另一方面，中国伊斯兰教义学也吸收儒家好多东西，这一点，前面已经提到，兹不重述。
清代中国伊斯兰教义学家认为，《尚书》、《诗经》中的昊天上帝就是安拉，就是真主。后人(包括孔子)混同天、帝是一个大错误。帝是主宰，天是帝之动静。阿丹(亚当)就是盘古氏，雅伏西(雅弗，《圣经》传说人物，挪亚之子)就是伏羲氏。真主播化之灵是有感应的。“感神光于阿丹，拜丹青于唐主，皆感兴之微末”(《天方典礼》)。中国伊斯兰教内有一种传说，唐玄宗曾拜穆罕默德之像，画像随之消失。唐玄宗因此受到感化，于是伊斯兰教传来东土。按伊斯兰教内学派见解，穆罕默德其身虽在阿丹之后，其神却在阿丹之前。中国伊斯兰教义学家“托古改制”，利用据说是孔子的一段话来为自己的目的服务。有人问过孔子：“你是圣人吗？”孔子说：“我不是。”继问：“‘三皇’、‘五帝’是圣人吗？”孔子说：“也不是。”又问：“那么，谁是圣人呢？”
成就了中国伊斯兰教义学的学者们，同其前辈有着质的区别。他们不仅不排斥，且而自觉地学习、钻研中国传统文化，深得儒家思想的精髓。他们的汉学功力很强，不逊于教外的儒士们。因此，这些学者都是博通四教(儒、释、道、伊斯兰)的大家。他们或者是“由儒入经”，即先学习“性理、史鉴、诸子百家之书”，然后再学习伊斯兰教经典；或者是“由经入儒”，即先学习伊斯兰教经典，然后再学习“儒者之书”。王岱舆是“先经后儒”者，壮年才开始学习儒家之学。刘智则是“先儒后经”者。他15岁开始学习汉学，历八年，遍读经、史、子、集。而后用六年时间，学习《古兰经》等伊斯兰教典籍。又三年读“释藏”，又一年读“道藏”。继而又阅读“西洋书”137种。马注自称圣裔，为穆罕默德45代后人。但他是个“先儒后经”者。马注不仅通儒，而且习佛，直至35岁才开始研究伊斯兰教理。他对老庄也深有研究。他对“道可道，非常道。放之则包罗天地，卷之则不满寸衷”的解释是，“盖心无尽，虚空亦无尽也”。他认为老子的道是“心道”，以心规范世界。此语颇精辟，发前人所未发。
中国伊斯兰教义学家不仅认为伊斯兰教与儒家同源，而且认为伊斯兰教可以弥补儒家之不足。他们说，儒家学说有两点不足，其一是不讲求“先天原始”，其二是不考究“后天归复”。王岱舆说：
“二教同源说”
九教之道，莫善于因。因教者，东土之良药也。东土之教，唯儒为最。儒之有文，若山之有木。故用文者，若匠之取材，可以为朝堂，可以为民屋，可以为梵宇，可以为清寺。(《清真指南》卷四)
清代中国伊斯兰教义学家认为，应该在“变”中观察和认识伊斯兰教。在他们看来，伊斯兰教本身是随时代而变化的，所以教义、教理也应该注入时代精神。教义学说不能胶柱鼓瑟，必须回答时代提出的问题。这叫作教理之圆融。教理圆融的关键在于引入新的见解。在固守伊斯兰教义之“故套”的前提下，“年年更易”，才能“万紫千红”，才能如天地般之长久。王岱舆在从反面论证这一问题时说：“理不圆融机不活，空读清真万卷经。”马注在回答“近日学者讲经，多属故套，殊觉重复厌听”这一自设答问时说：
与此相应，伊斯兰教义学家主张，在教义的灌输上，办法要多种多样。传播教义要同当地的习尚和当地的文化传统相结合。对于伊斯兰教来说，要紧处便在辩证施教这里。犹如中医之道，热者予以凉之，寒者予以温之，虚者予以补之，实者予以泻之。《清真指南》写道：
其实，结果远非如此简单。正如我们所见到的，中国伊斯兰教在“因其文”的过程中，也部分地改变了自身的质。
