嫁赠送不过二十万，没有锦纟肃金玉相送，内外尊奉禁令，莫不节俭。高祖生性简朴，常着连齿木履，喜欢出神虎门散步，左右随从不过十余人，当时徐羡之住在西州，高祖很思念他，步行出西掖门，侍卫连忙追随，高祖已出了西明门。诸子早晨向高祖请安，高祖回家就脱去皇袍穿上便服，如同普通百姓。孝武帝大明年间，拆高祖居室建玉烛殿，武帝与群臣一起观看高祖居室。大臣们看到床头上有土，壁上挂的葛灯笼用的是麻绳，侍中袁..盛赞高祖俭朴素之德。孝武帝没回答，只是说：“一个田舍郎能得到这些，就很不错了。”由于这些高贵品质，高祖能一统天下，终成大业。
昔日我祖圣明，据有皇位。但明暗交迭，盈亏有期。如今上天抛弃我晋，由来已久。你有上圣之姿，具备二仪之德，明如日月，道合四时。昔日社稷倾覆，国运不济，朝野不振，叛逆肆虐，豪强割据。你怀柔之以仁义、震慑之以兵戈，拯救匡复我大晋。今上天已降征兆，图谶之文已明，人神的愿望已定。百工歌于朝，庶民颂于野，人人欢喜雀跃，等待新主。因此我上听天命，下顺民情，敬禅神器，传帝位于你。
义熙元年(405)正月，刘毅等抵江津，击败桓谦、桓振，平定江陵，皇帝归顺。三月，皇帝从江陵到了。下诏说：“我孤陋愚昧，加上命运不济，遭遇大祸。叛贼桓玄，乘机制造事端、穷凶极恶肆意妄为，欺诳国人，诬蔑人主，犯上作乱，篡夺皇位。祖宗的基业沦丧，宗庙被毁。
三月，高祖患病。太尉长沙王刘道怜、司空徐羡之、尚书仆射傅亮、领军将军谢晦、护军将军檀道济一起入宫侍奉汤药，群臣请求祈祷神灵，高祖不允许，只派侍中谢方明将患病之事禀告宗庙。五日委任司徒庐陵王义真为车骑将军、开府仪同三司，南豫州刺史。高祖病重。十七日，大赦天下。当时秦、雍流民都南迁到梁州。十八日，送绸绢万匹给梁州，又从荆州、雍州运来大米，命令梁州刺史发放给流民。十九日，亡命之徒刁弥攻入高城，被太尉留府守司马陆仲元消灭。
桓玄逃往寻陽，江州刺史郭昶之将事先准备好的皇室信物送给他。桓玄搜罗二千余人，挟天子逃往江陵。冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规率领军队追赶。
二十四日，下诏说：“古代帝王，巡视四方，体察民情，发掘宏扬美德，防止拯救灾祸，恩泽天下。我寡陋昏愦不如前哲，受天命，居万民之上，日夜思念，访求民苦，可派遣使臣巡视四方，褒奖贤良，问民疾苦。冤案错案，政令刑法苛严，有伤风化，违背民愿之事，都可受理。”下诏：“百官俸禄微薄，不如耕夫。虽然国家储蓄不多，但公私都要周济。俸禄比过去减半的，可恢复照旧。六军的俸禄基本适宜，不在此之列。其他官员，俸禄一向较少，也可酌情增加。”
义熙九年(413)二月九日，刘裕到江陵。当初诸葛长民骄婬贪婪，横行霸道，为当地百姓所痛恨。但因为他是刘裕起义的同谋者，刘裕宽容了他。刘毅被杀后，诸葛长民对亲信说：“去年杀彭越，今年诛韩信，灾祸就要临头了。”谋划叛乱。刘裕定好了回京的时间，但总是滞留不归。朝中大臣连日在新亭恭候，诸葛长民也来迎候。刘裕乘船不声不响地回了东府。诸葛长民来到东府门前，佣人引其进府。他不听亲信劝告，凡平时与他关系不错的人都同他一起来了。刘裕早已暗暗下令武士丁日午等人自幔帐后出来，拉倒诸葛长民的坐具，诸葛长民跌了下来。丁日午上前猛打，诸葛长民死在坐具旁边，刘裕派人用车装上诸葛长民的尸首送交廷尉，又杀其弟诸葛黎明。丁日午骁勇力大，时人称赞他说：“不要飞扬跋扈，否则交付丁日午。”
刘毅兄刘迈先在京师，起义前几天，刘裕派同谋周安穆告他，叫他到时做内应。刘迈表面上答应了，内心却很震惊恐惧。安穆见他惶恐，估计事情肯定会泄露，赶忙返回。当时桓玄委任刘迈为竟陵太守，刘迈不知该如何办才好，乘船欲去竟陵郡。这夜，桓玄写信给刘迈说：“北府人有何动向？你最近见到刘裕说了些什么？”刘迈以为桓玄已获知他们的密谋，早晨一起来就告诉了桓玄。桓玄惊恐，封刘迈为重安侯；后又怪罪他没有拘留安穆，让他逃了，就杀了他。杀元德、户兴、厚之等人。召集桓谦、卞范之等人商讨对付刘裕的办法。桓谦等建议：“速派兵攻打。”桓玄说：“不妥。刘裕兵力精锐，行动敏捷，若派兵去攻打等于去送死。如果先派水军迎战，恐怕又不足以与之抗衡，假如出了差错，刘裕就成了气候而我们就输定了。不如将大军集结在覆舟山等待刘裕的军队。刘裕军如入无人之地二百里，所向披靡没遇敌手，锐气肯定会受挫，等到了覆舟山突然发现这么多兵力严阵以待，肯定会惊慌恐惧。我们按兵不动固守阵地，不与他们交锋，他们想打打不成，自然会解散离去。这才是上策。”由于桓谦一再恳切请求出兵，桓玄于是派遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北上抗拒义军。
二十六日，改晋泰始历为永初历。
十六日，下诏说：“彭、沛、下邳三郡，首举义旗的地方，出力不少，应该嘉奖，自古如此，彭城桑梓之地，尤其应予奖赏，免税优待如同丰、沛。沛郡、下邳免租税三十年。”
