三个月后，一位对一封广为流传的签有穆勒名字的信表示震惊的西方遗传学家访问了穆勒。那封信抨击了西方遗传学界盛行的“孟德尔-魏斯曼-摩尔根学说”，并呼吁抵制即将召开的国际遗传学会议。实际上，穆勒既没有看过这封信的内容，更不用说在上面签过名了。对此，他非常愤怒，并肯定是李森科捣的鬼。穆勒马上向《真理报》写了一篇斥责李森科的文章，并把副本寄给了斯大林。
在1936年，李森科已是苏联农业科学研究院的院长，穆勒在一次研究院的会议上作了振奋人心的发言，他说道：
1931年，著名的科学哲学家莫里斯·科恩在他的著作《理性与自然》中还讨论了另外一种重要的差异：
同样地，在预测奥里诺科河附近的峡谷天气方面，也存在类似情况。完全可能，工业文明前的居民们已经注意到了在特定地理区域内近千年的规律性，各种前兆及种种现象间的因果关系，而这些是那些远处的大学里的气象学或气候学教授一无所知的。不过，这并不等于说这些地方的萨满教僧侣就有能力预测遥远的巴黎或东京的天气，更毋庸说是全球的气候了。
热水浸泡亚马逊雨林中的一种树皮可以提取出奎宁。但是，令人难解的是古代人们是怎样从成千上万种植物中发现由这种植物制取的茶叶可以缓解疟疾的症状的？他们一定曾对各种各样植物的根、茎、叶和树皮进行了如咀嚼、捣碎或浸泡等各种尝试，这样一代一代地继续着大规模的科学实验(今天由于医学伦理的原因已经不可能重复这些实验了)。想想吧，曾有多少其它树皮的浸泡物被发现无效，或引起人的呕吐反应甚至致人死命啊。在这些情形下，原始医生们从可能有药用价值的植物名单上把它们划去，然后又进行对其它未知性质的植物的实验。这种民族药理学的资料积累过程是零碎、非系统的，甚至是无意中获得的。然而通过反复的试验和失败，仔细记下哪些药物有效，他们终于达到了目的——从植物王国中很丰富的分子中积累了一部有效的药典。因此，从民间医药学中汲取有关挽救生命的知识绝对是至关重要的。我们应该更进一步地在世界范围内从这些民间知识里挖掘宝藏。
世上不存在什么客观真理。所谓真理是我们自己创造出来的。世上也没有什么客观现实。所谓客观现实也是我们自己创造出来的。在我们通常获取知识的方式之外，还存在其它精神的、神秘的、内在的、至高级的认识事物的方式。如果某种体验你觉得是真实的，那么它就是真实的。如果一种思想你认为是正确的，那么它就是正确的。我们无法获得任何关于世界真实本质的认识。科学本身是非理性的和神秘的。它只不过是另一种信仰或信仰的体系，或者是一种神话，没有更多的可证实性。事实上，信仰是真是假并不重要，只要这些信仰对你育意义。
著名物理学家爱德华·尤·康顿是量子力学的先驱，曾参加过二战期间的雷达和核武器研制。他曾担任康宁·格拉斯的研究主任、美国国家标准局局长、美国物理学会会长(此外，在晚年任科罗拉多大学物理学教授期间，他曾领导了一个由美国空军资助的颇具争议性的UFO的研究项目)。康顿是被一些国会议员视为“对美国的忠诚值得怀疑”的物理学家之一。在20世纪40年代未至50年代初，国会议员里查德·M·尼克松曾主张吊销康顿的安全许可证。此外，美国国会非美人员活动委员会主席、狂热的爱国主义者吕普·J·帕勒·托马斯也称物理学家“康顿博士”是美国国家安全的最薄弱环节，甚至，在某一方面，是“缺失的一环”。他对宪法权利保障自有他的一套看法，这从他对证人律师的回答就可看出：“你们所具有的权利是我们委员会赋予的。在我们委员会里，我们将能够确定你已经拥有了什么样的权利以及你尚未拥有的权利。”
如果我们能够审查达尔文，我们还能审查其它的什么知识呢？谁有能力做这些审查工作呢？我们中又有谁能够聪明到知道哪些知识和洞察可以很安全地省略，哪些知识只有到成百上千年之后才是必要的呢？的确，我们能够在一定程度上对科学技术进行选择，确定发展哪些机器和产品是安全的。由于我们不可能有足够的资源去尝试所有的技术，因此在任何情况下我们都需要进行这样的决策。但是审查知识、告诉人们必须想些什么、哪些想法是不允许的以及不应该寻求哪些证据等，才是思想管制、愚蠢和无能的决策以及长期衰退的突破口。
