南宋建立后，北宋军队管理上的种种流弊保留下来，尤其是姑息、纵容庸将，猜忌和防范良将的现象更甚于北宋。爱国名将岳飞、韩世忠等备受猜忌，岳飞最后被迫害致死。而一些贪鄙的庸将却受到重用。军中贿赂成风，有的人因贿赂而升为将帅。武将兼并良田的现象也很普遍。南宋初年大将张俊一年可收租60万石。有的将领违法私役军士，让其从事伐薪烧炭、修建宅第、种植蔬菜、纺织刺绣、制作多种工艺品等工作。有的将领纵容或强令军士经商或到营外出卖劳动力，从中收取“买工”钱。以上种种腐败现象，导致南宋军队战斗力低下。
南宋中期以后，兵制发生了变化，主要表现在以文制武体制的恢复和加强，各种名目新军的创建，屯驻大军的地位下降。
南宋初，三衙机构仍然保留，但不统兵。班直也保留充当宿卫。绍兴五年(公元1135年)，杨沂中的神武中军改为殿前司军，三衙始有兵将，且兵力不断增加。绍兴十一年以后，三衙军与屯驻大军平列，不再有隶属关系。三衙各军的情况是：
北宋禁兵分上、中、下三等，南宋屯驻大军的士兵分效用、军兵两级，或使臣、效用、军兵三级。使臣是八至九品等武阶官的总称。使臣不带兵，有的担任侦察任务，称探事使臣；有的给大将军管印，称背印使臣。使臣也有充当战士的，因此禁兵中形成使臣、军兵两级。宋孝宗时对军队进行改革，改变使臣充军的状况，实行效用、军兵两级制。
侍卫马军司：绍兴七年开始组军，共六军、12将，6000余人。后来从四川右护军调入四个军。到绍兴三十一年(公元1161年)，侍卫马军司共有兵力三万人。孝宗乾道七年(公元1171年)，侍卫马军司戍建康，临安只留殿前司和步军司两支部队。
殿前司：绍兴五年改神武中军为殿前司军，绍兴九年，殿前司有统制13，统领21，正、副、准备将178。绍兴十八年(公元1148年)，兵力增至七万余人，辖12军。
效用的身份和待遇高于军兵，在军情紧急时，招效用是一种高价的募兵手段。效用一般不刺字。效用的出现和普及，是南宋兵制的一项重大改革，反映了士兵社会地位的提高。刺字制的被废除，也使应募的壮士，愿充军前效用，而不愿为军兵。
屯驻大军以外的军队，在宋高宗时就开始设置，当时有泉州左翼军、赣州右翼军等，受当地文臣节制。开禧北伐失败以后，屯驻大军衰落，新军组建更盛，逐渐代替屯驻大军成为南宋的主力军。
南宋的军，相当于北宋的厢；南宋的统制，相当于北宋的厢都指挥使。
建炎是宋高宗赵构的年号(公元1127—1130年)。靖康元年(公元1126年)，赵构被任命为河北兵马大元帅，宗泽为副元帅。赵构把所领军队分前、后、左、中、右五军，这是南宋建军之始。赵构即位后，将三衙和枢密院闲置一边，另置御营司，由宰相、执政兼任正、副使，其下设都统制，统管御营兵。御营兵分为五军，后因苗傅和刘正彦兵变，五军成为三军。即刘光世的御营副使军、韩世忠的御前左军和张俊的御前右军。南宋兵制初具规模。到建炎四年(公元1130年)，御前左右军改为神武军，御营副使军改为御前巡卫军，统归枢密院领导，撤销御营司，恢复北宋旧制。
侍卫步军司：绍兴十二年(公元1142年)始组军。绍兴二十九年(公元1159年)，有五军编制。乾道年间(公元1165—1173年)有兵力二三万人。
绍兴五年(公元1135年)，屯驻大军的番号改为行营护军。韩世忠为前护军，岳飞为后护军，刘光世为左护军，吴玠为右护军，张俊为中护军。各支大军都分成若干军。屯驻大军的统兵官是都统制、副都统制。军级统兵官有统制、统领等。军下设将，将一级有正将、副将、准备将，总称将官。
此外，南宋统治者还继续执行北宋即开始的鼓励军队经商的政策，如进行商业贸易(称回易)、开酒店药局、出租营房等。大将刘光世所统行营左护军全军5.2万人，竟有8000人从事商业贸易，刘光世因而自比为春秋时期富商陶朱公(范蠡)。军队经营商业，在一定程度上有弥补军费不足的积极作用，但更多地成了将校中饱私囊的手段，并且往往阻碍民间商品经济的正常发展，给社会经济发展和整个社会生活带来消极影响。同时，大批军人从事商业贸易，不事训练，严重腐蚀了军队的机体，败坏了军纪，极大地削弱了军队作为武装集团的职能。允许、纵容军队经商，实在是南宋统治者在军队管理方面的一大失误。宋代，军队庞大曾至百万，但在和辽、西夏、金、元的战争中屡屡失败，终至亡国，不能不追究到军政腐败这一根本性的问题上。
绍兴元年(公元1131年)以后，南宋在江南稳定了统治，兵制渐趋稳定。当时，除川陕的吴玠〔jie介〕大军外，东南地区的大军为刘光世的御前巡卫军、韩世忠的神武左军、张俊的神武右军、王躞的神武前军、陈思恭的神武后军、杨沂中的神武中军。后来王躞、陈思恭部并入神武左右军。岳飞军于绍兴三年用神武后军番号。这样，在绍兴初年便形成了吴玠、岳飞、张俊、刘光世、韩世忠为主帅的五支屯驻大军，总兵力30万。吴玠是川陕大军主帅，刘光世是御前巡卫军主帅，韩世忠是神武左军主帅，张俊是神武右军主帅，岳飞是神武后军主帅。
南宋兵制大体上沿袭北宋制度，兵役制仍以募兵为主，禁军、厢兵、乡兵等各种军队的名称仍然存在。所不同的是，禁军作为国家主力军的地位已为新形成的驻屯大军所取代，西北边防的藩兵也因陕西的失去而不再存在。
南宋初期，领兵统帅权力很大。宋孝宗即位后，这种局面开始发生变化，由文臣担任的制置使、宣抚使等被派到屯驻大军实行监督，但都统制的权力仍然很大。开禧北伐失败后，南宋加强了文臣对军队的监督，制置使、安抚制置使、宣抚使、都视军马、都督军马之类的监军官地位上升，都统制的权力下降。制置使等文官成为各大军实际统兵官，独揽一个地区的军政、民政和财政大权，直接指挥前沿军务。宋元战争前，更形成为制置司和都统司两级指挥系统，而以制置使主持军务。
绍兴十年至十一年(公元1140—1141年)间，刘光世退闲，吴玠病故，只剩下岳飞、韩世忠、张俊三帅。绍兴十一年，宋高宗和秦桧推行投降路线，罢韩世忠、张俊兵权，并以莫须有的罪名，杀害民族英雄岳飞，将四支屯驻大军陆续改编成十支屯驻大军，部署在长江沿岸和川陕交界处，统称为御前诸军，为南宋的主力军。