同月，徐道覆率兵三万进犯江陵。荆州刺史刘道规又大败了他，斩杀万余人，徐道覆又回到盆口。开始刘裕派索邈入川，索邈在山道上被起义军拦截，直到徐道覆被击败后才到达四川。自从卢循南下，江陵方面与京城的音讯就断绝了，传递消息的人都说江陵已被占领。直到索邈回京后，才知卢循已经逃走了。
二十九日，给他们俸禄二千石，外加公田一顷。
徐道覆想在新亭、白石两地上岸后焚船。卢循犹豫不决，总想考虑出万全之策，对徐道覆说：“我大军还未到，孟昶就闻风自杀，就大势来说，晋军在数日内就会溃败。现在急于决定胜负，既然不是必由之路，况且还要损伤士兵，不如按兵不动等他们自败。”刘裕此时登上石头城观察起义军，开始看到他们向新亭方向进军，环顾左右，脸都变了色。不久起义军的舰只回头停泊在蔡洲。徐道覆还想前行，卢循阻止了他。这个时候，晋军陆续到京师附近集结，整修越城，修筑查浦、药园、廷尉三个堡垒，都派重兵把守。冠军将军刘敬宣驻守京城北郊，辅国将军孟怀玉驻扎丹陽郡西部，建武将军五仲德驻守越城，广武将军刘怀默驻扎建陽门外。还派宁朔将军索邈率领鲜卑人的虎斑铁骑一千多匹，都披上五彩的绸缎，从淮河以北赶到新亭。起义军站在一起观看，都很害怕；然而还希望京城和三吴之地有响应起义军的。卢循派十几只舰船排除石头城前栅栏，刘裕命令用神弩射击，起义军的舰船都被毁坏了，卢循于是下令停止攻栅栏。偷偷地派兵在南岸埋伏，派一些年老体弱的士兵坐在船上向白石城进发。刘裕担心起义军从白石城上岸，于是率领刘毅、诸葛长民从北面出击，留下参军徐赤特守卫南岸，命令他死守不要轻举妄动。刘裕带兵走后，起义军火烧查浦后上岸，徐赤特的守军被打败，战死失踪的有一百多人。徐赤特丢下余部，坐小船渡过淮河，卢循就率领几万人屯扎在丹陽郡。刘裕急忙率领军队回来援救。大家担心起义军过了江，都认为刘裕应当从小路回城避免遇敌。刘裕先前已分兵一路回到石头城，大家都不知道。让战士们休息，吃饱喝足之后，在南塘严阵以待。因为徐赤特违抗军令，处以斩首。刘裕还命令参军褚叔度、朱龄石率精兵一千多人渡过淮河。起义军几千人，都手握长刀和短兵器，精制的盔甲在太陽下闪光，跳跃着蜂拥而进。朱龄石所带的士兵大多是鲜卑人，善于徒步长矛作战，并且严阵以待。起义军的短兵不能敌，死伤了几百人，退走。在日落时，晋军也返回了。
刘裕坚辞不受。加封为录尚书事，又不受，屡次请求回到自己的属地。天子不许，派百官恳劝，又亲自到刘裕府第。刘裕惶恐，上殿请求，天子不好驳回。当月，刘裕很快就去镇守丹徒。天子又派大使去劝请，还是不接受。就改任刘裕管理荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，并总揽前十六州军事，原来的官职保留。于是不再任青州刺史，改任兖州刺史。
十七日，任命司空刘道怜为太尉，封为长沙王。追封司徒刘道规为临川王。委任尚书仆射徐羡之为镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，宋国领军檀道济为护军将军，中领军刘义欣为青州刺史。立南郡公义庆为临川王。又下诏说：“铭记功劳。国之大事，慎终追远，心之所重。从开始创业至今，已有十七年，一路坎坷，车马劳顿，东征西讨，没有宁日。靠将帅竭力、文武尽心，才安定国内并向外拓展，有所成就。远播威业，荡除寇贼，接受禅让之礼，登上至尊之位。有功之人无时敢忘，凡诚勤之士，宜同庆贺。酬赏标准，根据跟随我时间的先后而定。战亡者，厚加馈赠。”二十二日，立檀陽公义真为庐陵王，彭城公义隆为宜都王，第四皇子义康为彭城王。
义熙十四年(418)十二月，天子驾崩，大司马琅王牙王继位。
武帝本纪(三)
“天造草卉，树木管之，天造三级，教化天下。大道运行，选贤任能，兴衰更替，没有定期。禅让替代，由来已久。晋朝衰败，祸乱频繁，及至元兴年间，更是多灾多乱。三光换位，冠履易所。安皇流离，宗庙坠毁，纵览天下，皇祚已倾。相国宋王刘裕，天赐其圣德，灵武秀世，力挽狂澜，再造基业，挽大厦于既倾，征讨叛逆，收复失地，拓展疆土，多次俘获伪主，收复平定京都。蛮夷之地，大漠之乡，莫不来朝，沐浴皇恩。
天子重申先前的加封令，刘裕又一次坚辞，于是改封他为太尉、中书监，刘裕这才接受。他将黄钺还给天子，并辞掉冀州牧。
二十六日，迁神主入太庙，高祖亲驾奉迎。
平西将军、荆州刺史司马休之，为宗室所倚重，又得江汉民心，刘裕疑其有夺取王位的野心。休之哥哥的儿子谯王司马文思在京师招集任侠之士，刘裕逮捕了他，把他送到司马休之处，令司马休之处理。司马休之上书请废文思的王位，并写信给刘裕表示谢罪。义熙十一年(415)正月，刘裕逮捕司马休之的儿子文宝和其侄儿文祖，打入牢中赐死。刘裕率大军西征，又持黄钺，任荆州刺史。五日，从京师发兵，中军刘道怜监管留守府事务，司马休之上书说：
夏四月一日，下诏说：“祠庙太多，愚惑百姓，浪费钱财，为历代所禁止，先贤庙和功德祠以外的庙宇祠堂一律拆毁废弃。”三十日，驾临华林园听诉讼。二十一日，任命左卫将军王仲德为冀州刺史。
八月六日，西中郎将、荆州刺史宜都王义隆晋升为镇西将军。