但是，即使他不是如此，这对自然选择的对错有什么影响呢？托马斯·杰斐逊和乔治·华盛顿都拥有奴隶；阿尔伯特·爱因斯坦和圣雄甘地都是不称职的丈夫和父亲，这个名单可以无限地列下去。我们任何人都是一定时代的产物，都是有缺陷的。用将来的、我们迄今未知的标准去衡量我们现在的行为是公平的吗？也许对我们的下一代而言，我们现在的一些习惯行为无疑会被认为是野蛮行为，例如，现在我们都坚持小孩甚至婴儿应该单独睡而不是跟父母睡，还有，通过激起国家主义的热情来获得大众支持，从而取得更高的政治地位的方式。此外，诸如承认贿赂和腐败是一种生活方式，饲养宠物，吃动物，笼养黑猩猩，宣布成年人使用欣快剂为非法，允许我们的孩子成长为文盲等。
至于萨满教徒知不知道他们的治疗方法产生效果的机制，这就是另外一回事了。量子力学中，我们提出的对自然的理解是有根据的。这种理解建立在对一些前人没有做过的实验结果的渐进的、定量的预测基础上。当实验结果证实了理论预测，特别是如果二者在数量上精确吻合时，我们就会认为自己掌握了自然规律。但是，在萨满教徒、牧师和新时代宗师中却很少有这样的例子。
可以肯定，绝大多数没有接受过良好教育的人之所以会接受科学完全是因为权威的影响。但是，尽管如此，我们仍旧能够明显地察觉到两种体制之间的差别。前者(即科学)是一种开放的体系，它欢迎每一个人的参与、研究并对之作出改进；而后者(宗教)则认为对它的教义的怀疑根源于内心的邪恶，像红衣主教纽曼指责那些怀疑《圣经)的绝对正确性的人那样。理性的科学它的可信的观点在必要时是可以改进的，而非理性的权威主义则视要求修改他们的教义为缺乏忠诚的表现。
那么，萨满教、神学、新时代教义与量子力学之间又有什么区别呢？回答似乎是显然的：即使我们无法理解量子力学，但我们能够证明它的科学性和合理性。例如，我们可以比较量子力学理论的定量预测结果与实测到的特定化学元素的光谱线波长、半导体与液态氦的行为特征、微处理器，及它们的构成原子组成什么样的分子形态、白矮星及特征、微波发射器与激光发生器的机制以及不同物质对磁场的不同响应等。我们不理解量子力学的理论并不妨碍我们去看其预测的结果，而且，并不是只有物理学家才能明白这些实验结果揭示了什么问题。在每一次这样的实验中，与其它例子一样，量子力学的预测结果以惊人的高精度为实验数据所证实。
历史学第一定律是历史学家不能记下虚构的历史；第二定律是历史学家不能隐瞒真相；第三定律是历史学家的工作不能带有任何偏见或喜好的嫌疑。
萨马沙塔的卢奇安在公元170年发表的《如何撰写历史》中指出：“历史学家必须是正直无畏的；他们热爱坦率和真理，而不依附于任何势力。”
科学家与普通人一样也不能避免犯错误。如前所言，科学家的职责是识别人类的弱点，调查各种各样的观点和主张并进行无情的自我批判。科学是一项集体性的事业，在大多数情况下，一切纠错功能都在顺利地起作用。科学相对于历史学有着巨大的优势，即，可以借助科学实验进行研究。对历史学而言，如果你对导致1814～1815的《巴黎条约》的那些谈判过程不清楚，重演这些历史事件是一个不可行的选择，并且，你也不可能向参加者提出问题，他们早已不在人世了。因此，你唯一能做的就是在各种历史记录中挖掘证据。
回顾历史，偶尔也有少数不同寻常的人卓然脱俗。在我的书中就提到一位这样的人，他就是出生于英国的美国革命者托马斯·潘恩。对于他所处的时代而言，他堪称是遥遥领先。在君主制、贵族制、种族主义、奴隶制、迷信和性别歧视这一切构成了传统智慧的时候，他就已勇敢地向它们进行了斗争。他一直不屈不挠地批判传统宗教。在《理性的时代》中，他写到：“当我们阅读《圣经)的时候，我们会发现整部书的一大半都充斥着淫秽故事、色情的堕落、野蛮残酷的刑罚以及毫不留情的复仇。因此，这部经书与其说是上帝之言毋宁说是魔鬼之语。它……将使得人类变得更加堕落和野蛮。”同时，他在书中表达了对造物主的深深崇敬。潘恩认为仅仅在对自然界的一瞥之间就能够找到造物主存在的明显证据。在他的同辈人看来，一个人似乎绝对不可能在大肆贬斥《圣经》的同时又狂热地崇敬上帝。基督教神学家得出的结论是潘恩是个喝醉酒的、腐化堕落的疯子。犹大学者大卫·列维则禁止与他信奉相同宗教的人触摸，更不用说阅读潘恩的书。潘恩为他的观点付出了惨痛的代价。法国大革命之后，由于他过于一贯地反对独裁而被投入了监狱，他由此成为了一位悲惨的老人。(原注：潘恩是一本革命性的小册子《常识》的作者。《常识》出版于1776年1月，在接下来的几个月中售出了50万册以上，促使许多美国人投身独立事业。他是18世纪三本最畅销的书的作者。后代的人们因为他的社会和宗教观点对他大肆辱骂。西奥多·罗斯福称他是个醒龊的小无神论者，全不管他对上帝的深刻信仰。他可能是未被华盛顿特区的一座纪念碑所纪念的最著名的美国革命者。)