他们认为孔子说的“西方圣人”就是指穆罕默德而言。他们说，真主“降生之列圣”，除了穆罕默德(封印的至圣)之外，还有“孔(子)、耶(稣)、佛(释加牟尼)、老(子)”等人(见《归真要道》)。于是，他们得出一个结论：“华西一体”。
第一，“教理同源”
圣不同时而道同，地不同音而义同，字不同迹而理同，教不同术而认同，服不同制而心同。心同迹异，不可以迹间心。(《清真指南》卷五)
第其始之所以来，终之所以往，造化原本，生死关头，一切不言。夫生人之理，有始、有中、有卒，儒者独言其中，而不言始卒，天下深观之士不免疑焉。(《正教真诠》)
这里所说，儒家只言“中”，不言“始”和“卒”，是说儒家没有像伊斯兰教那样的真主如何造人、死后如何进天园或下火狱的理论。而这一点，同儒家比较，恰恰是伊斯兰教的长处。据伊斯兰教观点，人生有先天、当今、后世之“三世说”。先天，指真主用泥土造人之时期。当今，指人类生活的现实社会。后世，指人类在总清算日后，根据每个人的德行，或进天园享永生之福乐，或下火狱受痛苦之刑罚。伊斯兰教的“三世说”是一个历时概念，其终点是“后世”，人类在那里永存。佛家的“三世说”是一个共时概念。伊斯兰教“后世说”与佛教“轮回说”不能同日而语。根据佛教“轮回说”，人可以从后世托生，或人、或狗。根据伊斯兰教“后世说”，后世是人类总毁灭后得到的永生。关于“后世”、“死后复活”等观念，在中国伊斯兰教义学家的所有著作中都有论述。马复初的《四典要会》之一典《幽明释义》以及《大化总归》，是专门阐释这一观念的。他说，中国圣人，尧、舜、孔、孟，“俱未闻死后复生之说”。他写作《大化总归》的目的，就是为了补叙王岱舆、刘智等先贤对死后复生论说之不足。
故套即是根本。但恐枝叶未鲜，无怪听者以为重复尔。即若六经四书，儒门根本，而百家诸子愈演愈精，不越孔门之故套。若越故套，即异端尔。盖春夏不离四时，万紫千红，年年更易，故亘古不厌天地之久长。近之学人，道听途说，以耳为目者多，真知灼见者少，胶柱鼓瑟，蛙见执迷者众，婆心应身者少。总由所学不精，则见不明；见不明，则知不切；知不切，则理不通；理不通，便堕入邪道。(《清真指南》卷六)
在马注看来，即使二者(儒、伊斯兰)在形态上有不同之处，也不能以此不同之处去离间二者的相同之处。二者的相同之处，在“道”、在“理”、在“认”、在“心”。二者的共同点全在根本上。马复初也认为，东海圣人(孔、孟)和西海圣人(穆罕默德)，心同道合。虽然如此，“但各有专任，彼此不相侵乱”。孔孟尤重“人道”，而穆罕默德则兼论“天道”。《天方正学》的作者蓝煦说得很直率：
据中国伊斯兰教义学家的观点，如果“真主造人”、“死后复活”等内容为儒家所吸收，儒家学说将更加完备。
第二，“道统同源”
世人于回、儒，往往分视之，而未能参观，良由不明天方经意，以致见少多怪。岂知回儒经书，文字虽殊而道无不共，语言虽异而义无不同。是以不揣固陋，于天方经语略以汉字译之，并注释其义焉。证集儒书所云，俾得互相理会，知回、儒两教，道本同原，初无二理，何必拘泥语言文字之末，而疑其有同有不同耶。(《天方正学·自序》)