桓玄称楚王，想篡夺皇位，桓玄堂兄卫将军桓谦派人问刘裕说：“楚王功勋卓著德高望重，四海归附。朝廷有禅让的意思，你意下如何？”刘裕已立志推倒桓玄，故意谦逊地答道：“楚王，宣武之子，功德盖世。晋室微弱，失民心已久，乘天运取而代之，有何不可。”桓谦高兴地说：“你认为可以，那就真的可以。”十二月，桓玄篡位，把天子送到寻陽。桓修入朝，刘裕跟他一起到京师。桓玄见过刘裕后，对司徒王谧说：“昨日看见刘裕，气度不凡，是人中豪杰。”每次游猎集会，都热情地邀刘裕同往，给刘裕的馈赠赏赐也很丰厚。刘裕更讨厌他。
四月，尊奉武陵王遵为大将军，承袭旧制。大赦天下，惟有桓玄一族的后人不在大赦之列。
十一月，天子重申前令，封刘裕为侍中，晋升为车骑将军、开府仪同三司。刘裕坚辞。皇上派百官恳劝。
义熙三年(407)二月，刘裕回到京师，准备拜访廷尉，安帝先召见了廷尉，刘裕的辞呈未被接受，进宫面陈推辞，天子才同意，很快刘裕回到丹徒。
征西将军、荆州刺史刘道规因病请求回归故里，义熙八年(412)四月，刘道规改任豫州刺史、后将军，豫州刺史刘毅取代他为荆州刺史。刘毅和刘裕同举义旗，复兴晋室，自诩为京城、广陵，功劳足与刘裕匹敌。他表面上拥戴刘裕，内心却极度妒恨。刘毅雄才大略志存高远，朝廷素有威望之士多归附于他。他还与尚书仆射谢混、丹陽尹郗僧施结为生死同盟。刘毅西戍江陵，豫州府的幕僚都自动追随他。刘毅邀郗僧施任南蛮校尉，刘裕知道刘毅不会甘居人下，终究是个对头，就暗地策划对付他。刘毅到了江陵，假称病重，上书请求派他的堂弟兖州刺史刘藩来当副职，刘裕假装应许。九月刘藩入朝，刘裕下令逮捕他和谢混，打入监牢赐死。他又上书请求讨伐刘毅，并凭借黄钺率大军西征，任命前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，派兖州刺史刘道怜镇守丹徒，豫州刺史诸葛长民监管太尉留守府事务。封太尉司马、丹陽尹刘穆之为建威将军，拨给他兵力。十一日从京师出发。派参军王镇恶、龙骧将军蒯恩打先锋突袭江陵。十月，王镇恶攻克江陵，处死刘毅及其同党。
兖州刺史辛禺心怀叛逆。恰逢北青州刺史刘该叛变，辛禺请命征讨刘该，到了淮陽，辛禺也叛变了。辛禺长史羊穆之杀辛禺，并把他的首级在京师传递示众。十月，刘裕任青州刺史。率披铠甲执锐器的卫队百人进入州衙。
桓玄哥哥的儿子桓歆，聚集兵力向寻陽进军，刘裕命令辅国将军诸葛长民迎击，桓歆败走。无忌、道规在桑落州大败桓玄大将郭铨，各路义军进据寻陽。皇上授权刘裕掌管江州军务。桓玄逃回荆郢后，大规模地招兵买马，招募水军建造楼船、制造武器，很快率兵二万，挟天子从江陵出发，顺江东下，与冠军将军刘毅等人在峥嵘洲遭遇，众将士奋勇拼搏，大败桓玄。桓玄丢下将士，又挟天子逃向江陵。桓玄同党殷仲文恭迎东晋二皇后回京师。桓玄逃到江陵后，想趁机西逃。南郡太守王腾之、荆州别驾王康产恭迎天子到南郡郡府。当初征虏将军、益州刺史毛璩，派遣堂孙毛..之与参军费恬护送弟弟的灵柩顺江而下，护灵柩有二百人，毛璩弟弟的儿子毛修之当时是桓玄的屯骑校尉，引诱桓玄入四川。桓玄到了枚回洲，费恬与毛..之迎击。益州督护冯迁砍下了桓玄的头，并将它在京师传看示众。接着又在江陵杀了桓玄的儿子。
“我孤陋愚昧，继位后，奸臣乘机当道，发乱推翻王室。祖宗基业，毁于一旦。但天不灭我大晋，派来英才刘裕，重振朝纲，挽大厦于既倾。刘裕大功大德，我确实靠他。今给他书信以嘉奖。
有人对桓玄说：“刘裕龙行虎步，相貌不凡，恐怕不愿为人下，宜早点打算。”桓玄说：“我正欲平定中原，只有刘裕能担此大任。关陇平定后，再作计议。”桓玄于是下诏说：“刘裕以少胜多，屡次打击了起义军的气焰。渡海追寇，十灭其八。诸将奋力作战，多数受过重伤。上自元帅下至将士，论功行赏，以表功勋。”
“我观察符运，天之命数委实在你。五纬升度，除旧之象屡次出现；三光历数，昭示布新之吉祥。图谶预言，已很明白，加上上天赐你英姿龙颜和人君仪表，耀如日月，传称‘惟天为大，惟尧则之’。诗云：‘有命自天，命此文王’，‘或跃在渊者’，终享皇位；‘勋格天地’者，必创大业。昔日曹魏亡传位于我晋；今天命已改，晋朝气数已尽，该从金德传位于宋王。今派使府节、兼太保、散骑常侍、光禄大夫澹，兼太尉、尚书宣范送来皇帝印绶。禅让之礼，遵循唐舜、汉魏旧例。望你允答人神，君临天下，不负上天之厚望。”
十三年(417)十月，天子下诏说：
二月十日，驾幸延贤堂策试各州郡秀才、孝廉。扬州秀才顾练、豫州秀才殷朗的对答皇上满意，都封为著作佐郎。
二月，卢循回到番禺，被孙季高击败，卢循收拾残兵败将南逃。刘藩、孟怀玉在始兴斩杀徐道覆。
“远古时代，谁人掌权，不得而知。但据文字记载，到三黄五帝时，莫不是上圣之人君临四海，止兵戈定天下。帝王，主宰万物的通才，君主，天下至公之人。上古之时，遵循此道，因此唐、虞不传位其子，而将王位禅让给仁德有功之人。
受禅礼毕，刘裕驾幸建康宫太极前殿。下诏说：“大赦天下，改晋元熙二年为永初元年，赐百姓爵二等级。鳏寡孤独难以生存者，每人赐谷五斛。过去的欠租欠债一律免除，荡涤伤风败俗，铲除贪赃婬盗，重树新风。被监禁之人，全都释放。违法犯禁者，遵循旧制剥夺官职，打入监牢。