第二天，瓦维罗夫有些紧张地来见穆勒，并通知他，穆勒已经自愿为西班牙内战服务。穆勒写给《真理报》的那封信已使他处于非常危险的境地。他于次日离开了莫斯科，后来被告知，他刚好逃脱了秘密警察。但瓦维罗夫就没有这么幸运了，1943年，他死于西伯利亚。
科学与其它人类事业的差异并不在于它的从事者们会受到所处文化环境的影响，也不在于它的时对时错(这是所有人类行为的共性)，而是在于它构造各种可检验的假说、探索各种验证或推翻理论的确定性实验的热情，在于它进行实质性辩论的活力，在于它乐于抛弃那些被发现有缺陷的思想。然而，如果我们不能清楚地意识到人类自身的局限，如果我们不进一步寻求更多的数据，如果我们不愿进行对照实验，如果我们不尊重客观证据，那么，我们在寻求真理方面就会非常的软弱无力。机会主义和怯懦的结果只能是使我们被每一种意识形态的微风所击倒，而不能坚持任何具有恒久价值的东西。
也许列出一些科学家犯错误的例子对科学家们不无益处，也许揭去科学神秘的面纱将有助于启迪年轻的科学家。在历史上，即使是像乔哈尼斯·开普勒、伊萨克·牛顿、查尔斯·达尔文、格雷格·孟德尔和阿尔伯特·爱因斯坦这样伟大的科学家也曾犯过严重的错误。幸运的是，科学事业是一种集体的事业，任何个人的影响都不能超过集体的作用。因此，即使那些最有才华的科学家犯了错误，这些错误也能被其他远不如他们的科学家发现并弥补。
不错，进化论者的观点可能被彻底推翻，或者被极其古怪地误用：贪婪的强盗式资本家头目可以求助于社会达尔文主义来解释他们残酷的行为；纳粹和其它种族主义者可能会以“适者生存”为他们的种族灭绝政策辩护。但是，达尔文并不曾制造约翰·D·洛克非勒或阿道夫·希特勒。实际上，贪婪、工业革命、自由企业体制、政府在金钱面前的腐败就足以解释19世纪的资本主义。而种族中心主义、对外族人的仇视、社会等级、德国长期以来的反闪族倾向、凡尔塞和约、德国的加速生育子女以应付战争的需求的实践、通货膨胀和萧条等则足以解释希特勒的崛起。有没有达尔文，所有这些情况都很可能出现。现代进化论者清楚地指出其它一些不是那么冷酷的特质，其中一些为强盗式资本家和‘元首’所蔑视，例如利他主义、普通的智力和同情心等也许才是生存的关键。
类似的，科学中也存在主观和偏见。我们无一例外地怀有偏见，我们同别的人一样生存于偏见盛行的环境当中。科学家们无法脱俗，他们偶然也会为那些臭名昭著的理论提供帮助和方便(例如，他们通过测量脑容量的大小或脑颅骨的突起或智商的高低来论证所谓的种族优越性或性别优势等)。通常科学家们不愿意冒犯金钱和权势，他们中的少数人甚至进行欺骗和剽窃。不少科学家曾经毫无愧疚地为纳粹工作，并且，科学家们也常常表露出与人类沙文主义或智力局限相连的偏见。正如前面所讨论的，科学家对那些致命的技术负有不可推卸的责任。在一些情况下，他们是因为没有对这些技术的始料未及的副作用给以足够的警惕而研制它们的，而在另一些情况下，他们是故意发明这些技术用于生命的摧残和毁灭。不过，不可否认的是，在大多数情况下，率先对这些危险的技术发出警报的也是科学家。
近几个世纪以来，科学经历了一系列的攻击。这些攻击与其说是伪科学，毋宁说是反科学。目前，对科学，或者更广义地被称为学术的最主要的批评主要是针对它的过分强烈的主观性。一些学科，例如历史学，甚至被宣称为是彻头彻尾的主观主义。历史的撰写者全都是那些历代的胜利者，他们编纂历史书的目的无非是要为他们的各种行为辩护，或者是要唤起爱国热情并压制被征服者的合法权利。当两方面都未能取得压倒性的胜利时，对真正发生的历史，他们将各自写下自我吹嘘的记载。例如，英国的历史书对法国进行了大肆谴责，反之亦然。直至近年，美国历史书还忽略了早期对美洲土著居民实施的实际上是类似于纳粹“生存空间”理论和种族灭绝政策的事实；而日本的历史书对于导致二次大战的事件的描述淡化了他们的穷凶极恶，而认为他们的动机显然是试图将亚洲从欧洲和美国的殖民主义统治下解放出来；1939年，纳粹军队攻占波兰，但纳粹的历史学家却公然宣称波兰无缘无故对德国进行了无情的攻击；苏联分别在1956和1968年对匈牙利和捷克的革命进行了镇压，但苏联的历史学家却借口说苏联军队并不曾入侵这些国家，是应他们正常的声明，而不是俄国人的傀儡的邀请而去的；比利时的历史书则拼命地粉饰对曾是其藩地的刚果的残暴统治；在那些保留着奴隶制的基督教社会中，讲道坛和学校常常会对上帝对奴隶制的宽容甚至提倡进行热烈的争论，而与此同时，那些废除了奴隶制的国家却对此缄默不语。即使是像爱德华·吉本这样一位才华横溢、学识渊博而又沉着冷静的历史学家有时也不免感情用事。由于关于美国革命的观点不同，他和本杰明·富兰克林之间曾经闹得很不愉快，甚至同在一间英国乡村酒吧中相遇时也行同陌路。(后来，如富兰克林确信的那样，当吉本的研究从罗马帝国的衰落转向不列颠帝国的衰落时，他主动向吉本提供了大量的素材。关于不列颠帝国的衰落，富兰克林的观点是正确的，只不过他的时间表比实际的历史进程提早了大约200年左右)。