《清真释疑》、《清真释疑补辑》，从某种意义上甚至可以说就是为了论证伊斯兰教与儒家“教理相同”而著述的。《清真释疑》的作者金天柱(北高)是清乾隆(公元1736—1795年)初年人，曾任翰林院四译馆回回馆教习。《补辑》成书于清同治年间(公元1862—1874年)，由唐晋徽董其事，参与增补者有穆斯林举人、进士30余人。其中马安礼出力较多，其评述(以“率真子”名义)颇精当。《补辑》的增录原则是“同教诸君子互参详译，凡与儒理暗合者，随时录出增补《释疑》书内”。这两部书是为了释疑而写，写作时的预定读者对象，也不仅仅限于伊斯兰教教内。或者不如说，它主要是针对教外读者群而编纂的。马安礼在《补辑》中说，伊斯兰教理与儒家学说可以“互相发明，并行不悖”。儒、伊斯兰两教都是“正道”。他们就是要把“正道”昭然于天地间，让世人共同敬仰、共同遵信。其最终目的是使“清真者”成为“儒者”，“儒者”成为“清真者”，这就是“共同成为清真儒者也”。
“二教互补说”
清代中国伊斯兰教义学家还有一个十分重要的观点，伊斯兰教不仅因时而且因地地发展着、演进着。在这方面，马注的言论具有代表性。他说，在穆罕默德时代情形已经是如此。当时，屡降天经，目的就在于改弦圣教。这种变化是非常自然的。就像你久居日本不能不穿和服，长住广东不能不会广东话一样地自然。伊斯兰教在中国的传播与发展，使其染上中国作风、中国气派，是一种不依人们意志为转移的必然结果。形成这种结果的原因是什么呢？是中国的大的人文环境、文化氛围与阿拉伯—伊斯兰世界不同。
孔子动容有间，曰：丘闻西方有圣人焉，不治而不乱，不言而自信，不化而自行，荡荡乎人无能名焉。丘闻其为圣人也。(《正教真诠·群书集考》)
关于伊斯兰教义与中国传统文化的关系，伊斯兰教义学家有如下几点主要见解：
中国伊斯兰教义学家认为，伊斯兰教义的基本宗旨同儒家思想是完全一致的。这在社会政治学说和伦理观念方面表现得尤为显著。王岱舆认为，儒家学说的根本是“忠孝”二字。这也是伊斯兰教理的关键所在。对于孔孟之道的修身、齐家、治国、平天下的一套政治理论，王岱舆佩服得五体投地。他说，他不敢妄议其是非，伊斯兰教也有相同的主张。刘智说，他用了十余年的时间僻居山林、研读“百家之书”，终于得了一个真理，那就是“天方之经大同孔孟之旨”。刘智认为，伊斯兰教“五功”(念、礼、斋、课、朝)是“五典”(仁、义、礼、智、信)的反映。仁、义、礼、智、信是“内五功”；念、礼、斋、课、朝是“外五功”。刘智认为，天方之书不异于儒家经典。圣人立教不以方域来区分，因为人同此心，心同此理。“圣人之教，东西同，今古一”。根据这个原则，穆斯林遵习“天方之礼”也就等于遵习“先圣先王(即尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、孟)之教”。马注的思想与王岱舆、刘智的思想完全相同。他说，如果一定要在伊斯兰教理与儒家思想中找出区别，那也是有的。
中国古代很重视学说传承系列。这种传承系列就是道统。这可能与宗法制有关。佛教传入中国后，其派系宗祖理论又强化了道统观念。孔子暗示自己上承尧舜，孟子自命道续孔子正统。韩愈有《原道》说，正式提出一个道统传承谱系：尧、舜、禹、汤、文、武、周公、孔、孟。孟子之下，便是韩愈自己。朱熹认为，孔孟之后应是周(敦颐)、程(颢、颐)，而周、程之后则是朱熹他自己。这个道统是为了辨道、判道的，不属于其内者就是异端。韩愈《原道》就是为了辟佛斥老。从另一方面说，如果某一学说同这一道统攀上了关系，也就具有了成为正统理论的合法外衣。这样，它就能站稳脚跟，不至于被视为异端而逐出思想界。
“因变说”
清代中国伊斯兰教也试图同上述道统攀上关系。
回之于儒，教异而理同也。(《清真指南》卷三)
中国伊斯兰教义学家认为，伊斯兰教同儒家“二教同源”。这里所谓“二教同源”有两层意思。一是说“教理同源”，二是说“道统同源”。