义熙七年(411)正月初八，刘裕在京师整编军队，皇上加封他为大将军兼扬州牧，赐班剑二十名，原来的官职依旧，刘裕坚辞不受。凡在南征北战中战死的，都登记姓名赐给安葬费。尸首没运回的，派主帅去迎接运回亡者的家乡。
六月，刘裕接受了相国、宋王的称号和皇上赐赏的九锡。下令赦免这个月二十三日以前犯罪的罪犯(死罪除外)，救济那些鳏寡孤独不能生存的人，每人赐粟五斛，以度饥荒，府州的罪犯同等对待，其余的遵循旧制。
司马休之府录事参军韩延之，跟随司马休之多年，颇有才干。刘裕到江陵前，暗地派人送信给他说：“司马文思事件的缘由，远近皆知。去年派康之将文思送到司马休之处，是很尊重他了。但他毫不愧疚，又不上书请罪。司马文思知错不改，为天地所不容。我奉命西伐，只是讨伐他们父子而已。江陵境内的居民，都是被逼迫的，一概不追究。往年郗僧施、谢郡、任集之等，结党多年，专门为刘毅出谋划策，所以被灭。你等诸位，是一时被迫，原本不想挑衅。期望会晤你的愿望，由来已久。现在正是诸位回归的好时候。若大军出发，双方交锋了，我就分不清好人坏人了。因此将我的意思先告诉你，并请你转告他人。”韩延之回信说：
五月，高祖病危，告诫太子说：“檀道济是有才略，但无大志，比其兄檀道韶好驾御。徐羡之、傅亮也无异志，谢晦多次随我东征西战，谙悉机变，若有人图谋篡位，必是此人。以后让他远离京城，到会稽、江州去。”又亲自起草诏书说：“朝廷不必设有别府，宰相兼管扬州，可配备士兵一千人。大臣中如有擅自妄为者，宜派亲信监督，以防心怀不轨之人，有征讨战事，都配台见(监督)军队；班师回朝后，台见军队回归原处。后代若出现幼主登位，由宰相辅佐执政，母后不得干预政事。带甲仗的文臣武将不得进入殿门，重要人物可请班剑转告。”二十一日，高祖在西殿驾崩，时年六十岁，秋七月八日，葬于丹陽郡建康县蒋山初宁陵。
冬十月十一日，改革晋所用的五肃制定的服丧二十六个月丧礼，采用郑玄的服丧二十七个月然后除丧服的丧礼。
七月九日，又置五校三将官，增设殿中将军员二十人，其余列将军员之外。七月十六日，升后将军、雍州刺史赵伦之为安北将军，征虏将军、北徐州刺史刘怀慎为平北将军，征西大将军、开府仪同三司，杨盛为车骑大将军。
六月，孙恩乘胜渡海，突然进军丹徒，士兵多达十余万人。刘牢之还驻在山陰，京师震动。刘裕日夜兼程，与起义军同时抵达丹徒。当时敌我众寡悬殊，又加上长途急行军十分疲惫，而丹徒守军又无斗志。孙恩率兵数万，击鼓呐喊攻打蒜山，蒜山居民都拿起扁担准备抵抗。刘裕率部猛烈攻击，大败起义军，起义军跳崖投水而死者甚众。孙恩靠鼓排渡泗，才得以退回船上。孙恩虽然被击败，但依仗其人多，径直向京师进发。由于楼船高大，又遇逆风难以前进，十天后才到白石。得知刘牢之已撤回拱卫京师，朝廷有防备，就改向郁洲进军。八月，朝廷加封刘裕为建武将军、下邳太守，派他带领水军追到郁洲讨伐，刘裕又大败孙恩。孙恩南逃。十一月，刘裕追击孙恩到沪渎，在海盐，又大败孙恩。三战三捷，俘虏的起义军数以万计。起义军自此之后，由于饥饿、疾病、瘟疫，死了一大半，从浃口逃到临海。
刘裕最初当冠军孙无终的司马。晋安帝隆安三年(400)十一月，孙恩在会稽揭竿而起，晋朝卫将军谢琰前将军刘牢之率兵东征。刘牢之邀请刘裕参与。十二月，刘牢之率部抵吴，起义军沿路聚结，牢之派刘裕领几十人侦察起义军的动向。不巧碰上了几千起义军，刘裕率众迎战，带来的人多半战死了，而他还在酣战，手舞长刀，杀敌甚多。牢之的儿子敬宣担心高祖刘裕久没音讯，恐怕是被起义军围困，就率轻骑寻找他。一会儿，骑兵主力也到了，起义军逃退，斩杀俘虏千余人，刘裕乘胜追击，平定山陰，孙恩逃回到海上。
武帝本纪(二)
起先官西中军参军沈田子杀了安西司马、龙骧将军王镇恶，众将领又杀了安西长史王修，关中于是大乱。义熙十四年(418)十月，刘裕派右将军朱龄石代替安西将军桂陽公刘义真为雍州刺史。佛佛虏追杀刘义真，刘义真侥幸免于一死，朱龄石和其他诸将被杀，领军檀祗去世，刘裕任命中军司马檀道济为中领军。
六月二十五日，下诏说：“杖罚虽是旧刑条，但施刑时只是虚张声势，若不弄虚作假，则人不能忍受。装模作样，不是刑罚的目的，可考虑予以革除。”又驾临华林园听诉讼。二十八日，各署被赦免的四品以下的官吏和府署收审的罪犯杖责四十。
七月，朱龄石平蜀，杀蜀王谯纵，并将其首级送京师示众。
当初刘裕家境贫寒，曾欠刁逵社钱三万，长时间无力偿还。刁逵执法甚严拘捕了刘裕，王谧拜访刁逵，暗地为刘裕代还了欠款，于是刘裕获释。刘裕名微位卑，名流都不与他往来，只有王谧同他交往。桓玄打算篡位时，王谧亲手解下了安帝的玉玺和系玺丝带，成了桓玄的篡位功臣。等到起义军攻克了石头城，众人都认为王谧该杀，只有刘裕保护他。刘毅曾乘朝会的时候问王谧玉玺在什么地方，王谧更加恐惧。等到王愉父子被杀，王谧堂弟王谌对他说：“王驹本无罪，而起义军杀了他，这是翦除异己，断绝百姓的指望。你是桓玄的同伙，名位又如此显赫，想幸免能吗？”驹，是王愉的小名。王谧害怕，逃到曲阿。刘裕写信告诉大将军，好好保护王谧，迎接他回来官复原职。光禄勋卞承之、左卫将军褚粲、游击将军司马秀奴役官差，御史中丞王礻员之追查，他们表示道歉，言辞充满着怨恨愤悱。卞承之拜访主管部门想隐瞒。刘裕给大将军写信，说：“褚粲等人是准备担当重任的大臣，心怀应开阔坦荡。执法不公，理应据理上诉力争，却乱兴怨气忿恨，将怨恨归咎到执法衙门，对他们应严加处理，以保证政治清明法规严正。将他们一起免职。”