小西奥多·希克、刘易斯·沃恩，新时代的信仰的总结，选自《如何思考奇异事物：对新时代的批判思考》(加利福尼亚，1995)
我觉得似乎是社会的混乱和人类的缺陷帮助了科学事业的存在与发展。对科学而言，存在一种已经建立的框架，使得任何科学家都能够证明别人是错误的，而且能确保所有人都能够知道这一点。即使有时候我们的动机是卑下的，我们仍然不由自主地在摸索一些新的事物。
诺贝尔化学奖得主、美国化学家哈罗德·C·尤利在他70多岁时向我透露说，在过去的很多年中，随着时间的流逝，越来越多的人都在向着一个目标努力，那就是要证明他是错的。他把这种情况称为是“西部最快枪手”并发症：年轻的快枪手在战胜了著名的上一辈的快枪手之后，将继承上一辈快枪手的荣誉并赢得人们的尊敬。他埋怨说这是一种恼人的状况。不过，也正是这种情况的存在引导了那些年轻而狂傲的家伙涉足那些他们本不会涉足的重要领域。
在这样一种主观的连续体中，科学既有可能完全不考虑文化规范，也有可能完全依赖于文化规范，这样，科学是不是在说谎？尽管各种各样的偏见和文化沙文主义层出不穷，而且不断地改头换面，但是，科学仍然是接近于数学而远离时尚的。因此，那些认为科学发现总体上是主观偏见的观点本身也不仅只是一种偏颇之见，而且是似是而非的。
如果杰出的专业人员都要去支持那些即使初通遗传学的人都会明白是非常愚蠢的，就像李森科院长和像他一样想的人最近所提出的那些观点和理论，那么，我们面临的选择就很类似于在巫术与医学、星象学与天文学或炼金木与化学之间作选择。
正是科学自身的善变导致了人们对它的不信任与攻击。当我们刚刚有些明白了那些被科学家们热烈讨论的东西的时候，他们却告诉我们那些东西己不再正确。即使它们仍然正确，科学家又开始讨论许多闻所未闻、难以相信、带给人不安的暗示的所谓“新发现”了。因此，科学家可以被视为是在愚弄我们，被认为想要推翻一切，被看做社会危险分子。
李森科的那些带有倾向性的证据是可疑的，他的大量的结论都是建立在自相矛盾的数据基础上，同时，他也没有进行什么严格的对照实验。然而，尽管李森科权势日隆，穆勒激烈地争辩说经典的孟德尔遗传学完全符合辩证唯物主义，但李森科崇信获得性遗传，而否认遗传的物质基础才是属于“唯心主义”的。穆勒得到了苏联农业科学研究院前任院长N·I·瓦维罗夫的强烈支持。
作为一个人，科学家有时也会犯选择性观察的错误，例如，他们总是倾向于记住那些他们成功的经历而遗忘那些犯错误的经历。但是，在很多情况下，错误却往往蕴含着正确的部分，或是能够激励其他人去发现真正正确的东西。弗雷德·霍伊尔是当代最杰出的天文物理学家之一，他对于我们理解恒星演化、化学元素合成、宇宙学及其它许多问题做出了不可磨灭的贡献。有时，在任何人都没有想到存在需要解释的问题的时候，他已经获得了关于这类问题的正确答案，而在另外一些时候，他却提出或这或那的错误的、恼人的、不能让人容忍的古怪观点，以致观察人员与实验人员觉得必须去进行验证。不过，尽管那些冲动的、集中的试图证明弗雷德错了的努力胜败交错，不可否认的是，在几乎每个问题上这些人的努力将相应领域的研究向前大大地推进了。即使是弗雷德的最不能让人容忍的观点，例如，弗雷德曾提出流感病毒和艾滋病病毒来源于彗星，并认为星际灰尘颗粒是些细菌，在论证或反驳他的观点的过程中，获得了极其丰富和有意义的新知识，尽管最终也没有找到任何证据证明这些特别的见解。
康顿博士，据说你曾处于被称做——说到这，审讯者停了一下，缓慢而仔细地的读了一下这几个字：“量子力学——的物理学革命的前沿，这很令听证会注意，既然你能站在这一场革命运动的前沿，为什么你就不可能站在另一场革命的前沿呢？
