图13 明·李时珍《本草纲目》中芝栭类图在宋代，我国出版了世界最早的食用菌类专著——《菌谱》(公元1245年)。作者陈仁玉是台州(今浙江临海县)人，台州以出产上等美味菌而闻名。《菌谱》就是对本乡特产的记述。书中一共记述了11种菌，对每一种菌的生长、采收时间，以及菌的形状、色味都作了一定的说明。《菌谱》指出：“鹅膏菌生高山中，状类鹅子，久而散开。味殊甘滑，不减稠膏(菌)。然与杜菌相乱。杜菌者生土中，俗言毒蜇气所成，食之杀人……凡中其毒者必笑，解之宜以苦茗杂白矾，勺新水并咽之，无不立愈。”现在知道，在鹅膏属中，有些种类如毒伞是极毒的，而有些种类如青鹅蛋菌却是味道鲜美，可供食用的。但这两种菌，外形很相似，很容易相混，吃错了可是性命攸关的大事。宋代人已经识别它们，这是不易的。明代潘之恒编著的《广菌谱》一书，记述了20种大型真菌，这些真菌的产地遍及西南、华南和华北。《本草纲目》著录了28种真菌，其中有六种是李时珍新增加的，大大扩充了有关真菌的知识(图13)。李时珍对各种菌类的描述更加详细，关于蘑菇，他说：“蘑菇出山东、淮北诸处……长二、三寸，本小末大，白色柔软，其中空虚，状如未开玉簪花。”这里对蘑菇的产地、大小、形状和颜色，都作了生动的描述。又如稠膏菌：“生孟溪诸山，秋中雨零露浸，酿山膏木腴，发为菌花，生绝顶树杪，初如蕊珠，圆莹类轻酥滴乳，浅黄白色，味尤甘。已而张伞大如掌，味顿渝矣。春时而生而膏液少。”这充分说明当时对这些菌类的形态生态，进行了相当细致的观察。清初吴林撰《吴蕈谱》不仅介绍八种食用蕈，还对如何辨识毒菌作了相当详细的说明。
我国在汉代就已经有关于食用菌栽培的记载。到唐代《四时纂要》很详细地记述了冬菇的栽培方法。具体作法是这样的：“三月种菌子，取烂构木及叶，于地埋之。常以泔浇令湿，两三日即生。”又法，“畦中下烂粪，取构木可长六、七尺，截断磓〔chui垂〕碎，如种菜法，于畦中匀布，土盖。水浇长令润。如初有小菌子，仰杷〔pa爬〕推之。明旦又出，亦推之。三度后出者甚大，即收食之……”这种栽培法和现在用锯屑栽培的方法基本相同。香菇是大家喜欢吃的食品，它的人工栽培也已有悠久的历史，元代《王祯农书》最早记载了香菇的栽培技术，即“以蕈碎剉〔cuo挫〕，均布坑内”，这是用子实体组织块作为播种材料，可见我国很早就对菌类的繁殖方法有了一定的认识。 日本江户时代本草学家佐藤义信所著《温故斋五端编》(公元1790年)中说：日本的香菇栽培技术就是由中国传去的。当今世界广泛栽培的10种食用菌中，绝大部分在我国古代都有栽种。
浙江河姆渡新石器时代遗址出土的菌类遗存物，证明我国先民在距今六七千年前已经大量采食蘑菇。《尔雅·释草》最早提到了“苬〔xiu修阳平〕(即菌)芝”和“中馗〔kui葵〕菌”等菌类名称。《神农本草经》记载了芝类、伏苓、雚菌、雷丸等十几种大型真菌。特别对芝类还作了进一步的分类描述，按子实体的颜色分为青芝、赤芝、黄芝、白芝、紫芝、黑芝等。
菌类包括真菌、细菌和其他微生物。真菌又包括个体较小的酵母菌、霉菌和个体较大的大型真菌。对小型菌类，在显微镜发明以前，不能直接观察认识。但我国古代对它们的活动，还是有所认识并加以利用了；至于大型真菌，作为食品和药品，则很早就为人们所研究利用，并积累了丰富的知识和经验。