九日，赦免亡命之徒，限期释放，免去二年租税。保存着资状、文契的人，可恢复对土地的所有权。以北命名的旧郡，都予以取缔，客寓南方，以南方为称号。无故自残者补为冶士，实是政令刑法烦苛，百姓不堪忍受所致，废除此条款。
十一月十四日，刘裕到江陵，发布文告说：“去弊病拯救黎民，政令须简洁宽容，废除修改一些政令，虽然麻烦，但百姓易于理解。江陵、荆州凋敝残破，法令残缺不全，近来战事不断，不得安宁。百姓疲惫匮乏，每况愈下，为赋税劳役所困，难以为生。虽然凋敝残破，但征税依旧，盘剥课征，不遵法规。治理两州的命官，有些非善良之辈，不能节俭，一味追求盈足，时间长了就成了习惯，不知悔改。
九月二十日，零陵王死。率百官在朝堂祭奠，依照魏明帝对待山陽公主的礼节凭吊。让太尉持节护灵，按晋朝的礼节厚葬零陵王。
刘裕看信后，长声叹息，把信递给左右看说：“追随的人就当这样！”
桓玄自从获悉刘裕率众起义后，成天忧心忡忡，想不出对策。有人说：“刘裕等力量弱小，哪里具备成气候的力量，陛下何必担忧呢？”桓玄回答说：“刘裕堪称当代雄才；刘毅家无多少储蓄，却像掷骰子一样捐出百万；何无忌，刘牢之的外甥，很像他舅舅。他们联合起来，共举大事，怎能说他们不会成功呢？”
刘毅失败的消息传来，朝廷内外动荡不安，此时北伐的军队才回到京师，大部分都受伤染病，京城的战士，不过数千。起义军已经攻破江、豫两州，士兵十几万，车船绵延百里。一些逃回的士兵，都说起义军声势浩大。孟昶、诸葛长民担心起义军步步进逼，想保护天子渡长江北上，刘裕不同意，孟昶一再坚决请求。刘裕说：“现在重镇被占，强敌向腹地逼进，人心惶惶，没有长久的打算。如果天子北渡，那么就会土崩瓦解，长江以北又怎么去得了呢！假使能够渡江北上，也只不过苟延一段时间罢了。现在士兵虽然少，还可以一战。如果京城被攻破，那么君臣同归于尽，假如厄运一定要降临，我必当以死来护卫社稷，横尸宗庙，实现多年以来以身报国的志愿，决不逃到民间苟且偷生，我已拿定了主意，你不要再说什么！”孟昶害怕刘裕不能成功，就上书天子说：“刘裕北伐的时候，大家都不赞同，只有我赞同刘裕的行动，导致强敌乘机而入，社稷危急，这是我的罪过，现在我只有以死来谢罪。”把奏折封好后，就喝药死了。
八月十六日，又驾幸华林园听诉讼。
义军刚攻下京城时，桓修的司马刁弘率文武官吏前来救援。刘裕登上城楼对他说：“郭江州已奉圣谕在寻陽反正，我等也被密诏，前来诛除逆贼叛臣，约在今日相会。叛贼桓玄的首级已挂在大航示众。诸君难道不是大晋之臣吗，今天来想怎样？”刁弘等人信以为真，率众撤走。刘毅到后，刘裕命他杀刁弘。
夏四月三日，封仇池公杨盛为武都王，平南将军杨抚晋升为安南将军。十五日，又委任车骑司马徐琰为兖州刺史。十八日，左光禄大夫、开府仪同三司孔季恭死。
元兴三年(404)二月初一，刘裕借口游猎，与无忌等集聚亲信心腹，同谋者有何无忌、魏泳之、泳之弟欣之、顺之、檀凭之、凭之侄儿韶、韶弟祗、隆、道济、道济堂兄范之、刘裕弟道怜、刘毅、刘毅堂弟藩、孟昶、孟昶族弟怀玉、河内向弥、管义之、陈留周安穆、临淮刘蔚、堂弟王圭之、东莞臧熹、堂凝宝符、侄子穆生、童茂宗、陈郡周道民、渔陽田演、谯国范靖等二十七人，愿追随的百余人。二十八日晨，城门开，无忌着传诏服，假称传诏居前。众义士随他急驰入城。齐声呼叫，守城官兵惊吓纷纷散开，不敢阻拦，很快将桓修断首示众。刘裕哭得很悲惨，厚葬桓修。孟昶劝桓弘这天出城狩猎。为让狩猎人出城，天没亮就开了城门，孟昶、道规、刘毅等率壮士五、六十人乘机长驱直入。桓弘正在吃粥饭，当即斩了他，收集他的余部渡江而去。
当初桓玄在峥嵘洲大败，义军以为大局已定，未及时追击。桓玄死后近十天，义军的主力还未到。桓玄的侄儿桓振逃到华容的涌中，招聚桓玄的党徒数千人，清晨袭击江陵城，城内居民争相出城投奔桓振。王腾之、王康产都被杀了。先前藏在沮川的桓谦，也聚众响应。桓振为桓玄治丧，设丧廷。桓谦率文武百官将玉玺绶带送还给了安帝。何无忌、刘道规到江陵后，在灵溪与桓振交战。桓玄的部属冯该又在杨林设置伏兵，义军溃败，退回寻陽。