一些特定的民间知识是非常有效和珍贵的，其它一些则至多是一些隐语或典籍。显然，民族药理学属于前者，而天体物理学(碧声注：此处翻译疑有错误，可能是“占星术”astrology而非“天体物理学”astrophysics)则属于后者。虽然所有的信仰和神话都值得我们充满景仰地聆听，但是这并不意味着所有这些信仰和神话都是同等有用的。尤其当我们的注意力集中在如何了解外部客观世界，而不是内在的思想形式时。
那些断言推理无效的人必须认真地思考这样一个问题，即他们在驳斥推理的过程中是否应用了推理的手段。如果他们用了推理方法，那么，他们无疑是在支持他们竭力攻击的原则。反过来，如果他们没有使用推理(为了不自相矛盾他们必须如此)，那么他们就不可能得到理性的断言或进行理性的辩论。对此读者可以自行评判这一观点的深度。
而对于自然科学而言，为了获得或验证某些科学知识，你可以无数次地重复你所希望了解的过程，或者应用各种新方法对原来研究过的问题进行研究，检验各种各样的可能假说。当新的设备被制造出来以后，你还可以用这些设备重新做以前做过的实验，看一下灵敏度的提高带来了什么新的结果。对那些以历史为对象的科学问题，即使我们不能进行相应的重复性实验，但是通过分析各种相关的情况可以寻到其间的关联和共性。尽管我们不能随心所欲地让恒星爆炸，也不能通过实验重复哺乳动物的进化历程，但是我们仍能够在实验室中模拟超新星爆发的一些物理学现象，或者极其详尽地比较哺乳动物和爬行动物的基因组成。
假设现在我们以怀疑的态度去研究一些难解的宗教、新时代教义或萨满教的信仰体系)，假定我们都是思想开放的人，而且我们确信在这些宗教或信仰里面存在一些有趣的事情。在我们向这些宗教的信徒简单地自我介绍之后，就请求他们对他们的宗教或信仰作个可以理解的概括。无一例外的是，在我们提出请求之后，他们总是告诉我们说这是个非常复杂、充满着神秘意味的问题，不是三言两语就能说得清楚的。不过，如果我们愿意花上15年左右的时间去实践一下虔诚的僧侣生活的话，那么，届时我们就会比较严肃地思考这个问题了。我想我们中的大多数人都会说我们根本就没有时间这么做。很多人还会怀疑所谓15年只能初窥门径恰好证明这整件事是个骗局：如果一件事难到让人无法理解，这不也就意味着我们无法有理有据地对它进行评判了吗？这样一来不就使得欺骗行为更加肆无忌惮了吗？
就我个人而言，我曾在过去的书中记述那些我被证明是正确的一些例子，现在再来看一看我所曾犯过的错误。在宇宙飞船能够探测金星以前，我曾认为那里的大气压只是地球大气压的几倍，但实际上，探测结果表明是几十倍；我曾认为金星上的云层主要由水组成，而探测结果却表明金星云层中的水分含量仅为25%；我曾认为火星存在板块构造，但宇宙飞船的近距离观察的结果表明在火星上几乎不存在板块构造的迹象；我曾认为土卫六上偏高的红外温度是由那里强烈的温室效应引起的，而实际上却是由大气同温层的逆温效应引起的；在1991年1月伊拉克燃烧科威特的油井之前，我曾警告说油井燃烧所产生的烟气将会上升到很高的高度，从而会对大部分南亚地区的农业产生不良影响。但是，事实表明，除了使波斯湾的中午变得昏暗并使气温下降4～6℃之外，这些烟气很少能上升到同温层，因此不可能对南亚产生什么影响。在进行这些计算的时候，我显然没能对计算过程的不确定性予以充分的考虑。
但问题是，萨满教徒同样会说他们的教义是合理的，因为它同样是有效的。尽管他们的教义不能解决诸如数学物理学这一类神秘的问题，但却可以解决另外一些问题。例如，他们有一套医治病人的特殊方法。那么，好吧，让我们来对萨满教徒的治病案例进行统计分析，看看他们较之于通常的安慰疗法有什么优越性。如果萨满教徒的治疗方法确实比普通安慰疗法更有效的话，那么，就让我们乐意地认为他们的方法的确有其特殊的效力，而毋庸考虑他们所治疗的疾病多数是些源于心理的疾病，即使没有进行治疗，只要病人能够获得一种比较良好的心态的话，这些病是完全可能不治而愈或得到减轻的。同时，我们还可以比较不同的萨满教派别的治疗效率的差异。
阿尔伯特·爱因斯坦曾公开号召那些被国会非美人员活动委员会召见的人拒绝合作。1948年，哈里·杜鲁门总统在一次美国科技促进协会的年会上与康顿坐在一起。会上，他指责了吕普·J·帕勒·托马斯及国会非美人员活动委员会的行径。他认为“在一种无根据的流言诽谤横行、人人自危的社会大环境下，科学研究将受到严重抑制，而最终导致不能产生重大的科学发现”。他称国会非美人员活动委员会的行为是“目前最需要杜绝的，是最不具有美国精神的行为。这是一个极权国家所做的事情。①”(原注：但是，杜鲁门也应对本世纪40年代末至50年代初的搜查迫害之风负有很大责任。在他1947年颁布的总统法令9835号中曾授权对所有联邦职员的思想观念和社会关系进行调查。被调查者无权对此进行拒绝和反对，在大多数情况下被调查者甚至不知道指控他们的罪名是什么。凡是对此有异议或反抗意向的人被解雇了。杜鲁门的司法部长汤姆·克拉克曾经列出了所谓“有颠覆国家嫌疑”的组织机构的清单。这个清单的涵盖范围是如此之广，以至于一度将美国消费者协会也包含在内。)
作为前现代文化组成部分的神话与民间故事具有一定的解释或至少是帮助回忆历史的价值。因为在那些妇孺皆知、雅俗共赏的故事中常常嵌入了特定的环境条件与历史事件。例如，当我们记住了鹊桥相会的优美传说，也就记住了在一年中的某一天哪个星座正在升起或知道了银河系的方位。由于识别天象对于农作物的播种和收割以及跟踪猎物都是至关重要的，因此这样的神话传说就具有了重要的实际意义。同时，这样的神话还可以帮助进行心理学映射测试，或确认人类在宇宙中的位置。不过，这并不意味着银河就真的是条河，当然，也不存在真正的独木舟在我们的眼前，使我们横渡银河。
埃波比和她的同事们声称“达尔文在构造他的进化论时还是一个无神论和唯物主义者”，并且指出进化是一种有目的的无神论者日程的产物。进化论中铺天盖地的是些无可救药的混乱的因果关系。在达尔文得到H·M·S·贝格尔号去环球航行的机会时，他即将成为英格兰教堂的主教。那时，正如他自己所说，他的观念还非常传统，甚至认为每一条英国国教教义都是完全可信的。此后，随着与自然的交融以及科学的熏陶，一线曙光逐渐照亮了他的灵智。他发现，至少有一部分他原来笃信的宗教是错误的。这就是他的宗教观发生转变的原因。
即使我们完全重构历史的能力极其有限，即使那些有助于重构历史的有用信息往往与其它自我吹嘘的喧嚣声混为一体，谁又能否认那些由偶然因果链所决定的历史进程的客观实在性呢？历史学从一开始主观和偏见的危险就很明显。修昔底斯曾经对这种情况提出过警告。西塞罗曾写道：
狂热的理论家和独裁政权很自然而且很容易地将自己的观点强加于人，他们绝不允许不同意见的存在。一些纳粹科学家，例如诺贝尔物理学奖获得者约翰内斯·斯塔克在官方的支持下将科学强行地划分为所谓稀奇古怪的、纯属想象的“犹太科学”(包括相对论和量子力学)，和现实可行的“亚利安科学”。这种划分并没有什么实在的根据，而纯粹是出于意识形态。另外一个有教育意义的例子是苏联的遗传学的发展历史。
凡是亲自经历过科学进步的人都可以观察到这一过程中所存在的相当个人化的奋斗。总有那么一些少数人，他们或是出于简单的好奇和极大的真诚，或是出于对现存知识体系不完整的失望，甚至仅仅是被想象出来的自己与别人相比在理解问题方面的无能所困扰，于是，他们提出了一个又一个意味着巨变的关键问题。少数品格高尚的人超然于嫉妒，野心、背后诽谤、压制异己与可笑的自负组成的汹涌波涛之外进行着这样的工作。在一些领域，特别是成果卓著的领域，这样的行为几乎成为了规范。
在此期间，剧作家亚瑟·米勒以萨雷姆女巫案审判为题材创作了《严酷考验》一剧。当这部作品在欧洲首演时，美国外交部拒绝为米勒签发护照，理由是他的出国之行将对美国利益有不利影响。在布鲁塞尔举行的开幕式上，他的剧作得到了观众暴风雨般掌声的欢迎。美国大使当场起立并鞠躬致谢。在国会非美人员活动委员会，米勒由于在作品中影射国会调查与女巫案有共同之处而受到了严厉谴责。在那里，他回答：“先生，这种比较是无法回避的。”不久之后，托马斯即以欺诈罪被投入监狱。
不同的科学家有着不同的思考习惯，有一些可能更谨慎一些。如果科学家们不是彻头彻尾的教条主义者，而且各种新思想又都能够得到检验的话，那么，是不大可能对社会产生什么危害的。事实上，在这种提出思想和检验思想的过程中，科学将会发生显著的进步。在上面我被证明是错误的那四个例子的头一个中，在没有翔实的宇宙探测数据的条件下，我试图从一点点线索出发去了解遥远的世界，因而犯下了错误。实际上，当我们获得了越来越多行星的探测数据的时候，我们就会发现许多原来认为是正确的观点被新的事实推翻。
在我还是研究生的时候，我曾做了康顿一个夏天的学生。我至今仍能清晰地忆起他讲述的被带到忠诚调查委员会接受检查的经历。