“臣闻运气不是一成不变的，治世乱世更迭。国运衰败了，不久又会兴盛。昔日奸臣横行，皇室不振，今江山姓名未改，皇室再次兴隆。太尉刘裕威武精明果断，首举义旗，扫除元凶，皇室复位。一介平民百姓，匡复社稷，南灭卢循，北定广固，近千年来，功劳没有比得过他的。因此四海归附，朝野推崇。位居极位，权倾皇上，不能秉公处事，恃宠骄横。自以为功高盖世，心目中无皇上，滥杀无辜，肆意苛政暴行，刘裕不守人臣之礼，篡位的迹象日益明显。陛下四季的膳食，得不到保征，宫廷的费用，供给的不足十分之一。皇后患病时，汤药侍奉不周，她亲自写信给家人，诉苦求助。这些都是朝廷官员所共同听到看到的，人人莫不伤感愤慨叹息，但口不敢言。前扬州刺史司马元显页第五个儿子法兴，因为桓玄之祸牵连，远逃在外，皇上开恩，这才回归故里。太傅之后，沦落绝境而又兴旺起来，凡有良知的人都感到庆幸。刘裕翦除异己，不管大小。他认为法兴聪颖明达，民心必归附于他，胸怀仇恨，就制造谣言，杀戮法兴。大司马德文和王妃公主为情势所迫，联合起来向皇上请命，刘裕肆虐惨毒，但他们誓不屈服。他们蒙冤受害，其惨痛足以感动路人，我地位卑微，但受德文的恩重，就将女儿嫁给德文之子。这样做并不是突发奇想，实在是被逼出来的。已故卫将军刘毅、右将军刘藩、前将军诸葛长民、尚书仆射谢混、南蛮校尉郗僧施，或是功劳盖世，或是德高望重，都是辅佐朝政的栋梁之材，国家希望之所在，无罪无故，一日之内全被杀戮。刘裕猜疑残忍之性，真是亘古少见。
下诏赞曰：
第二天，东晋大军进逼广固城，立即攻外城，慕容超退守内城。并且筑长长的壁垒来守卫它，壁垒高三丈，外面三道壕沟穿插其间。停泊长江、淮河上的船只，将粮食屯集在齐地。刘裕安抚接纳归顺的士兵，汉族人和少数民族人都很高兴，根据才能授给官职，所以士兵们都信任他。七月，天子下诏加封刘裕为北青、冀两州刺史。慕容超的大将垣遵及他的弟弟垣苗都率领士兵来归顺晋朝。刘裕准备制造攻城的器械时，守内城楼的燕兵说：“你们没有得到张纲，怎么能够制造出来呢？”张纲，南燕国的尚书郎，他善于思考。碰巧慕容超派张纲向后秦国姚兴称臣求援，请求派兵救助。姚兴假装答应他，而实际上害怕晋军，不敢派兵。张纲从长安返回，泰山太守申宣俘虏了他并送给晋军。刘裕于是让张纲坐在楼车的顶端，让城内人看到，城里人没有不感到大惊失色的。于是让张纲大规模制造攻城器具。慕容超没有得到救援，张纲反而被俘虏了，变得担心害怕了，于是请求作晋的藩国，请求割地以大岘为界，进献马匹一千只。刘裕不答应，围攻城池更加厉害。黄河以北的百姓带武器粮食来投奔的，日以千计。
义熙九年(413)九月，皇上加封刘裕第二个儿子刘义真为桂陽县令，作为他平定齐乱，斩杀卢循的奖赏。天子重申前令，加封刘裕为太傅、扬州牧，赐羽葆(一种车盖)、乐队、班剑二十名。派百余名朝臣恳劝，刘裕这才接受羽葆、乐队、班剑，其余坚辞不受。
刘毅被打败后，豫州主簿袁兴国反叛晋朝，占据历陽响应起义军。琅王牙郡的内史魏顺之派大将谢宝讨伐并斩杀了他。豫州司马袭击谢宝，魏顺之不去救援反而撤退，刘裕愤怒，杀了魏顺之。魏顺之，是魏泳之的弟弟。这样，有功的将领都受到震动，不敢不听从命令。
武帝本纪(一)
义熙十一年(415)四月，刘裕又率军西征，追到襄陽，司马休之逃到西羌。天子又重申前令，加封刘裕为太傅、扬州牧。授其佩剑上殿，上殿时不必小步走、参拜皇上时不必通报姓名的特权，赐给羽葆、乐队，配给左右长史、司马、从事中郎。加封刘裕三子刘义隆为彭城县公。中军将军刘道怜为荆州刺史。
九月一日，设置东宫殿中将军十名，员外二十名。二十六，设置都官尚书。
三月十七日，初步限制荆州府设置的武将不得超过二千人，官吏不得超过一万人；州设置的武将不得超过五百人，官不得超过五千人。士兵不受此限制。
“褒奖有功之臣，给以显位，是圣明君主之所为。刘裕功德盖世，不负众望，加封他为相国，总揽各种政务，兼领扬州牧，封为宋公，划封地十郡，享受九锡之礼遇。授给玉玺绶带、出游的车盖，位在王侯之上、佩带相国绶带。”
“近来因为战事，我刘裕来到二州，更体察到了百姓的疾苦，我想急百姓之急，救民出火海。征收租税劳役，都以登记在册的户籍为据。州郡县的屯田、池塘、边塞之税未作军用而流入官吏腰包中的，现一律免除。州郡县官吏，都依照旧制登记户口。朝廷征调的癸卯梓材、庚子皮毛，可停征或减收，另外计作所交纳的赋税。巴陵均输折度支，照旧用军队运输。所关押的起义军的家属，一律放回原籍。”
录事参军刘穆之，谋略过人，刘裕让他充当首席谋士，一举一动都向他咨询。当时姚兴派使者告诉刘裕说：“慕容超素与我相邻友好，现在因为处境艰难向我求援，我当派精锐骑兵十万，径直占据洛陽。晋军如果还不后退，我就命令铁骑长驱直入。”刘裕大声地告诉后秦使者：“你告诉姚兴，我平定南燕之后，停战三年，就去平定关中、洛陽。现在自己能够送上门来，就快些过来吧。”刘穆之听说有后秦的使者，迅速赶来，然而刘裕已经打发他走了。刘裕把姚兴的话以及他的回答，详细地告诉了刘穆之。刘穆之忧虑地对刘裕说：“平常事情不论大小，都让我先考虑一下。这件事应该好好地考虑，为什么那么仓猝地答复呢。你答复姚兴的言辞，不能威慑敌人，反而只会激怒他们。如果南燕还没攻克，后秦的援军突然到了，不慎重怎么对付他们？”刘裕笑着说：“这是军机，不是你所能理解的，所以不告诉你。兵贵神速，他们如果真的出兵救援，一定害怕我们知道，怎么可能先派遣使者呢。这是他们看到我军攻打南燕心里已经恐惧，说一些自我掩饰的话罢了。”九月，天子加封刘裕为太尉、中书监，刘裕坚决推辞。南燕的徐州刺史段宏先跑到索虏。十月，在黄河以北归顺晋朝。
粃罕虏乞佛炽..派遣使者拜见刘裕，请求为刘裕效力去讨伐羌人。刘裕加授他为平西将军，封为河南公。
卢循从蔡洲南逃时，留下他的亲信范崇民率五千人，大舰一百多艘，戍守南陵。王仲德等人听说大军将至，于是进攻范崇民。十一月，大败范崇民的军队，焚烧其舰船，收抚散兵。
义熙十二年(416)正月，皇上令刘裕依旧制取士。刘裕任平北将军、兖州刺史，管辖包括南秦在内的二十个州。刘裕觉得平北将军府文臣武将太少，不宜另外建府，就撤消平北府，将其与东府合并为一个大府。指派长子为豫州刺史。三月，皇上加封刘裕为中外大都督。
卢循渡海攻下广州，活捉刺史吴隐之。朝廷任命卢循为广州刺史，任命其同党徐道覆为始兴相。
封晋帝为零陵王，食邑一郡。可树天子旗，乘五时副车，实行晋朝律法，郊外祭祀天地使用晋礼。上书不称为表，答表不称做诏。追尊父亲为孝穆皇帝，母亲为穆皇后，尊王太后为皇太后。下诏说：“降始兴公为始兴县公，庐陵公为柴桑县公，各食邑千户；降始安公为荔浦县侯，长沙公为醴陵县侯，康乐公为康乐县侯，各食邑五百户。祭祀晋朝已故丞相王导、太傅谢安、大将军温峤、大司马陶侃、车骑将军谢玄。义熙年间就出力，共赴艰难者，原来的封号不降。”封晋临川王司马宝为西丰县侯，食邑千户。
三十日，下诏说：“昔日国家求富，事事有规章，对偷劫处罚尤重，严刑峻法施于一时。今王道维新，政通人和法律简约，可废除严刑，遵循旧条款。”
五月二日，设置东宫屯骑、步兵、纟羽军三校尉官。二十六日，又驾幸华林园听诉讼。
“太尉刘裕是天降英才，一代圣贤，如日月照耀四方。他勤恳报国，扫除妖孽，功在社稷，他是国人希望之所系，社稷之依靠。桓玄篡位，祸国殃民，是刘裕深明大义，首举义旗，讨伐叛逆，拯我晋室于危难之中，匡复王室，刘裕建功卓著，北定海、岱，南平百越，荆、雍臣服，庸岷归顺，剿灭各地叛乱，遏制外族肆虐。平定各地后，秉尊周礼，整顿习俗，尊奉王训，推行教化，声名远播。周边各族都想与我大晋结好。他们自觉孤陋落后，多次来朝，这是刘裕仁义名声远播的功劳。永嘉年间朝纲不振，诸侯割据一方。刘裕义愤填膺，招集大众，讨伐叛臣。一路凯歌，所向披靡。他又收复京师，修复五帝陵墓。有史以来，功劳未有如此之大者。
“我才能低下，家运不济，奸臣篡位，被迫离开京城，落难荆州，受苦受辱，被奸贼所挟制。相国宋公刘裕，睿智圣明，应运而出，其忠诚节义贯日月，将我从贼人手中拯救出来，挽大厦于既倾。为表彰宋公刘裕卓巨功勋，特升宋公爵位为宋王，将徐州的汝陵郡、东安郡、北琅王牙郡、北东莞郡、北东海郡、北谯郡、北梁郡，豫州的汝南郡、北颍川郡、北南顿郡共十郡，补增给宋国。任命刘裕为相国、扬州牧，领征西将军，担任司州、豫州、北徐州、雍州刺史等职。”
“听说天造百姓，立君治理，皇帝治世，四海为公，兴衰系于功德，升降存乎其人。国家将亡，上天先降征兆，代谢无常，圣贤哲人知其变。我祖顺乘天命人心，登上了王位。但国运不常兴，夷族进犯中原，陷我洛地，占我江表。到了元兴年间，宗庙倾覆。你圣德钦明，神武照天下，宏扬大义，匡复我社稷，保我王室，重造我国家。内除国贼，外展宏图，诛巨奸于汉陽，斩逆臣于沂诸。平定西岷，肃清南越，安定江、湘，拓平樊、沔。你大军所指，伊、洛平定，树威于崤，敌猷归附，咸陽收复。青铜铭文所载，《诗》、《书》所咏，功劳之大，不能与你相比。于是偃武修文，实施德政，信用传天下，仁义播四方。周边夷族莫不颂你仁德，欢喜来朝。
“臣闻先王治国，天下井然有序，疆界划分，各安其所。在往昔盛世，人无职业变更，所以井田制，三代时兴盛。秦实行新政，汉袭秦制，豪强兼并土地，于是就发生了。恳请陛下，怜惜万民，把界定州郡区划的重任交付臣下，如我恳请的合理，请允准，并迅速实行。”
“我德寡才疏，居万民之上，虽是秉承天意，内心还是不安。慎择吉日，设坛受禅，禀告上天，以酬天下之情。希望上天保佑我宋朝江山永固。敬请神灵接受祭献。”
自从孙恩溃败后，追随他的士兵逐渐散去，他害怕被活捉，在临海投水自杀。剩下的人推举孙恩妹夫卢循为首领。桓玄想尽快平定东方，就任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，但仍然为所欲为。五月，桓玄又派刘裕东征。当时卢循从临海进入了东陽。元兴二年(403)正月，桓玄又遣刘裕讨伐卢循，攻下东陽，卢循逃到永嘉，刘裕追击又攻下永嘉，杀卢循大帅张士道，并追到晋安，卢循渡海南逃。六月，桓玄加封刘裕为彭城内史。
秋七月五日，释放关押在台府的劫贼，让全家流放的归还本土。造船的木材及运船，不再责令诸州提供，都交给都水办理。台府所需另派主帅与百姓在市场上买卖，随行就市，不再责成百姓交纳。废止掳掠车牛，不得以官府名义征用。市场征税苛重，可根据情况减免。跟随高祖征讨关、洛，战死疆场，不能生还者，赡养他的家属。初七，陈留王曹虔去世。
皇上追封刘裕祖父为太常，父亲为左光禄大夫，刘裕谦让不受。
镇南将军何无忌与徐道覆在豫章交战，晋军战败，何无忌被杀。朝廷内外非常震惊。朝廷想请晋帝渡江北上靠近刘裕的军队，不久得知起义军还未到，京城的人心稍稍安定。刘裕到了下邳，用船运载辎重，自己带领骑兵回师。到山陽，听说何无忌被杀，担心京城失守，于是日夜兼行，和几十个人到了淮河，向行人询问京城的消息。有人告诉他们说：“起义军还没有到，刘裕如果回来了，就不用担心。”刘裕很高兴，一个人乘船过江，径直赶到京口，京城的人心大为安定。四月初二日，刘裕回到京师，解除戒严让士兵休息。