以上所援引的历史历来都是由那些受人尊敬的专业历史学家撰写的。常常，这些历史学家都是现存体制的重要支持者。因而，在他们撰写的历史书中，那些代表个别地方或民众的反对意见就常常被一笔带过。为了达到“更重要”的目的，客观性被牺牲掉了。正是由于存在这种可悲的现象，有人进一步推断说，根本就没有什么“历史学”可言，重构实际发生的事件是不可能的，那么，人们所作的最多也只不过是些带有偏见的自圆其说；这种关于历史学的推断往往被推广到所有知识领域，自然也包括科学。
试图真实地重现历史事件是那些真诚的历史学家的责任，尽管，这一责任可能是令人失望和担忧的。历史学家必须学会压制由于其国家受到冒犯而引起的愤慨，承认的确本国的领袖可能犯下了残暴的罪行。因此，这些历史学家就会面临这样一种职业危险，那就是受到愤怒的爱国者的攻击。历史学家应当认识到对历史事件的记载已经过了有偏见的人的过滤。认识到历史学家自身也是带有偏见的，那些想知道历史上到底发生了什么的历史学家，必须去熟悉那些其他的，一度是敌对的国家的同行的观点。我们所能期望的是，不断地接近真实，循序渐进地提高自己的知识水平，使得我们对历史事件的理解更正确。
但是，如果科学家们确实是审慎诚实的，而且其他具有不同观念和倾向的人又能够检验他们的工作，那么，他们在进行研究工作时带点个人的偏见和感情偏好又有什么关系呢？可以肯定，没有人会争论说从保守的角度计算14和27的和不同于从自由的角度得到的结果；或者，一个函数的导数是它本身，这样的函数在北半球是指数函数，而在南半球却是另一个函数。同样，任何周期函数都可以在任意指定的精度下用傅立叶级数表示，而无论是印度的数学中还是在穆斯林国家的数学中。非交换性代数(即A乘B不等于B乘A)对于印-欧语系的人与芬兰乌戈尔语系的人来说都是内在一致和有意义的。数学也许会受到毁誉掺半的评价，但不可否认它对于任何种族、文化、语言、宗教和意识形态都是同样正确的。
康顿很机敏地回答说对他的指控是不正确的。他举起右手说他并非物理学的革命者：“我信奉早在公元前3世纪就已经创立的阿基米德定律，也相信17世纪发现的开普勒行星运动定律。同时我还笃信牛顿定律……”，他接着又列举了一系列如伯努利、傅立叶、安培、波尔兹曼和麦克斯韦等显赫的人名。但是，他的这种物理学家式的回答方式并没有使他的处境有多大改善。因为，在诸如对国家是否忠诚这样的严肃问题上，法庭是不会欣赏任何幽默的言辞和举动的，不过，在我的印象中，他们对康顿最有力的指控是说他在上高中时曾经骑着自行车挨家挨户递送社会主义者们办的报纸。
美国人对苏联的这种经历总是惊讶得连连摇头。对美国人而言，一些政府支持的意识形态或公众偏见竟然会制约了科学发展是不可思议的。200年来，美国人一直自诩为务实的、实用主义的、非意识形态化的民族。但是具有讽刺意味的是，美国同时又是一个人类学和心理学方面伪科学竞相盛行的国度。在宇宙创造说的幌子下，不少人不断地努力阻止在学校讲授进化理论，而实际上，进化理论却是一种非常有力的整合式的生物学理论，对于其它学科，从天文学到人类学，都是不可或缺的。
历史学家乔伊斯·阿普尔比、里恩·亨特和玛格利特·雅格布在1994年出版的《说说真实的历史》一书中对伊萨克·牛顿进行了批评，说他因为害怕威胁到传统的宗教并导致社会混乱和无神论而拒绝接受笛卡尔的哲学观点。这些批评无非证明了科学家也是凡人这一点。当然，牛顿是怎样被他同时代的知识界攻击的的确能引起研究思想的历史学家的兴趣。不过，这对于了解他的主张的正确性并无什么实质性的意义。事实上，这些主张要得到广泛的接受，它们就必须能够同时说服有神论者和无神论者。这正是历史上所发生的。
埃波比和她的同事们对达尔文描述“那些野蛮人道德水平低下，并且缺乏足够的推理能力和自我控制能力”感到恐怖。他们说“至今，很多人还对达尔文的种族主义倾向深感震惊”。但我要说的是，在达尔文的论述中并没有什么种族主义的倾向。事实上，在此他所指的是那些生活在极其贫瘠的阿根廷靠南极的火地岛的居民，他们遭受着物质条件极端匮乏的煎熬。当他在描述一位非洲裔的南美妇女宁死而不屈于奴隶制时，他指出正是由于社会歧视使得人们对她的英雄的反抗行为视若无睹，而如果同样的行为发生在一个出生于罗马贵族家庭的女子身上，那么，她的反抗无疑会被视为最具有英雄意味的行为。由于激进地反对船长的种族主义思想，他几乎被船长腓兹罗伊扔下贝格尔号。在反对种族主义这点上，达尔文无疑高出同辈许多。