张纲制造的攻城器械，设计奇巧，像飞楼木幔之类，莫不齐备。城上的火石、弓箭等守城工具，都没有用了。义熙六年(410)二月初五，攻下广固城，慕容超越城逃走，征虏贼曹乔胥俘获了他，杀南燕王公以下、以及俘虏的人口一万多，马二千匹，慕容超被押送回师，在建康街头斩首。
十一月，前将军刘穆之去世，刘裕委派左司马徐羡之执掌留守府事务。原来由刘穆之决断的大事，现在都向刘裕请示，刘裕在长安停留了一段时间，以谋划处理赵州、魏州事务。不巧碰到刘穆之病逝，就决定回京师。十一月，从长安出发，委任桂陽公刘义真为安西将军、雍州刺史，留下心腹将领辅佐他处理大事。闰十二月，刘裕从洛河进入黄河，开辟汴渠回京城。
十九日，追封谥妃臧氏为敬皇后。立王太子为皇太子。二十三日，下诏说：“被判刑的罪无论大小，自今天起限百日之内都赦免。原先因为军事需要所征发的奴仆，归还他们的主人；若亡了或因功获得自由的，也在百日之内给主人赔钱。”
宋高祖武皇帝刘裕，字德舆，小名寄奴，彭城县绥舆里人，汉高帝弟弟楚元王交的后代。交生红懿侯富，富生宗正辟疆，辟疆生陽城缪侯德，德生陽城节侯安民，安民生陽城矨侯庆忌，庆忌生陽城肃侯岑，岑生宗正平，平生东武城令，东武城令生东莱太守景，景生明经洽，洽生博士弘，弘生琅王牙都尉悝，悝生魏定襄太守，魏定襄太守生邪城令亮，亮生西晋北平太守膺，膺生相国掾熙，熙生开封令旭孙。旭孙生混，举家迁到江南，住在晋陵郡丹徒县京口里，混官至武原令。混生东安太守靖，靖生郡功曹翘，翘就是武皇帝刘裕的父亲。刘裕在晋哀帝兴宁元年(363)三月十七日夜出生。长大成人，身长七尺六寸，风骨奇特。家虽贫，志远大，不拘小节。因孝敬继母而被世人称颂。
十二月一日，高祖驾临延贤堂听诉讼。
二十二日，晋升镇西将军李歆为征西将军，平西王将军乞佛为安西大将军，征东将军高句骊王高琏为征东大将军，镇东将军百济王扶余映为镇东大将军。设置东宫冗从仆射、旅贲中郎将官。
二月四日，下诏说：“豫州南临长江，北接黄河洛水，地广人稀，运输困难，今立淮河以西各郡为豫州；淮河以东为南豫州。”指派豫州刺史彭城王刘义康为南豫州刺史，征虏将军刘粹为豫州刺史。又从荆州划出十郡建立湘州，委任左卫将军张郡为湘州刺史。又将徐州的梁郡划归豫州。
隆安五年(402)春，孙恩频繁进攻句章，每次都被刘裕击败，又撤到海上。三月，孙恩北击海盐，刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池。起义军白天来攻城，城内兵力空虚，刘裕就挑选数百人组成敢死队，都脱掉盔甲，手持短兵器，击鼓呐喊冲出城，起义军被震慑得丧失了士气，丢盔卸甲逃散，大帅姚盛被斩。虽然连战连胜，但众寡悬殊太大，刘裕私下甚为忧虑。一天晚上，偃旗息鼓，藏匿主力，像已逃遁。第二天早晨开启城门，派几个老弱病残上城墙。起义军在城外远远地问刘裕在什么地方。城楼上人回答说：“昨晚逃走了。”起义军信以为真，蜂拥进城。刘裕乘其懈怠，指挥伏兵猛攻，大败起义军。孙恩感到城攻不下来，就率部向沪渎进发。刘裕又弃城追击。海盐县令鲍陋派其子嗣之领吴兵一千，请求打先锋。高祖说：“起义军很精干，吴兵又不擅战，如若前锋失利，必会导致我军溃败。吴兵殿后作声援吧。”嗣之不听。当晚，刘裕四处设伏兵，又置备旗鼓，但一处不过数人。次日，孙恩率万余人接战。前锋遭遇后，伏兵齐出，举旗击鼓。起义军以为四面都有伏兵，撤退。嗣之追赶，被起义军杀。刘裕边战边退，由于起义军人多势众，所率士兵几乎都战死、受伤。刘裕考虑到可能难免一死，跑到设置伏兵的地方，停下来，命令随从脱下死者的衣服穿上。起义军以为刘裕本当逃走现在反倒停下来，怀疑设有埋伏。刘裕乘机高呼再战，英姿飒爽，英勇无比，起义军以为真的设有伏兵，离去。刘裕慢慢地撤退，再将冲散的士兵渐渐地集合起来。五月，孙恩攻陷沪渎，杀吴国内史袁山松，四千人战死。同月，刘裕又在娄县打败起义军。
义熙二年(406)三月，刘裕管辖交州、广州。十月，刘裕上书说：“往昔天降祸皇室，大奸臣篡位，我等出于过去的君臣之义，先前又蒙受过国恩，上合忠信之义，下借万人之愤，虽说上天有灵，但也依靠众人之力。褒奖忠诚、勤勉尽力的文臣武将，既表现自己谦逊，又事关国家社稷兴亡。当机立断地率先揭竿而起，共同筹谋，这才平定京口、广陵二城，我和抚军将军刘毅等二百七十二人，一起参加起义；出京城沿途大战，剩下一千五百六十六人，加辅国将军诸葛长民，原给事中王元德十人，共一千八百四十八人，请求天子论功行赏。西征军应照上例行赏。”于是尚书上奏天子，加封义军盟主镇国将军刘裕豫章郡公，食邑万户，赏绢三万匹。其他人论功行赏，各有不同。镇国将军的僚佐，比原太傅谢安府的僚佐低一等。
十二月，天子吩咐刘裕穿皇帝服，树天子旗，出行严加警戒，所过之地严加戒备，断绝行人，坐金银车，配六匹马。配备五时副车，添置旌头云旗，乐舞八佾，设钟磬于宫廷，升王太妃为王太后，王妃为王后，长子为太子，加封王子王孙称号，遵循旧制。