如果有理由认为已建立的科学框架是错误的(或者是过于武断的、互不相关的、非爱国主义的、亵读神圣的或主要是为当权者的利益服务的)，那么，也许我们就省去了去理解那些很多人认为非常复杂难懂、高度数学化的、非直觉性的知识体系所遇到的麻烦。这样一来，科学家们或许就将面临他们应得的报应。同时，对科学的嫉妒将被超越。那些一直在探索其它获取知识途径的人，那些私下里怀着被科学嗤之以鼻的信仰的人们将重新抬起头来，将在阳光下占有一席之地。
尽管如此，许多人仍然声称自然科学并不比其它任何类型的知识更富于民主和理性，甚至有人认为推理本身也只不过是一种错觉而已。美国革命者、在泰孔德罗加堡被俘的绿色山地童子军领袖埃特安·爱伦曾对此作过如下评述：
大约在30年后，美国遗传学家赫尔曼·J·穆勒向我描述了他在1912年，为了亲自看一看新成立的苏维埃国家，乘一架轻型飞机从柏林飞往莫斯科的经历。那时，他已经发现了强辐射能够引起突变的现象，这一发现最终为他赢得了诺贝尔奖金。也许在苏联的见闻令他流连忘返，于是他迁往莫斯科并帮助苏联开创现代遗传学这一新领域。但是，到了30年代中期，一个名叫特罗菲姆·李森科的江湖骗子得到了斯大林的注意和热情支持。李森科把遗传学称之为“孟德尔-魏斯曼-摩尔根学说”(以这一领域的奠基者命名)，并说这种遗传学是建立在一种不可接受的哲学基础之上的。而真正从哲学意义上正确的遗传学，应该遵从共产主义者的辩证唯物主义，这种遗传学将产生非常不同的结果。尤其值得一提的是，按照李森科的遗传学，将可能培育出一种新的冬小麦品种，显然，这对斯大林的强制性集体化农业导致的苏联经济倒退是个好消息。
与此相反，尚有其它许多处于另一极端的问题。例如，抽象表现主义究竟是伟大的艺术形式，还是对伟大音乐艺术的亵读？抑制通货膨胀与降低失业率究竟何者更重要？法国文化是否比德国文化更优越？是否可能在全国范围内推行抑制谋杀的法令或措施？所有这些问题都是过分简化了的，有些问题难置可否，无法用对或错简单地衡量，也有一些的答案基于一些难以言说的假定条件。对于这些问题，各种局部性的偏见将很可能决定对问题的回答。
后现代主义者批评开普勒的天文学根源于他的中世纪的、一神论的宗教观，而达尔文的生物进化论是被一种使他所属于的特权社会阶层永存的愿望所驱使，或是出于证实他所提出的无神论的动机。如此种种，有些批评是正确的，而有些则显然是失之偏颇。
在斯大林及其后的赫鲁晓夫一如既往的支持下，李森科冷酷地压制着经典遗传学的发展。在60年代早期，苏联的学校使用的生物学教材里几乎不讲授关于染色体和经典遗传学的内容，这和现在的美国教材里几乎不讲进化论很类似。但是，苏联并没有培育出新的冬小麦品种，“辩证唯物主义”的咒语似乎并没有被作物的DNA听到；苏联的农业仍旧处于极端的困境之中。也许，正是由于这个原因，尽管今天苏联在许多科学领域中都处于世界前沿，但是，他们在分子生物学和遗传工程方面却是不可救药地落后，他们失去了整整两代现代生物学家。直到1964年，在苏维埃科学院(那时少数几个相对独立于党和国家领导的机构之一)的一系列争论和投票表决之后，李森科的学说才被推翻。在这场否定李森科的运动中，核物理学家安德雷·萨哈洛夫起了极其重要的作用。
在一个充满任意逮捕和警察恐怖的国家，说出这番话显示了他值得仿效的正直和勇气，也有人认为这是鲁莽的行为。在《瓦维罗夫事件》(1984年)中，苏维埃流亡历史学家马克·巴普斯基描述了这些发言“得到了整个大厅雷鸣般的掌声”，而且“被当时所有的列席者们深深地铭记在心”。
科学普及者的工作，试图令没有经过这一过程的普通听众理解量子力学的观点，是令人畏缩的。事实上，在我看来至今仍没有谁能成功地普及量子力学。这种情况很大程度上是由上述原因造成的。量子力学的数学复杂性和量子理论的绝对的非直觉性结合起来，使得一般的常识在理解这些问题上显得束手元策。理查德·费曼曾说：“没有谁知道为什么要用这种方法。它就是用这种方法解决问题。”
试想一下你非常认真地想要理解量子力学是什么，首先，你必须打下坚实的数学基础。只有当你掌握了数学各个分支的知识后，你才能迈过通往很高层次的知识的门槛。你必须依次学习算术。欧几里德几何学、高中代数、微积分学、常微分方程和偏微分方程、矢量微分、数学物理方法中某些特殊函数、矩阵代数和群论。对于大多数学习物理的学生而言，这一过程大概要占去从小学三年级到研究生低年级之间大约15年的时间。这些课程的学习实际上并不涉及任何量子力学知识，恰恰相反，所有这些努力只不过是为深入了解量子力学建立的数学知识框架而已。
